染色体与DNA分子生物学课件.ppt
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- 染色体 DNA 分子生物学 课件
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1、染色体与DNA分子生物学主要内容:1、染色体2、DNA的结构3、DNA的复制4、原核和真核生物DNA的复制特点5、DNA的修复6、DNA的转座遗传物质的本质就是核酸DNA是细菌的遗传物质DNA是病毒的遗传物质DNA是动物细胞的遗传物质某些病毒的遗传物质是RNAOOHN(nitrogenous base)OO(N=A、G、C、U、T)HH(O)H2OHH53-O核糖(pentose sugar)P-磷酸(phosphate)无论DNA或RNA,都是由许许多多个核苷酸连接而成的生物大分子,而每个核苷酸又由磷酸、核糖和碱基3部分组成。碱基糖苷键1O CH2磷酸酯键4核苷酸共价连接在一起形成多聚核苷酸
2、链组成DNA和RNA分子的五种含氮碱基的结构式染色体遗传物质的主要载体染色体在遗传上起着主要作用,因为亲代能够将自己的遗传物质以染色体(chromosome)的形式传给子代,保持了物种的稳定性和连续性。当细胞分裂时,染色体可见原核与真核细胞染色质的比较原核细胞中:DNA存在于称为拟核(nucleoid)的结构区。每个原核细胞一般只有一个染色体,每个染色体含一个双链环状DNA。真核细胞中:DNA主要集中在细胞核内,线粒体和叶绿体中均有各自的DNA。Genome size:the length of DNAassociated with one haploidcomplement of chrom
3、osomes Gene number:the number of genesincluded in a genome Gene density:the average number ofgenes per Mb of genomic DNA基因组与生物体的复杂性基因组(Genome)是由生物体内所有的染色体组成的各类生物的最小基因数随其复杂度而增加染色体的特征作为遗传物质,染色体具有如下特征:分子结构相对稳定;能够自我复制,使亲子代之间保持连续性;能够指导蛋白质的合成,从而控制整个生命过程;能够产生可遗传的变异。染色体包括:DNA和蛋白质两大部分。同一物种内每条染色体所带DNA的量是一定的,但
4、不同染色体或不同物种之间变化很大。真核细胞染色体的组成由核酸和蛋白质组成:DNA 蛋白质 RNA(尚未完成转录而仍与模板DNA相连接的,其含量不到DNA的10%)蛋白质染色体蛋白主要分为组蛋白和非组蛋白两类。Histones are conserved DNA-binding proteins ofeukaryotes that form the nucleosome,the basicsubunit of chromatin.H3H2B组蛋白组蛋白是染色体的结构蛋白:有H1、H2A、H2B、H3及H4五种,与DNA共同组成核小体。H2AH4真核细胞染色体上的组蛋白成分分析种类H1H2AH2B
5、H3H4相对分子质量21 00014 50013 80015 30011 300氨基酸数 目223129125135102分离难易 度易较难较难最难最难保守性不保守较保守较保守最保守最保守染色质中比例0.51111染色质中位置接头核心核心核心核心组蛋白的特性 进化上的极端保守性 无组织特异性 肽链上氨基酸分布的不对称性碱性氨基酸分布在N端;疏水基团在C端 存在较普遍的修饰作用甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化等The core histones share a commonstructural fold组蛋白的修饰(Histone modification)核心组蛋白N-端尾部在核小体结构、DNA
6、-蛋白质相互作用中的活跃作用;某些氨基酸残基可被修饰,如乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化,etc.Histone ProteinsHistone Tails are chemicallymodified by many types ofenzymes(core)H2A,H2B,H3&H4NucleosomeDNADNA methylationZhang Y.,Reinberg D.Genes Dev.2001;15:2343-2360Sites of modifications on the histoneN tails (mainly on K and R)赖氨酸的乙酰化(形成50种异构体);
7、丝氨酸(H3,H4,H2B)的磷酸化;赖氨酸和精氨酸(H3 和 H4)的甲基化;其它修饰:如泛素化和ADP-核糖基化。四种核心组蛋白尾部携带巨大的表观遗传信息量。组蛋白的修饰改变染色质的功能组蛋白的甲基化修饰 组蛋白的甲基化是由组蛋白甲基化转移酶(histonemethyl transferase,HMT)完成的。甲基化可发生在组蛋白的赖氨酸和精氨酸残基上:赖氨酸残基能够发生单、双、三甲基化;精氨酸残基能够单、双甲基化,这些不同程度的甲基化极大地增加了组蛋白修饰和调节基因表达的复杂性。组蛋白的甲基化与基因激活和与基因沉默相关。组蛋白的甲基化修饰方式是最稳定的。Active and silent
8、 modification at promoter HAT/HDAC催化H3,H4特定赖氨酸残基的乙酰化去乙酰化修饰,实现乙酰化水平的动态平衡;特定基因部位的组蛋白乙酰化和去乙酰化是以一种非随机的、位置特异的方式进行;乙酰化去乙酰化修饰影响染色质结构和基因活化;高乙酰化:转录活化;低乙酰化:转录抑制。Histone acetyltransferase(HAT)/Histone deacetylase complexes(HDAC)组蛋白乙酰基转移酶组蛋白去乙酰化酶Histone deacetylation induced byrecruitment of HDAC to gene promot
9、ersby different factorsSantiago Ropero,Manel Esteller.Molecular Oncology(2007)19-25.DNA methyl transferases(DNMT)methyl binding protein MeCP2Estrogen雌激素 receptor(ER)transcription factors(E2F,Rb).A model showing a possible effect ofHDAC2 mutation in cancer developmentClass I HDACs are involved ingene
10、 transcription-repressionmediated by retinoblastoma(Rb,眼癌)protein.The lost of HDAC2 function couldinduce the hyperacetylation andRe-expression of genes regulatedby retinoblastoma protein Rb(tumor-suppressor),and withcrucial functions in cell cycleregulation.Santiago Ropero,Manel Esteller.Molecular O
11、ncology(2007)19-25.转录激活、转录延伸 DNA修复、拼接、复制 染色体的组装 基因沉默 某些疾病的形成 细胞的信号转导 基因组的整体乙酰化组蛋白乙酰化去乙酰化参与的功能组蛋白的其他修饰方式 组蛋白还有其他不稳定的修饰方式,如磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等。通过多种修饰方式的组合,更为灵活的影响染色质的结构与功能。所以有人称这些能被专识别的修饰信息为组蛋白密码。各种修饰间也存在着相互的关联。Ubiquitin ligases and deubiquitinating enzymes responsiblefor monoubiquitination of histo
12、nes H2A and H2B,March2012|Volume2|Article26|Histone ubiquitinationand deubiquitination in transcription,DNA damage response,and cancer.组蛋白修饰的作用机制 通过影响组蛋白与DNA双链的亲和性,从而改变染色质的疏松或凝集状态,或通过影响转录因子与结构基因启动子的亲和性来发挥基因调控作用。核心组蛋白尾部的修饰,不仅仅影响DNA包装和染色质结构,更重要的是这些修饰是表观遗传信息的携带者。这种信息既决定了基因是怎样表达的,也决定了它们的表达方式是怎样在一代细胞和下一代
13、细胞之间保持的。在肿瘤、免疫、心血管等疾病的发生及其防治中具有十分深远的意义。核心组蛋白尾部修饰的意义组蛋白修饰是如何遗传给子染色体的Epigenetic inheritance非组蛋白约为组蛋白总量的60%70%,可能有20100种(常见的有1520种)主要包括酶类(RNA聚合酶)、与细胞分裂有关的蛋白。也可能是染色质的结构部分。非组蛋白非组蛋白 HMG蛋白(High mobility group protein)能与DNA结合但不牢固,也能与H1作用;可能与DNA的超螺旋结构有关。DNA结合蛋白相对分子量较低,占非组蛋白的20,染色质的8;可能与DNA的复制、转录、修复和重组有关。真核细胞
14、基因组的最大特点是它含有大量的重复序列,而且功能DNA序列大多被不编码蛋白质的非功能DNA所隔开。DNA C值(C-value):是指一种生物单倍体基因组DNA的总量各种生物细胞内DNA总量的比较在真核生物中,C值一般是随生物进化而增加的,高等生物的C值一般大于低等生物。C值反常现象(C-value paradox)C值往往与种系进化的复杂程度不一致,某些低等生物却具有较大的C值。真核细胞DNA序列可被分为3类碱基组成 重复次数 占DNA总量(%)基因类型不重复75020001几个10%80%结构基因序列中度重复序列101104 10%40%rRNA,tRNA,组蛋白基因高度重复序列6100数
15、百万次 10%60%卫星DNA蛋白质编码区域只占人类基因组非常小的部分17%0.5%Drosophila85%2%Proportion of functional elementswithin genomes13%E.coli70%28%2%YeastS.cerevisiae0.5%1.5%98%Human28%0.5%71%NematodeC.elegans0.5%0.01%Lunfish肺鱼肺鱼(dipnoi)Coding(protein)RNANon-coding82%99.5%Protein coding sequenceHuman genome 2-3%C.elegan genome
16、 25%The majority of transcripts are non-coding RNAsTranscriptional output/complexityThe major differences among different organismsare ncRNAs人和黑猩猩的基因差别为1,来源于非编码RNA 。人和鼠的蛋白质编码基因99%是共同的。人个体间单倍体基因组的碱基差异300万个,其中1万个(0.3%)出现在蛋白质编码基因中,且绝大多数存在于非编码RNA。含有30亿对碱基的人类基因组仅含有23万个蛋白质基因,是果蝇的两倍,啤酒酵母的4倍。显而易见,生 物 的 复 杂
17、性不由编码蛋白质的数目决定。人类基因组的蛋白质编码区占总基因组长度为12,那么其他98的基因组有什么功能?在这98的非蛋白质编码基因组序列里,约24为插入编码序列的内含子序列;人类基因平均每个基因有7个内含子。这么冗长的内含子序列有什么生物学功能?人类基因组草图带给科学家们的困惑人类基因组绝大部分都被转录成RNA,细胞内非编码RNA的数量是编码RNA的上百倍。这促使许多科学家认为生物体复杂性被隐藏在它们所输出的非编码RNA内,而非编码序列内。University of Queensland,AustraliaWashington University School of Medicine,US
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