土壤微生物基因表达的研究课件.ppt
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- 关 键 词:
- 土壤 微生物 基因 表达 研究 课件
- 资源描述:
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1、2009.3.10了解微生物的功能了解微生物与环境的关系有益微生物有用的基因环境指标对微生物种类定性对微生物功能定性对特定的基因定性和定量研究微生物或微生物基因的表达如何受环境调控?收集培养筛选鉴定克隆特定基因(同源序列,表达文库,消减杂交等方法)99%的土壤微生物是不可培养的培养中的土壤微生物功能不完善某些在极端环境生活的微生物原位研究方法以提取土壤DNA和RNA为基础,结合一系列研究方法优点:无需培养,直接反映环境中微生物的状态;所研究是微生物同环境直接的关系缺点:从土壤样品提取DNA和RNA的效率不同处理方法的效果DNA芯片实时定量-PCR稳定同位素探针报告基因基因芯片是将大量靶基因(或
2、基因片段)有序地、高密度地点在玻璃片或硅片或塑料片上等载体上,形成矩阵。将待侧样品用荧光染料标记制备成探针与芯片杂交,杂交信号用激光扫描仪检测,计算机分析检测结果,可获得类似与传统的点杂交的杂交数据,以达到快速、高效、高通量及平行性的分析生物信息的目的。1992年,Affymatrix公司Fodor领导的小组运用半导体照相平板技术,对原位合成制备的DNA芯片作了首次报道,这是世界上第一块基因芯片。1995年,Stanford大学的P.Brown实验室发明了第一块以玻璃为载体的基因微矩阵芯片。标志着基因芯片技术进入了广泛研究和应用的时期高通量微型化自动化低成本高度并行实时荧光定量PCR技术于19
3、96年由美国Applied Biosystems公司推出,由于该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃,而且与常规PCR相比,它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高等特点在实时荧光定量 PCR 反应中,引入了一种荧光化学物质,随着 PCR 反应的进行,PCR 反应产物不断累计,荧光信号强度也等比例增加。每经过一个循环,收集一个荧光强度信号,这样我们就可以通过荧光强度变化监测产物量的变化,从而得到一条荧光扩增曲线。Ct值的含义是:每个反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系荧光染料嵌合法探针法氯化铯密度梯度离心可以检测
4、不同环境下基因的表达通过融合表达,可以对特定基因进行定量分析绿色荧光蛋白(GFP),发现于水母(Aequorea victoria)和海肾(Renilla reniformis)GFP在原核和真核生物中都能表达,不需要底物和协同因子,很容易被检测,即使单个细胞,具有很好的稳定性GFP16S rRNA鉴定微生物功能基因的克隆环境微生物原位方法环境基因组文库RT-PCR培养方法对微生物种类及功能的鉴定对微生物基因表达定性定量分析特定基因表达同环境的关系各种方法和技术培养方法:形态、生理生化指标等,16S rRNA技术原位方法:16S rRNA结合DNA芯片技术16S rRNA是原核生物的一种核糖体
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