DNA生物合成课件讲义.ppt
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- DNA 生物 合成 课件 讲义
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1、核酸的生物合成核酸的生物合成青岛农业大学生命科学学院青岛农业大学生命科学学院生物化学与分子生物学教研室生物化学与分子生物学教研室l复制的方式复制的方式半保留复制半保留复制(semi-conservative replication)l复制的高保真性复制的高保真性(high fidelity)l双向复制双向复制(bidirectional replication)l半不连续复制半不连续复制(semi-discontinuous replication)一一.DNA的半保留复制的半保留复制 复制时复制时,每一条每一条DNA链在新链合成中充当模板,链在新链合成中充当模板,按碱基配对方式形成两个新的按
2、碱基配对方式形成两个新的DNA分子,每个分分子,每个分子都含有一条新链和一条旧链,这种复制方式即子都含有一条新链和一条旧链,这种复制方式即半保留复制半保留复制(semiconservative replication)。Watson和和Crick开创性的论文,对开创性的论文,对DNA双螺旋的双螺旋的描述以这样一段陈述结尾:描述以这样一段陈述结尾:“不出我们的意料,不出我们的意料,我们所假设的特异性配对立即提示一种遗传物质我们所假设的特异性配对立即提示一种遗传物质可能的复制机制。可能的复制机制。”半保留复制半保留复制亲亲代代第第一一代代第第二二代代半保留复制的实验证据半保留复制的实验证据 195
3、8年年Meselson和和Stahl用同位素用同位素15N标标记大肠杆菌记大肠杆菌DNA,首,首先证明了先证明了DNA的半保的半保留复制。留复制。重重轻轻杂和杂和 DNA杂和杂和 DNA新链新链旧链旧链DNA的半保留复制的半保留复制表明表明DNA在代谢上在代谢上的稳定性,的稳定性,保证亲保证亲代的遗传信息稳定代的遗传信息稳定地传递给后代。地传递给后代。(但(但DNA在代谢上的在代谢上的稳定性并非指稳定性并非指DNA是是一种惰性物质。)一种惰性物质。)二二.复制的起点和方向复制的起点和方向 复制是一个高度协调的过程,母链解链和复复制是一个高度协调的过程,母链解链和复制同时进行。制同时进行。(一)
4、概念(一)概念 复制子复制子(replicon):基因组能独立进行复制的单基因组能独立进行复制的单位。位。起点起点(origin):控制复制起始,是含有控制复制起始,是含有100200个碱基对的一段个碱基对的一段DNA。细胞内存在着能识别起。细胞内存在着能识别起点的特殊蛋白质点的特殊蛋白质(大肠杆菌中称为大肠杆菌中称为Dna A蛋白蛋白)。终点终点(terminus):终止复制的序列位点终止复制的序列位点.复制叉复制叉(replication fork):复制开始后由于复制开始后由于DNA双链解开,在两股单链上进行复制,形成在显双链解开,在两股单链上进行复制,形成在显微镜下可看到的叉状结构。微
5、镜下可看到的叉状结构。原核生物复制时,原核生物复制时,DNA从从起始点起始点(origin)向两个方向解链,形成两个延向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为伸方向相反的复制叉,称为双向复制双向复制。复制中的放射自显影图象复制中的放射自显影图象A.环状双链环状双链DNA及复制起始点及复制起始点B.复制中的两个复制叉复制中的两个复制叉C.复制接近终止点复制接近终止点(termination,ter)oriterA B C真核生物每个染色体有多个起始真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制。点,是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个
6、距离定为一个复制子复制子(replicon)。复制。复制子是独立完成复制的功能单位。子是独立完成复制的功能单位。53oriorioriori535533553复制子复制子3原核生物:只有一个复制子原核生物:只有一个复制子真核生物:多个复制子,多个起点,形成多个真核生物:多个复制子,多个起点,形成多个 “复制眼复制眼”或或“复制泡复制泡”(二)起始点和方向(二)起始点和方向 1.原核生物和真核生物复制都是在原核生物和真核生物复制都是在DNA分子分子特定的位置起始的,如大肠杆菌起始点有固定的特定的位置起始的,如大肠杆菌起始点有固定的保守顺序保守顺序GATC和和TTATCCACA,多次出现,可,多次
7、出现,可被酶识别。被酶识别。2.方向:大多是双向、对称复制方向:大多是双向、对称复制,也有单向或也有单向或不对称的。不对称的。3.速度:速度:原核生物复制叉移动快原核生物复制叉移动快(约约105bp/min);真核生物复制叉移动慢真核生物复制叉移动慢 (约约51025103bp/min)双向复制双向复制复制叉复制叉起点起点起点起点单向复制单向复制三三.原核细胞原核细胞DNA的复制的复制(DNA指导下的指导下的DNA合成合成)(一)(一)DNA聚合酶聚合酶(DNA polymerase,DNA-pol)lDNA聚合酶是一种催化依赖模板的由脱氧核苷聚合酶是一种催化依赖模板的由脱氧核苷三磷酸前体合成
8、三磷酸前体合成DNA的酶。的酶。l1956 年年 Arthur kornberg 等首先从大肠杆菌等首先从大肠杆菌中发现中发现DNA聚合酶,其后在广泛不同的生物中都聚合酶,其后在广泛不同的生物中都找到有这种酶。找到有这种酶。DNA聚合酶的反应特点:聚合酶的反应特点:4 4种种dNTP底物:底物:(dATP dGTP dCTP dTTP);接受模板指导接受模板指导:解开成单链的解开成单链的DNA母链;母链;需引物提供需引物提供3-OH;新链生长方向:新链生长方向:53;产物产物DNA性质性质与模板相同。与模板相同。此外此外,DNA复制过程中还需其它酶和蛋白质因子复制过程中还需其它酶和蛋白质因子.
9、模板模板DNA链链引引 物物新加入的新加入的dNTP脱氧核糖脱氧核糖亲核攻击亲核攻击53生长的生长的DNA链链*引物引物(primer)是一和模板链互补的线性片段是一和模板链互补的线性片段,其上带有其上带有能与核苷酸相结合的游离能与核苷酸相结合的游离3-OH.引物通常是寡聚引物通常是寡聚RNA.Arthur Kornberg Won the 1959 Nobel Prize in Medicine for his discovery of the mechanism in the biological synthesis of deoxyribonucleic acid(before Wats
10、on and Crick won theirs!)(一)原核生物的(一)原核生物的DNA聚合酶聚合酶DNA-pol DNA-pol DNA-pol 功能功能:对复制中的错误进行校读,对复制和对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。修复中出现的空隙进行填补。DNA-pol (109kD)323个氨基酸个氨基酸小片段小片段5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性大片段大片段/Klenow 片段片段 604个氨基酸个氨基酸DNA聚合酶活性聚合酶活性 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性N 端端C 端端木瓜蛋白酶木瓜蛋白酶DNA-pol Klenow片段是实验室合成片段是实验室合成DNA,进行,
11、进行分子生物学研究中常用的工具酶。分子生物学研究中常用的工具酶。DNA-pol(120kD)DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活。基因发生突变,细菌依然能存活。它参与它参与DNA损伤的应急状态修复。损伤的应急状态修复。功能功能是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。DNA-pol (250kD)DNA 聚合酶聚合酶 pol pol pol 亚基数目亚基数目 1 7 105 3 聚合酶活性聚合酶活性 +3 5 外切酶活性外切酶活性 +5 3 外切酶活性外切酶活性 +-聚合速度聚合速度(核苷酸核苷酸/分分)1 000-1 200 2 400 15
12、 000-60 000 持续合成能力持续合成能力 3-200 1 500 500 000功能功能 切除引物切除引物,修复修复 修复修复 复制复制表表 大肠杆菌大肠杆菌3种种DNA聚合酶性质比较聚合酶性质比较(二)真核生物的(二)真核生物的DNADNA聚合酶聚合酶DNA-pol 起始引发,有引物酶活性。起始引发,有引物酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。参与低保真度的复制参与低保真度的复制 。在复制过程中起校读、修复和填补缺在复制过程中起校读、修复和填补缺口的作用。口的作用。在在线粒体线粒体DNA复制中起催化作用。复制中起催化作用。DNA-pol DNA-
13、pol DNA-pol DNA-pol 填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA复复制制低保低保真度真度的复的复制制起始引起始引发,引发,引物酶活物酶活性性功能功能+-3 5 核酸外切核酸外切酶活性酶活性高高高高高高?中中5 3 聚合活性聚合活性25.512.514.04.016.5分子量(分子量(kD)DNA-pol填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA复复制制低保低保真度真度的复的复制制起始引起始引发,
14、引发,引物酶活物酶活性性功能功能+-3 5 核酸外切核酸外切酶活性酶活性高高高高高高?中中5 3 聚合活性聚合活性25.512.514.04.016.5分子量(分子量(kD)DNA-pol四、复制中的分子解链及四、复制中的分子解链及DNA 分子分子拓扑学变化拓扑学变化 DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把DNA解成单链,它才能起模板作用。解成单链,它才能起模板作用。(一)解螺旋酶、引物酶和单链(一)解螺旋酶、引物酶和单链DNA结合蛋白结合蛋白理顺理顺DNA链链拓扑异构酶拓扑异构酶(gyrA,B)稳定已解开的单链稳定已解开的单链单链单链DNA结合蛋白结合蛋白SS
15、B催化催化RNA引物生成引物生成引物酶引物酶DnaG(dnaG)运送和协同运送和协同DnaBDnaC(dnaC)解开解开DNA双链双链解螺旋酶解螺旋酶DnaB(dnaB)辨认起始点辨认起始点DnaA(dnaA)蛋白质(基因)蛋白质(基因)通用名通用名功能功能原核生物复制起始的相关蛋白质原核生物复制起始的相关蛋白质 解螺旋酶解螺旋酶(helicase)利用利用ATP供能,作用于氢键,使供能,作用于氢键,使DNA双链双链解开成为两条单链解开成为两条单链 引物酶引物酶(primase)复制起始时催化生成复制起始时催化生成RNA引物的酶引物的酶 单链单链DNA结合蛋白结合蛋白(single stran
16、ded DNA binding protein,SSB)在复制中维持模板处于单链状态并保护单在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整链的完整 1010 8 8 局部解链后局部解链后(二)(二)DNA拓扑异构酶拓扑异构酶(DNA topoisomerase)拓扑异构酶作用特点拓扑异构酶作用特点既能水解既能水解 、又能连接磷酸二酯键、又能连接磷酸二酯键 拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶分分 类类拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,闭切口,DNA变为松弛状态变为松弛状态。反应反应不需不需A
17、TP。拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA分子分子两股两股链,断端通过链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。切口旋转使超螺旋松弛。利用利用ATP供能,连接断端,供能,连接断端,DNA分子进入负超螺旋状态。分子进入负超螺旋状态。作用机制作用机制 五、五、DNA连接酶连接酶连接连接DNA链链3-OH末端和相邻末端和相邻DNA链链5-P末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的邻的DNA链连接成一条完整的链。链连接成一条完整的链。DNA连接酶连接酶(DNA ligase)作用方式作用方式POO-O-OHO5POO-O-O335DNA连接酶连接酶ATPADP5353
18、目目 录录DNA连接酶在复制中起最后接合缺口的连接酶在复制中起最后接合缺口的作用。作用。在在DNA修复、重组及剪接中也起缝合缺修复、重组及剪接中也起缝合缺口作用。口作用。也是基因工程的重要工具酶之一。也是基因工程的重要工具酶之一。功能功能1、冈崎片段和半不连续复制、冈崎片段和半不连续复制 (1)冈崎片段)冈崎片段(Okazaki fragment):在不连续的后随链在不连续的后随链DNA合成中形成的合成中形成的DNA短片段短片段,在原核生物有,在原核生物有10002000核苷酸,核苷酸,真核生物约真核生物约100200核苷酸。核苷酸。1968年冈崎发现。年冈崎发现。(二)双链(二)双链DNA复
19、制的分子机制复制的分子机制(2)DNA的半不连续复制的半不连续复制(semidiscontinuous replication):DNA双链复制时,一条链是连续合成的双链复制时,一条链是连续合成的(前导链前导链,leading strand),另一条链是不连续合成另一条链是不连续合成的的(滞后链或后随链滞后链或后随链,lagging strand),这种前导链这种前导链的连续复制和后随链的不连续复制方式称的连续复制和后随链的不连续复制方式称DNA的半不连续复制。的半不连续复制。3 5 3 5 3 5 3 5 解链方向解链方向领头链领头链(leading strand)后随链后随链(laggin
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