氨基酸与蛋白质课件.ppt
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- 氨基酸 蛋白质 课件
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1、第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章第二十一章第二十一章 氨基酸氨基酸 蛋白质蛋白质蛋白质存在于所有的生物细胞中,是构成生物体最基本的结构物质和功能物质。蛋白质是生命活动的物质基础,它参与了几乎所有的生命活动过程。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 早在早在18781878年,思格斯就在年,思格斯就在反杜林论反杜林论中指出:中指出:“生命是蛋白体的存在方式,这种存在方式本生命是蛋白体的存在方式,这种存在方式本质上就在于这些蛋白体的化学组成部分的不断质上就在于这些蛋白体的化学组成部分
2、的不断的自我更新。的自我更新。”可以看出,第一,蛋白体是生命的物质基础;可以看出,第一,蛋白体是生命的物质基础;第二,生命是物质运动的特殊形式,是蛋白体第二,生命是物质运动的特殊形式,是蛋白体的存在方式;第三,这种存在方式的本质就是的存在方式;第三,这种存在方式的本质就是蛋白体与其外部自然界不断的新陈代谢。蛋白体与其外部自然界不断的新陈代谢。现代生物化学的实践完全证实并发展了恩格斯现代生物化学的实践完全证实并发展了恩格斯的论断的论断。氨基酸是构成蛋白质的基石。氨基酸是构成蛋白质的基石。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章木瓜蛋白酶(组织蛋
3、白酶)木瓜蛋白酶(组织蛋白酶)第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章20.120.1氨基酸氨基酸20.1.120.1.1氨基酸的结构、分类与命名氨基酸的结构、分类与命名 按氨基与羧基的相对位置:氨基酸、氨基酸、氨基酸等。按烃基结构:链状氨基酸、芳香氨基酸、杂环氨基酸等。RCHNH2COOH氨基酸第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章根据分子中所含氨基和羧基的数目分为中性氨基酸、碱性氨基酸和酸性氨基酸。中性氨基酸:分子中氨基和羧基的数目相等。但氨基的碱性和羧基的酸性不是完全相当的,所以它们
4、并不是真正中性的物质,只能说它们近乎中性。碱性氨基酸:分子中氨基的数目多于羧基时呈现碱性。酸性氨基酸:氨基的数目少于羧基时呈现酸性。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 20 20种氨基酸种氨基酸第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章GGlycineGly 甘氨酸P ProlinePro脯氨酸AAlanineAla 丙氨酸V ValineVal缬氨酸LLeucineLeu 亮氨酸IIsoleuc
5、ineIle异亮氨酸M MethionineMet 蛋氨酸C CysteineCys 半胱氨酸FPhenylalaninePhe 苯丙氨酸 Y TyrosineTyr酪氨酸W TryptophanTrp色氨酸H HistidineHis组氨酸KLysineLys 赖氨酸R ArginineArg 精氨酸QGlutamineGln 谷氨酰胺 N AsparagineAsn 天冬酰胺EGlutamic Acid Glu 谷氨酸D Aspartic Acid Asp 天冬氨酸SSerineSer丝氨酸T ThreonineThr 苏氨酸氨基酸密码第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章
6、第十章第十一章第十二章第十三章第十四章几种重要的不常见氨基酸几种重要的不常见氨基酸 在少数蛋白质中分离出一些不常见的氨基酸,通常称在少数蛋白质中分离出一些不常见的氨基酸,通常称为不常见蛋白质氨基酸。为不常见蛋白质氨基酸。这些氨基酸都是由相应的基本氨基酸衍生而来的。这些氨基酸都是由相应的基本氨基酸衍生而来的。其中重要的有其中重要的有4-4-羟基脯氨酸、羟基脯氨酸、5-5-羟基赖氨酸、羟基赖氨酸、N-N-甲基甲基赖氨酸、和赖氨酸、和3,5-3,5-二碘酪氨酸等。这些不常见蛋白质氨二碘酪氨酸等。这些不常见蛋白质氨基酸的结构如下。基酸的结构如下。NHHOCOOH4-羟基脯氨酸H2NCH2CHCH2CH
7、2CHCOOHOHNH25-羟基赖氨酸NH2CH3NHCH2CHCH2CH2CHCOOH6-N-甲基赖氨酸HOIICH2CHCOOHNH23,5-二碘酪氨酸 第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章甘氨酸:NH2CH2COOH,无手性,其它19种天然氨基酸都有手性,且大多是L型。HCOOHHOCH3HCOOHH2NCH3 L-乳酸 L-丙氨酸 第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章20.1.2 氨基酸的性质氨基酸的性质 除甘氨酸外,氨基酸除甘氨酸外,氨基酸均含有一个手性均含有一个手性-碳碳
8、原子,因此都具有旋原子,因此都具有旋光性光性。比旋光度是氨比旋光度是氨基酸的重要物理常数基酸的重要物理常数之一,是鉴别各种氨之一,是鉴别各种氨基酸的重要依据基酸的重要依据 第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章20.1.2.2,氨基酸的,氨基酸的光吸收光吸收 构成蛋白质的构成蛋白质的2020种氨基种氨基酸在可见光区都没有光酸在可见光区都没有光吸收,但在远紫外区吸收,但在远紫外区(220nm)(97%97%以上);以上);2 2,知道蛋白质的分子量;,知道蛋白质的分子量;3 3,知道蛋白质由几个亚基组成;,知道蛋白质由几个亚基组成;4 4,测
9、定蛋白质的氨基酸组成;并根据,测定蛋白质的氨基酸组成;并根据分子量计算每种氨基酸的个数。分子量计算每种氨基酸的个数。5 5,测定水解液中的氨量,计算酰胺的,测定水解液中的氨量,计算酰胺的含量。含量。1,1,测定蛋白质的一级结构的要求测定蛋白质的一级结构的要求第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章2,测定步骤,测定步骤(1),多肽链的拆分多肽链的拆分。由多条多肽链组成的蛋白质分子,必须先进行拆分。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章2,测定步骤,测定步骤(1),多肽链的拆分多肽链的拆分。
10、几条多肽链借助非共价键连接在一起,几条多肽链借助非共价键连接在一起,称为寡聚蛋白质,如,血红蛋白为四聚称为寡聚蛋白质,如,血红蛋白为四聚体,烯醇化酶为二聚体;可用体,烯醇化酶为二聚体;可用8mol/L8mol/L尿尿素或素或6mol/L6mol/L盐酸胍处理,即可分开多肽盐酸胍处理,即可分开多肽链链(亚基亚基).).第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章2,测定步骤,测定步骤(2),测定蛋白质分子中多肽链的数目测定蛋白质分子中多肽链的数目。通过测定末端氨基酸残基的摩尔数与蛋通过测定末端氨基酸残基的摩尔数与蛋白质分子量之间的关系,即可确定多肽
11、白质分子量之间的关系,即可确定多肽链的数目。链的数目。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章2,测定步骤,测定步骤(3),几条多肽链通过二硫键交联在一起。可几条多肽链通过二硫键交联在一起。可在可用在可用8mol/L8mol/L尿素或尿素或6mol/L6mol/L盐酸胍存在盐酸胍存在下,下,用过量的用过量的-巯基乙醇处理,使二硫巯基乙醇处理,使二硫键还原为巯基,然后用烷基化试剂保护键还原为巯基,然后用烷基化试剂保护生成的巯基,以防止它重新被氧化。生成的巯基,以防止它重新被氧化。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一
12、章第十二章第十三章第十四章2,测定步骤,测定步骤 可以通过加入盐酸胍方法解离多肽链之间的非共价力;应用过甲酸氧化法或巯基还原法拆分多肽链间的二硫键。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章1作用:作用:这些反应可用于巯基的保护这些反应可用于巯基的保护。-OOCCHCH2SHNH3+CH2OCClO-OOCCHCH2SNH3+OCCH2OCH2ClCH2-OOCCHCH2SNH3+ICH2CNH2OCH2CNH2O-OOCCHCH2SNH3+巯基(巯基(-SH-SH)的保护)的保护第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十
13、一章第十二章第十三章第十四章(4)(4)测定测定每条多肽每条多肽链的氨基链的氨基酸组成,酸组成,并计算出并计算出氨基酸成氨基酸成分的分子分的分子比;比;第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章2,测定步骤,测定步骤(5)5)分析多肽链的分析多肽链的N-N-末端和末端和C-C-末端。末端。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 多肽链端基氨基酸分为两类:多肽链端基氨基酸分为两类:N-N-端氨基端氨基酸酸(amino-terminal)(amino-terminal)和和C-C-端氨基酸。端氨
14、基酸。在肽链氨基酸顺序分析中,最重要的是在肽链氨基酸顺序分析中,最重要的是N-N-端氨基酸分析法。端氨基酸分析法。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章Sanger法。2,4-二硝基氟苯在碱性条件下,能够与肽链N-端的游离氨基作用,生成二硝基苯衍生物(DNP)。在酸性条件下水解,得到黄色DNP-氨基酸。该产物能够用乙醚抽提分离。不同的DNP-氨基酸可以用色谱法进行鉴定。O2NFNO2+H2NCHCROHNCHCROO2NNO2H+H2OO2NNO2HNCHCROOH+氨基酸DNFBN-端氨基酸DNP衍生物DNP-氨基酸第一章第二章第三章第四
15、章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章在碱性条件下,丹磺酰氯(二甲氨基萘磺酰氯)可以与在碱性条件下,丹磺酰氯(二甲氨基萘磺酰氯)可以与N-N-端氨端氨基酸的游离氨基作用,得到丹磺酰基酸的游离氨基作用,得到丹磺酰-氨基酸。氨基酸。此法的优点是丹磺酰此法的优点是丹磺酰-氨基酸有很强的荧光性质,检测灵敏度氨基酸有很强的荧光性质,检测灵敏度可以达到可以达到1 1 1010-9-9molmol。N(CH3)2SO2ClH2NCHCROHNCHCROSO2N(CH3)2+水解N(CH3)2SO2HNCHCROOH+氨基酸丹磺酰氯多肽N-端丹磺酰N-端氨基酸丹磺酰氨基酸第一章
16、第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 此法是多肽链C-端氨基酸分析法。多肽与肼在无水条件下加热,C-端氨基酸即从肽链上解离出来,其余的氨基酸则变成肼化物。肼化物能够与苯甲醛缩合成不溶于水的物质而与C-端氨基酸分离。H2NCH CROHNCH CROORnCCHHNOHn-1N-端氨基酸 C-端氨基酸ORnCCHH2NOHH2NCH CRONHNH2+H+NH2NH2氨基酸酰肼C-端氨基酸第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 氨肽酶是一种肽链外切酶,它能从多肽链的氨肽酶是一种肽链外切酶,它能
17、从多肽链的N-N-端逐个的向里水解。端逐个的向里水解。根基不同的反应时间测出酶水解所释放出的根基不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量,按反应时间和氨基酸残氨基酸种类和数量,按反应时间和氨基酸残基释放量作动力学曲线,从而知道蛋白质的基释放量作动力学曲线,从而知道蛋白质的N-N-末端残基顺序。末端残基顺序。最常用的氨肽酶是亮氨酸氨肽酶,水解以亮最常用的氨肽酶是亮氨酸氨肽酶,水解以亮氨酸残基为氨酸残基为N-N-末端的肽键速度最大。末端的肽键速度最大。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 羧肽酶是一种肽链外切酶,它能从多肽链的羧肽酶
18、是一种肽链外切酶,它能从多肽链的C-C-端逐个的水解。根基不同的反应时间测出端逐个的水解。根基不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量,从而酶水解所释放出的氨基酸种类和数量,从而知道蛋白质的知道蛋白质的C-C-末端残基顺序。末端残基顺序。目前常用的羧肽酶有四种:目前常用的羧肽酶有四种:A,B,CA,B,C和和Y Y;A A和和B B来自胰脏;来自胰脏;C C来自柑桔叶;来自柑桔叶;Y Y来自面包酵母。来自面包酵母。羧肽酶羧肽酶A A能水解除能水解除Pro,ArgPro,Arg和和LysLys以外的所有以外的所有C-C-末端氨基酸残基;末端氨基酸残基;B B只能水解只能水解ArgArg
19、和和LysLys为为C-C-末末端残基的肽键。端残基的肽键。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章2,测定步骤,测定步骤(6)6)多肽链断裂成多个肽段,可采用两多肽链断裂成多个肽段,可采用两种或多种不同的断裂方法将多肽样品断种或多种不同的断裂方法将多肽样品断裂成两套或多套肽段或肽碎片,并将其裂成两套或多套肽段或肽碎片,并将其分离开来。分离开来。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 酶解法酶解法:胰蛋白酶胰蛋白酶,糜蛋白酶,胃蛋白酶,嗜热,糜蛋白酶,胃蛋白酶,嗜热菌蛋白酶,羧肽酶和氨肽酶
20、菌蛋白酶,羧肽酶和氨肽酶第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 化学法:化学法:(Cyanogen bromide)溴化氰水解法,它能选择性地切割由甲硫氨酸的羧溴化氰水解法,它能选择性地切割由甲硫氨酸的羧基所形成的肽键。基所形成的肽键。CH3S:CH2CH2CHNHCNHCHCOOR+BrC+NBr-CH3S+CH2CH2CHNHCNHCHCOORCNCH3SCN CH2CHNHCNHCHCOORCH2+H2O+CH2CHNHCOCH2OH3N+CHCOR高丝氨酸内酯第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二
21、章第十三章第十四章2,测定步骤,测定步骤(7)7)测定每个肽段的氨基酸顺序。测定每个肽段的氨基酸顺序。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 EdmanEdman (苯异硫氰酸酯法)(苯异硫氰酸酯法)氨基酸顺序分析法实际氨基酸顺序分析法实际上也是一种上也是一种N-N-端分析法。此法的特点是能够不断重端分析法。此法的特点是能够不断重复循环,将肽链复循环,将肽链N-N-端氨基酸残基逐一进行标记和解端氨基酸残基逐一进行标记和解离。离。NCSNHCHCOR2NCHCOR1HHNHS:CCHCOR1HNNHCHCOR2SNHCNHOCR1CHNH2C
22、HCOR2NCOCHNHSCR1第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章2,一般测定步骤,一般测定步骤(8)(8)确定肽段在多肽链中的次序确定肽段在多肽链中的次序。利用两套或多套肽段的氨基酸顺序利用两套或多套肽段的氨基酸顺序彼此间的交错重叠,拼凑出整条多肽链彼此间的交错重叠,拼凑出整条多肽链的氨基酸顺序。的氨基酸顺序。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章2,一般测定步骤,一般测定步骤(9)(9)确
23、定原多肽链中二硫键的位置确定原多肽链中二硫键的位置。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 一般采用胃蛋白酶处理没有断开二硫键一般采用胃蛋白酶处理没有断开二硫键的多肽链,的多肽链,再利用双向电泳技术分离出各个肽段,再利用双向电泳技术分离出各个肽段,用过甲酸处理后,将每个肽段进行组成用过甲酸处理后,将每个肽段进行组成及顺序分析,及顺序分析,然后同其它方法分析的肽段进行比较,然后同其它方法分析的肽段进行比较,确定二硫键的位置。确定二硫键的位置。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章20.3.
24、2.220.3.2.2、蛋白质的三维结构蛋白质的三维结构 蛋白质的二级蛋白质的二级(Secondary)(Secondary)结构结构是指肽链的主链在空间的排列是指肽链的主链在空间的排列,或规则的几何走向、旋转及折叠。或规则的几何走向、旋转及折叠。它只涉及肽链主链的构象及链内它只涉及肽链主链的构象及链内或链间形成的氢键。或链间形成的氢键。主要有主要有-螺旋、螺旋、-折叠、折叠、-转角。转角。第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章(1 1)-螺旋螺旋 -helix-helix 在在-螺旋中肽平面的键长和键角一定;螺旋中肽平面的键长和键角一定;
25、肽键的原子排列呈反式构型;肽键的原子排列呈反式构型;相邻的肽平面构成两面角;相邻的肽平面构成两面角;CONCN+O-CNCOHC第一章第二章第三章第四章第五章第六章第七章第八章第九章第十章第十一章第十二章第十三章第十四章 多肽链中的各个肽平面围绕多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转,形成螺旋结构,同一轴旋转,形成螺旋结构,螺旋一周,沿轴上升的距离螺旋一周,沿轴上升的距离即螺距为即螺距为0.54nm,0.54nm,含含20.620.6个个氨基酸残基;两个氨基酸之氨基酸残基;两个氨基酸之间的距离为间的距离为0.15nm;0.15nm;肽链内形成氢键,氢键的取肽链内形成氢键,氢键的取向几乎与轴平行,第
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