生物化学与分子生物学DNA的生物合成.pptx
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- 生物化学 分子生物学 DNA 生物 合成
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1、前前 言言本电子课件依据本电子课件依据生物化学与分子生物学生物化学与分子生物学第八版设计制作。选择的第八版设计制作。选择的制作软件主要为制作软件主要为Microsoft PowerPointMicrosoft PowerPoint。本课件主要为便于师生的教与学,。本课件主要为便于师生的教与学,使用对象主要为医学院校的生物化学教师和医学类专业的五年制学生,以使用对象主要为医学院校的生物化学教师和医学类专业的五年制学生,以及研究生入学考试准备和各种资格考试时医学生物化学的复习使用。及研究生入学考试准备和各种资格考试时医学生物化学的复习使用。第八版第八版生物化学与分子生物学生物化学与分子生物学的参编
2、单位有全国的参编单位有全国2121所高等院校。所高等院校。课件光盘由华中科技大学同济医学院生物化学与分子生物学系与生物化学课件光盘由华中科技大学同济医学院生物化学与分子生物学系与生物化学第八版编委会共同设计制作,由人民卫生出版社出版发行。版权所有,未第八版编委会共同设计制作,由人民卫生出版社出版发行。版权所有,未经许可,不得随便翻刻销售发行,违者必究。经许可,不得随便翻刻销售发行,违者必究。孙军、查锡良、药立波教授负责本课件总体设计;华中科技大学同济孙军、查锡良、药立波教授负责本课件总体设计;华中科技大学同济医学院生物化学与分子生物学系陈娟、袁萍、段秋红、尹燕华、卢涛、刘医学院生物化学与分子生
3、物学系陈娟、袁萍、段秋红、尹燕华、卢涛、刘琳、周洁、张颖、田俊、熊宇芳等老师参与了课件设计和制作的具体工作;琳、周洁、张颖、田俊、熊宇芳等老师参与了课件设计和制作的具体工作;教材全体编委在课件制作过程中提出了宝贵的修改意见并进行了审定,在教材全体编委在课件制作过程中提出了宝贵的修改意见并进行了审定,在此一并致谢。此一并致谢。由于我们水平有限,本课件的缺点再所难免,敬请使用者批评指正,由于我们水平有限,本课件的缺点再所难免,敬请使用者批评指正,以便今后修订。以便今后修订。目目 录录 第第01章蛋白质的结构与功能章蛋白质的结构与功能 第第02章核酸的结构与功能章核酸的结构与功能 第第03章酶章酶
4、第第04章聚糖的结构与功能章聚糖的结构与功能 第第05章维生素和无机盐章维生素和无机盐 第第06章糖代谢章糖代谢 第第07章脂类代谢章脂类代谢 第第08章生物氧化章生物氧化 第第09章氨基酸代谢章氨基酸代谢 第第10章核苷酸代谢章核苷酸代谢 第第11章非营养物质代谢章非营养物质代谢 第第12章物质代谢的整合与调节章物质代谢的整合与调节 第第13章真核基因与基因组章真核基因与基因组 第第14章章DNA的生物合成的生物合成 第第15章章DNA损伤与修复损伤与修复 第第16章章RNA的生物合成的生物合成 第第17章蛋白质的生物合成章蛋白质的生物合成 第第18章基因表达调控章基因表达调控 第第19章细
5、胞信号转导的分子机制章细胞信号转导的分子机制 第第20章常用分子生物学技术的原理及其应用章常用分子生物学技术的原理及其应用 第第21章章DNA重组和重组重组和重组DNA技术技术 第第22章基因结构与功能分析技术章基因结构与功能分析技术 第第23章癌基因、肿瘤抑制基因与生长因子章癌基因、肿瘤抑制基因与生长因子 第第24章疾病相关基因的鉴定与基因功能研究章疾病相关基因的鉴定与基因功能研究 第第25章基因诊断与基因治疗章基因诊断与基因治疗 第第26章组学与医学章组学与医学目录目录目录目录第十四章第十四章DNA的生物合成的生物合成DNA Biosynthesis(Replication)目录目录复制复
6、制(replication)是以是以DNA为模板的为模板的DNA合成,是基因组的复制过程。在这个过程中,合成,是基因组的复制过程。在这个过程中,亲代亲代DNA作为合成模板,按照碱基配对原则作为合成模板,按照碱基配对原则合成子代分子,其化学本质是酶促脱氧核苷酸合成子代分子,其化学本质是酶促脱氧核苷酸聚合反应。聚合反应。复制复制亲代亲代DNA子代子代DNA目录目录n本章主要内容:本章主要内容:DNA DNA复制的基本特征复制的基本特征 DNA复制的酶学和拓扑学变化复制的酶学和拓扑学变化 原核生物原核生物DNADNA复制过程复制过程真核生物真核生物DNADNA生物合成过程生物合成过程 逆转录和其他复
7、制方式逆转录和其他复制方式 DNA复制的基本特征复制的基本特征Basic Rules of DNA Replication第第 一一 节节目录目录半保留复制半保留复制(semi-conservative replication)双向复制双向复制(bidirectional replication)半不连续复制半不连续复制(semi-discontinuous replication)nDNA复制的主要特征复制的主要特征 目录目录一、一、DNA以半保留方式进行复制以半保留方式进行复制 DNA生物合成时,母链生物合成时,母链DNA解开为两解开为两股单链,各自作为模板股单链,各自作为模板(templ
8、ate)按碱基配按碱基配对规律,合成与模板互补的子链。子代细对规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的胞的DNA,一股单链从亲代完整地接受过,一股单链从亲代完整地接受过来,另一股单链则完全从新合成。两个子来,另一股单链则完全从新合成。两个子细胞的细胞的DNA都和亲代都和亲代DNA碱基序列一致。碱基序列一致。这种复制方式称为这种复制方式称为半保留复制半保留复制。n半保留复制半保留复制的概念的概念:目录目录n子链继承母链遗传信息的几种可能方式子链继承母链遗传信息的几种可能方式:全保留式全保留式 半保留式半保留式 混合式混合式 n密度梯度实验密度梯度实验:实验结果支持实验结果支持半保留复制半保留复制的
9、设想。的设想。含含15N-DNA的细菌的细菌培养于普培养于普通培养液通培养液 第一代第一代继续培养于继续培养于普通培养液普通培养液 第二代第二代梯度离心结果梯度离心结果目录目录按半保留复制方式,子代按半保留复制方式,子代DNA与亲代与亲代DNA A的的碱基序列一致碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的传信息,体现了遗传的保守性保守性。n半保留复制的意义半保留复制的意义:遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但但不是绝对的不是绝对的。目录目录AGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCCCACTG
10、GGGTGACCAGGTACTGTCCATGACTCCATGACAGGTACTGAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACC+母链母链DNA复制过程中形成复制过程中形成的复制叉的复制叉子代子代DNA目录目录原核生物基因组是环状原核生物基因组是环状DNA,只有一个,只有一个复制起复制起点(点(origin)。复制从起点开始,向两个方向。复制从起点开始,向两个方向进行解链,进行的是单点起始进行解链,进行的是单点起始双向复制双向复制。二、二、DNA复制从起点向两个方向延伸复制从起点向两个方向延伸复制中的放射自显影图象复制中的
11、放射自显影图象A.环状双链环状双链DNA及复制起始点及复制起始点B.复制中的两个复制叉复制中的两个复制叉C.复制接近终止点复制接近终止点(termination,ter)oriterA B C目录目录真核生物每个染色体有多个起始点,是多复真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个的距离定为一个复制子复制子(replicon)。复制子是。复制子是独立完成复制的功能单位。独立完成复制的功能单位。53oriorioriori5353oriorioriori535533553复制复制3目录目录三、三、DNA复制反应呈
12、半不连续特征复制反应呈半不连续特征3 5 3 5 解链方向解链方向3 5 3 3 5 领头链领头链(leading strand)后随链后随链(lagging strand)目录目录 顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,这股链称为的,这股链称为领头链领头链(leading strand)。另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不能顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的能顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称为链称为后随链后随链(lagging strand)。复制中的不连。复制中的不连续片段称为续片段称为岡
13、崎片段岡崎片段(okazaki fragment)。领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的半不连续性。制的半不连续性。目录目录DNA复制的酶学和拓扑学变化复制的酶学和拓扑学变化第第 二二 节节The Enzymology and Topology of DNA Replication目录目录n参与参与DNA复制的物质复制的物质:底物底物(substrate):dATP,dGTP,dCTP,dTTP;聚合酶聚合酶(polymerase):依赖依赖DNA的的DNA聚合酶,聚合酶,简写为简写为 DNA-pol;模板模板(template):解开成单链的解
14、开成单链的DNA母链;母链;引物引物(primer):提供提供3-OH末端使末端使dNTP可以依次可以依次聚合;聚合;其他的其他的酶和蛋白质因子酶和蛋白质因子。目录目录(dNMP)n+dNTP (dNMP)n+1+PPiRNA引物引物RNA引物引物子代子代DNA目录目录n聚合反应的特点聚合反应的特点:DNA 新链生成需新链生成需RNA引物引物和和模板模板;新链的延长只可沿新链的延长只可沿5 3 方向进行。方向进行。目录目录一、一、DNA聚合酶催化脱氧核苷酸间的聚合聚合酶催化脱氧核苷酸间的聚合全称:全称:依赖依赖DNA的的DNA聚合酶聚合酶(DNA-dependent DNA polymeras
15、e)简称:简称:DNA-pol 活性:活性:1.53 的聚合活性的聚合活性2.核酸外切酶活性核酸外切酶活性5 A G C T T C A G G A T A 3|3 T C G A A G T C C T A G C G A C 5 3 5 外切酶活性外切酶活性:5 3 外切酶活性外切酶活性:?能切除突变的能切除突变的 DNA片段。片段。能辨认错配的碱基对,并将其水解。能辨认错配的碱基对,并将其水解。n核酸外切酶活性核酸外切酶活性:目录目录(一)原核生物有(一)原核生物有3种种DNA聚合酶聚合酶 DNA-pol DNA-pol DNA-pol 目录目录原核生物的原核生物的DNADNA聚合酶聚合
16、酶目录目录个核心酶个核心酶1个个-复合物(复合物(、6种亚种亚基)基)1对对-亚基(可滑动亚基(可滑动的的DNA夹子)夹子)DNA聚合酶聚合酶全酶结构全酶结构全酶结构包括:全酶结构包括:目录目录 亚基亚基(130 000)主要功能是合成)主要功能是合成DNA 亚基亚基具有具有35 外切酶活性(复制保真性外切酶活性(复制保真性所必需)所必需)亚基可增强其活性亚基可增强其活性 亚基亚基可能起组装作用可能起组装作用核心酶由核心酶由、和和 亚基组成:亚基组成:两侧的两侧的 亚基发挥夹稳亚基发挥夹稳DNADNA模板链,并使酶沿模模板链,并使酶沿模板滑动的作用板滑动的作用目录目录2个个-亚基亚基分别和分别
17、和1个核心酶相互作用,其个核心酶相互作用,其柔性连接区可以确保在复制叉柔性连接区可以确保在复制叉1个全酶分子的个全酶分子的2个核心酶能够相对独立运动,分别负责合成个核心酶能够相对独立运动,分别负责合成前导链和后随链。前导链和后随链。功能:功能:有促进全酶组装至模板上及增强核心酶有促进全酶组装至模板上及增强核心酶活性的作用活性的作用 -复合物由复合物由6种亚基组成:种亚基组成:、目录目录n功能:功能:DNA-pol (109kD)对复制中的错误进行校读,对复制和修复对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。中出现的空隙进行填补。目录目录323个氨基酸个氨基酸小片段小片段5 核酸外
18、切酶活性核酸外切酶活性大片段大片段/Klenow 片段片段 604个氨基酸个氨基酸DNA聚合酶活性聚合酶活性 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性N 端端C 端端木瓜蛋白酶木瓜蛋白酶DNA-pol Klenow片段是实验室合成片段是实验室合成DNA,进行,进行分子生物学研究中常用的工具酶。分子生物学研究中常用的工具酶。目录目录 DNA-pol(120kD)DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活。基因发生突变,细菌依然能存活。DNA-pol 对模板的特异性不高,即使在已发生对模板的特异性不高,即使在已发生损伤的损伤的DNA模板上,它也能催化核苷酸聚合。因模板上,它也能催化核苷酸聚合。因此认
19、为,它参与此认为,它参与DNA损伤的应急状态修复。损伤的应急状态修复。目录目录(二)常见的真核细胞(二)常见的真核细胞DNA聚合酶有聚合酶有5种种DNA-pol 起始引发,有引物酶活性。起始引发,有引物酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。参与低保真度的复制参与低保真度的复制 。在复制过程中起校读、修复和填补缺在复制过程中起校读、修复和填补缺口的作用。口的作用。在线粒体在线粒体DNA复制中起催化作用。复制中起催化作用。DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-pol 目录目录真核生物和原核生物真核生物和原核生物DNA聚合酶的比较聚合酶的比较
20、E.Coli真核细胞真核细胞 功能功能填补复制中的填补复制中的DNA空隙,空隙,DNA修复和修复和重组重组复制中的校对,复制中的校对,DNA修复修复 DNA修复修复 线粒体线粒体DNA合成合成 前导链合成前导链合成DnaG 引物酶引物酶 后随链合成后随链合成目录目录真核生物的真核生物的DNA聚合酶聚合酶目录目录二、二、DNA聚合酶的碱基选择和校对功聚合酶的碱基选择和校对功能实现复制的保真性能实现复制的保真性 复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能准确传代的基本原理。准确传代的基本原理。此外还需酶学的机制来保证复制的保真性。此外还需酶学的机制来保证复制的保真
21、性。目录目录遵守严格的碱基配对规律;遵守严格的碱基配对规律;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;复制出错时有即时校对功能。复制出错时有即时校对功能。nDNA复制的保真性至少要依赖三种机制:复制的保真性至少要依赖三种机制:目录目录(一)复制的保真性依赖正确的碱基选择(一)复制的保真性依赖正确的碱基选择利用利用“错配错配”实验发现,实验发现,DNA pol DNA pol 对核苷酸的对核苷酸的参入(参入(incorporationincorporation)具有选择功能。)具有选择功能。DNA pol DNA pol 对嘌呤的不同构型表现不同亲和力,对嘌呤的不同
22、构型表现不同亲和力,因此实现其选择功能。因此实现其选择功能。目录目录(二)聚合酶中的核酸外切酶活性在复制中辨(二)聚合酶中的核酸外切酶活性在复制中辨认切除错配碱基并加以校正认切除错配碱基并加以校正目录目录A:DNA-pol的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚合活的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物。性掺入正确配对的底物。B:碱基配对正确,:碱基配对正确,DNA-pol不表现活性。不表现活性。DNA pol 的校读功能的校读功能目录目录三、复制中的解链伴有三、复制中的解链伴有DNA 分子分子拓扑学变化拓扑学变化DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把分子的碱基埋在双螺旋内部,只
23、有把DNA解成单链,它才能起模板作用。解成单链,它才能起模板作用。目录目录(一)多种酶参与(一)多种酶参与DNA解链和稳定单链状态解链和稳定单链状态目录目录E.Coli 基因图基因图目录目录解螺旋酶解螺旋酶(helicase)利用利用ATP供能,作用于供能,作用于氢键,使氢键,使DNA双链解开成为两条单链。双链解开成为两条单链。引物酶引物酶(primase)复制起始时催化生成复制起始时催化生成RNA引物的酶。引物的酶。单链单链DNA结合蛋白结合蛋白(single stranded DNA binding protein,SSB)在复制中维持模板处于单链状在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的
24、完整态并保护单链的完整。目录目录108局部解链后局部解链后(二)(二)DNA拓扑异构酶改变拓扑异构酶改变DNA超螺旋状态超螺旋状态n复制过程正超螺旋的形成:复制过程正超螺旋的形成:目录目录解链过程中正超螺旋的形成解链过程中正超螺旋的形成目录目录 既能水解既能水解 、又能连接磷酸二酯键。、又能连接磷酸二酯键。拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶n拓扑异构酶分类:拓扑异构酶分类:n拓扑异构酶作用特点:拓扑异构酶作用特点:目录目录拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,闭切口,DNA变为松弛状态变为松
25、弛状态。反应反应不需不需ATP。拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA分子分子两股两股链,断端通过链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。切口旋转使超螺旋松弛。利用利用ATP供能,连接断端,供能,连接断端,DNA分子进入负超螺旋状态。分子进入负超螺旋状态。n作用机制:作用机制:目录目录n拓扑酶的作用方式:拓扑酶的作用方式:目录目录四、四、DNA连接酶连接复制中产生的连接酶连接复制中产生的单链缺口单链缺口连接连接DNA链链3-OH末端和相邻末端和相邻DNA链链5-P末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的邻的DNA链连接成一条完整的链。链连接成一条完整的链。n
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