化学常用软件应用简介(ChemOffice)课件.ppt
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- 化学 常用软件 应用 简介 ChemOffice 课件
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1、第三章第三章化学办公软件化学办公软件ChemOfficeChemOffice*分子式和结构式是化学家的语言,这类分子式和结构式是化学家的语言,这类特殊的数据需要专门软件来处理。目前已经特殊的数据需要专门软件来处理。目前已经有了许多化学结构式编辑的软件,其功能主有了许多化学结构式编辑的软件,其功能主要是绘制化合物的结构式化学反应方程式,要是绘制化合物的结构式化学反应方程式,化工流程图、简单的实验装置图等化学常用化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形。使用比较广泛的主要有:的平面图形。使用比较广泛的主要有:*Chem Sketch 该软件事该软件事ACD公司开发的功能强大、安公司开发的功
2、能强大、安装简便、小巧灵活的化学绘图软件,其装简便、小巧灵活的化学绘图软件,其免费版本可在该公司网站:免费版本可在该公司网站:http:/下载(部分功下载(部分功能应用受限)能应用受限)*绘制平面(绘制平面(2D)和立体()和立体(3D)化学结构式、)化学结构式、反应式和化学图形;反应式和化学图形;绘图功能十分强大,具有丰富的化学图形绘制绘图功能十分强大,具有丰富的化学图形绘制工具和各中化学符号;工具和各中化学符号;内置各种模板工具栏;内置各种模板工具栏;可把平面结构转换为立体图形;可把平面结构转换为立体图形;预测分子结构的一些基本参数、自动命名、提预测分子结构的一些基本参数、自动命名、提供同
3、分异构体等。供同分异构体等。功能和特点:功能和特点:*ISIS/Draw 由由MDL Information Systems Inc.公司开发,公司开发,以其强大的功能及与以其强大的功能及与Office套件极佳的兼容性套件极佳的兼容性而在国内化学界广泛流行。该软件为自由软而在国内化学界广泛流行。该软件为自由软件,无需注册,无使用期限。件,无需注册,无使用期限。http:/*绘制各种化学分子结构式、化学反应方程绘制各种化学分子结构式、化学反应方程式以及工艺流程图等化学专业图形式以及工艺流程图等化学专业图形 以用户为主导,具有友好的操作界面以用户为主导,具有友好的操作界面 丰富完备的模板及画图工具
4、丰富完备的模板及画图工具功能和特点:功能和特点:*ChemWindow 绘制化学图形、化学实验装置、化工工艺绘制化学图形、化学实验装置、化工工艺流程图等流程图等 化学工作者在教学和科研中的有力助手化学工作者在教学和科研中的有力助手 http:/*编辑化学方程式、制作反应过程关系图、绘制编辑化学方程式、制作反应过程关系图、绘制化学实验装置图、绘制化工工艺流程图化学实验装置图、绘制化工工艺流程图 提供各类化工设备的图形模板库提供各类化工设备的图形模板库 与光谱很好的结合,谱图库庞大,可根据化合与光谱很好的结合,谱图库庞大,可根据化合物的结构式预测物的结构式预测13C-NMR化学位移、红外图谱、化学
5、位移、红外图谱、质谱等,可读入标准格式的质谱等,可读入标准格式的NMR、IR、Roman、UV及色谱图。及色谱图。功能和特点:功能和特点:*ChemOffice ChemOffice是世界上最优秀的化学软件,集强是世界上最优秀的化学软件,集强大的应用功能于一身,其结构绘图是国内外重要大的应用功能于一身,其结构绘图是国内外重要论文期刊制定的格式。化学工作者可以用论文期刊制定的格式。化学工作者可以用Chem Office去完成自己的想法,与同行交流化学结构、去完成自己的想法,与同行交流化学结构、模型和相关信息。是化学工作者的必备软件。模型和相关信息。是化学工作者的必备软件。*ChemOffice的
6、安装的安装 运行运行Install.exe文件文件 根据提示输入下列信息:根据提示输入下列信息:Name:FCNiSO email:FCNFCN.COM Serial:011-256104-7199 选择选择“Activate Later”(稍后激活),开始安(稍后激活),开始安装。装。安装时,仅选择安装时,仅选择ChemOffice2008安装。安装。安装结束后,从安装结束后,从crack文件夹中运行文件夹中运行crack.reg文件。文件。*从从Crack文件夹中复制文件文件夹中复制文件RegCodeCom11.dll 至安装文件夹中,其路径为:至安装文件夹中,其路径为:C:Program
7、FilesCambridgeSoft Chem Office2008CommonDLLs 安装结束,可以运行文件。安装结束,可以运行文件。注意:安装结束后有提示是否需要重启计算机,注意:安装结束后有提示是否需要重启计算机,选择选择NO。*ChemOffice 构成构成 版本为版本为ChemOffice Ultra 2008版。主要包含如版。主要包含如下软件和组成:下软件和组成:ChemDraw Ultra 11.0:化学结构绘图。:化学结构绘图。Chem3D Ultra 11.0:分子模型及仿真。:分子模型及仿真。ChemFinder Ultra 11.0:化学信息搜寻整合系:化学信息搜寻整合
8、系统统 E-Notebook 11.0:整理化学信息、文件和数据,:整理化学信息、文件和数据,并从中取得所要的结果。并从中取得所要的结果。*3.1 ChemBioDraw ChemDraw是是ChemOffice中使用最为频繁的组中使用最为频繁的组件,是国际上绝大多数杂志指定的论文排版软件,件,是国际上绝大多数杂志指定的论文排版软件,为不同的杂志备有不同的模板,应用最为广泛。为不同的杂志备有不同的模板,应用最为广泛。其理念是其理念是“化学家能懂的,化学家能懂的,ChemDraw也应该也应该懂懂”。*丰富的绘图元件、能够绘制和编辑高质量的化学结丰富的绘图元件、能够绘制和编辑高质量的化学结构图,识
9、别和显示立体结构,具有化学结构式与化构图,识别和显示立体结构,具有化学结构式与化学名称相互转换的功能;学名称相互转换的功能;内建内建NMR数据库,能够与数据库,能够与Excel数据兼容;数据兼容;能够进行网络数据库进行检索;能够进行网络数据库进行检索;预测分子的常见物理、化学性质;预测分子的常见物理、化学性质;对结构按对结构按IUPAC原则命名;原则命名;预测质子及预测质子及13C化学位移等。化学位移等。功能和特点:功能和特点:*加入了更多的生加入了更多的生物绘图元素,变为物绘图元素,变为ChemBioDraw*新特性:新特性:可定制的工具栏可定制的工具栏 可根据自己的工作方式修改工具栏。可根
10、据自己的工作方式修改工具栏。化学绘图功能得到了增强化学绘图功能得到了增强(1)增强的箭头种类)增强的箭头种类(2)曲线工具:分为绘制曲线()曲线工具:分为绘制曲线(Draw Curve)和编辑曲线(和编辑曲线(Edit Curve)两个工具。允许徒手)两个工具。允许徒手画曲线,然后编辑曲线。可与填充和褪色功能画曲线,然后编辑曲线。可与填充和褪色功能(Filled and Faded)组合使用,更能与箭头工)组合使用,更能与箭头工具实现互换,在绘图中创建丰富多彩的图形。具实现互换,在绘图中创建丰富多彩的图形。*增加了对结构与性质关系的支持增加了对结构与性质关系的支持(1)Struct=Name(
11、结构(结构=命名)。系统对有确切化学命名)。系统对有确切化学意义的结构,用意义的结构,用IUPAC规则为结构命名;给出一个化合规则为结构命名;给出一个化合物名称,系统那个可将其展开为化学结构,是绘制结构物名称,系统那个可将其展开为化学结构,是绘制结构图更轻松。图更轻松。(2)ChemNMR是是ChemBioDraw中又一非常实用的功中又一非常实用的功能,可用于估算或显示分子中的能,可用于估算或显示分子中的1H、13C的化学位移。的化学位移。(3)可从分析()可从分析(Analysis)窗口或化学性质)窗口或化学性质(Chemical Properties)窗口粘贴结构性质数据。)窗口粘贴结构性
12、质数据。*增加了对新的生物绘图工具的支持增加了对新的生物绘图工具的支持 (1)在)在BioDraw工具栏中新增工具栏中新增tRNA工具和核糖工具和核糖核酸工具。核酸工具。(2)新增了质粒图工具。)新增了质粒图工具。(3)序列工具。可快速利用别名绘制氨基酸和)序列工具。可快速利用别名绘制氨基酸和核酸链,并对残基进行分别处理,如收缩、展开,核酸链,并对残基进行分别处理,如收缩、展开,改变其外观等。改变其外观等。*增加了对文件系统的支持增加了对文件系统的支持(1)对)对SD文件支持。文件支持。SD文件是一种许多化学软文件是一种许多化学软件都通用的格式文件,可在一个文件中包括许多件都通用的格式文件,可
13、在一个文件中包括许多结构。结构。(2)对数据库连接的支持。可及时与)对数据库连接的支持。可及时与Internet连连接并不断更新化学数据。接并不断更新化学数据。(3)对)对Office2007的支持。可将结构图插入到的支持。可将结构图插入到Word文档、文档、Excel表单、表单、PPT演示文稿及演示文稿及FrontPage网页中。网页中。*工具栏工具栏 除包括【除包括【File】、【】、【Edit】、【】、【View】、】、【Window】外,还有【】外,还有【object】(对象)、】(对象)、【Structure】(结构)、【】(结构)、【Text】(文本)、】(文本)、【Curves】
14、(曲线)、【】(曲线)、【Color】(颜色)等特】(颜色)等特有的菜单命令。有的菜单命令。同时还有主工具栏、常用工具栏、对象工具栏、同时还有主工具栏、常用工具栏、对象工具栏、格式工具栏、生物工具栏等各类工具栏及其快捷格式工具栏、生物工具栏等各类工具栏及其快捷按钮。按钮。*3.1.1 3.1.1 主界面主界面*选择单键多重键结构透视虚线键楔形键工具波浪键序列工具脂肪链环工具碎片工具擦除文文本本曲线箭头轨道基本绘图工具括号化学符号查询工具制表工具模板工具*选择工具:选择工具:用于选择对象。用于选择对象。单键工具:用于画出一个化学单键并设置键属性单键工具:用于画出一个化学单键并设置键属性。多重键工
15、具:画多重键、配位键多重键工具:画多重键、配位键 并设置键属性。并设置键属性。曲线工具:曲线工具:徒手画预定义徒手画预定义 的箭头、轨道等形状的箭头、轨道等形状*基本绘图工具:基本绘图工具:一些无化学一些无化学 意义的注解、方框或线。意义的注解、方框或线。轨道工具:轨道工具:画原子轨道,包含画原子轨道,包含 不同类型的原子轨道。不同类型的原子轨道。*查询工具:查询工具:用于画立体标记、用于画立体标记、进行原子反应映射、进行原子反应映射、在查询结构中指明自由位点、在查询结构中指明自由位点、指定原子间相互关系等。指定原子间相互关系等。化学符号工具:化学符号工具:画具有化学意义画具有化学意义 的符号
16、,如电荷、自由基及的符号,如电荷、自由基及 电子对等。电子对等。*括号工具:括号工具:用于画各种括号。用于画各种括号。箭头工具:箭头工具:包含不同类型的箭头。包含不同类型的箭头。*模板工具:模板工具:用于从模板中选择模型绘制结构提供用于从模板中选择模型绘制结构提供 了数十种模板。了数十种模板。序列工具:序列工具:含四类工具,用以创建含四类工具,用以创建 蛋白质、蛋白质、DNADNA、RNARNA序列。序列。碎片工具:碎片工具:包含三种工具:包含三种工具:碎片工具碎片工具 :破坏指定化学键,使分子成为两部分。:破坏指定化学键,使分子成为两部分。离解工具离解工具 :破坏化学键画出一个离解反应。:破
17、坏化学键画出一个离解反应。合成工具合成工具 :破坏化学键画出一个逆向合成反应。:破坏化学键画出一个逆向合成反应。*环工具:画环状结构。环工具:画环状结构。楔形键工具:楔形键工具:画楔形键。画楔形键。制表工具:制表工具:用于多重网格制表。其中用于多重网格制表。其中 薄层色谱板(薄层色谱板(TLCTLC)可以画出)可以画出 多条道的多条道的TLCTLC图,可以方便地调整图,可以方便地调整 溶剂的前沿、斑点的位置和颜色。溶剂的前沿、斑点的位置和颜色。结构透视工具:结构透视工具:转动观察结构。转动观察结构。*文本工具:文本工具:创建原子标注或标题说明。创建原子标注或标题说明。擦除工具:擦除工具:删除对
18、象。删除对象。脂肪链工具:脂肪链工具:画任何长度的碳链。画任何长度的碳链。生物绘图工具:【生物绘图工具:【ViewView】/【Show BioDraw ToolBarShow BioDraw ToolBar】,可以显示生物绘图工具栏,增加了生物和可以显示生物绘图工具栏,增加了生物和 生物化学的基本元素。生物化学的基本元素。*对象工具:对象工具:【ViewView】/【Show Object ToolBarShow Object ToolBar】,:将对象结合成组合对象:将对象结合成组合对象 :将组合对象拆散为单个对象:将组合对象拆散为单个对象 :将对象按左对齐:将对象按左对齐 :将选定对象置
19、于其他对象上层:将选定对象置于其他对象上层 :将对象按上对齐:将对象按上对齐 :将选定对象置于其他对象下层:将选定对象置于其他对象下层 :将对象按左右居中对齐:将对象按左右居中对齐 :将对象按下对齐:将对象按下对齐 :将对象按右对齐:将对象按右对齐 :将对象按上下居中对齐:将对象按上下居中对齐*ChemDraw主界面自上而下分为菜单栏、工具主界面自上而下分为菜单栏、工具栏和绘图窗口。绘图窗口左侧是垂直工具栏,其栏和绘图窗口。绘图窗口左侧是垂直工具栏,其中的工具和模板是化学专用的。有些模板按钮下中的工具和模板是化学专用的。有些模板按钮下面带有面带有 箭头,单击该按钮不松开,会在其右侧箭头,单击该
20、按钮不松开,会在其右侧弹出子工具栏。弹出子工具栏。*3.1.2 3.1.2 模板工具栏模板工具栏 垂直工具栏上的【模板】包含了多种较复杂的分子垂直工具栏上的【模板】包含了多种较复杂的分子种类和玻璃仪器模板。分别如下:种类和玻璃仪器模板。分别如下:氨基酸(氨基酸(Amino AcidsAmino Acids)氨基酸(氨基酸(AminoAmino Acids Acids Side ChainsSide Chains)*芳香族(芳香族(AromaticsAromatics)双环(双环(BicyclicsBicyclics)*玻璃仪器(玻璃仪器(ClipwareClipware)*构象异构体(构象异构
21、体(ConformersConformers)环戊二烯(环戊二烯(Cp RingsCp Rings)*环烷(环烷(CycloalkansCycloalkans)DNADNA*官能团(官能团(Functional GroupsFunctional Groups)己醣(己醣(HexosesHexoses)*苯环(苯环(Ph RingsPh Rings)纳米管(纳米管(NanotubesNanotubes)*多面体(多面体(PolyhedraPolyhedra)RNARNA*立体中心(立体中心(StereocentersStereocenters)超分子(超分子(SupramoleculesSupr
22、amolecules)*ChemBioDrawChemBioDraw包括了众多的模板,我们想画包括了众多的模板,我们想画的东西多数已经包括在其中了,熟悉这些模板,的东西多数已经包括在其中了,熟悉这些模板,我们可以根据这些模板迅速组合成希望的分子我们可以根据这些模板迅速组合成希望的分子形状。形状。*3.1.3 3.1.3 绘图实例绘图实例 我们主要利用我们主要利用ChemDraw绘制一些结构式,反应方绘制一些结构式,反应方程式,搭建化学反应仪器等。程式,搭建化学反应仪器等。以阿司匹林结构式的绘制为例:以阿司匹林结构式的绘制为例:1.启动启动ChemDraw;2.选中垂直工具栏最下端的选中垂直工具
23、栏最下端的 按钮,鼠标变成苯环的样子;按钮,鼠标变成苯环的样子;绘制结构式绘制结构式*3.在绘图区单击鼠标,出现一个苯环;在绘图区单击鼠标,出现一个苯环;4.单击单击 (单键)按钮,将鼠标移至苯环的一个角上,出(单键)按钮,将鼠标移至苯环的一个角上,出现深色的正方形连接点,如图所示。现深色的正方形连接点,如图所示。5.自连接点横向拉出一根实线单键,松开鼠标,自单键终自连接点横向拉出一根实线单键,松开鼠标,自单键终点向右下方再次拉出一根单键,与前一根单键夹角约为点向右下方再次拉出一根单键,与前一根单键夹角约为109,余类推。,余类推。6.多重键的方法同多重键的方法同5。*7.选中垂直工具栏选中垂
24、直工具栏中的文本工具,分中的文本工具,分别将鼠标移至应该别将鼠标移至应该出现羟基或氧原子出现羟基或氧原子的位置,待出现连的位置,待出现连接点后,点击键盘接点后,点击键盘上的上的O键。键。*在绘制过程中,化学键键角难以精确掌握,且在绘制过程中,化学键键角难以精确掌握,且拖拉化学键或键点的过程中难免会造成键长的变拖拉化学键或键点的过程中难免会造成键长的变化和图形的扭曲,因此需要对图形进行整理。除化和图形的扭曲,因此需要对图形进行整理。除了手动调整外,还可以通过了手动调整外,还可以通过ChemDraw的相关菜的相关菜单命令进行整理。单命令进行整理。*8.单击单击 选取框按钮,选中画好的选取框按钮,选
25、中画好的阿司匹林结构式。阿司匹林结构式。9.执行【执行【Structure】/【Clean Up Structure】命令,整理图形,即可】命令,整理图形,即可将结构式整理到最佳状态。该命令将结构式整理到最佳状态。该命令可多执行几次,直到结构式的形状可多执行几次,直到结构式的形状不再变化。不再变化。*使用环工具使用环工具 使用环工具创建环结构,再利用擦除工具得到结构使用环工具创建环结构,再利用擦除工具得到结构骨架,利用键工具改变键型和多重键的对齐方式,骨架,利用键工具改变键型和多重键的对齐方式,最后用热键方式添加原子标签。最后用热键方式添加原子标签。*要创建的结构利用环工具创建结构骨架*添加双
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