分子生物学2课件.ppt
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- 分子生物学 课件
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1、第三部分基因与基因组基因基因(Gene)位于染色体上能编码一条多肽链或位于染色体上能编码一条多肽链或 RNA 并并具有一定长度的具有一定长度的 DNA 分子。分子。原核细胞的基因结构原核细胞的基因结构 编码区编码区启动子启动子转录起转录起始位点始位点非翻译区非翻译区转录区转录区 起始密码子起始密码子终止密码子终止密码子53转录终止子转录终止子核糖体结核糖体结合位点合位点大肠杆菌中不同基因的启动子序列大肠杆菌中不同基因的启动子序列 启动子启动子(Promoter)与与 RNA 聚合酶结合并起始转录的核苷酸序列,由聚合酶结合并起始转录的核苷酸序列,由-10 区区和和-35 区序列构成。区序列构成。
2、-10 Region(Pribnow box)TATAAT77%76%60%61%56%82%-35 RegionTTGACA69%79%61%56%54%54%核糖体结合位点核糖体结合位点(Ribosome Binding Site,RBS)又称又称 SD(Shine-Dalgarno)序列,与核糖体小亚基中序列,与核糖体小亚基中 16S rRNA 的部分序列互补,启动蛋白质的生物合成。的部分序列互补,启动蛋白质的生物合成。mRNA 序列中的序列中的 RBSRBS起始密码子起始密码子 转录终止子转录终止子(transcription terminator)基因下游的一段反向重复序列,经转录后
3、生成的基因下游的一段反向重复序列,经转录后生成的 RNA 产产物物形成形成茎茎-环二级结构,可阻止环二级结构,可阻止 RNA 聚合酶核心酶聚合酶核心酶向下游移向下游移动而动而终止终止转录。转录。操纵子操纵子(operon)结构结构操纵子是原核生物基因转录的功能单位,操纵子是原核生物基因转录的功能单位,由启动子、操纵由启动子、操纵序列和结构基因所构成。序列和结构基因所构成。53外显子外显子剪切内含子的供剪切内含子的供体和受体位点体和受体位点GT AG 内含子内含子转录区转录区 起始密码子起始密码子终止密码子终止密码子调控序列调控序列转录终止子转录终止子非翻译区非翻译区转录起转录起始位点始位点真核
4、细胞的基因结构真核细胞的基因结构 外显子外显子(exon):真核细胞基因的一部分,在剪接后存在于成熟:真核细胞基因的一部分,在剪接后存在于成熟 mRNA 分分子的基因序列。子的基因序列。内含子内含子(intron):真核细胞基因:真核细胞基因中的间插序列,中的间插序列,不出现在成熟不出现在成熟 mRNA 分分子中,在转录后通过加工被切除。子中,在转录后通过加工被切除。53-GCGC-CAAT-TATA-TATA 盒盒CAAT 盒盒GC 盒盒增强子增强子内含子内含子 外显子外显子转录终止子转录终止子结构基因结构基因调控序列调控序列 真核生物启动子与真核生物启动子与基本转录因子基本转录因子及及 R
5、NA 聚合酶结合,起始聚合酶结合,起始 hnRNA 的转录。的转录。TATA 盒盒:又称又称 Goldberg-Hogness 盒盒,转录因子转录因子 TFIID 的的结合位点,启动基因转录。结合位点,启动基因转录。CAAT 盒盒:转录因子:转录因子 CTF 的结合位点,决定启动子的转录效的结合位点,决定启动子的转录效率。率。GC 盒盒:促进转录。:促进转录。增强子增强子(enhancer)一段短的一段短的 DNA 序列,位于真核基因的任何位置,与序列,位于真核基因的任何位置,与特异特异转录因子转录因子结合,增强转录活性。结合,增强转录活性。转录转录终止子终止子(序列序列)AAUAAA当当 R
6、NA pol II 合成合成转录转录终止终止序列后,在终止因子的作用序列后,在终止因子的作用下,下,RNA pol II 脱离脱离 DNA 模板,模板,RNA 合成终止。合成终止。基因组基因组(Genome)生物体或细胞中一套染色体的遗传物质的总生物体或细胞中一套染色体的遗传物质的总和,以全长和,以全长 DNA 的碱基对的碱基对(bp)数目表示。数目表示。病毒基因组的一般特点病毒基因组的一般特点包括包括 DNA 或或 RNA 病毒或者动物、植物及细菌病毒。病毒或者动物、植物及细菌病毒。1.大小相差很大:如乙肝病毒大小相差很大:如乙肝病毒 3.2 kb 编码编码 4 种蛋白,痘种蛋白,痘 状病毒
7、可达状病毒可达 300 kb,编码几百种蛋白。,编码几百种蛋白。2.基因组可以是基因组可以是 DNA,也可由,也可由 RNA 组成,但每种病毒组成,但每种病毒只含只含 1 种核酸分子,种核酸分子,呈呈线形或环形,双链或单链。线形或环形,双链或单链。3.DNA 病毒基因组由连续的病毒基因组由连续的 DNA 分子组成,有的分子组成,有的RNA 病毒是不连续的:如流感病毒基因组由病毒是不连续的:如流感病毒基因组由 8 条条 RNA 单单 链分链分子构成。子构成。4.常见基因重叠现象。常见基因重叠现象。基因基因 A基因基因 B基因基因 CA 和和 B 完全重叠完全重叠,A 和和 C 部分重叠部分重叠病
8、毒基因组大多序列用来编码蛋白。病毒基因组大多序列用来编码蛋白。5.功能密切相关的基因形成一个功能单位或转录单元,可以功能密切相关的基因形成一个功能单位或转录单元,可以转录成合成多个蛋白质的转录成合成多个蛋白质的 mRNA 分子,即多顺反子分子,即多顺反子mRNA。6.除逆转录病毒,都是单倍体。除逆转录病毒,都是单倍体。7.噬菌体的基因都是连续的,而真核细胞病毒常含内含子。噬菌体的基因都是连续的,而真核细胞病毒常含内含子。噬菌体噬菌体(phage)溶菌途径溶菌途径诱导诱导 噬菌体噬菌体 DNA DNA 进入进入大肠杆菌大肠杆菌(E.coli)基因组基因组 DNA 子代子代 DNA DNA 整合到
9、整合到E.coli 基因组基因组E.coli 被裂解被裂解 噬菌体生活史噬菌体生活史溶源途径溶源途径0 10 20 30 40 48.5 kb cos(左粘性末端左粘性末端)cos (右粘性末端右粘性末端)gamJNulRz头头尾尾整合和重组整合和重组DNA 复制复制att裂解裂解左臂区左臂区中心区中心区 噬菌体基因组噬菌体基因组右臂区右臂区逆转录病毒逆转录病毒(Retrovirus)RNA逆转录酶逆转录酶外壳蛋白外壳蛋白逆转录病毒对宿主逆转录病毒对宿主细胞的感染细胞的感染1.环形环形 DNA 分子分子集中分布在集中分布在“拟拟(类类)核核”。2.绝绝大部分大部分 DNA 序列用于编码蛋白质,
10、编码基因不含序列用于编码蛋白质,编码基因不含内含子。内含子。3.重复序列少,除重复序列少,除 rDNA 为为多拷贝外,其它基因为单多拷贝外,其它基因为单拷贝。拷贝。4.功能密切相关的基因形成一个功能单位或转录单元,功能密切相关的基因形成一个功能单位或转录单元,转录成多顺反子转录成多顺反子 mRNA。5.DNA 分子具分子具有有一个复制起点。一个复制起点。原核细胞基因组的一般特点原核细胞基因组的一般特点细菌基因组细菌基因组 DNA大肠杆菌基因组大肠杆菌基因组(4.6 X 106 bp)部分大肠杆菌基因组部分大肠杆菌基因组真核生物基因组的特点真核生物基因组的特点1.基因组基因组 DNA 的分子量大
11、,线形的分子量大,线形 DNA 分子分子与组蛋白结合与组蛋白结合形成染色体,贮存在细胞核中。每个染色体的形成染色体,贮存在细胞核中。每个染色体的 DNA 具有许具有许多多复制起始点。复制起始点。2.真核生物基因占整个基因组的比例很小,基因组中非编真核生物基因占整个基因组的比例很小,基因组中非编码序列远远多于编码序列。码序列远远多于编码序列。3.编码蛋白质的基因常以单拷贝存在,并且转录成合成一编码蛋白质的基因常以单拷贝存在,并且转录成合成一条多肽链的条多肽链的 mRNA 分子,即分子,即单顺反子单顺反子 mRNA。4.真核生物存在大量真核生物存在大量重复序列重复序列,重复序列的长短不一,重,重复
12、序列的长短不一,重复频率不同复频率不同。5.编码基因含有内含子,在编码基因含有内含子,在 mRNA 成熟过程中被切除成熟过程中被切除。人类基因组人类基因组(3 X 109 bp)人类基因组计划人类基因组计划(Human genome project,HGP)测定人类基因组的测定人类基因组的全部核苷酸序列,全部核苷酸序列,破解人类遗传破解人类遗传信息的奥秘。信息的奥秘。Nature,Vol.409,No.6822 15 February 2001Science,Vol.291,No.550716 February 20011.鉴定疾病相关基因。鉴定疾病相关基因。2.促进生命科学领域的基础研究,阐
13、明基因的结构与功促进生命科学领域的基础研究,阐明基因的结构与功能关系,细胞的发育、生长、分化的分子机理,疾病发能关系,细胞的发育、生长、分化的分子机理,疾病发生的机理等。生的机理等。3.有利于理解生物如何进化,以追溯人类多数基因的起源。有利于理解生物如何进化,以追溯人类多数基因的起源。4.促进生命科学与信息科学相结合,刺激相关学科的发促进生命科学与信息科学相结合,刺激相关学科的发展,如展,如生物信息学生物信息学(bioinformatics)。HGP 的意义的意义http:/www.genome.gov/10005107/The ENCODE Project(ENCyclopedia Of D
14、NA Elements),是美国国立,是美国国立人类基因组研究院人类基因组研究院(NHGRI)在在2003年年9月启动的跨国月启动的跨国(包括美国、英国、包括美国、英国、西班牙、新加坡和日本西班牙、新加坡和日本)研究项目。研究项目。解析人类基因组中的所有功能性元件。解析人类基因组中的所有功能性元件。2012年,发表了关于人类基因组功能重要发现的研究报年,发表了关于人类基因组功能重要发现的研究报告,其中包括基因组中某些可能是基因告,其中包括基因组中某些可能是基因“开关开关”的位置,的位置,以及证明基因组中超过以及证明基因组中超过 80%的序列的序列(曾一度被称为曾一度被称为“垃垃坡坡DNA”)都
15、是发挥作用的。都是发挥作用的。解析人类基因组中所有功能性元件。解析人类基因组中所有功能性元件。2012年,发现人类基因组中某些可能是基因年,发现人类基因组中某些可能是基因“开关开关”的位置;证明基因的位置;证明基因组中超过组中超过 80%的序列的序列(曾一度被称为曾一度被称为“垃坡垃坡DNA”)都能发挥作用。都能发挥作用。人类基因组结构特点人类基因组结构特点1.单拷贝序列单拷贝序列(单一序列单一序列)在基因组中只出现一次或很少几次的碱基序列为单一序在基因组中只出现一次或很少几次的碱基序列为单一序列,是结构基因的特点。结构基因编码的蛋白质包括结构列,是结构基因的特点。结构基因编码的蛋白质包括结构
16、蛋白、酶、激素、受体和调节蛋白等。蛋白、酶、激素、受体和调节蛋白等。2.重复多拷贝序列重复多拷贝序列(重复序列重复序列)重复顺序是指在一个基因组中有多个拷贝的碱基顺序。重复顺序是指在一个基因组中有多个拷贝的碱基顺序。(1)高度重复序列高度重复序列 重复片段的长度单位在几个到几百个碱基对之间,重复重复片段的长度单位在几个到几百个碱基对之间,重复频率高达频率高达 106,且集中在某一区域串联排列。,且集中在某一区域串联排列。一般不能编码蛋白质,用于维持染色体的结构、间隔结一般不能编码蛋白质,用于维持染色体的结构、间隔结构基因等。构基因等。卫星卫星 DNA(satellite DNA)重复单元为重复
17、单元为 5-200 bp,重复次数可达,重复次数可达 105 次,位于着丝粒、次,位于着丝粒、端粒部位。端粒部位。小卫星小卫星 DNA(minisatellite DNA)重复单元为重复单元为 15-100 bp,所形成的序列长度为,所形成的序列长度为 1-5 kb,又称可变数目串联重复序列又称可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)。微卫星微卫星 DNA(microsatellite DNA)重复单元为重复单元为 1 6 bp,又称短串联重复序列,又称短串联重复序列(short tandem repeat,STR)。小卫星小卫星 D
18、NA 和微卫星和微卫星 DNA 在基因组中出现的数目及频率在基因组中出现的数目及频率存在个体间的差异存在个体间的差异(多态性多态性),可用于检测,可用于检测 DNA 指纹指纹(DNA finger printing)。(2)中度重复序列中度重复序列 重复长度重复长度300-7000 bp 不等,重复次数在不等,重复次数在 102-105 左右。左右。重复基因:重复基因:组蛋白基因,组蛋白基因,rRNA 基因,基因,tRNA 基因基因 重复序列:重复序列:短分散短分散 DNA 序列序列(短分散元件短分散元件 SINE)长分散长分散 DNA 序列序列(长分散元件长分散元件 LINE)2.多基因家族
19、多基因家族 多基因家族是指由某一祖先基因经过重复和变异所产生的多基因家族是指由某一祖先基因经过重复和变异所产生的一组基因。一组基因。基因家族的不同成员可成簇排列在同一条染色体上,各基基因家族的不同成员可成簇排列在同一条染色体上,各基因之间由重复序列隔开。因之间由重复序列隔开。组蛋白基因家族成簇地集中在第组蛋白基因家族成簇地集中在第7号染色体号染色体 基因家族的不同成员成簇排列在不同的染色体上。基因家族的不同成员成簇排列在不同的染色体上。珠蛋白、免疫球蛋白基因珠蛋白、免疫球蛋白基因组蛋白基因家族组蛋白基因家族rRNA 基因家族基因家族单核苷酸多态性单核苷酸多态性 (Single Nucleoti
20、de Polymorphism,SNP)发生在每个人的基因组发生在每个人的基因组 DNA 中由单个碱基的改变而引起的中由单个碱基的改变而引起的小的遗传变化或变异。小的遗传变化或变异。平均每平均每 1000 bp 有有 1 个个 SNP,可出现在基因的编码区或非,可出现在基因的编码区或非编码区,通常出现在非编码区。编码区,通常出现在非编码区。基因组基因组(bp)基因数基因数(个个)人人(Homo sapiens)3 X 10930,000小鼠小鼠(M.musculus)2.6 X 10930,000线虫线虫(C.elegans)9.7 X 10719,000果蝇果蝇(D.melanogaster
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