医学课件数据库查询系列讲座.ppt

1、数据库查询系列讲座主讲：刘春华.外文医学信息检索 MEDLINE数据库.vMEDLINEMEDLINE是美国国立医学图书馆(The National Library of Medicine,简称NLM)生产的国际性综合生物医学信息题录型数据库，是当前国际上最有权威的生物医学文献数据库。内容包括美国美国医学索引医学索引（Index Medicus,IMIndex Medicus,IM）的全部内容和）的全部内容和牙科文献索牙科文献索引引（Index to Dental LiteratureIndex to Dental Literature）、）、国际护理索国际护理索引引（Internationa

2、l Nursing IndexInternational Nursing Index）的部分内容，）的部分内容，涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域。概况.收录范围vMedline数据库收录了1966年以来世界上70多个国家和地区出版的生物医学及其相关学科期刊4000多种，涉及43个语种，其中80%为英文刊物，大多数有英文文摘。该库每月以3万条记录的进度更新，每年增加的文献量约36万条。v该数据库包含四十多种中文(含台湾）医学杂志，如 中华系列杂志等。.一一 数据库的库结构数据库的库结构 MEDLINE光盘数据库的记录由26个字

3、段组成。其中限制性字段11个，常用的有：CP（出版国）、ISSN（国际标准刊号）、LA（语种）、PT(出版物类型）、PY（出版年）。例如：若特指在限制性字段检索文献，输入的检索词必须加以限定。如：English in la 或 la=English；健入一个检索词时，将在所有非限制字段内检索，如果在检索词后加上字段代码，可将检索字段限制在某个字段内。检索式则只能是：Johnson in au.二 MEDLINE光盘的运算符 布尔逻辑运算符 逻辑与（AND)：A AND B 目的：缩小检索范围，提高查准率 逻辑或（OR）：A OR B 目的：扩大检索范围，增加命中文献率 逻辑非（NOT)：A N

4、OT B 目的：缩小检索范围A BABAB.截词符 所谓截词，就是以符号取代检索词中部分字母。有左截断、中间截断和右截断。如：physic*可检出的词汇有：physic,physical,physician,physicians,physicist,physicists.可以看出，截词检索具有“OR”的运算特性。中间截断：m?n；wom?n 左截断：“*mycin”可检出 Garamycin,Karamycin等。目的：用截词符可以解决检索词拼法及单负数形式不同造成的漏检。.位置算符v用于表示检索词间的相邻位置关系。vNEAR：表示检索词在同一句子中，次序可以颠倒。（A NEAR B)vNEA

5、R后加正整数N：表示检索词之间最多可插入N-1个词。(A NEAR6 B)vWITH：表示检索词存在于同一字段中，如：篇名、摘要等，次序可以颠倒。（A WITH B).范围算符v1.时间及内容限定：表示对检索结果进行时间或内容的限定，有“=”、“=”、“”、“=1998”表示检索1998年以来的文献。“PY=2002”表示检索2002年发表的文献。“TA=中华内科学杂志”表示查找刊名为“中华内科学 杂志”上的所有文献。目的：利用范围算符可以缩小检索范围。v2.字段限定：表示将检索限制在某一个字段内。如：高血压 IN 主题词.三三 数据库检索系统数据库检索系统 主要检索界面 启动 WinSpir

6、s软件后，点击start，然后在数据库中选择年份，继续点击OK，系统显示 WinSpirs主要检索屏幕。主要检索屏幕分检索区、检索史区、检出记录区和工具拦。工具拦上的按钮是NEDLINE最常用的检索指令。.选择数据库.WinSpirs主要检索界面主要检索界面菜单栏工具栏检索区检索历史窗口检索结果区.四四 基本操作及检索基本操作及检索 基本检索（1）选择数据库 检索前，需要先确定数据库检索年限，点击“Add”按钮，所选数据库进入空白处，然后再点击“OK”按钮，检索就在所选数据库中进行。.(2)自由词检索v数据库默认的是自由词检索。操作时直接在“search”框内输入检索词或检索式，点击“sear

7、ch”或“回车”，即开始检索。在在Search状态下状态下,检索式可以是以下几种形式检索式可以是以下几种形式:任意的字母或数字，如任意的字母或数字，如:ac,28,etc.任意单词或词组任意单词或词组;如如:cancer,vitamin A 连缀词组连缀词组;如如:liver-neoplasms，lung-disease 词根词根(截词截词):computer*以前的检索式，如以前的检索式，如:#3 逻辑检索式，如逻辑检索式，如:child and nutrition.检索结果检索结果.Thesaurusv检索时，首先点击“Thesaurus”按钮，在输入框中输入检索词后，再点击“Look u

8、p”按钮，出现以该词开始的轮排索引。v双击所选的词或点击“TERM INFORMATION”则出现选定词详解，根据注释、相关参照及树状结构等信息确定所选词是否合适，如果合适再选择“Single Term”进行单个主题词检索，或“Explode”进行该主题及下位词的扩展检索。v最后点击“Search Now”进入副主题词选择界面，从左边的“choose from these subheadings”框中选入到右边的“Use these Subheadings”框中，点击“OK”，即开始检索。.点击.轮排索引点击该词或按钮.注释、相关参照树状结构号.单个主题词，缩小检索范围扩展检索扩大检索范围进入

9、副主题词界面.选择合适的副主题词.索引词表辅助检索v检索时，单击“Index”按钮，在输入框内输入检索词，屏幕显示输入词所在的索引片段，然后选择需要的检索词，最后单击“Search”按钮。也可从Index索引中连续选词，单击“Search”健，系统会将选中的所有词分别检索一遍，最后用“or”把检索结果合并。v用索引词检索首先可以检查词的拼写，其次可以根据索引表查到与输入词词根相同的同义词等。.点击按钮.所有的索引词.输入检索词，点击Search文献记录数频次.五 检索史区.六六 辅助按钮辅助按钮vLimit 进行限制检索。vSuggest 提示规范化的主题词及与该主题词有关 的其它相关词。vR

10、etype 可将其中某个检索式直接粘贴到Search检索框内，以便重新检索或修改后检索，免去重复输词的麻烦。vClear 可删除不必要的检索式。vShow 在检出记录区显示所选检索式的检出结果。.点击“Limit”按钮出现11个限制字段.可供参考的主题词，选择后点击“search”或“explode”.vAll Fields 显示记录的全部字段vFull Screen 全屏显示文献记录vNext Hit 阅读浏览过程中的前进vPrevious HitPrevious Hit 阅览过程中的后退vAdd to Search 在浏览阅读记录时，若对文中的某一词语或某一术语感兴趣，用光标加亮该术语，点

11、击“Add to Search”，则此词会自动进入 Search检索框内，再点击Search指令，系统即对该词进行检索。.七 检索结果的输出 套录（Download)工具条中的DownloadDownload按钮提供套录功能，系统能将检索结果存入软盘。首先点击DownloadDownload按钮，出现套录记录的对话框 Download RecordsDownload Records。在Download Records中可作各种参数设置。.选中要存盘的记录，点击Download.打印（PrintPrint）v工具栏中的Print Print 按钮提供打印功能。但只对最后一次检出的记录进行打印，若

12、要打印前面的检索结果，则必须点击以前的检索式，使其显示，方可进行打印。.八 检索策略 1、分析课题，确定主题词 2 2、用医学主题词表或Thesaurus将概念词 规范化为主题词 3.不能转化为主题词的概念词作为自由词检索；4.将主题词、自由词运用逻辑运算符组合进行 检索，发挥主题词的查准性和自由词的查全 特性。.举例 “呼吸机在慢性阻塞性肺疾病辅助治疗中的应用”（1996-2000）分析：分析：1.慢性阻塞型肺疾病也称慢阻肺，其英文表达形式有：Chronic obstructive pulmonary disease；pulmonary disease,Chronic obstructive

13、；COPD等。MeSH词表中的规范主题词为“lung disease,obstructive”。2.慢性用自由词chronic组配。辅助治疗一般包括治疗和药物治疗，宜选副主题词therapy，drug therapy。3.呼吸机可用ventilators mechanical主题的扩展检索。.网上外文医学信息检索PubMedwww.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed.概况vPubMed是美国国立医学图书馆(NLM)附属国立生物技术 信息中心（NCBI)研制开发的用于检索MEDLINE等数据库的网上检索系统，免费提供医学、护理学、牙科学、兽医学等领域的文献信息。收录了1953年以来的

14、70多个国家，40多个语种，近4600种生物医学期刊的文献，至今已有书目文摘条目1400万余条。.一 PubMed的特点v1.广泛的链接：任何一个界面都有许多链接。（相关资源链接、功能链接、检索结果显示链接等）v2.收录更加广泛：MEDLINE数据库、生命科学方面的期刊论文。v3.更新及时：每周增添新的内容。v4.提供检索词自动转换功能：能够自动实现检索词的匹配与转换。.二 基本检索界面 .1 检索方法v在输入框内输入检索词，点Go按钮或按回车v检索词的输入形式：输入单词或短语或表达式，也可用*及“”如，aspirin；stomach ulcer ligustrazine AND pharma

15、cology asthma Kamada A 或 asthma,Kamada A computer*著者姓名：weng xz、“weng xz”au刊名标题：刊名全称、缩写、ISSN Journal of leukocyte biology、J leukoc biol、0741-5400.1.由于PubMed 具有词汇自动转换匹配功能，对用户的输词要求不十分严格，只要具有实质性意义的词，一般不需要强调该词是关键词、主题词、人名、还是期刊名等。如：检索A.Kamada发表的有关哮喘的文献。在检索框内输入检索词：asthma kamada a2.短语检索：在检索词上加上双引号“”，PubMed将不

16、执行自动转换，而将其作为特定的短语进行检索。“tumor gene therapy”3.如果用字段限定，逻辑运算符一定要大写，缩写字段名置于检索词后的方括号中。检索式：arthritis mh AND 2000:2003 dp 特别提示.2 显示检索结果 PubMed检索结果界面设有不同的选项，可显示特定的记录和记录的不同格式。Display:summary(题录）、abstract(摘 要）等 Show:5-500条题录 Sort：（Author、Journal、Pub Date）排序 Send to:Text(Files、Clipboard、E-mail、Order)存盘或打印 .三 检索

17、功能按钮及其应用方法v1、Limits Limits 点击Limits按钮，即进入Limits界面。可通过浏览选择字段、出版物类型、年龄组、语种、时间范围、研究对象、数据库子集等下拉菜单，根据需要选取有关项目对检索结果进入限定，即可缩小检索范围，提高查准率。v 例如：查找 从1995年1月到2001年12月，PubMed中收录的有关高血压的英语语种的综述性文献。.v2、Preview/IndexPreview/Index：点击该按钮，进入preview/Index界面。v方法A：选择字段，输入检索词，点击需要的逻辑运算符。并以检索式方式出现在上方检索区输入框中。点击 输入框中右侧之“Previ

18、ew”，可显示命中的文献数；点击“go”,将直接显示命中文献记录。还可通过”Detail”按钮查看经过转换后的检索策略 满意 存盘或打印 不满意 重新检索 .逻辑运算符.v方法B：选择字段，输入检索词，通过“Index”功能健进行该 字段检索内容的选择，点击需要的逻辑运算符。.3 其它功能按钮v检索史（History):可查看检索策略和检索结果，包括每次检索的序号、检索式、检索时间及检出文献数目。v剪贴板（Clipboard)：可将一次检索的多个检索结果存放，以便集中下载。最多保存500条记录，保存时间8小时。v检索策略（Detail):点击该健可以详细地了解本次检索的细节，可根据需要进行健所

19、策略的修改、编辑和保存。.检索史.四 Mesh Database（医学主题词浏览器）v点击PubMed主界面左边工具栏中的Mesh Database则进入该界面。v在Mesh Database 的检索框内输入检索词，如“Kidney Cancer”,然后点击Go按钮，系统自动将该词转换为对应的主题词，除了出现规范性主题词“Kidney Neoplasms”外，还提示多个相关入口词的选择，如Kidney ancer,Kidney Cancers等。点击主题词“Kidney Neoplasms”链接，可展开该词的全部副主题词，同样将其“Send to”至Search Box,最后点击“Search

20、 PubMed”获得检索结果。.副主题词.在树状结构中的位置.五 全文的获取v在查到的文献题录中书本带“绿条”的查到免费全文。v在查到的文献题录中书本带“黄绿条”的可在“PMC”（PubMed生物医学期刊）数据库查到免费全文。.原文.六 其它检索功能 （一）临床咨询（Clinical Queries）点击“Clinical Queries”，进入一个专门针对临床医生而设置的检索界面，包括临床咨询和系统性综述两大内容。1.临床咨询提供了与疾病密切相关的限制内容，如治疗、诊断、病因与预后；同时可根据用户需要，强调查全率还是查准率。例如：检索哮喘病因学方面的文献.查准率 2387查全率20358.v

21、2.系统性综述（Systematic ReviewsSystematic Reviews）：在输入框中输入想查的内容，点击“GoGo”即可。这种方法虽然查出的文献量不多，但均为专家评价过的质量高的循证医学文献，与临床密切相关，是临床医师迫切需要的。.135篇.（二）期刊浏览器(Journal Database）v进入该页面，可使用期刊全名，MEDLINE缩写刊名，刊名词、ISSN等进行检索。v首先选择一个期刊，在检索输入框中输入刊名，如JAMA,JAMA,输入后点击“Go”Go”，出现该刊的记录及相关链接。勾选后在“Send toSend to”下拉菜单种选择“Search box with ORSearch box with OR”，然后点击“Send toSend to”,就会出现一个内有检索策略的检索文本框，检查检索式无误后再点击文本框下的“Search PubMedSearch PubMed”，即可查出该刊的文献。.