医科大学精品课件:2014七年制 重组DNA技术.ppt
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- 医科大学精品课件:2014七年制 重组DNA技术 医科大学 精品 课件 2014 七年 重组 DNA 技术
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1、 重组重组DNADNA技术技术 Recombinant DNA Technology 第二十四章第二十四章 重组重组DNA技术技术(recombinant DNA technology) 又称又称分子克隆分子克隆(molecular cloning)或或DNA克隆克隆 (DNA cloning)或基因克隆或基因克隆(gene cloning) 技术技术, 是指在体外是指在体外利用酶学方法利用酶学方法将目的将目的DNA片段与能自主片段与能自主 复制的遗传元件复制的遗传元件(又叫载体又叫载体)连接连接,形成重组形成重组DNA 分子分子,进而在受体细胞中复制进而在受体细胞中复制、扩增扩增,从而获得单
2、一从而获得单一 DNA分子的大量拷贝分子的大量拷贝。 第第 一一 节节 重组重组DNADNA技术中常用的技术中常用的 工具酶工具酶 Frequently Used Enzymes in Recombinant DNA Technology 重组重组DNA技术中常用的工具酶技术中常用的工具酶 工工 具具 酶酶 功功 能能 限制性核酸内切酶限制性核酸内切酶 识别特异序列,切割识别特异序列,切割DNA DNA连接酶连接酶 催化催化DNA中相邻的中相邻的5 磷酸基和磷酸基和3 羟基末端之间形成磷酸二酯键,羟基末端之间形成磷酸二酯键, 使使DNA切口封合或使两个切口封合或使两个DNA分子或片段连接分子或
3、片段连接 碱性磷酸酶碱性磷酸酶 切除末端磷酸基切除末端磷酸基 反转录酶反转录酶 合成合成cDNA;替代;替代DNA聚合酶聚合酶I进行填补,标记或进行填补,标记或DNA序列分析序列分析 末端脱氧核苷酰转移酶末端脱氧核苷酰转移酶 在在3 羟基末端进行同聚物加尾羟基末端进行同聚物加尾 DNA聚合酶聚合酶 合成双链合成双链cDNA分子或片段连接;缺口平移制作高比活性探针;分子或片段连接;缺口平移制作高比活性探针; DNA序列分析;填补序列分析;填补3 末端末端 Klenow片段片段 又名又名DNA聚合酶聚合酶I大片段,具有完整大片段,具有完整DNA聚合酶聚合酶I的的53 聚合、聚合、 35 外切活性,
4、而无外切活性,而无53 外切活性。常用于外切活性。常用于cDNA第二链合成,第二链合成, 双链双链DNA 3 末端标记等末端标记等 Taq DNA聚合酶聚合酶 常用于常用于PCR;产物的;产物的3末端带有末端带有A,可用于,可用于T-A克隆克隆 多核苷酸激酶多核苷酸激酶 催化多聚核苷酸催化多聚核苷酸5 羟基末端磷酸化,或标记探针羟基末端磷酸化,或标记探针 一、限制性核酸内切酶用于切割一、限制性核酸内切酶用于切割DNA 定义定义: 限制性核酸限制性核酸内切内切酶酶(restriction endonuclease, RE)是识别是识别DNA的特异序列的特异序列, 并在识别位点或其周并在识别位点或
5、其周 围切割双链围切割双链DNA的一类内切酶的一类内切酶。限制性核酸内切限制性核酸内切 酶是重组酶是重组DNA技术中重要的工具酶技术中重要的工具酶。 GGATCC CCTAGG G CCTAG GATCC G + Bam H 第一个字母取自产生该酶的细菌属名第一个字母取自产生该酶的细菌属名,用大写斜体;用大写斜体; 第二、第三个字母是该细菌的种名,用小写斜体;第二、第三个字母是该细菌的种名,用小写斜体; 第四个字母(有时无)代表株(可大写或小写);第四个字母(有时无)代表株(可大写或小写); 用罗马数字表示发现的先后次序。用罗马数字表示发现的先后次序。 命名命名 Hin d 属属 种种 株株
6、序序 Haemophilus influenzae d株株 流感嗜血杆菌流感嗜血杆菌d株的第三种酶株的第三种酶 (一)重组(一)重组DNA技术中通常使用技术中通常使用 型限制酶型限制酶 (二)(二)型限制性内切酶具有一些共性和特性型限制性内切酶具有一些共性和特性 1. 具有特定的识别和切割位点具有特定的识别和切割位点 限制性内切酶限制性内切酶 识别位点识别位点 限制性内切酶限制性内切酶 识别位点识别位点 Apa I GGGCCC CCCGGG Sma I CCCGGG GGGCCC BamH I GGATCC CCTAGG Sau 3A I GATC CTAG Pst I CTGCAG GAC
7、GTC Not I GCGGCCGC CGCCGGCG EcoR I GAATTC CTTAAG Sfi I GGCCNNNNNGGCC CCGGNNNNNCCGG II II型限制性内切酶的识别位点举例(型限制性内切酶的识别位点举例(示切割位点)示切割位点) 2. 识别的核苷酸序列通常为回文结构(识别的核苷酸序列通常为回文结构(palindrome) Bam H GTC CAG G CCTAG GATCC G + GGATCC CCTAGG Hind GTCGAC CAGCTG GAC CTG + 平端切口平端切口 黏端切口黏端切口 3. 切割双链切割双链DNA分子后产生黏端或平端分子后产生
8、黏端或平端 (sticky end) (blunt end) 同尾酶同尾酶(isocaudarner) 有些限制性内切酶虽然识别序列不完全相同有些限制性内切酶虽然识别序列不完全相同,但切但切 割割DNA后后,产生相同的黏端产生相同的黏端,这样的酶彼此互称为同尾这样的酶彼此互称为同尾 酶酶。这两个相同的黏端称为这两个相同的黏端称为配伍末端配伍末端(compatible end)。 Bam H Bg l GGATCC CCTAGG AGATCT TCTAGA G CCTAG GATCC G + + A TCTAG GATCT A 4. 不同的酶可以产生同样的末端不同的酶可以产生同样的末端 GGAT
9、CC CCTAGG G CCTAG GATCC G + Bam H GGATCC CCTAGG G CCTAG GATCC G + Bst CCCGGG GGGCCC C CCCGG CCGGG G + Xma CCCGGG GGGCCC CCC GGG GGG CCC + Sma 能识别同一序列能识别同一序列(切割位点可同或不同切割位点可同或不同)但来源不同但来源不同 的两种酶互称同工异源酶的两种酶互称同工异源酶(isoschizomer)或同裂酶或同裂酶。 5. 不同的酶可以识别同一个序列不同的酶可以识别同一个序列 6. 6. 切割会受其他因素的影响切割会受其他因素的影响 限制性内切酶通常
10、不能切割在识别位点内有限制性内切酶通常不能切割在识别位点内有 特异碱基甲基化的序列。特异碱基甲基化的序列。 缓冲液或环境温度也会影响一些酶的特异性。缓冲液或环境温度也会影响一些酶的特异性。 例如,例如,EcoR I在正常情况下识别“在正常情况下识别“-GAATTC-” 序列,但在甘油浓度大于序列,但在甘油浓度大于5%(v/v)或反应温)或反应温 度较低时识别序列可变为“度较低时识别序列可变为“-AATT-”或“”或“-嘌呤嘌呤 嘌呤嘌呤AT嘧啶嘧啶嘧啶嘧啶-”,这种现象称为星号活性”,这种现象称为星号活性 (star activity),以),以EcoR I*表示。表示。 二、二、DNA连接酶
11、用于催化连接酶用于催化DNA片段连接片段连接 DNA连接酶连接酶(DNA ligase):催化两个相邻的:催化两个相邻的3-OH和和 5-磷酸基团形成磷酸基团形成3,5-磷酸二酯键磷酸二酯键,从而使从而使DNA片段或单片段或单 链断裂形成的缺口连接起来链断裂形成的缺口连接起来。 连接酶的作用机制连接酶的作用机制 1. 大肠杆菌染色体编码的大肠杆菌染色体编码的 DNA连接酶连接酶 需需NAD+作为辅因子作为辅因子 2. 大肠杆菌大肠杆菌T4噬菌体噬菌体DNA编码的编码的T4 DNA连接酶连接酶 需需ATP作为辅因子作为辅因子 DNA连接酶的来源连接酶的来源 三、重组三、重组DNA 技术中还需使用
12、其他常用技术中还需使用其他常用 工具酶工具酶 (一)(一) 碱性磷酸酶能去除核酸分子末端的磷酸基团碱性磷酸酶能去除核酸分子末端的磷酸基团 (二)反转录酶以(二)反转录酶以RNA为模板合成为模板合成cDNA (三)末端脱氧核苷酰转移酶用于给(三)末端脱氧核苷酰转移酶用于给DNA末端加尾以构成末端加尾以构成 黏黏性末端性末端 (四)(四)DNA聚合酶聚合酶I主要用于合成主要用于合成DNA (五)(五)DNA聚合酶聚合酶I大片段保留了有用的酶活性大片段保留了有用的酶活性 (六)(六)Taq DNA聚合酶常用于聚合酶常用于PCR (七)多核苷酸激酶可使寡核苷酸链(七)多核苷酸激酶可使寡核苷酸链5 羟基
13、末端磷酸化羟基末端磷酸化 来自于大肠杆菌来自于大肠杆菌(bacterial alkaline phosphatase,BAP) 或小牛肠或小牛肠(calf intestinal alkaline phosphatase,CIP)。用于用于 脱去脱去DNA(RNA)5末端的磷酸基团末端的磷酸基团,使使5 -P成为成为5 -OH,该该 过程称核酸分子的脱磷酸作用过程称核酸分子的脱磷酸作用。 (一)碱性磷酸酶能去除核酸分子末端的(一)碱性磷酸酶能去除核酸分子末端的 磷酸基团磷酸基团 P 5 OH 3 OH 3 P 5 OH 5 OH 3 OH 3 OH 5 (二)反转录酶以(二)反转录酶以RNA为模
14、板合成为模板合成cDNA 反转录酶反转录酶 (reverse transcriptase) 反转录酶催化的反转录酶催化的cDNA合成合成 RNA RNA 5 3 AAAAAA AAAAAA TTTTTT 5 3 cDNA cDNA 随机引物随机引物 Oligo-dT 5 3 5 5 3 3 5 3OH GGG GG dGTP 末端转移酶末端转移酶 (三)末端脱氧核苷酰转移酶用于给(三)末端脱氧核苷酰转移酶用于给DNA末端末端 加尾以构成黏端加尾以构成黏端 大肠杆菌大肠杆菌DNA聚合酶聚合酶I(DNA polymerase I) 是基因工程中常用的是基因工程中常用的DNA聚合酶聚合酶。其除具有其
15、除具有 53聚合酶活性外聚合酶活性外,还有还有35及及53核酸外核酸外 切酶活性切酶活性。因其具有因其具有53核酸外切酶活性而常核酸外切酶活性而常 用于用于DNA探针的探针的缺口平移法缺口平移法(nick translation) 标记标记。 (四)(四)DNA聚合酶聚合酶I主要用于合成主要用于合成DNA DNA聚合酶聚合酶I用枯草杆菌蛋白酶用枯草杆菌蛋白酶(subtilisin)裂解后裂解后 产 生 的 大 片 段产 生 的 大 片 段 , 也 称 为也 称 为 Klenow 片 段片 段 ( Klenow fragment)。其保留了其保留了53聚合酶活性及聚合酶活性及3 5外切外切 酶活
16、性酶活性,失去了失去了5 3外切酶活性外切酶活性。 Klenow片段的主要用途有:片段的主要用途有: 补齐双链补齐双链DNA的的3 末端末端,使其转变成平端;或通过补齐使其转变成平端;或通过补齐3端而使端而使3末端标末端标 记;记; 在在cDNA克隆中克隆中,用于第二股链的合成;用于第二股链的合成; 用用 于于DNA序列分析序列分析。 (五)五)DNA聚合酶聚合酶I大片段保留了有用的酶活性大片段保留了有用的酶活性 (六)(六)Taq DNA聚合酶常用于聚合酶常用于PCR Taq DNA聚合酶具有良好的聚合活性和热稳定聚合酶具有良好的聚合活性和热稳定 性性,常用于常用于PCR。该酶具有该酶具有5
17、3聚合酶活性及聚合酶活性及 53外切酶活性外切酶活性,但没有但没有35外切酶活性外切酶活性,因而因而 无无35校对活性校对活性。 另外另外,Taq DNA聚合酶具有末端转移酶作用聚合酶具有末端转移酶作用, 能在所合成能在所合成DNA链的链的3末端加上一个单独的腺苷酸末端加上一个单独的腺苷酸 残基残基(A)。 (七)多核苷酸激酶可使寡核苷酸链(七)多核苷酸激酶可使寡核苷酸链5 5 羟基末端磷酸化羟基末端磷酸化 常 用 的 是常 用 的 是 T4 多 核 苷 酸 激 酶多 核 苷 酸 激 酶 ( T4 polynucleotide kinase),该酶含该酶含5多核苷酸激酶多核苷酸激酶 和和3磷酸
18、酶活性磷酸酶活性,能催化能催化ATP的的-位磷酸向位磷酸向DNA 和和RNA的的5-羟基转移羟基转移。 该酶常用于:该酶常用于: DNA或或RNA的的5末端标记;末端标记; 使没有使没有5-末端磷酸的末端磷酸的DNA片段磷酸化片段磷酸化,以供以供 连接和克隆之用连接和克隆之用。 第二节第二节 目的目的DNA的获取的获取 Preparation of Interested DNA 一、一、化学合成法可直接合成目的化学合成法可直接合成目的DNA 要求:已知目的基因的核苷酸序列或其产物的要求:已知目的基因的核苷酸序列或其产物的 氨基酸序列氨基酸序列 应用:一般用于小分子肽类基因的合成应用:一般用于小
19、分子肽类基因的合成 * 化学合成法获取目的化学合成法获取目的DNA 由已知氨基酸序列推测可能的由已知氨基酸序列推测可能的DNA序列序列 色色 苯丙苯丙 蛋蛋 赖赖 第一步:构建第一步:构建基因组基因组DNA文库文库(是指包含(是指包含 某一个生物细胞或组织全部基因组某一个生物细胞或组织全部基因组DNA序列的序列的 随机克隆群体,以随机克隆群体,以DNA片段的形式贮存了所有片段的形式贮存了所有 的基因组的基因组DNA信息)。信息)。 第二步:筛选含有目的基因的克隆。第二步:筛选含有目的基因的克隆。 二、从基因组从基因组DNA文库中获取目的文库中获取目的DNA 组织或细胞染色体组织或细胞染色体DN
20、A 基因片段基因片段 克隆载体克隆载体 重组重组DNA分子分子 含重组分子的转化菌含重组分子的转化菌 限制性内切酶限制性内切酶 或机械剪切或机械剪切 受体菌受体菌 基因组基因组DNA文库文库 存在于转化细胞内由存在于转化细胞内由 克隆载体所携带的所有基克隆载体所携带的所有基 因组因组DNA片段的集合片段的集合 * 从基因组从基因组DNA文文 库获取目的基因库获取目的基因 三、从三、从cDNA文库中获取目的文库中获取目的DNA 第一步:构建第一步:构建cDNA文库文库(包含某一组织包含某一组织 细胞在一定条件下所表达的全部细胞在一定条件下所表达的全部mRNA经反转经反转 录而合成的录而合成的cD
21、NA序列的克隆群体序列的克隆群体,它以它以cDNA 片段的形式贮存了全部的基因表达信息片段的形式贮存了全部的基因表达信息)。 第二步:筛选含有目的第二步:筛选含有目的cDNA的克隆。的克隆。 cDNA文库文库 存 在 于存 在 于 转化细胞内转化细胞内 由克隆载体由克隆载体 所携带的所所携带的所 有有 cDNA 片片 段的集合段的集合 从从基因组基因组DNA文库或文库或cDNA文库中筛选文库中筛选 目的目的DNA的策略的策略 1. 菌落或噬斑原位杂交菌落或噬斑原位杂交 2. 针对表达文库针对表达文库,可用抗原可用抗原-抗体或配体抗体或配体-受受 体结合的原理体结合的原理(亲和筛选法亲和筛选法)
22、筛选筛选 如果已经知道目的基因的序列如果已经知道目的基因的序列,就能很就能很 方便地用方便地用PCR反应反应,从基因组从基因组DNA或或cDNA中中 获得目的基因获得目的基因,可不必要经过复杂的可不必要经过复杂的DNA文文 库构建过程库构建过程。 PCR是一种高效快速的体外是一种高效快速的体外DNA聚合程序聚合程序 四、经四、经PCR获取目的获取目的DNA 酵 母 单 杂 交 系 统 酵 母 单 杂 交 系 统 五、通过特异杂交系统获取某些转录因子的编码五、通过特异杂交系统获取某些转录因子的编码DNADNA A. 无转录因子:报告基因不表达无转录因子:报告基因不表达 “诱饵”诱饵”DNA序列序
23、列 B. 有转录因子:报告基因表达有转录因子:报告基因表达 C. 有转录因子有转录因子 AD/DNA结合蛋白融合蛋白:报告基因表达结合蛋白融合蛋白:报告基因表达 转录因子的转录因子的 AD 转录因子转录因子 DNA结合蛋白结合蛋白 报告基因报告基因 报告基因报告基因 报告基因报告基因 . 第三节第三节 重组重组DNA技术中的技术中的DNA载体载体 DNA Vectors in Recombinant DNA Technology 载体载体(vectorvector)是为携带感兴趣的外源是为携带感兴趣的外源DNADNA,实现实现 外源外源DNADNA在受体细胞中的无性繁殖或表达有意义的在受体细胞
24、中的无性繁殖或表达有意义的 蛋白质所采用的一些蛋白质所采用的一些DNADNA分子分子 按功能分按功能分 克隆载体(克隆载体(cloning vector) 表达载体(表达载体(expression vector) 按基本元件按基本元件 的来源不同的来源不同 质粒载体质粒载体 噬菌体载体噬菌体载体 黏粒载体黏粒载体 病毒载体病毒载体 人工染色体载体等人工染色体载体等 载体概述载体概述 克隆载体克隆载体(cloning vector) 为使插入的外源为使插入的外源DNA序列被扩增而特意序列被扩增而特意 设计的载体称为设计的载体称为克隆载体克隆载体。 表达载体表达载体(expression vect
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