癌旁肺组织基因表达谱与肺鳞癌进展的相关性研究课件.ppt

1、癌旁肺组织基因表达谱与癌旁肺组织基因表达谱与肺鳞癌进展的相关性研究肺鳞癌进展的相关性研究 慢性炎症与肿瘤癌旁组织广泛存在炎症反应。炎症反应诱发局部DNA损伤，诱导EMT，诱导血管生成。慢性炎症与肝癌，胃癌，结直肠癌，肺癌的发生具有重要关系。癌旁组织与某些肿瘤的预后相关肝癌癌旁组织的基因表达谱肝癌预后相关（Budhu et al.，2006）。肺腺癌癌旁组织中15个细胞因子的表达谱与肺腺癌转移相关（Seike et al.，2007）。研究背景样本15例非癌症病人外周肺组织。60例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。技术手段Agilent 444k 基因表达谱芯片分析。基于表达谱的基因网络分析。现有Pa

2、thway的GSEA分析。研究目的：探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系实验方案：样本15例非癌症病人外周肺组织。60例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。技术手段Agilent 444k 基因表达谱芯片分析。基于表达谱的基因网络分析。现有Pathway的GSEA分析。研究目的：探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系实验方案：癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析针对Pathway的GSEA分析实验结果癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析经过非配对T检验，校正P值为610-5，得到2595个差异探针。聚类分析实验结果肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析表

3、达数据预处理标准化。同一个基因选取表达均值最大的探针。选取在60例肺鳞癌癌旁组织中表达变异最大的前2000个基因进行网络分析。“WGCNA”分析根据拓扑结构建立基因之间的Sub network。Scan free network。实验结果13 modules:13 sub networks参数设定实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析基因网络概况实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析各基因网络与临床表形的相关性实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析Module pink 结构信息87 genes实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析Module pink 基因功能分析Pvalu

4、eNameIDName6.52E-104510Focal adhesion1.27E-094512ECM-receptor interaction4.30E-091430Cell Communication0.0008144610Complement and coagulation cascades0.0019415222Small cell lung cancer0.0021735219Bladder cancer0.00224350TGF-beta signaling pathway0.0095865218MelanomaKEGG pathwaysGO termsPvalueGOTypeG

5、ODescription3.64E-38Componentextracellular region8.13E-21Componentproteinaceous extracellular matrix5.70E-15Functionextracellular matrix structural constituent8.13E-14Componentextracellular space4.18E-12Componentcollagen3.18E-07Processskeletal system development3.68E-07Functiongrowth factor activity

6、8.34E-07Componentmicrofibril8.34E-07Functionnucleotide diphosphatase activity9.99E-07Componentbasement membrane实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析根据基因表达谱建立 的基因网络显示与淋巴结转移、临床分期相关。直接考察现有的基因Pathway与淋巴结转移的关系，是否仍有类似的结果？实验结果针对Pathway的GSEA分析淋巴结转移KEGG：ECM-receptor interaction bioCarta;CXCR4 Signaling Pathway 实验结果：针对Pathway的GSEA分析KEGG：ECM-receptor interaction bioCarta;CXCR4 Signaling Pathway 与淋巴结转移显著相关的信号通路实验结果：针对Pathway的GSEA分析小结肺鳞癌癌旁肺组织中基因表达谱与肺癌症病人肺组织相比，发生了明显的改变。肺鳞癌癌旁肺组织中，血管生成因子、细胞因子、免疫分子的基因表达谱与淋巴结转移以及TNM分期具有显著相关性。利用癌旁组织作为研究材料，有助于进一步探索肿瘤发生发展的分子机理。