高斯简介Introduction-to-GaussView讲解课件.ppt
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1、GaussView简介简介GaussView简介简介GaussView简介简介GaussView与与GaussianGaussView是是Gaussian软件的图形用户界面;软件的图形用户界面;GaussView 5.0Gaussian 09GaussView 4.0GaussView 3.0Gaussian 03GaussView 2.0GaussView 1.0Gaussian 98GaussView简介简介GaussView与与GaussianGaussView 5.0完美的支持完美的支持Gaussian09:1.搭建或者导入分子结构,用以创建输入文件;搭建或者导入分子结构,用以创建输入
2、文件;2.以图形化的方式自然直观的查看输出结果;以图形化的方式自然直观的查看输出结果;3.绘制各种图谱;绘制各种图谱;4.即时提交和监控计算(需要本机装有即时提交和监控计算(需要本机装有Gaussian软件)软件)GaussView简介简介GaussView简介简介本章提纲:本章提纲:GaussView 的窗口组成的窗口组成 GaussView鼠标键盘操作鼠标键盘操作 构建构建工具面板工具面板【Builder】文件工具栏文件工具栏【File】坐标工具栏坐标工具栏【Coordinates】视图工具栏视图工具栏【View】文件窗口工具栏文件窗口工具栏【Windows】计算工具栏计算工具栏【Calc
3、ulate】查看计算结果查看计算结果【Results】GaussView简介简介GaussView 的窗口组成的窗口组成 GaussView简介简介独立工具条视图独立工具条视图-分子工具栏-计算工具栏-文件工具栏-坐标工具栏-视窗工具栏-文件窗口工具栏构建工具面板GaussView简介简介GaussView 的窗口组成的窗口组成1.主控窗口主控窗口含有菜单条和当前选择的分子碎片。含有菜单条和当前选择的分子碎片。2.各类工具各类工具 默认时,位于主控窗口的菜单条下面。这些工具可以被默认时,位于主控窗口的菜单条下面。这些工具可以被 分开,分开,也可按要求重新排列在主控窗口内。也可按要求重新排列在主
4、控窗口内。3.各类对话窗口各类对话窗口对应于对应于 GaussView 的不同用途。的不同用途。4.一个或多个分子模型视窗一个或多个分子模型视窗5.控制程序功能的各类预置参数控制程序功能的各类预置参数点击点击【File】【Preferences】GaussView简介简介GaussView鼠标键盘操作鼠标键盘操作鼠标的操作鼠标的操作1.在窗口内任意位置点击鼠标在窗口内任意位置点击鼠标左左键并按住,此时键并按住,此时移动鼠标,窗口内所有分子跟随转动。移动鼠标,窗口内所有分子跟随转动。2.在窗口内任意位置点击鼠标在窗口内任意位置点击鼠标右右键并按住键并按住上下移动鼠标:分子会放大缩小上下移动鼠标:
5、分子会放大缩小左右移动鼠标:分子沿垂直屏幕的轴转动。左右移动鼠标:分子沿垂直屏幕的轴转动。3.在窗口内任意位置点击鼠标在窗口内任意位置点击鼠标中中键(或者滚轮)键(或者滚轮)并按住,此时移动鼠标,屏幕内的所有分子将并按住,此时移动鼠标,屏幕内的所有分子将跟随平移。跟随平移。4.使用使用滚轮滚轮前后滚动,当前窗口内分子放大缩小。前后滚动,当前窗口内分子放大缩小。GaussView简介简介键盘与鼠标配合键盘与鼠标配合当窗口中有多个分子当窗口中有多个分子,只想转动或者移动其中一只想转动或者移动其中一个分子个分子,按住按住键盘键盘【Alt】键键1.用鼠标用鼠标左左键点击某个分子并按住,此时移动鼠标,只
6、有键点击某个分子并按住,此时移动鼠标,只有被点击的分子会转动;被点击的分子会转动;2.用鼠标用鼠标中中键(或滚轮)点击某个分子并按住,移动鼠标,键(或滚轮)点击某个分子并按住,移动鼠标,只有被点击的分子会跟随鼠标移动只有被点击的分子会跟随鼠标移动3.用鼠标用鼠标右右键分子点击某个分子并按住,左右移动鼠标,键分子点击某个分子并按住,左右移动鼠标,只有被点击的分子会沿一个垂直屏幕的轴转动;只有被点击的分子会沿一个垂直屏幕的轴转动;4.如果鼠标没有中键如果鼠标没有中键/滚轮,或者使用中失效的处理:滚轮,或者使用中失效的处理:按住按住【Alt】+【Shift】键,用鼠标键,用鼠标左左键点击你要转动的键
7、点击你要转动的分子并按住,只有被点击的分子会跟随鼠标移动分子并按住,只有被点击的分子会跟随鼠标移动GaussView简介简介练习练习1使用刚才讲述的键盘鼠标操作知识使用刚才讲述的键盘鼠标操作知识将三个苯环摆到相互重叠的位置将三个苯环摆到相互重叠的位置GV_exercise_1.gjf GV_exercise_1_OK.gjfGaussView简介简介调出独立的调出独立的Builder面板面板点击【View】菜单中的【Builder】即可调出独立的Builder面板,该面板是一个前置的面板,即始终显示在其它面板/窗口的上方,有利于全屏幕搭建分子时使用。GaussView简介简介构建构建工具面板工
8、具面板【Builder】元素工具元素工具GaussView简介简介工具栏工具栏“图钉图钉”“图钉图钉”未按未按下下选择了需要的元选择了需要的元素片断之后窗口素片断之后窗口会会关闭。关闭。“图钉图钉”已按已按下下选择了需要的元选择了需要的元素片断之后窗口素片断之后窗口不不关闭。关闭。GaussView简介简介环工具环工具GaussView简介简介常见分子片断和生物分子残基常见分子片断和生物分子残基GaussView简介简介自定义分子片断自定义分子片断GaussView简介简介键长、键角、二面角键长、键角、二面角GaussView简介简介图形显示中的化学键图形显示中的化学键n优化完了,用优化完了,
9、用GaussView打开,发现键断了或者打开,发现键断了或者键级变了怎么办?键级变了怎么办?1.这是很正常的现象,图形界面中为了清晰显示,使用各这是很正常的现象,图形界面中为了清晰显示,使用各种球棒模型来表示原子和化学键,用棒的多少表示键级,种球棒模型来表示原子和化学键,用棒的多少表示键级,但真实的体系中只存在很小的原子核和它们周围相互重但真实的体系中只存在很小的原子核和它们周围相互重叠的电子云。叠的电子云。2.GaussView的显示也只是经验性的,不能因为的显示也只是经验性的,不能因为GaussView显示了化学键就认为原子间成键,没有显示显示了化学键就认为原子间成键,没有显示就认为没有成
10、键。就认为没有成键。3.建模时,你可以给离得很远的两个原子之间定义化学键,建模时,你可以给离得很远的两个原子之间定义化学键,使它们一起移动,也可以移除离得很近的的两个原子之使它们一起移动,也可以移除离得很近的的两个原子之间定义的化学键来调整员之间的相对位置。间定义的化学键来调整员之间的相对位置。GaussView简介简介练习练习2 通过转动二面角将全重叠式丁烷转成全交叉式通过转动二面角将全重叠式丁烷转成全交叉式GV_exercise_2.gjf GV_exercise_2_OK.gjf全重叠式全重叠式 全交叉式全交叉式GaussView简介简介Builder面板一些图标的意义面板一些图标的意义
11、选择所有的原子选择所有的原子不选择任何原子不选择任何原子选择单个原子选择单个原子选择多个原子选择多个原子查询查询重新键和重新键和添加一个键合原添加一个键合原子子(默认添加默认添加H)删除一个原子删除一个原子GaussView简介简介在质心添加一个原子在质心添加一个原子/碎片碎片GaussView 5.0新增功能新增功能例如例如,在在 C60 中所有原子的质心放置一个原子中所有原子的质心放置一个原子GaussView简介简介GaussView的三个层次视图的三个层次视图 分子集合分子集合-分子模型分子模型-模型视图模型视图1.分子集合(分子集合(Molecular Group)2.分子模型(分子
12、模型(Molecule)3.模型视图(模型视图(View)GaussView简介简介分子集合分子集合(Molecule Group)1.分子集合中可以包括一个或多个分子。分子集合中可以包括一个或多个分子。2.对于包括一个以上分子的分子集合,有两种显对于包括一个以上分子的分子集合,有两种显示模式示模式:单分子视图模式和多分子视图模式。单分子视图模式和多分子视图模式。3.单分子视图模式每次只显示单个分子,当前显单分子视图模式每次只显示单个分子,当前显示的分子编号显示在工具栏上,并可在单分子示的分子编号显示在工具栏上,并可在单分子视图模式和多分子视图模式间切换。视图模式和多分子视图模式间切换。4.如
13、果有多个窗口打开同一分子,可能涉及不同如果有多个窗口打开同一分子,可能涉及不同的观察视图。因此,可以按不同视图观察、显的观察视图。因此,可以按不同视图观察、显示同一分子的不同取向和不同性质。示同一分子的不同取向和不同性质。GaussView简介简介标题栏的识别信息标题栏的识别信息 每个视图上的标题栏也显示当前分子集合、分子每个视图上的标题栏也显示当前分子集合、分子模型及模型视图的信息模型及模型视图的信息1.每一个分子集合用不同颜色加以区别,与某分子集合相关每一个分子集合用不同颜色加以区别,与某分子集合相关的其他视图都将采用与分子集合相同的图标颜色,即用颜的其他视图都将采用与分子集合相同的图标颜
14、色,即用颜色识别分子集合。色识别分子集合。2.除了颜色标识外,每个视图都通除了颜色标识外,每个视图都通“Group/Molecule/View”标识符进行唯一识别。标识符进行唯一识别。该标识符由分子集合该标识符由分子集合(G)、分子编、分子编号号(M)和视图编号和视图编号(V)组成。组成。3.分子集合中的每个分子从分子集合中的每个分子从1开始连续编号,如果某个分子开始连续编号,如果某个分子被从分子集合中删除,分子将重新编号以保持其连续性。被从分子集合中删除,分子将重新编号以保持其连续性。GaussView简介简介标题栏识别标题栏识别Group 3 Molecule 2 View 1GaussV
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