第二章药物设计的基本原理和方法课件.ppt
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1、第二章 药物设计的基本原理和方法Basic Principles of Drug Design 新药创制新药创制引言引言(IntroductionIntroduction)设计和发现新药为创制新药提供基础研究是药物设计和发现新药为创制新药提供基础研究是药物化学的根本任务化学的根本任务药物分子设计药物分子设计(Molecular drug designMolecular drug design)l药物分子设计是指通过科学的构思和理论的规划,构建具有预期药理活性的新化学实体(new chemistry entities,NCE)的分子操作。新药分子设计的四要素新药分子设计的四要素 l(一)药物作用
2、靶点的确定l(二)活性评价系统的建立l(三)先导化合物的发现l(四)先导化合物的优化 药物化学内容药物化学内容药理学范畴药理学范畴17 MARCH 2000 VOL 287 SCIENCE,1960治疗药物的作用靶点治疗药物的作用靶点治疗药物的作用靶点总数治疗药物的作用靶点总数483483药 物 靶 点l据估计人类基因组计划为我们提供了大量潜在据估计人类基因组计划为我们提供了大量潜在的的蛋白质药物靶标,其中蛋白质药物靶标,其中至少有至少有1万个万个可以作可以作为寻找新药的靶标。为寻找新药的靶标。当导致疾病的病理过程中由某当导致疾病的病理过程中由某个环节或靶点被抑制或切断,即达个环节或靶点被抑制
3、或切断,即达到治疗的目的。所以靶点的选择是到治疗的目的。所以靶点的选择是新药的起点。但如何利用分子生物新药的起点。但如何利用分子生物学来发现诸如酶和受体等新靶点,学来发现诸如酶和受体等新靶点,就显得十分重要。就显得十分重要。药物设计方法l以受体为靶点,可分别设计受体的激动剂以受体为靶点,可分别设计受体的激动剂和拮抗剂和拮抗剂l以酶为靶点,设计酶抑制剂以酶为靶点,设计酶抑制剂l以离子通道为靶点,则可分别设计钠、钾以离子通道为靶点,则可分别设计钠、钾和钙离子通道的激活剂(开放剂)或阻断和钙离子通道的激活剂(开放剂)或阻断剂(拮抗剂)。剂(拮抗剂)。p16药物设计的两个阶段(p16)l先导化合物的发
4、现(先导化合物的发现(lead discovery)l先导化合物的优化(先导化合物的优化(lead optimization)先导化合物(先导化合物(lead compound)简称先导物,)简称先导物,又称原型物,是通过各种途径得到的具有一又称原型物,是通过各种途径得到的具有一定生理活性的化学物质。定生理活性的化学物质。l由于先导化合物存在着某些缺陷,如活性不由于先导化合物存在着某些缺陷,如活性不够高,化学结构不稳定,毒性较大,选择性够高,化学结构不稳定,毒性较大,选择性不好,药代动力学性质不合理等等,需要对不好,药代动力学性质不合理等等,需要对其进行化学修饰,进一步优化使之发展为高其进行化
5、学修饰,进一步优化使之发展为高效低毒的理想药物,这一过程称为效低毒的理想药物,这一过程称为先导化合先导化合物的优化物的优化。p16药物分子设计的策略基础药物分子设计的策略基础l药物分子的多样性l药物分子的互补性l药物分子的相似性第一节第一节 分子的多样性先导化合物的分子的多样性先导化合物的发现发现一、从天然药物的活性成分中获得(From Active Component of Natural Resources)1.植物来源植物来源 青蒿素:来自于中药黄花蒿,以此青蒿素:来自于中药黄花蒿,以此为先导物,发现蒿甲醚、青蒿琥酯等;为先导物,发现蒿甲醚、青蒿琥酯等;紫杉醇:来自于红豆杉树皮,以此为先
6、导紫杉醇:来自于红豆杉树皮,以此为先导 物,发现多西他赛等。物,发现多西他赛等。青蒿素系列OCH3HOOHHCH3HH3COOOCH3HOHHCH3HH3COOOCH3OCH3HOHHCH3HH3COOOCOCH2CH2COOH青青蒿蒿素素 蒿蒿甲甲醚醚 青青蒿蒿琥琥酯酯2.微生物来源微生物来源 美伐他汀和洛伐他汀,来源于青霉菌属、红美伐他汀和洛伐他汀,来源于青霉菌属、红 曲霉菌和土曲霉菌,羟甲戊二酰辅酶曲霉菌和土曲霉菌,羟甲戊二酰辅酶A还原还原 酶抑制剂的酶抑制剂的Lead Compound。后开发了人工合。后开发了人工合成的阿托伐他汀(成的阿托伐他汀(No.1)HOHCH3OHHOOOH3
7、CH3CH3COHCH3OHHOOOH3CH3C美美伐伐他他汀汀1367洛洛伐伐他他汀汀3.动物来源动物来源 九肽替普罗肽(九肽替普罗肽(Teprotide,谷谷-色色-脯脯-精精-脯脯-谷谷-亮亮-脯脯-脯):来源于巴西毒蛇,以此为先导物,脯):来源于巴西毒蛇,以此为先导物,发现了血管紧张素转化酶发现了血管紧张素转化酶ACE抑制剂卡托普利,抑制剂卡托普利,开创了一类新的影响重大的抗高血压药物。开创了一类新的影响重大的抗高血压药物。NOHSCOOH卡卡托托普普利利CH34.海洋生物来源海洋生物来源 海葵毒素:来自于海葵,为肽类毒素,具有强海葵毒素:来自于海葵,为肽类毒素,具有强心作用,以此为先
8、导物,得到一些重组蛋白。心作用,以此为先导物,得到一些重组蛋白。二、组合化学二、组合化学l组合化学是近十年发展起来的化学合成的新方法,是药物化学的一个重要组成部分。l组合化学是基于一系列组建模块(building block),可能发生不同的组合方式,从而可快速合成数目巨大的化学实体,构建化合物库,配合高通量筛选(high throughput screening,HTS),在同一时间内合成数目众多、用于生物评价的群集分子,如肽类、寡核苷酸和非聚合型的有机化学分子。经典合成法和组合化学法比较经典合成法和组合化学法比较组建模块与形成化合物数量间的关系组建模块与形成化合物数量间的关系l以代数级数增
9、加组建模块的数目,所生成的化合物数虽则成几何级数的增加。一个分子中连接的模块数模块总数为10个模块总数为100个3103106410410851051010组合化学和高通量筛选组合化学和高通量筛选三、通过随机机遇发现(From Accidentally discover)1、1929年青霉素的发现年青霉素的发现2 2、异丙肾上腺素:、异丙肾上腺素:-受体激动剂,结构改造,发现受体激动剂,结构改造,发现-受体阻断剂受体阻断剂-普萘洛尔,普萘洛尔,HOHOHNOHCH3CH3OOHNHCH3CH3异异丙丙肾肾上上腺腺素素 普普萘萘洛洛尔尔结结构构改改造造四、从药物代谢产物中发现(From Meta
10、bolites)l药物在体内经过生物转化后,有些药物代谢产药物在体内经过生物转化后,有些药物代谢产物降低或失去了活性,称为物降低或失去了活性,称为代谢失活代谢失活;有些药;有些药物的代谢产物正好相反,可能使活性升高,称物的代谢产物正好相反,可能使活性升高,称为为代谢活化代谢活化。代谢活化得到的药物代谢产物,。代谢活化得到的药物代谢产物,可直接作为药物使用,也可作为先导化合物,可直接作为药物使用,也可作为先导化合物,进行进一步的结构修饰和优化。进行进一步的结构修饰和优化。l例如百浪多息例如百浪多息磺胺,再以磺胺为先导物开发了磺胺,再以磺胺为先导物开发了大量的磺胺类药物。大量的磺胺类药物。H2NN
11、=NNH2SO2NH2SO2NH2H2NSO2NHH2NNOCH3百百浪浪多多息息 体体外外无无抗抗菌菌活活性性体体内内抑抑制制葡葡萄萄球球菌菌活活性性代代谢谢产产物物-磺磺胺胺先先导导化化合合物物磺磺胺胺甲甲恶恶唑唑磺磺胺胺类类抗抗菌菌药药从代谢产物开发的新药从代谢产物开发的新药:(1)非索那定)非索那定(2)诺阿司咪唑)诺阿司咪唑(3)地氯雷他定)地氯雷他定五、从临床药物的副作用或者老药新用中发(From Side-Effect or New Purpose of Medicine)l异烟肼异烟肼:抗结核药物抗结核药物,服用后情绪高涨服用后情绪高涨抑制抑制单胺氧化酶单胺氧化酶抗抑郁抗抑郁先
12、导物先导物结构优化结构优化异异烟肼类抗抑郁药烟肼类抗抑郁药NCONHNH2NCONHNH CHCH3CH3异异烟烟肼肼(抗抗结结核核药药)单单胺胺氧氧化化酶酶抑抑制制剂剂类类抗抗抑抑郁郁药药可可抑抑制制单单胺胺氧氧化化酶酶异异丙丙烟烟肼肼(抗抗抑抑郁郁药药)l又如:又如:(1)异丙嗪异丙嗪是抗过敏药,但有严重的镇静和是抗过敏药,但有严重的镇静和 安定作用,安定作用,SAR研究,发现了抗精神病研究,发现了抗精神病 药物药物氯丙嗪氯丙嗪。(2)西地那非西地那非-一种磷酸二酯酶抑制剂类药物。最初一种磷酸二酯酶抑制剂类药物。最初作为心血管疾病药物投入临床,后来发现它的副作用作为心血管疾病药物投入临床,
13、后来发现它的副作用大于治疗作用,于是决定终止临床试验、收回药品。大于治疗作用,于是决定终止临床试验、收回药品。结果,不少试用者拒绝交回,结果,不少试用者拒绝交回,六、从药物合成的中间体中发现(From Synthetic Intermediates)l一些药物合成的中间体,由于与目的化合一些药物合成的中间体,由于与目的化合物结构上有相似性,经过筛选也可发现先物结构上有相似性,经过筛选也可发现先导化合物。导化合物。l阿糖胞苷阿糖胞苷 环胞苷环胞苷(中间体中间体)l安西他滨安西他滨(环胞苷)是阿糖胞苷的中间体,后(环胞苷)是阿糖胞苷的中间体,后发现安西他滨不仅具有抗肿瘤作用,且副作用发现安西他滨不
14、仅具有抗肿瘤作用,且副作用轻,体内代谢比阿糖胞苷慢,故作用时间长,轻,体内代谢比阿糖胞苷慢,故作用时间长,治疗各种白血病。治疗各种白血病。CHOHOOHOHCH2OHNNNHOOHOHO.HClNNNH2OHOHOHO.HClOD D-阿阿拉拉伯伯糖糖 安安西西他他滨滨 阿阿糖糖胞胞苷苷NH3.H2OMeOH第二节第二节 分子的互补性先导化合物的分子的互补性先导化合物的发现发现又称:又称:基于结构的药物设计基于结构的药物设计一、分子识别l配体与受体相互作用的本质是分子识别。l分子识别是由于两个分子的多个特定的原子或基团性质的互补性和空间的适配所驱动的,这种特异性的本质是双方的互补性。l药物与受
15、体的分子识别和相互作用,大都形成非共价键作用,与维持机体的生物大分子的空间结构的键合力在本质上是相似的(氢键、静电引力和疏水作用)。l药物和受体分子构象变化,诱导契合。二、基于受体结构的药物分子设计二、基于受体结构的药物分子设计l确定并了解受体分子的三维结构,特别是受体与配体分子形成的复合物的三维结构,是基于受体结构的分子设计的前提。l受体蛋白的空间结构可用X-线晶体衍射方法、核磁共振方法、同源蛋白法以及计算化学与分子图形学结合。卡托普利卡托普利(CaptoprilCaptopril)NCCHCH2HSCH3OCOOH血管紧张素转化酶抑制剂三、反义寡核苷酸三、反义寡核苷酸l基于DNA或信使RN
16、A(mRNA)的结构,设计寡核苷酸是药物分子设计的一种方法。lDNA双螺旋的互补性结合是通过核酸A与T、G与C之间的氢键所维持。DNA的两个重要的功能的两个重要的功能DNAmRNA细胞分裂蛋白质DNA复制复制转录转录翻译翻译反义寡核苷酸与反义寡核苷酸与mRNA结合的模式图结合的模式图AGATCCATCTAGGT反义寡核苷酸反义寡核苷酸l反义寡核苷酸指基于DNA或mRNA的结构,根据核酸之间碱基互补原理,设计能与DNA或者mRNA发生特异性结合的互补链,分别阻断核酸的转录和翻译功能,从而阻断与病理过程有关的核酸或蛋白质(酶或受体)的生物合成。l许多疾病的原因是基因组的缺陷或在基因转录或翻译过程中
17、的失常,迄今为止研究的比较清楚的是癌症和病毒性疾病。反义寡核苷酸作为药物应满足条件反义寡核苷酸作为药物应满足条件l容易合成并可大量制备;l在体内稳定,能够耐受核酸酶对它的磷酸二酯键的水解;l能够进入并停留在靶组织处;l能够穿越细胞膜;l能够与靶细胞内核酸发生作用,但不与其它生物大分子反应。反义核苷酸分子结构的要求反义核苷酸分子结构的要求l反义寡核苷酸要有一定的长度,链长一般1520碱基。增加核苷酸数会通过选择性,因而降低毒副作用,但超过25个碱基的寡核苷酸难以透过细胞膜,不宜作为反义寡核苷酸。l由于寡核苷酸的磷酸二酯键很容易被核酸酶水解,可把反义寡核苷酸制成核苷酸模拟物,包括改变磷酸二酯、脱氧
18、核糖、碱基和末端的结合物。设计反义寡核苷酸的修饰位点设计反义寡核苷酸的修饰位点O碱基OPOXOOO碱基POXOOO碱基RO天然碱基A,G,C,TX=O 天然磷酸二酯X=CH2 甲基膦酸酯X=氧烷基 磷酸三酯X=S 硫酸酯X=烷基磷酰胺酯(胺伯胺,二烷胺,吡咯烷,哌啶或吡嗪)构型聚赖氨酸或羧甲基右旋糖结合物NNNNNH2NNNNNH2NH2NNNOSO4,SiO2(烷基),CH2COO,CONH,CH2CH2SCH2硫代寡核苷酸硫代寡核苷酸l5GCCCAAGCTGGCATCCGCA-3 10 20 抗炎药l5TTGCTTCCATCTTCCTCGTC-3 10 20 抗艾滋病药阿福韦生四、通过计算
19、机辅助药物筛选寻找(By Virtual Screening)利用计算机对虚拟化合物库进行筛选有可能发现先导利用计算机对虚拟化合物库进行筛选有可能发现先导化合物。包括:化合物。包括:(1)类药筛选)类药筛选 类药五规则(类药五规则(Role of five,Lipinski规则规则)是指)是指如果一个化合物违背了下列规则中的任意两条就很难如果一个化合物违背了下列规则中的任意两条就很难被生物体吸收:分子量在被生物体吸收:分子量在500以下,分配系数以下,分配系数ClogP值小于值小于5,氢键的给体不超过,氢键的给体不超过5个,氢键的接受体不超个,氢键的接受体不超过过10个。个。(2)ADMET(
20、吸收吸收-分布分布-代谢代谢-排泄排泄-毒性毒性)(3)毒性筛选)毒性筛选(4)结构新颖性筛选)结构新颖性筛选(5)与受体对接的研究)与受体对接的研究OPOOSABCPresumption of Binding SitesABCOOOPresumption of Binding SitesEBOBR2OOR1ABCDPossible Interaction of GABA Antagonists with Their Binding SitesClClON NOF3CCompound 14Lowest Energy Conformation of Compound 14Alignment of
21、 The Training Set Pharmacophore Map of Housefly GABA ReceptorPharmacophore Map of Rat GABA ReceptorHouseflyRatComparison of Housefly and Rat GABA Receptors 第四节第四节 分子的相似性分子的相似性先导化合物的发现和优化先导化合物的发现和优化一、基于内源性配体分子的药物设计一、基于内源性配体分子的药物设计l一些内源性物质例如激素、维生素、神经递质等过多或过少产生时,造成异常的失衡和病理状态。它们及其代谢中间体或产物,都可以作为生物活性物质设计的
22、出发点,对它们的结构变换,或增强原生理或生化过程,或阻断、拮抗原过程,对异常的机体功能起到调节或纠正作用。l模拟内源性分子的化学结构,通过改变分子的某些原子、基团或片断,或模仿分子的形状和性质,仍保持对受体的分子识别能力,以激活受体的作用(激动剂),或阻断受体的功能(拮抗剂)。(二)甲氨蝶呤(二)甲氨蝶呤NNNNRH2NCH2NCONHCHCH2CH2COOHR1COOH12345678R R1 OH H 叶酸NH2 CH3 甲氨喋呤二氢叶酸还原酶二、过渡态类似物二、过渡态类似物l模拟过渡态的结构,并使之成为稳定的化合物,设计酶的抑制剂,是药物设计的一种重要方法。腺苷脱氨酶抑制剂的设计腺苷脱氨
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