GenBank数据库检索及其应用课件.ppt

1、重庆医科大学图书馆重庆医科大学图书馆简介简介 数据库是由美国国立生物技术信息中心（）维护的一级核酸序列数据库。数据库的数据来源有三种：数据库的数据来源有三种：、直接来源于测序工作者提交的序列；、直接来源于测序工作者提交的序列；、与其它数据机构协作交换的数据；、与其它数据机构协作交换的数据；、美国专利局提供的专利数据。、美国专利局提供的专利数据。网站网址：网站网址：、的检索结果是序列及其注释信息；、的检索结果是序列及其注释信息；的检索结果是与序列数据相关的文献信息。的检索结果是与序列数据相关的文献信息。、数据更新早于，数据库的检全率高于。、数据更新早于，数据库的检全率高于。、可对序列数据进行限制

2、检索，而只能对文献、杂志、可对序列数据进行限制检索，而只能对文献、杂志、作者等进行限制检索，因而数据库的检准率也高于。作者等进行限制检索，因而数据库的检准率也高于。检索界面检索界面简介简介基本检索输入框基本检索界面：基本检索界面：执行检索按钮基本检索输入框基本检索界面：基本检索界面：点击进入跨库检索跨库检索界面：跨库检索界面：执行检索按钮跨库检索界面：跨库检索界面：点击进入数据库数据库界面：数据库界面：数据库界面：数据库界面：点击进入核苷酸序列数据库检索界面数据库界面：数据库界面：特征栏提供辅助检索功能核苷酸序列数据库检索界面：核苷酸序列数据库检索界面：核苷酸序列数据库检索界面：核苷酸序列数据

3、库检索界面：简介简介检索界面检索界面基本检索功能基本检索功能（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（二）特殊标志符检索（二）特殊标志符检索（五）范围检索（五）范围检索（三）序列长度检索（三）序列长度检索（四）分子重量检索（四）分子重量检索简介简介检索界面检索界面基本检索功能基本检索功能（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算、基因名称的检索限定词：、基因名称的检索限定词：、生物体名称的检索限定词：、生物体名称的检索限定词：、作者姓名的检索限定词：、作者姓名的检索限定词：简介简介检索界面检索界面基本

4、检索功能基本检索功能（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（二）特殊标志符检索（二）特殊标志符检索l、序列接受号：、序列接受号：l ()个字母个阿拉伯数字个字母个阿拉伯数字l .：l ()个字母个阿拉伯数字个字母个阿拉伯数字l .：，：，l、序列辨认号（）：一串阿拉伯数字、序列辨认号（）：一串阿拉伯数字l .：（）（）记录（记录（*）:（）基因组重叠群（）基因组重叠群（*）:（）完整的基因组或染色体（）完整的基因组或染色体（*）:（）基因组的局部区域（）基因组的局部区域（*）:（）从人类基因组序列注释、加工得到的序列模型记录（，（）从人类基因组

5、序列注释、加工得到的序列模型记录（，*）：）：特殊标志符的格式（核酸序列）：特殊标志符的格式（核酸序列）：、（、（）序列接受号）序列接受号:、序列接受号：个阿拉伯数字个字母序列接受号：个阿拉伯数字个字母 .：序列接受号的检索限定词为序列接受号的检索限定词为 简介简介检索界面检索界面基本检索功能基本检索功能（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（二）特殊标志符检索（二）特殊标志符检索（三）序列长度检索（三）序列长度检索序列长度的检索限定词：序列长度的检索限定词：简介简介检索界面检索界面基本检索功能基本检索功能（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻

6、辑运算（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（二）特殊标志符检索（二）特殊标志符检索（三）序列长度检索（三）序列长度检索（四）分子重量检索（四）分子重量检索分子重量的检索限定词：分子重量的检索限定词：简介简介检索界面检索界面基本检索功能基本检索功能（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算（二）特殊标志符检索（二）特殊标志符检索（五）范围检索（五）范围检索（三）序列长度检索（三）序列长度检索（四）分子重量检索（四）分子重量检索l、序列接受号范围检索：、序列接受号范围检索：l l、序列长度范围检索：、序列长度范围检索：l ：l、分子重量范围检索

7、：、分子重量范围检索：l ：l、日期范围检索：、日期范围检索：l ：简介简介检索界面检索界面基本检索功能基本检索功能特征栏辅助检索特征栏辅助检索限制检索（）限制检索（）预检索索引检索（）预检索索引检索（）检索史管理（）检索史管理（）剪贴板管理（）剪贴板管理（）详细匹配过程（）详细匹配过程（）限制检索限制检索预检索索引检索预检索索引检索检索史管理检索史管理剪贴板管理剪贴板管理详细匹配过程详细匹配过程简介简介检索界面检索界面基本检索功能基本检索功能特征栏辅助检索特征栏辅助检索限制检索（）限制检索（）限制检索界面：限制检索界面：限制检索界面：限制检索界面：l:表达序列标记数据库表达序列标记数据库l:

8、基因组测序序列数据基因组测序序列数据库库l:包含所有未被以上两包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷个子数据库收录的核苷酸序列酸序列核苷酸序列数据库检索界面：核苷酸序列数据库检索界面：核苷酸序列数据库检索界面：核苷酸序列数据库检索界面：限制检索界面：限制检索界面：限制检索界面：限制检索界面：检索结果显示界面：检索结果显示界面：限制检索范围限制检索（）：限制检索（）：限制检索范围排除某种类型的序列限制分子类型限制分子类型 限制基因位点 限制基因位点限制序列片段的显示限制序列片段的显示限制数据来源限制数据来源限制数据修订日期限制数据修订日期简介简介检索入口检索入口基本检索功能基本检索功能特征栏辅助

9、检索特征栏辅助检索限制检索（）限制检索（）预检索索引检索（）预检索索引检索（）预检索索引检索界面：预检索索引检索界面：索引检索输入框索引检索按钮索引检索按钮序列特性关键词索引序列特性关键词索引简介简介检索界面检索界面基本检索功能基本检索功能特征栏辅助检索特征栏辅助检索限制检索（）限制检索（）预检索索引检索（）预检索索引检索（）检索史管理（）检索史管理（）剪贴板管理（）剪贴板管理（）详细匹配过程（）详细匹配过程（）简介简介检索入口检索入口基本检索功能基本检索功能特征栏辅助检索特征栏辅助检索检索结果的显示检索结果的显示检索结果显示界面：检索结果显示界面：选择检索结果的显示格式选择检索结果的显示格式

10、选择检索结果的显示格式摘要格式：摘要格式：联接 格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：格式：关键词关键词解解 释释关键词关键词解解 释释生物学特性无法用特性表生物学特性无法用特性表关键词描述的序列关键词描述的序列转录起始区转录起始区序列特性无法用特性表关序列特性无法用特性表关键词描述的序列键词描述的序列真核启动子上游的盒真核启动子上游的盒,与与结合相关结合相关同一序列在不同的研究中同一序列在不同的研究中在位点或区域上有差异在位点或区域上有差异真核启动子的盒真核启动子的盒序列不能确定的区域序列不能确定的区域原核启动子中的框原核启动子中的框该序列

11、对以前的版本做过该序列对以前的版本做过修订修订原核启动子的盒原核启动子的盒包含稳定突变的序列包含稳定突变的序列真核启动子的盒真核启动子的盒修饰过的核苷酸修饰过的核苷酸核糖体结合位点核糖体结合位点已识别为基因或已命名的已识别为基因或已命名的序列区域序列区域转录本的剪切识别位点转录本的剪切识别位点无法用信号特性关键词描无法用信号特性关键词描述的信号序列述的信号序列增强子增强子关键词关键词解解 释释关键词关键词解解 释释与转录终止有关的序列与转录终止有关的序列蛋白质编码序列蛋白质编码序列转录终止序列转录终止序列编码信号肽的序列编码信号肽的序列双链复制起始区双链复制起始区转运蛋白编码序列转运蛋白编码序

12、列无法用关键词描述的转无法用关键词描述的转录物或产物录物或产物编码成熟肽的序列编码成熟肽的序列初始转录本初始转录本内含子内含子前体前体转录本的多聚腺苷酸化转录本的多聚腺苷酸化位点位点信使信使核糖体核糖体前体转录本中被剪切掉前体转录本中被剪切掉的的端序列端序列转运转运 前体转录本中被剪切掉前体转录本中被剪切掉的的端序列端序列小细胞质小细胞质非翻译区非翻译区小核小核非翻译区非翻译区外显子外显子加工和修饰的小核加工和修饰的小核关键词关键词解解 释释关键词关键词解解 释释单个的重复元件单个的重复元件免疫相关蛋白上的不变区免疫相关蛋白上的不变区长末端重复序列长末端重复序列免疫球蛋白重链的可变区，免疫球蛋

13、白重链的可变区，细胞受体细胞受体链链卫星重复序列卫星重复序列 免疫球蛋白重链、轻链以及免疫球蛋白重链、轻链以及细胞细胞、的结合链的结合链无法描述的核酸序列无法描述的核酸序列结合位点结合位点 插入重排免疫球蛋白片段间插入重排免疫球蛋白片段间的核苷酸的核苷酸复制、转录的引物结复制、转录的引物结合位点合位点 免疫球蛋白重链的开关区免疫球蛋白重链的开关区蛋白质结合区蛋白质结合区 编码免疫球蛋白的可变区末编码免疫球蛋白的可变区末端的序列端的序列测序标签位点测序标签位点 编码免疫球蛋白的可变区的编码免疫球蛋白的可变区的序列序列无法用重组特性关键无法用重组特性关键词描述的重组事件词描述的重组事件基因组中所包

14、含的重复序列基因组中所包含的重复序列通过重组所消除的通过重组所消除的关键词关键词解解 释释关键词关键词解解 释释无法用结构关键词描述的核无法用结构关键词描述的核酸序列高级结构或构型酸序列高级结构或构型发夹结构发夹结构线粒体中中的取代环线粒体中中的取代环记录中特性表中的限定词记录中特性表中的限定词:限定词限定词含含 义义限定词限定词含含 义义给定基因的等位基因给定基因的等位基因相对于序列第一个碱基，相对于序列第一个碱基，编码序列密码子的偏移量编码序列密码子的偏移量嵌合范围嵌合范围样本的来源国样本的来源国获得序列的细胞类型获得序列的细胞类型其他数据库信息的交叉索其他数据库信息的交叉索引号引号已被引

15、用的参考文献数已被引用的参考文献数复制方向复制方向获得序列的克隆文库获得序列的克隆文库序列直接从环境材料中获序列直接从环境材料中获得而没有指明来源物种得而没有指明来源物种限定词限定词含含 义义限定词限定词含含 义义指明序列未按通常的生物指明序列未按通常的生物学规律翻译，如编辑学规律翻译，如编辑描述的反应条件描述的反应条件在种群中发生变异的频率在种群中发生变异的频率获得序列的群体变异种获得序列的群体变异种名称名称如果序列是并来源于免疫如果序列是并来源于免疫球蛋白家族，则表示该序球蛋白家族，则表示该序列来源于未重排列来源于未重排序列编码产物的名称序列编码产物的名称序列来源于某种插入元件序列来源于某

16、种插入元件反义密码子的位置及它反义密码子的位置及它所编码的氨基酸所编码的氨基酸序列来源的生物个体序列来源的生物个体获得序列的细胞系获得序列的细胞系为扩增序列来源物种所用为扩增序列来源物种所用的实验室宿主的实验室宿主获得序列的染色体获得序列的染色体指明来源于染色体分化的指明来源于染色体分化的大核期大核期获得序列的克隆子获得序列的克隆子评论及附加信息评论及附加信息指出与参考密码子不同指出与参考密码子不同的密码子的密码子获得序列的细胞器获得序列的细胞器序列产物的酶学编号序列产物的酶学编号限定词限定词含含 义义限定词限定词含含 义义区分内含子剪切位点和区分内含子剪切位点和“”剪切位点剪切位点相关特性在

17、基因图谱上的相关特性在基因图谱上的位置位置所获序列植物的栽培变种所获序列植物的栽培变种被修饰碱基的简写被修饰碱基的简写序列来源于某种生物的特序列来源于某种生物的特定发育阶段定发育阶段从从注明遗传元件的顺注明遗传元件的顺序序序列特性来源于实验还是序列特性来源于实验还是推理推理提供测序用遗传物质的物提供测序用遗传物质的物种的科学名称种的科学名称指出在记录中的来源特性指出在记录中的来源特性在其他物种中还有不同的在其他物种中还有不同的来源特性来源特性序列特性所导致的表型序列特性所导致的表型序列所代表的功能序列所代表的功能获得序列的质粒名称获得序列的质粒名称序列来源于某种物种的单序列来源于某种物种的单倍

18、体倍体蛋白质的检索号蛋白质的检索号描述序列来源物种的生理、描述序列来源物种的生理、环境和地理信息环境和地理信息整合在基因组中的前病毒整合在基因组中的前病毒序列特性的俗名序列特性的俗名如果序列是并来源于免疫如果序列是并来源于免疫球蛋白家族，则表示该序球蛋白家族，则表示该序列来源于重排列来源于重排限定词限定词含含 义义限定词限定词含含 义义重复序列重复序列转座子转座子指明重复区域的重复元件构指明重复区域的重复元件构成成获得序列的生物变种获得序列的生物变种同一物种的不同血清学特征同一物种的不同血清学特征假基因假基因获得序列的物种性别获得序列的物种性别表明特性间的间隔序表明特性间的间隔序列已被替换列已

19、被替换指明来源物种保存于什么地指明来源物种保存于什么地方方重复序列的组织方式重复序列的组织方式获得序列的菌珠获得序列的菌珠获得序列的分子类型获得序列的分子类型获得序列的来源物种的亚种获得序列的来源物种的亚种同一原核生物的血清同一原核生物的血清学特征学特征获得序列组织库获得序列组织库 获得序列的天然宿主获得序列的天然宿主指明物种的来源特性是否是指明物种的来源特性是否是转基因受体转基因受体特性的通用名称特性的通用名称标明序列中未按指定密码子标明序列中未按指定密码子表翻译的氨基酸的位置表翻译的氨基酸的位置获得序列的亚克隆获得序列的亚克隆限定词限定词含含 义义限定词限定词含含 义义获得序列的来源微生物亚种获得序列的来源微生物亚种获得序列组织类型获得序列组织类型按通用或指定的密码子表翻按通用或指定的密码子表翻译的氨基酸序列译的氨基酸序列描述在翻译中与通用密码表描述在翻译中与通用密码表不同的密码表不同的密码表表明该特性在其他检索中也表明该特性在其他检索中也被使用被使用病毒颗粒病毒颗粒格式：格式：图解显示：图解显示：图解显示：图解显示：多态性碱基序列修订记录：序列修订记录：序列修订记录：序列修订记录：序列修订记录：序列修订记录：序列修订记录：序列修订记录：