《数量遗传分析》课件.ppt
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1、第六章 数量性状遗传分析本章重点和难点:本章重点和难点:v了解数量性状的主要特征和多基因假说的要点了解数量性状的主要特征和多基因假说的要点v掌握遗传率的概念及计算方法掌握遗传率的概念及计算方法v了解自交和回交的遗传效应了解自交和回交的遗传效应v了解杂种优势的遗传理论了解杂种优势的遗传理论1ppt课件质量性状质量性状彼此差异明显彼此差异明显,呈呈现不连续变异现不连续变异(1)质量性状质量性状(qualitative trait)质量性状在表面上都显示出质量性状在表面上都显示出质质的差别,其后代比较容易符合的差别,其后代比较容易符合遗传学定律遗传学定律质量性状的区别可以用质量性状的区别可以用文字文
2、字来描述来描述一、数量性状的概念及其基本特征一、数量性状的概念及其基本特征第一节第一节 数量性状及其特征数量性状及其特征2ppt课件(2)数量性状数量性状(quantitative trait):所有能够度量的性状所有能够度量的性状统称为数量性状统称为数量性状数量性状是由多基因控制数量性状是由多基因控制的,其表现容易受环境条件的,其表现容易受环境条件的影响的影响数量性状的差异要用数字表数量性状的差异要用数字表示,如身高、体重示,如身高、体重,等,等数量性状彼此间只有数量数量性状彼此间只有数量的差别,没有明显的质的界的差别,没有明显的质的界限,限,表现连续变异表现连续变异数量性状的特征:数量性状
3、的特征:3ppt课件二、数量性状遗传的多基因假说二、数量性状遗传的多基因假说(一一)多基因假说的实验根据多基因假说的实验根据1909年年Nilson-Ehle对小麦和燕麦的籽粒颜色进行对小麦和燕麦的籽粒颜色进行研究发现研究发现white white hulls of wheathulls of wheatRedRed hulls of wheathulls of wheat4ppt课件5ppt课件6ppt课件A complex inheritance pattern could be explained by the segregation and assortment of multiple
4、 genes(published in 1909).7ppt课件8ppt课件9ppt课件小麦籽粒小麦籽粒颜色颜色3对重对重叠基因决叠基因决定时的遗定时的遗传动态传动态10ppt课件这一结果表现的特点:这一结果表现的特点:w小麦和燕麦存在小麦和燕麦存在3对与种皮颜色有关、对与种皮颜色有关、独立分离的基因,及独立分离的基因,及1对对(3:1);2对对(15:1);3对对(63:1)w红色的程度可以进一步划分为:深红色的程度可以进一步划分为:深红、次深红、中红、红、次深红、中红、白色等、白色等w红色深浅的程度与所具有的决定红红色深浅的程度与所具有的决定红色的基因数目有关,而与基因的种色的基因数目有关
5、,而与基因的种类无关类无关11ppt课件(二二)多基因假说的要点多基因假说的要点w1909年年Nilson-Ehle提出多基因假说提出多基因假说(multiple factor hyphothesis)对数量性状对数量性状的遗传进行了解释:的遗传进行了解释:他认为,数量性状是由许多彼此独立的基因他认为,数量性状是由许多彼此独立的基因作用的结果作用的结果,每个基因对性状表现的效果较每个基因对性状表现的效果较微,但其遗传方式仍然服从孟德尔遗传规律微,但其遗传方式仍然服从孟德尔遗传规律12ppt课件多基因假说的要点:多基因假说的要点:数量性状是许多对数量性状是许多对微效基因微效基因或或多基因多基因(
6、polygene)共同作用共同作用的结果的结果多基因的每一对基因对其表型所产生的多基因的每一对基因对其表型所产生的效应微小效应微小微效基因的效应是微效基因的效应是相等相等而且相加,故又可称多基因为而且相加,故又可称多基因为累累加基因加基因微效基因之间往往微效基因之间往往缺乏显性缺乏显性多基因往往有多基因往往有多效性多效性多基因和主效基因一样多基因和主效基因一样处在细胞核的染色体处在细胞核的染色体上,并且具上,并且具有有分离、重组、连锁分离、重组、连锁等性质等性质13ppt课件玉米穗长玉米穗长567891011 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21短穗短穗421 248长穗
7、长穗311 12 15 26 15 1072F1112 12 14 1794F2110 19 26 47 73 68 39 25 1591玉玉米米穗穗长长(cm)的的遗遗传传14ppt课件These children exhibit the range of skin,eye,and hair colors typical of poly-genic inheritance.15ppt课件Trait Pattern of InheritanceABO blood groups Multiple alleles with co-dominanceEye color Polygenic with
8、incomplete dominanceFingerprints Polygenic,influenced by external factorsEar structure Many features polygenic,development related to gender16ppt课件A bell-shaped curve typical of the continuously varying nature of a trait that is the result of poly-genic inheritance.17ppt课件Comparison of Qualitative t
9、raits&Quantitative traitsItemsQualitative traitsQuantitative traitsForm of variationDiscreteContinuousMethod of studyConventional genetic analysisStatistics(Biometrics)Environment-al influenceLittleOften/moreGene contributionA few major genesPoly-minorgenesPopulation concernedSmallLarge18ppt课件第二节第二节
10、 数量性状遗传分析的统计学基础数量性状遗传分析的统计学基础19ppt课件20ppt课件21ppt课件它表示一组资料的集中性,是某一性状全部观它表示一组资料的集中性,是某一性状全部观察数察数(表型值表型值)的平均,通常应用的平均数是算术的平均,通常应用的平均数是算术平均数。可用公式表示:平均数。可用公式表示:一、平均数一、平均数XX=(X1+X2+X3Xn)/n=X/n22ppt课件二、方差和标准差二、方差和标准差方差方差是用以表示一组资料的分散程度;方差的是用以表示一组资料的分散程度;方差的开方即等于开方即等于标准差标准差S2=(xi-x)2/n-1(xi-x)2=(xi2-2 xxi+x2)
11、=xi2-2 x xi+xn x=xi2-(xi)2/nS2=(x-x)2/n=x2-(x)2/n/n-123ppt课件24ppt课件Covariance,Correlation and Regression25ppt课件26ppt课件第三节第三节 数量性状的遗传率数量性状的遗传率1.遗传率的概念遗传率的概念表型方差可以分为遗传方差和环境方差两部表型方差可以分为遗传方差和环境方差两部分,即:分,即:VPVGVE遗传率遗传率(heritability)或称广义遗传力:指遗传或称广义遗传力:指遗传方差在总方差中所占的比值方差在总方差中所占的比值h2=VG/VP=VG/(VG+VE)27ppt课件基
12、因型基因型aaAaAA表型表型101820频率频率0.360.480.16影响长度的一对等位基因A和a在一个群体中的表现a基因的平均效应基因的平均效应a=2*0.36*10+1*0.48*182*0.36+1*0.48=13.2cmA基因的平均效应基因的平均效应A=2*0.16*20+1*0.48*182*0.16+1*0.48=18.8cmA和和a的平均差异:的平均差异:A-a=18.8-13.2=5.6cmA和和a杂合时,杂合时,Aa=18,并不等于,并不等于AA和和aa的平均数,表明有显的平均数,表明有显性效应的存在性效应的存在28ppt课件VG=VA+VDSg2=Sa2+Sd2基因型基
13、因型aaAaAA表型表型101820频率频率0.360.480.16X=fiXi=0.36*10+0.48*18+0.16*20=15.44cm总的遗传方差:总的遗传方差:Sg2=fi(Xi-X)2=0.36*(10-15.44)2+0.48(18-15.44)2+0.16*(20-15.44)2=17.13cm2A和和a等位基因的频率:等位基因的频率:fA=0.161/2=0.40;fa=0.361/2=0.60等位基因的平均方差:等位基因的平均方差:S2=fa(a-x)2+fA(A-x)2=7.525 cm2二倍体生物两个等位基因:二倍体生物两个等位基因:Sa2=2*7.525=15.05
14、cm2加性遗传方差:加性遗传方差:Sd2=Sg2-Sa2=17.13-15.05=2.08cm229ppt课件例如:例如:一对一对等位等位基因基因A、a,它们三个基因型的平均效它们三个基因型的平均效应是:应是:AA(大值亲本大值亲本)m+aAa(AA+aa)/2+d=m+daa(小值亲本小值亲本)m-adAa-aaaaAAO2.广义遗传率的公式和运算广义遗传率的公式和运算中亲值中亲值d=0,无显性无显性d=a或或-a,显性完全显性完全da,超显性超显性0da或或-ad2050)。如玉米、黑麦、白菜型油菜等。如玉米、黑麦、白菜型油菜等。62ppt课件近交使基因纯合。通过近交近交使基因纯合。通过近
15、交(Aa)杂合体在群体中的杂合体在群体中的比例逐渐减少比例逐渐减少二、近交的遗传效应二、近交的遗传效应63ppt课件重组自交系重组自交系(recombination inbred lines,RILs):指通过双亲指通过双亲杂交杂交F1代,经多代自交形成的代,经多代自交形成的遗传基础不同的纯合株系遗传基础不同的纯合株系64ppt课件回交和自交相类似,连续多代回交,将使其后代群回交和自交相类似,连续多代回交,将使其后代群体的基因型逐代趋于纯合。体的基因型逐代趋于纯合。回交与自交在基因型纯合和进度回交与自交在基因型纯合和进度上的区别主要表现在:上的区别主要表现在:回交后代的基因型纯合将严格受回交后
16、代的基因型纯合将严格受其轮回亲本的控制;而杂合体自其轮回亲本的控制;而杂合体自交的纯合基因型却是多种多样的交的纯合基因型却是多种多样的组合方式组合方式近等基因系和重组自交系近等基因系和重组自交系的遗传基础有何不同?的遗传基础有何不同?近等基因系:近等基因系:通过多次回交形通过多次回交形成遗传背景与轮回亲本相似,成遗传背景与轮回亲本相似,仅个别基因型不同的个体仅个别基因型不同的个体65ppt课件自交导致杂种优势衰退自交导致杂种优势衰退(自交衰退自交衰退)66ppt课件67ppt课件纯系学说:纯系学说:wW Johannsen通过菜豆试通过菜豆试验认为验认为:一个纯系内的粒重变异是不一个纯系内的粒
17、重变异是不遗传的,不同纯系间的变异遗传的,不同纯系间的变异至少一部分是遗传的至少一部分是遗传的68ppt课件69ppt课件 纯系学说的主要内容纯系学说的主要内容p认为在认为在自花授粉植物自花授粉植物的的天然混杂群体天然混杂群体中,可以中,可以分离出许多基因型纯合的纯系分离出许多基因型纯合的纯系在一个在一个混杂的群体中选择是有效的;混杂的群体中选择是有效的;在在纯系内继续选择是无效的纯系内继续选择是无效的(群体内个体表现的差异,(群体内个体表现的差异,只是环境的影响,是不遗传的)只是环境的影响,是不遗传的)p纯系学说的主要贡献纯系学说的主要贡献区分了区分了遗传的变异和不遗传的变异遗传的变异和不遗
18、传的变异,指出了选择遗传,指出了选择遗传变异的重要性变异的重要性p对纯系学说的正确理解对纯系学说的正确理解纯系是暂时的,局部的和相对的纯系是暂时的,局部的和相对的纯系的选择无效也是不存在的纯系的选择无效也是不存在的70ppt课件4.近交系数和血缘关系近交系数和血缘关系In 1921,American Geneticist S.Wright.He was still publishing papers at the age of 92.71ppt课件(1)近交系数(近交系数(coefficient of inbreeding F)指一个个体在指一个个体在某基因座上从双亲得到两个等位基因某基因座上
19、从双亲得到两个等位基因的两份拷贝的两份拷贝(遗传上一对纯合基因遗传上一对纯合基因)的概率的概率。近交系。近交系数为数为0-1之间,又称近亲系数之间,又称近亲系数(2)血缘关系血缘关系(亲缘关系亲缘关系)(RXY)指个体间亲缘程度的度量。具有一个或一个以上共指个体间亲缘程度的度量。具有一个或一个以上共同祖先的个体称为亲属,如亲子关系、祖孙关系等。同祖先的个体称为亲属,如亲子关系、祖孙关系等。血缘关系愈大,亲缘关系愈近;血缘关系为血缘关系愈大,亲缘关系愈近;血缘关系为0,则,则无共同祖先无共同祖先72ppt课件ABDS1、通径与通径链、通径与通径链A、B属属原因变量原因变量S、D属属结果变量结果变
20、量 通径系数通径系数(path coefficient):度量原因变量对结果变量直度量原因变量对结果变量直接影响的系数接影响的系数通径链:指原因到结果通径链:指原因到结果各通径的总称,如各通径的总称,如SAD;SBD通径分析计算近交系数和血缘系数通径分析计算近交系数和血缘系数通径通径(path):指单箭头:指单箭头线(线(AS,AD,BS等等73ppt课件RXY=(1/2)n1+n2 设设L n1+n2(随机交配群体的每条通径的通径系数随机交配群体的每条通径的通径系数1/2)RXY=(1/2)LX、Y个体的血缘个体的血缘系数系数两个特定亲属间两个特定亲属间(X、Y)的连接通径链条中的箭的连接通
21、径链条中的箭头数头数ABYX 通径分析定律:通径分析定律:w在随机交配群体中个体世代的一在随机交配群体中个体世代的一条通经系数为条通经系数为1/2 两个两个结果变量间的相关系数结果变量间的相关系数等于连等于连接它们的所有通径链的全部通径系接它们的所有通径链的全部通径系数的乘积数的乘积74ppt课件ABYX例如,计算全同胞间的血缘系数例如,计算全同胞间的血缘系数 RXY=(1/2)2+(1/2)2=1/2YXCD RXY=(1/2)4+(1/2)4=1/8由由XAY和和XBY连接连接X、Y的的两个特定个体,具有共同祖先两个特定个体,具有共同祖先A和祖和祖先先B,A、B无共同祖先,属随机婚配:无共
22、同祖先,属随机婚配:对于堂表兄妹:对于堂表兄妹:XC A D Y;XC B D Y,连接两个特连接两个特定亲属定亲属X、Y间的两条连接通径链间的两条连接通径链中各有中各有4个箭头,所以:个箭头,所以:FX=RSD(双亲血缘系数双亲血缘系数)1/2近交系数计算公式:近交系数计算公式:75ppt课件ABDSCDX计算堂表兄妹婚配的子女计算堂表兄妹婚配的子女(X)的近的近婚(交)系数为婚(交)系数为X个体双亲(个体双亲(S、D)的血缘系数,再乘的血缘系数,再乘1/2FX=RSD1/2=1/81/2 =1/16FX=(1/2)n1+n2+1 =(1/2)NN实际上是实际上是一个连接通径一个连接通径中的
23、个中的个体数目(包括体数目(包括X的双亲在内),的双亲在内),即即N513245FX=(1/2)N=(1/2)5+(1/2)5 =1/32+1/32=1/1676ppt课件兄纯合子 A1A3 A1A4 A2A3 A2A4妹A1A31/16(1/4A1A1+1/2A1A3+1/4A3A3)1/16(1/4A1A1+1/4A1A4+1/4A3A4)1/16(1/4A1A2+1/4A1A3+1/4A2A3+1/4A3A3)1/16(1/4A1A2+1/4A1A4+1/4A2A3+1/4A3A4)2/64A1A1+2/64A3A3A1A41/16(1/4A1A1+1/4A1A3+1/4A1A3+1/4
24、A1A4)1/16(1/4A1A1+1/2A1A4+1/4A4A4)1/16(1/4A1A2+1/4A1A3+1/4A2A4+1/4A3A4)1/16(1/4A1A2+1/4A1A4+1/4A2A4+1/4A4A4)2/64A1A1+2/64A4A4A2A31/16(1/4A1A2+1/4A2A3+1/4A1A3+1/4A3A3)1/16(1/4A1A2+1/4A2A4+1/4A1A3+1/4A3A4)1/16(1/4A2A2+1/2A2A3+1/4A3A3)1/16(1/4A2A2+1/4A2A4+1/4A2A3+1/4A3A4)2/64A1A1+2/64A3A3A2A41/16(1/4A1
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