第十八章基因诊断与基因治疗课件.ppt
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1、 第十八章第十八章 基因诊断与基因治疗基因诊断与基因治疗 (gene diagnosis and therapy)(gene diagnosis and therapy)2本章主要内容 基因诊断基因诊断 基因治疗基因治疗3 一一.基因诊断概念基因诊断概念 利用分子生物学方法,利用分子生物学方法,直接检测基因结直接检测基因结构及其表达水平是否异常构及其表达水平是否异常,从而对疾病作出,从而对疾病作出诊断诊断,为治疗提供依据。为治疗提供依据。第一节第一节 基基 因因 诊诊 断断4二二.基因诊断基因诊断特点特点:针对性强,特异性高针对性强,特异性高 检测灵敏度和精确性高检测灵敏度和精确性高 实用性强
2、,诊断范围广实用性强,诊断范围广 5三三.基因诊断常用技术方法基因诊断常用技术方法 核酸分子杂交技术核酸分子杂交技术 聚合酶链反应(聚合酶链反应(PCRPCR)技术)技术 生物芯片生物芯片 基因测序基因测序6(一)核酸分子杂交技术(一)核酸分子杂交技术 核酸分子杂交核酸分子杂交 是指一条单链核酸分子(是指一条单链核酸分子(DNADNA或或RNARNA)通过碱基互补与另一条)通过碱基互补与另一条单链核酸分子形成稳定双链的过程。单链核酸分子形成稳定双链的过程。基本原理:基本原理:碱基互补、变性和复性碱基互补、变性和复性 DNADNA与与DNADNA杂交:杂交:A=TA=T、GC;GC;DNADNA
3、与与RNARNA杂交杂交:A=UA=U、GC;GC;变性:变性:升高温度至升高温度至9494左右左右,使核酸双链解开为两条单链;,使核酸双链解开为两条单链;复性:复性:缓慢降低温度(缓慢降低温度(5252左右左右),变性的两条单链重新形成互),变性的两条单链重新形成互 补双链。补双链。碱基互补碱基互补7 hybridization DNA:DNA 5 A T G C C G A T 3 T A C G G C DNA:RNA 5 A T G C G T A 3 U A C G C A U RNA:RNA 5 A U G C U A C G 3 U A C G A U G C8 利用核酸双链的利
4、用核酸双链的碱基互补、变性和复性的碱基互补、变性和复性的原理,可以原理,可以用已用已知碱基序列的单链核酸片段知碱基序列的单链核酸片段作为作为探针探针,与待测样本中的单链核,与待测样本中的单链核酸互补配对,以判断有无互补的同源核酸序列的存在。酸互补配对,以判断有无互补的同源核酸序列的存在。核酸探针核酸探针 是指带有标记的、并已知碱基序列的是指带有标记的、并已知碱基序列的DNADNA或或RNARNA片段,能与片段,能与待测样本中单链核酸分子互补配对结合,进而检测同源序列。待测样本中单链核酸分子互补配对结合,进而检测同源序列。探针标记物探针标记物 有有放射性核素放射性核素或或非放射性核素非放射性核素
5、(生物素、地高辛、荧光素(生物素、地高辛、荧光素等)两大类。等)两大类。9 1.1.核酸分子杂交的分类核酸分子杂交的分类 液相杂交液相杂交 待测核酸样本与特异性探针同时溶于杂交液中待测核酸样本与特异性探针同时溶于杂交液中进行杂交反应;进行杂交反应;固相杂交固相杂交 待测核酸样本先结合到固相支持物上,再与溶待测核酸样本先结合到固相支持物上,再与溶液中的特异性探针进行杂交反应液中的特异性探针进行杂交反应。常用固相杂交支持物:常用固相杂交支持物:硝酸纤维素膜、尼龙膜等硝酸纤维素膜、尼龙膜等 102.2.核酸分子杂交(固相杂交)操作程序核酸分子杂交(固相杂交)操作程序制备待测核酸样品制备待测核酸样品分
6、离、变性、转移、固化分离、变性、转移、固化DNADNA片段片段杂交杂交加入标记核酸探针加入标记核酸探针检测杂交信号检测杂交信号标记核酸探针标记核酸探针预杂交预杂交制备核酸探针制备核酸探针漂洗去除未参与杂交的标记探针漂洗去除未参与杂交的标记探针11 3.3.常用固相核酸杂交方法常用固相核酸杂交方法 Southern Southern 印迹杂交法印迹杂交法(Southern blotting Southern blotting)Northern Northern 印迹杂交法印迹杂交法(Northern blotting Northern blotting)斑点杂交或狭缝杂交法斑点杂交或狭缝杂交法(
7、Spot/Slot blot hybridizationSpot/Slot blot hybridization)菌落杂交菌落杂交(colony hybridizationcolony hybridization)夹心杂交法夹心杂交法(sandwich hybridizationsandwich hybridization)原位杂交原位杂交(hybridization in situhybridization in situ)12 (1)Southern 印迹杂交法印迹杂交法 限制性内切酶酶切 检测杂交信号检测杂交信号 提取提取DNADNA Southern Southern 法可用于法可用于
8、检测特异的检测特异的DNADNA序列片段序列片段,进进行基因定位、分子量测定等。行基因定位、分子量测定等。13(2 2)Northern Northern 印迹杂交法印迹杂交法 (其基本过程类似于上述(其基本过程类似于上述SouthernSouthern法)法)提取提取RNARNA样本样本RNARNA变性变性琼脂糖凝胶电泳分离琼脂糖凝胶电泳分离转移至膜转移至膜探针(标记探针(标记DNADNA或或RNARNA)与之杂交)与之杂交显影显影或显色或显色检测信号。检测信号。NorthernNorthern法可用于检测组织细胞中总法可用于检测组织细胞中总RNARNA或或mRNAmRNA 14(3 3)斑
9、点杂交或狭缝杂交法)斑点杂交或狭缝杂交法 基本过程:基本过程:将变性的将变性的DNADNA或或RNARNA直接点到固相支持滤膜上直接点到固相支持滤膜上用标记用标记探针与之杂交探针与之杂交自显影或显色反应自显影或显色反应检测杂交信号检测杂交信号分析结分析结果果。优点:优点:简便、快速、灵敏、样本用量少;简便、快速、灵敏、样本用量少;缺点:缺点:特异性不高,有一定比例的假阳性。特异性不高,有一定比例的假阳性。用途:用途:检测样本中存在的微量检测样本中存在的微量DNADNA或或RNA RNA 15(4 4)菌落杂交)菌落杂交 该法可从大量细菌中筛选含特异的该法可从大量细菌中筛选含特异的DNADNA序
10、列及基因工程重组体。序列及基因工程重组体。16(5 5)夹心杂交法)夹心杂交法 ABREREREREABAB固相支持物固相支持物片段片段B B捕捉探针捕捉探针 片断片断A A 检测探针检测探针 本法优点:本法优点:特异性强,对样本纯度要求不高,定量较准确。特异性强,对样本纯度要求不高,定量较准确。17(6 6)原位杂交)原位杂交 将标记探针与细胞或组织切片中的核酸进行杂交,进而将标记探针与细胞或组织切片中的核酸进行杂交,进而 检测特异的检测特异的DNADNA或或RNARNA序列。序列。细胞原位杂交细胞原位杂交 组织切片原位杂交组织切片原位杂交 DNA-DNADNA-DNA RNA-DNA RN
11、A-DNA 三类杂交三类杂交 RNA-RNARNA-RNA 该法优点:该法优点:不需提取核酸,不需提取核酸,故可完整保持组织或细胞的形态,因而故可完整保持组织或细胞的形态,因而更能准确地反映组织细胞的功能状态。更能准确地反映组织细胞的功能状态。有有18(二)聚合酶链反应(二)聚合酶链反应(PCRPCR)技术)技术 PCRPCR是利用体内是利用体内DNADNA复制的原理和复制的原理和DNADNA变性与复性的性质,变性与复性的性质,在体外对目的基因在体外对目的基因DNADNA进行进行大量扩增的技术。大量扩增的技术。1.1.PCRPCR基本原理:基本原理:PCRPCR技术在模板技术在模板DNADNA
12、、dNTPdNTP、MgMg2+2+、合适、合适BufBuf.等条件下,用等条件下,用耐热的耐热的TaqTaq聚合酶聚合酶代替代替DNADNA聚合酶聚合酶,用合成的,用合成的DNADNA引物引物代替代替RNARNA引引物物,经过,经过DNADNA变性变性、引物与模板结合(、引物与模板结合(复性复性)和)和延伸延伸3 3个步骤的个步骤的反复循环反复循环 (2525 3030次)过程,使目的次)过程,使目的DNADNA呈指数呈指数扩增扩增 。19 PCRPCR技术原理示意图技术原理示意图(9494左右左右)(5252左右)左右)(7272左右)左右)20(1 1)DNADNA模板的模板的热变性热变
13、性 将待扩增将待扩增DNADNA加热到加热到94940 0C C左右,使双链左右,使双链DNADNA解开成解开成为单链,并游离于反应体系中作为模板。为单链,并游离于反应体系中作为模板。(2 2)模板与引物的结合()模板与引物的结合(退火或复性退火或复性)将体系温度降至合适温度(将体系温度降至合适温度(52520 0C C左右),使加入左右),使加入的引物与模板的引物与模板DNADNA两端(两端(3 3端)碱基序列互补结合。端)碱基序列互补结合。21(3 3)引物)引物延伸延伸 将体系温度升到将体系温度升到72720 0C C左右,左右,TaqTaq聚合酶催化聚合酶催化dNTPdNTP 按碱基互
14、补原则连接在按碱基互补原则连接在DNADNA引物引物3 3端,使链延伸,端,使链延伸,形成两条与模板互补的新链。形成两条与模板互补的新链。以上为以上为1 1次次PCRPCR循环循环(变性、复性和延伸)(变性、复性和延伸)(新合成的链可作为下一轮循环的模板新合成的链可作为下一轮循环的模板)按照上述按照上述(变性、复性和延伸)(变性、复性和延伸)3 3个个步骤反复循步骤反复循环环 ,PCRPCR产物呈指数扩增。产物呈指数扩增。模板模板DNA DNA 扩增倍数扩增倍数T=2T=2n n (n:(n:循环次数循环次数)。22 2.PCR 2.PCR各要素及其作用各要素及其作用(1 1)模板模板 PCR
15、PCR模板可以是模板可以是DNADNA或或RNARNA。以线性以线性DNADNA模板为佳,量适中,一般为模板为佳,量适中,一般为10102 2 10105 5个拷贝;个拷贝;RNARNA作为模板时,作为模板时,需要:需要:RNA cDNARNA cDNA PCR,PCR,称此为称此为RT-PCR.RT-PCR.(2 2)耐热)耐热DNADNA聚合酶聚合酶(TaqTaq DNA DNA聚合酶聚合酶)是从耐热细菌体内提取的一种是从耐热细菌体内提取的一种DNADNA聚合酶,可在聚合酶,可在9595稳定稳定3030分钟。从而保证分钟。从而保证PCRPCR在在 9494变性变性 5252退火退火7272
16、延伸延伸 循环循环3030次过程中不变性失活。次过程中不变性失活。逆转录逆转录23(3 3)引物)引物 引物是根据已知序列的模板引物是根据已知序列的模板DNADNA待扩增区两端而设计的待扩增区两端而设计的一对寡核苷酸小片断,长度一般为一对寡核苷酸小片断,长度一般为1515 3030个碱基。个碱基。引物是引物是保证保证PCRPCR扩增产物的大小和特异性的关键因素,其扩增产物的大小和特异性的关键因素,其设计与合成对设计与合成对PCRPCR的成功至关重要。的成功至关重要。引物设计原则如下:引物设计原则如下:24 引物设计应符合以下基本原则:引物设计应符合以下基本原则:长度适宜,一般为长度适宜,一般为
17、1515 3030个碱基;个碱基;G+C G+C含量,一般为含量,一般为4040 6060;4 4种碱基应随机性分布;种碱基应随机性分布;引物自身不应存在互补序列;引物自身不应存在互补序列;两个引物之间不应有多于两个引物之间不应有多于4 4个碱基的互补;个碱基的互补;引物引物3 3端不应有任何修饰;端不应有任何修饰;引物引物5 5可以修饰。可以修饰。25(4 4)缓冲溶液与)缓冲溶液与MgMg2+2+PCRPCR技术常用技术常用1010 50mmol/L Tris-HCl50mmol/L Tris-HCl、Ph8.3Ph8.3 8.888.88、偏碱缓冲液;并含有一定量的偏碱缓冲液;并含有一定
18、量的MgMg2+2+浓度;浓度;(5 5)dNTPdNTP浓度浓度 PCRPCR一般用一般用5050 200200mol/Lmol/L的的dNTPdNTP;并且;并且4 4种种dNTPdNTP浓度应浓度应相等;相等;26(6 6)参数)参数 变性温度与时间变性温度与时间 一般选择:一般选择:94940 0C C,3030秒秒 退火温度与时间退火温度与时间 取决于引物长度、浓度取决于引物长度、浓度 和和G+CG+C含量,含量,一般选择:一般选择:Tm-5Tm-5 延伸温度与时间延伸温度与时间 一般选择:一般选择:7070 7575 循环次数循环次数 取决于模板浓度,取决于模板浓度,一般循环:一般
19、循环:3030次次27 PCRPCR操作操作 各种各种PCRPCR反应的操作基本相同,只是根据引物与靶序列不反应的操作基本相同,只是根据引物与靶序列不同,选择不同的反应体系和循环参数。同,选择不同的反应体系和循环参数。将将PCRPCR反应管置于反应管置于DNADNA自动化热循环仪上,输入各种循环参自动化热循环仪上,输入各种循环参数,使数,使DNADNA扩增在热循环仪上很方便地完成。扩增在热循环仪上很方便地完成。PCRPCR技术优点技术优点 特异性强、灵敏度高、操作简便、省时,对样本质量要求特异性强、灵敏度高、操作简便、省时,对样本质量要求不高,能快速、特异地扩增任何不高,能快速、特异地扩增任何
20、DNADNA片断。片断。PCRPCR缺点缺点 由于高灵敏度,使易出现假阴性或假阳性结果。由于高灵敏度,使易出现假阴性或假阳性结果。28 3.PCR3.PCR产物分析产物分析(1 1)凝胶电泳分析法)凝胶电泳分析法 可用琼脂糖(可用琼脂糖(AgroseAgrose)或聚丙烯酰胺()或聚丙烯酰胺(PAGEPAGE)凝胶电泳检测凝胶电泳检测PCRPCR扩增产物的大小。扩增产物的大小。同时应以标准同时应以标准DNADNA分子量作平行对照,凝胶中加分子量作平行对照,凝胶中加入溴化乙锭,电泳后,紫外检测仪下观察结果并拍入溴化乙锭,电泳后,紫外检测仪下观察结果并拍照。照。(在待检靶序列拷贝数多、且仅扩增出一
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