医科大学精品课件:第7章 酶与催化反应.ppt
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- 医科大学精品课件:第7章 酶与催化反应 医科大学 精品 课件 催化 反应
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1、Enzymes and catalytic reactions 第第 七七 章章 酶与催化反应酶与催化反应 生物催化剂:生物催化剂: 酶酶(EnzymeEnzyme),核酶(),核酶(RibozymeRibozyme)。)。 酶酶: :由活细胞合成的、对其特异底物起高效由活细胞合成的、对其特异底物起高效 催化作用的蛋白质。催化作用的蛋白质。 酶学简史酶学简史 1860,Pasteur,发酵不能离开活细胞,发酵不能离开活细胞(活力论活力论)。 1897,Buchner兄弟兄弟,发酵可以在细胞外进行发酵可以在细胞外进行。 意义:推翻活力论,打开生物化学的大门。意义:推翻活力论,打开生物化学的大门。
2、 1903,Harden与与Young,发现,发现zymase与与cozymase。 1926,Sumner,从刀豆中提纯出,从刀豆中提纯出脲酶结晶脲酶结晶。 1930,Haldane,酶酶,酶促反应依赖于酶与底,酶促反应依赖于酶与底 物之间的非共价键相互作用(假说)。物之间的非共价键相互作用(假说)。 Peter B. Moore 1940 1981,Cech,I 型内含子是自我剪接的。型内含子是自我剪接的。 RNA也可以是高效的生物催化剂也可以是高效的生物催化剂(核酶核酶)。 1994,Joyce,人工合成的单链人工合成的单链DNA具有催化活性具有催化活性 (脱氧核酶)。(脱氧核酶)。 2
3、000,Moore,核糖体是核酶。核糖体是核酶。 蛋白质合成的最关键步骤(肽键形成)是由蛋白质合成的最关键步骤(肽键形成)是由 RNA催化的。催化的。 第一节第一节 酶和酶促反应酶和酶促反应 Enzymes and Enzymatic Reactions 一、酶促化学反应具有热力学和动力学特性一、酶促化学反应具有热力学和动力学特性 S P E E E:酶:酶 Enzyme S:底物:底物 Substrate P:产物:产物 Product 酶促反应:酶促反应:酶催化的化学反应酶催化的化学反应 热力学特征:热力学特征:热力学允许的化学反应;热力学允许的化学反应; 动力学特性:动力学特性:加速可逆
4、反应的进程,加速可逆反应的进程, 不改变反应平衡点。不改变反应平衡点。 (一)动力学性质是对反应速率的描述(一)动力学性质是对反应速率的描述 动力学是研究动力学是研究化学反应速率化学反应速率及其及其影响影响 因素因素的科学。的科学。 任何反应速率均由任何反应速率均由底物浓度底物浓度和和速率常数速率常数 (rate constant, k)所决定。)所决定。 k S P v = k S 反应速率:反应速率:底物或产物浓度随时间进程底物或产物浓度随时间进程 的变化率。的变化率。 v = - S / dt = P / dt 单位时间底物或产物的变化量。单位时间底物或产物的变化量。 一级反应一级反应(
5、first-order reaction): 单底物反应单底物反应: v 仅依赖于一个底物浓度仅依赖于一个底物浓度S, v = k S 二级反应二级反应(second-order reaction):双底物反应:双底物反应 : v 依赖于两个底物浓度和反应速率常数依赖于两个底物浓度和反应速率常数 v = k S1S2, 0 0 级反应:级反应: v 不依赖于底物浓度,只与反应速率常数有关不依赖于底物浓度,只与反应速率常数有关 v = k,S 极大时,极大时, v不受不受S 影响。影响。 二、酶的化学本质是蛋白二、酶的化学本质是蛋白 质质 蛋白质部分:蛋白质部分:酶蛋白酶蛋白 辅助因子辅助因子
6、(cofactor) 金属离子金属离子 小分子有机化合物小分子有机化合物 全酶全酶 结合酶结合酶 (conjugated enzyme) 单纯酶单纯酶 (simple enzyme) 决定反应的特异性及决定反应的特异性及 其催化机制其催化机制 决定反应的性决定反应的性 质和反应类型质和反应类型 1905,Harden与与Young,“酒化酶”(,“酒化酶”(zymase) 与与 “辅酒化酶”(“辅酒化酶”(cozymase)假说。)假说。 酵母汁酵母汁 失活的失活的 酵母汁酵母汁 失活的失活的 酵母汁酵母汁 透析透析 加热加热 (含(含“酒化酶”“酒化酶”) (含(含“辅酒化酶”“辅酒化酶”)
7、 恢复恢复 活性活性 的酵的酵 母汁母汁 混混 合合 (一)酶蛋白(一)酶蛋白 单体酶单体酶 (monomeric enzyme):一条多肽链组成的酶。:一条多肽链组成的酶。 寡聚酶寡聚酶 (oligomeric enzyme): 多个相同或不同亚基组成的酶。多个相同或不同亚基组成的酶。 多酶体系多酶体系 multienzyme system): 由几种不同功能的酶聚合形成的多酶复合物。由几种不同功能的酶聚合形成的多酶复合物。 多功能酶多功能酶 (multifunctional enzyme)或或串联酶串联酶: 酶蛋白含有多种不同催化功能的结构域,这类酶称酶蛋白含有多种不同催化功能的结构域,这
8、类酶称 为多功能酶。为多功能酶。 单体酶单体酶 牛胰核糖核酸酶牛胰核糖核酸酶(单链单链);胰凝乳蛋白酶;胰凝乳蛋白酶(三链三链)。 寡聚酶寡聚酶 甘油醛甘油醛-3-磷酸脱氢酶磷酸脱氢酶(a a4 4); 多酶体系多酶体系 丙酮酸脱氢酶复合体丙酮酸脱氢酶复合体(12E160E26E3) 。 多功能酶多功能酶或串联酶或串联酶 酿酒酵母脂肪酸合成酶酿酒酵母脂肪酸合成酶(a a6 6b b6)。 (二)辅助因子(二)辅助因子 (按其与酶蛋白结合的紧密程度)(按其与酶蛋白结合的紧密程度) 辅酶辅酶 (coenzyme):非共价结合:非共价结合 与酶蛋白结合与酶蛋白结合疏松,可用疏松,可用透析或超透析或超
9、 滤的方法除去。滤的方法除去。 辅基辅基 (prosthetic group):共价结合:共价结合 与酶蛋白结合与酶蛋白结合紧密,不能用紧密,不能用透析透析 或超滤的方法除去。或超滤的方法除去。 金属酶金属酶(metalloenzyme)(metalloenzyme) 1、金属离子作为辅助因子、金属离子作为辅助因子 金属离子与酶结合紧密,提取过程中不金属离子与酶结合紧密,提取过程中不 易丢失。易丢失。 金属离子为酶的活性所必需,但与酶的结金属离子为酶的活性所必需,但与酶的结 合不甚紧密。合不甚紧密。 金属激活酶金属激活酶(metal(metal- -activated enzyme)activ
10、ated enzyme) 金属酶金属酶 金属离子金属离子 金属激活酶金属激活酶 金属离子金属离子 过氧化氢酶过氧化氢酶 Fe2+ 丙酮酸激酶丙酮酸激酶 K+,Mg2+ 过氧化物酶过氧化物酶 Fe2+ 丙酮酸羧化酶丙酮酸羧化酶 Mn2+,Zn2+ 谷胱苷肽过氧化物酶谷胱苷肽过氧化物酶 Se 蛋白激酶蛋白激酶 Mg2+,Mn2+ 己糖激酶己糖激酶 Mg2+ 精氨酸酶精氨酸酶 Mn2+ 固氮酶固氮酶 Mo2+ 磷脂酶磷脂酶C C Ca2+ 核糖核苷酸还原酶核糖核苷酸还原酶 Mn2+ 细胞色素氧化酶细胞色素氧化酶 Cu2+ 羧基肽酶羧基肽酶 Zn2+ 脲酶脲酶 Ni2+ 碳酸酐酶碳酸酐酶 Zn2+ 柠
11、檬酸合酶柠檬酸合酶 K+ 金属酶和金属激活酶金属酶和金属激活酶 辅助因子的作用辅助因子的作用 金属离子金属离子 稳定酶的构象(少见)稳定酶的构象(少见) 参与催化反应,传递电子(超酸催化剂)参与催化反应,传递电子(超酸催化剂) 在酶与底物间起桥梁作用(配位键)在酶与底物间起桥梁作用(配位键) 中和阴离子,降低反应中的静电斥力中和阴离子,降低反应中的静电斥力 小分子有机化合物小分子有机化合物 在反应中起运载体的作用,传递电子、质子或在反应中起运载体的作用,传递电子、质子或 其它基团。其它基团。 辅助因子辅助因子决定反应的决定反应的种类种类与与性质性质 尼克酰胺(维生素尼克酰胺(维生素 PP 之一
12、)之一) 尼克酰胺(维生素尼克酰胺(维生素 PP 之一)之一) 维生素维生素 B 2 (核黄素) (核黄素) 维生素维生素 B 2 (核黄素) (核黄素) 维生素维生素 B 1 (硫胺素)(硫胺素) 泛酸泛酸 硫辛酸硫辛酸 维生素维生素 B 12 生物素生物素 吡哆醛(维生素吡哆醛(维生素 B 6 之一)之一) 叶酸叶酸 NAD + (尼克酰胺腺嘌呤二核(尼克酰胺腺嘌呤二核 苷酸,辅酶苷酸,辅酶 I ) NADP + (尼克酰胺腺嘌呤二核(尼克酰胺腺嘌呤二核 苷酸磷酸,辅酶苷酸磷酸,辅酶 II ) FMN (黄素单核苷酸)(黄素单核苷酸) FAD (黄素腺嘌呤二核苷酸)(黄素腺嘌呤二核苷酸)
13、TPP (焦磷酸硫胺素)(焦磷酸硫胺素) 辅酶辅酶 A ( CoA ) 硫辛酸硫辛酸 钴胺素辅酶类钴胺素辅酶类 生物素生物素 磷酸吡哆醛磷酸吡哆醛 四氢叶酸四氢叶酸 氢原子(质子)氢原子(质子) 醛基醛基 酰基酰基 烷基烷基 二氧化碳二氧化碳 氨基氨基 甲基、甲烯基、甲基、甲烯基、 甲炔基、甲酰基甲炔基、甲酰基 等一碳单位等一碳单位 所含的维生素所含的维生素 名名 称称 小分子有机化合物小分子有机化合物 ( 辅辅 酶酶 或或 辅辅 基基 ) 转移的基团转移的基团 尼克酰胺(维生素尼克酰胺(维生素 PP 之一)之一) 尼克酰胺(维生素尼克酰胺(维生素 PP 之一)之一) 维生素维生素 B 2 (
14、核黄素) (核黄素) 维生素维生素 B 2 (核黄素) (核黄素) 维生素维生素 B 1 (硫胺素)(硫胺素) 泛酸泛酸 硫辛酸硫辛酸 维生素维生素 B 12 生物素生物素 吡哆醛(维生素吡哆醛(维生素 B 6 之一)之一) 叶酸叶酸 NAD + (尼克酰胺腺嘌呤二核(尼克酰胺腺嘌呤二核 苷酸,苷酸,辅酶辅酶 I ) NADP + (尼克酰胺腺嘌呤二核(尼克酰胺腺嘌呤二核 苷酸磷酸,苷酸磷酸,辅酶辅酶 II ) FMN (黄素单核苷酸)(黄素单核苷酸) FAD (黄素腺嘌呤二核苷酸)(黄素腺嘌呤二核苷酸) TPP (焦磷酸硫胺素)(焦磷酸硫胺素) 辅酶辅酶 A ( CoA ) 硫辛酸硫辛酸 钴
15、胺素辅酶类钴胺素辅酶类 生物素生物素 磷酸吡哆醛磷酸吡哆醛 四氢叶酸四氢叶酸 氢原子(质子)氢原子(质子) 醛基醛基 酰基酰基 烷基烷基 二氧化碳二氧化碳 氨基氨基 甲基、甲烯基、甲基、甲烯基、 甲炔基、甲酰基甲炔基、甲酰基 等一碳单位等一碳单位 所含的维生素所含的维生素 名名 称称 小分子有机化合物小分子有机化合物 ( 辅辅 酶酶 或或 辅辅 基基 ) 转移的基团转移的基团 小分子有机化合物作为辅助因子小分子有机化合物作为辅助因子 三、三、 酶的分类酶的分类 (一)(一)氧化还原酶类氧化还原酶类: 催化传递电子催化传递电子、氢和需氧反应的酶氢和需氧反应的酶。 例如:脱氢酶类例如:脱氢酶类、加
16、氧酶类加氧酶类、过氧化物过氧化物 酶和过氧化氢酶等酶和过氧化氢酶等。 (二)转移酶类:(二)转移酶类:催化分子间催化分子间基团转移基团转移的酶的酶 糖基转移酶;糖基转移酶; 氨基转移酶;氨基转移酶; 磷酸转移酶:磷酸转移酶:激酶激酶 将磷酸基从将磷酸基从ATP转到另外底物的酶转到另外底物的酶。 (三)水解酶类:(三)水解酶类:催化催化加水加水分解化学键分解化学键 水解酶类水解酶类 按其所水解的底物不同按其所水解的底物不同 根据它们的作用部位根据它们的作用部位 蛋白酶、酯酶、蛋白酶、酯酶、 磷酸酶、糖苷酶、磷酸酶、糖苷酶、 核酸酶核酸酶 外切酶、内切酶外切酶、内切酶 (四)裂合酶:(四)裂合酶:
17、催化从底物移去一个基团并催化从底物移去一个基团并 形成双键或逆反应的酶。形成双键或逆反应的酶。 裂解酶类裂解酶类: : 非水解地非水解地催化一分子分裂成两个分子并催化一分子分裂成两个分子并留留 有双键有双键的酶。的酶。 如:脱水酶、脱羧酶、醛缩酶如:脱水酶、脱羧酶、醛缩酶 合酶合酶(synthases) 催化反应方向相反,一个底物催化反应方向相反,一个底物去掉双键去掉双键, 并与另一底物结合形成一个分子并与另一底物结合形成一个分子的酶。的酶。 (五)(五)异构酶类:异构酶类:催化分子异构体互变的酶催化分子异构体互变的酶 催化分子内部基团的位置互变、催化分子内部基团的位置互变、 几何或光学异构体
18、互变、几何或光学异构体互变、 醛酮互变的酶类。醛酮互变的酶类。 如:变位酶、表构酶、异构酶。如:变位酶、表构酶、异构酶。 (六)连接酶或合成酶类:(六)连接酶或合成酶类: 催化两分子结合成一分子并偶联有催化两分子结合成一分子并偶联有 高能键的水解高能键的水解供能的酶类供能的酶类 需需ATP参与反应参与反应,由由ATP提供高能键提供高能键, 水解供能水解供能。 DNA连接酶连接酶、 氨基酰氨基酰-tRNA合成酶合成酶、 谷氨酰胺合成酶谷氨酰胺合成酶。 四、酶的命名四、酶的命名 1. 习惯命名法:习惯命名法: 器官器官+底物底物+反应反应+酶酶: 乳酸脱氢酶乳酸脱氢酶; 胃蛋白酶胃蛋白酶 水解酶水
19、解酶: 水解省略水解省略; 蛋白酶蛋白酶; 脂肪酶脂肪酶; 核酸酶核酸酶 2. 系统命名法系统命名法: 根据酶分类命名根据酶分类命名 每个酶有一个名称和一个分类编号每个酶有一个名称和一个分类编号 。 3.推荐名称推荐名称 酶的分类酶的分类 系统名称系统名称 编号编号 催化的反应催化的反应 推荐名称推荐名称 1. 1.氧化还原氧化还原 酶类酶类 (S)(S)- -乳酸:乳酸: NADNAD+ +- -氧化还氧化还 原酶原酶 EC1.1.1.27EC1.1.1.27 (S)(S)- -乳酸乳酸+NAD+NAD+ + 丙酮酸丙酮酸 +NADH+H+NADH+H+ + L L- -乳酸脱乳酸脱 氢酶氢
20、酶 2. 2.转移酶类转移酶类 L L- -丙氨酸:丙氨酸:a a- -酮酮 戊二酸氨基转戊二酸氨基转 移酶移酶 EC2.6.1.2EC2.6.1.2 L L- -丙氨酸丙氨酸+ +a a- -酮戊二酸酮戊二酸 丙酮酸丙酮酸+L+L- -谷氨酸谷氨酸 丙氨酸转丙氨酸转 氨酶氨酶 3. 3.水解酶类水解酶类 1,41,4- -a a- -D D- -葡聚糖葡聚糖- - 聚糖水解酶聚糖水解酶 EC3.2.1.1EC3.2.1.1 水解有水解有3 3个以上个以上1,41,4- -a a- -D D- -葡萄糖葡萄糖 基的多糖中基的多糖中1,41,4- -a a- -D D- -葡糖苷键葡糖苷键 a
21、a- -淀粉酶淀粉酶 4. 4.裂合酶类裂合酶类 D D- -果糖果糖- -1,61,6- -二二 磷酸磷酸D D- -甘油醛甘油醛- - 3 3- -磷酸裂合酶磷酸裂合酶 EC4.1.2.13EC4.1.2.13 D D- -果糖果糖- -1,61,6- -二磷酸二磷酸 磷磷 酸二羟丙酮酸二羟丙酮+D+D- -甘油醛甘油醛- -3 3- -磷酸磷酸 果糖二磷果糖二磷 酸醛缩酶酸醛缩酶 5. 5.异构酶类异构酶类 D D- -甘油醛甘油醛- -3 3- -磷磷 酸醛酸醛- -酮酮- -异构酶异构酶 EC5.3.1.1EC5.3.1.1 D D- -甘油醛甘油醛- -3 3- -磷酸磷酸 磷酸二
22、羟丙酮磷酸二羟丙酮 丙糖磷酸丙糖磷酸 异构酶异构酶 6. 6.连接酶类连接酶类 L L- -谷氨酸:氨谷氨酸:氨 连接酶(生成连接酶(生成 ADPADP) EC6.3.1.2EC6.3.1.2 ATP+LATP+L- -谷氨酸谷氨酸+NH+NH3 3 ADP+PADP+Pi i+L+L- -谷氨酰胺谷氨酰胺 谷氨酸谷氨酸- - 氨连接酶氨连接酶 酶的分类与命名举例酶的分类与命名举例 H H H H H H H M H H M M H M M M M M M M LDH1 (H4) LDH2 (H3M) LDH3 (H2M2) LDH4 (HM3) LDH5 (M4) 乳酸脱氢酶的同工酶乳酸脱氢
23、酶的同工酶 例:乳酸脱氢酶例:乳酸脱氢酶(LDH1 LDH5) 五、同工酶五、同工酶 同工酶同工酶(isoenzyme)指催化相同的化学反指催化相同的化学反 应,而酶蛋白的分子结构理化性质乃至免疫应,而酶蛋白的分子结构理化性质乃至免疫 学性质不同的一组酶。学性质不同的一组酶。 1. 1.定义定义: : 2. 2.作用特点作用特点: : 催化同一种化学反应催化同一种化学反应: : 分子组成结构不同分子组成结构不同: : 多聚体多聚体 同工酶是由不同基因或等位基因编码的多聚蛋同工酶是由不同基因或等位基因编码的多聚蛋 白组成。不同组织细胞基因表达存在差异白组成。不同组织细胞基因表达存在差异, ,组成
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