第八章-聚类分析与判别分析课件.ppt
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1、STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程第八章 聚类分析与判别分析n8.1 聚类分析聚类分析n8.2 判别分析判别分析STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程n8.1 8.1 聚类分析聚类分析n8.1.1 聚类分析的一般概念聚类分析的一般概念n8.1.2 系统聚类法的基本思想和步骤系统聚类法的基本思想和步骤n8.1.3 用用CLUSTER过程和过程和TREE过程进行系统聚过程进行系统聚类类n8.1.4 用用VARCLUS过程进行变量聚类过程进行变量聚类STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软
2、件与统计应用教程8.1.1 聚类分析的一般概念聚类分析的一般概念 设有设有n个样品个样品(多元观测值多元观测值),每个样品测得,每个样品测得m项指标项指标(变量变量),得到观测数据,得到观测数据xij(i=1,n;j=1,m),如表),如表所示。所示。X1X2XmX(1)x11x12x1mX(2)x21x22x2mX(n)xn1xn2xnmSTATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程表表8-1中数据又称为观测数据阵或简称为数据阵,其数中数据又称为观测数据阵或简称为数据阵,其数学表示为:学表示为:其中列向量其中列向量Xj=(x1j,x2j,xnj),表示第,表
3、示第j项指标(项指标(j=1,2,m),行向量),行向量X(i)=(xi1,xi2,xin)表示表示第第i个样品。个样品。nmnnmmxxxxxxxxx.212222111211XSTATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程1.1.两种聚类分析两种聚类分析 根据分类对象的不同,聚类分析分为两种:根据分类对象的不同,聚类分析分为两种:(1)样品聚类:样品聚类是对样品(观测)进行的分样品聚类:样品聚类是对样品(观测)进行的分类处理,又称为类处理,又称为Q型分类,相当于对观测数据阵按行分型分类,相当于对观测数据阵按行分类。类。(2)变量聚类:变量聚类是对变量(指标
4、)进行的分变量聚类:变量聚类是对变量(指标)进行的分类处理,又称为类处理,又称为R型分类,相当于对观测数据阵按列分型分类,相当于对观测数据阵按列分类。类。两种聚类在形式上是对称的,处理方法也是相似的。两种聚类在形式上是对称的,处理方法也是相似的。STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程2.2.聚类分析的方法聚类分析的方法 聚类方法大致可归纳如下:聚类方法大致可归纳如下:(1)系统聚类法(谱系聚类)系统聚类法(谱系聚类)先将先将l个元素(样品或变量)看成个元素(样品或变量)看成l类,然后将性质最类,然后将性质最接近(或相似程度最大)的接近(或相似程度最大)
5、的2类合并为一个新类,得到类合并为一个新类,得到l 1类,再从中找出最接近的类,再从中找出最接近的2类加以合并变成了类加以合并变成了l 2类,类,如此下去,最后所有的元素全聚在一类之中。如此下去,最后所有的元素全聚在一类之中。(2)分解法(最优分割法)分解法(最优分割法)其程序与系统聚类相反。首先所有的元素均在一类,其程序与系统聚类相反。首先所有的元素均在一类,然后按照某种最优准则将它分成然后按照某种最优准则将它分成2类、类、3类,如此下去,类,如此下去,一直分裂到所需的一直分裂到所需的k类为止。类为止。STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程(3)动态
6、聚类法(逐步聚类法)动态聚类法(逐步聚类法)开始将开始将l个元素粗糙地分成若干类,然后用某种最优个元素粗糙地分成若干类,然后用某种最优准则进行调整,一次又一次地调整,直至不能调整为止。准则进行调整,一次又一次地调整,直至不能调整为止。(4)有序样品的聚类有序样品的聚类 n个样品按某种因素(时间或年龄或地层深度等)排个样品按某种因素(时间或年龄或地层深度等)排成次序,要求必须是次序相邻的样品才能聚在一类。成次序,要求必须是次序相邻的样品才能聚在一类。其他还有:有重叠聚类、模糊聚类、图论聚类等方法。其他还有:有重叠聚类、模糊聚类、图论聚类等方法。STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统
7、计应用教程软件与统计应用教程3.3.聚类统计量聚类统计量 聚类分析实质上是寻找一种能客观反映元素之间亲疏聚类分析实质上是寻找一种能客观反映元素之间亲疏关系的统计量,然后根据这种统计量把元素分成若干类。关系的统计量,然后根据这种统计量把元素分成若干类。常用的聚类统计量有距离系数和相似系数两类。距离系常用的聚类统计量有距离系数和相似系数两类。距离系数一般用于对样品分类,而相似系数一般用于对变量聚数一般用于对样品分类,而相似系数一般用于对变量聚类。距离的定义很多,如马氏距离、明考斯基距离、兰类。距离的定义很多,如马氏距离、明考斯基距离、兰氏距离、切比雪夫距离以及常见的欧氏距离:氏距离、切比雪夫距离以
8、及常见的欧氏距离:等。相似系数有相关系数、夹角余弦、列联系数等。等。相似系数有相关系数、夹角余弦、列联系数等。niiiyxyxyxyxd12)()()(),(STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程 当然,采用不同的分类方法会得到不同的分类结果,当然,采用不同的分类方法会得到不同的分类结果,有时即使是同一种聚类方法,因距离的定义方法不同也有时即使是同一种聚类方法,因距离的定义方法不同也会得到不同的分类结果。对任何观测数据都没有唯一会得到不同的分类结果。对任何观测数据都没有唯一“正确的正确的”分类方法。实际应用中,常采用不同的分类分类方法。实际应用中,常采
9、用不同的分类方法对数据进行分类,可以提出多种分类意见,由实际方法对数据进行分类,可以提出多种分类意见,由实际工作者决定所需要的分类数和分类情况。工作者决定所需要的分类数和分类情况。STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程8.1.2 系统聚类法的基本思想和步骤系统聚类法的基本思想和步骤 下面以样品聚类为例介绍系统聚类法。下面以样品聚类为例介绍系统聚类法。1.1.系统聚类法的基本思想系统聚类法的基本思想 设有设有n个样品,每个样品测得个样品,每个样品测得m项指标(见表项指标(见表8-1)。)。系统聚类方法的基本思想是:首先定义样品间的距离系统聚类方法的基本思
10、想是:首先定义样品间的距离(或相似系数)和类与类之间的距离。一开始将(或相似系数)和类与类之间的距离。一开始将n个样个样品各自自成一类,这时类间的距离与样品间的距离是等品各自自成一类,这时类间的距离与样品间的距离是等价的;然后将距离最近的两类合并,并计算新类与其他价的;然后将距离最近的两类合并,并计算新类与其他类的类间距离,再按最小距离准则并类。这样每次减少类的类间距离,再按最小距离准则并类。这样每次减少一类,直到所有的样品都并成一类为止。这个并类过程一类,直到所有的样品都并成一类为止。这个并类过程可以用谱系聚类图形象地表达出来。可以用谱系聚类图形象地表达出来。STATSTATSTATSTAT
11、SASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程2.2.系统聚类法的基本步骤系统聚类法的基本步骤 (1)数据变换数据变换 为了便于比较或消除量纲的影响,在作聚类之前常常为了便于比较或消除量纲的影响,在作聚类之前常常首先要对数据进行变换。变换的方法有中心化变换、标首先要对数据进行变换。变换的方法有中心化变换、标准化变换、极差标准化变换、极差正规化变换、对数变准化变换、极差标准化变换、极差正规化变换、对数变换等。换等。最常用的标准化变换为:最常用的标准化变换为:其中其中 ,j=1,2,m。变换后的数据,每个变量的样本均值为变换后的数据,每个变量的样本均值为0,标准差为,标准差为1,而且标准化变换后
12、的数据而且标准化变换后的数据 与变量的量纲无关。与变量的量纲无关。mjnisxxxjjijij,.,2,1;,.,2,1*niijjxnx11nijijjxxns122)(11*ijxSTATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程(2)计算计算n个样品两两间的距离个样品两两间的距离 选择度量样品间距离的定义,计算选择度量样品间距离的定义,计算n个样品两两间的个样品两两间的距离,得样品间的距离矩阵距离,得样品间的距离矩阵D(0)。(3)聚类过程聚类过程 首先首先n个样品各自构成一类,类的个数个样品各自构成一类,类的个数k=n:Gi=X(i)(i=1,n),此时类
13、间的距离就是样品间的),此时类间的距离就是样品间的距离(即距离(即D(1)=D(0))。)。令令j=2,n,执行如下并类过程:,执行如下并类过程:1)合并类间距离最小的两类为一新类(类间距离参见合并类间距离最小的两类为一新类(类间距离参见下文下文“系统聚类分析的方法系统聚类分析的方法”)。此时类的总个数)。此时类的总个数k减减少少1类,即类,即k=n j+1;STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程 2)计算新类与其他类的距离,得新的距离矩阵计算新类与其他类的距离,得新的距离矩阵D(j))。)。若合并后类的总个数若合并后类的总个数k仍大于仍大于1,重复,
14、重复1)和和2)步,直到步,直到类的总个数为类的总个数为1时止。时止。(4)画谱系聚类图画谱系聚类图 谱系图能明确清晰地描述各个样本点在不同层次上聚谱系图能明确清晰地描述各个样本点在不同层次上聚合分类的情况。合分类的情况。(5)决定分类的个数及各类的成员决定分类的个数及各类的成员STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程3.3.系统聚类分析的方法系统聚类分析的方法 设有原始数据阵,如表设有原始数据阵,如表8-1所示。所示。G为在某一聚类水平为在某一聚类水平上的类的个数,上的类的个数,Ck是当前是当前(水平水平G)的第的第k类,类,nk为为Ck中的中的样品个
15、数,样品个数,DKL为第为第G水平的类水平的类CK和类和类CL之间的距离。之间的距离。根据类间距离计算方法的不同,有根据类间距离计算方法的不同,有11种不同的聚类方种不同的聚类方法:法:(1)类平均法类平均法 类平均法类平均法(Average Linkage)用两类样品两两观测间距用两类样品两两观测间距离的平均作为类间距离,即离的平均作为类间距离,即 类平均法是一种应用较广泛,聚类效果较好的方法。类平均法是一种应用较广泛,聚类效果较好的方法。KLCiCjjiLKKLxxdnnD),(1STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程(2)重心法重心法 重心法重心
16、法(Centroid Method)用两个类重心用两个类重心(均值均值)之间的之间的(平方)欧氏距离定义类间距离,即(平方)欧氏距离定义类间距离,即(3)最长距离法最长距离法 最长距离法最长距离法(Complete Method)用两类观测间最远一用两类观测间最远一对观测的距离定义类间距离,即对观测的距离定义类间距离,即(4)最短距离法最短距离法 最短距离法最短距离法(Single Linkage)用两类观测间最近一对用两类观测间最近一对观测的距离定义类间距离,即观测的距离定义类间距离,即2|LKKLXXD),(maxjiCjCiKLxxdDLK),(minjiCjCiKLxxdDLKSTAT
17、STATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程(5)Ward最小方差法(离差平方和法)最小方差法(离差平方和法)Ward最小方差法最小方差法(Wards Mininum-Variance Method)也称也称Ward离差平方和法。类间距离定义为离差平方和法。类间距离定义为 Ward方法并类时总是使得并类导致的类内离差平方方法并类时总是使得并类导致的类内离差平方和增量最小。和增量最小。其它的聚类方法还有最大似然法其它的聚类方法还有最大似然法(EML)法、可变类平法、可变类平均法均法(Flexible-Beta Method)、McQuitty相似分析法相似分析法(Mc
18、Quittys Similarity Analysis)、中间距离法、中间距离法(Median Method)、两阶段密度估计法、两阶段密度估计法(Two Stage Density Linkage)等。等。类平均法和类平均法和Ward最小方差法使用最广泛。最小方差法使用最广泛。)/1/1/(|2LKLKKLnnXXDSTATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程4.4.系统聚类类数的确定系统聚类类数的确定(1)由适当的阀值确定由适当的阀值确定 选定某种聚类方法,按系统聚类的方法并类后,得到选定某种聚类方法,按系统聚类的方法并类后,得到一张谱系聚类图,聚类图(
19、又称谱系图)只反映样品间一张谱系聚类图,聚类图(又称谱系图)只反映样品间(或变量间)的亲疏关系,它本身并没有给出分类,需(或变量间)的亲疏关系,它本身并没有给出分类,需要给定一个临界相似尺度,用以分割谱系图而得到样品要给定一个临界相似尺度,用以分割谱系图而得到样品(或变量)的分类,如给定临界值(阀值)为(或变量)的分类,如给定临界值(阀值)为d,那么,那么,当样品间或已并类间距离小于当样品间或已并类间距离小于d时,认为这些样品和类时,认为这些样品和类的关系密切,应该归属一类。的关系密切,应该归属一类。STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程(2)根据统计
20、量确定分类个数根据统计量确定分类个数 在在SAS的的CLUSTER过程中,提供一些统计量可以近过程中,提供一些统计量可以近似检验类个数如何选择更合适,用统计量决定类数的方似检验类个数如何选择更合适,用统计量决定类数的方法来自统计的方差分析思想,下面作一些介绍。法来自统计的方差分析思想,下面作一些介绍。1)R2统计量统计量其中其中PG为分类数为为分类数为G个类时的总类内离差平方和,个类时的总类内离差平方和,T为为所有样品或变量的总离差平方和。所有样品或变量的总离差平方和。R2越大,说明分为越大,说明分为G个类时每个类内的离差平方和都比较小,也就是分为个类时每个类内的离差平方和都比较小,也就是分为
21、G个类是合适的。但是,显然分类越多,每个类越小,个类是合适的。但是,显然分类越多,每个类越小,R2越大,所以我们只能取越大,所以我们只能取G使得使得R2足够大,但足够大,但G本身比较本身比较小,而且小,而且R2不再大幅度增加。不再大幅度增加。TPRG12STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程 2)半偏半偏R2统计量统计量 在把类在把类CK和类和类CL合并为下一水平的类合并为下一水平的类CM时,定义半时,定义半偏相关偏相关其中其中BKL=WM (WK+WL)为合并类引起的类内离差平方为合并类引起的类内离差平方和的增量,和的增量,Wt为类为类Ct的类内离差
22、平方和。半偏的类内离差平方和。半偏R2用于评用于评价一次合并的效果,其值是上一步价一次合并的效果,其值是上一步R2与该步与该步R2的差值。的差值。其值越大,说明上一次合并的效果越好。其值越大,说明上一次合并的效果越好。TBRKL2半偏STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程 3)伪伪F统计量统计量 伪伪伪伪F统计量评价分为统计量评价分为G个类的效果。伪个类的效果。伪F统计量越大,表统计量越大,表示分为示分为G个类越合理。通常取伪个类越合理。通常取伪F统计量较大而类数较统计量较大而类数较小的聚类水平。小的聚类水平。4)伪伪t2统计量统计量 伪伪用此统计量评
23、价合并类用此统计量评价合并类CK和类和类CL的效果,该值大说明合的效果,该值大说明合并的两个类并的两个类CK和和CL是很分开的,不应合并这两个类,而是很分开的,不应合并这两个类,而应该取合并前的水平。应该取合并前的水平。)/()1/()(GnPGPTFGG)2/()/(2LKLKKLnnWWBtSTATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程8.1.3 用用CLUSTER过程和过程和TREE过程进行系统过程进行系统聚类聚类1.CLUSTER1.CLUSTER过程过程 系统聚类系统聚类CLUSTER过程的一般格式为:过程的一般格式为:PROC CLUSTER;VA
24、R;COPY;ID;RUN;STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程其中:其中:1)PROC CLUSTER语句为调用语句为调用CLUSTERS过程的开过程的开始,其常用选项及功能见表始,其常用选项及功能见表8-2。2)VAR语句指定用来聚类的数值型变量。如果缺省,语句指定用来聚类的数值型变量。如果缺省,则使用没有列在其他语句中的所有数值型变量。则使用没有列在其他语句中的所有数值型变量。3)COPY语句把指定的变量复制到语句把指定的变量复制到OUTTREE=的数的数据集中,以备后用。据集中,以备后用。4)ID语句中指定的变量用于区分聚类过程中的输出及语句
25、中指定的变量用于区分聚类过程中的输出及OUTTREE数据集中的观测。数据集中的观测。STATSTATSTATSTATSASSAS软件与统计应用教程软件与统计应用教程2.TREE2.TREE过程过程 TREE过程可以把过程可以把CLUSTER过程产生的过程产生的OUTTREE=数据集作为输入,画出聚类谱系图,并按照用户指定的数据集作为输入,画出聚类谱系图,并按照用户指定的聚类水平聚类水平(类数类数)产生分类结果数据集。一般格式如下:产生分类结果数据集。一般格式如下:PROC TREE;COPY;ID ;RUN;其中:1)PROC TREE语句为调用语句为调用TREE过程的开始,其常过程的开始,其
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