新分子检测技术在肺癌精准治疗中的应用NGSvsddPCR课件.ppt

1、新分子检测技术在肺癌精准治疗中的应用 NGS与ddPCR比较 测序技术的发展带来靶向治疗的纵深研究 Li TH,et al.J Clin Oncol 31:1039-1049 PCR技术也经历了3代的进化 对NSCLC驱动基因的认知随着分子检测技术的进步在不断深入 Ashley J.Vargas et al，Nature Reviews Cancer 16,525537(2016)?1987年，KRAS基因突变在当时 50%的肺腺癌患者中被发现。?2004年，EGFR突变作为新的肺腺癌驱动基因被发现。2014年，随着TCGA计划的完成，肺腺癌的基因突变图谱被进一步完善。NGS在肿瘤临床领域的应

2、用 遗传易感性 伴随诊断用药指导 组织 良恶性判断 血液 复发与疾病进展监控 早期筛查 NGS在肺癌临床领域的应用 遗传易感性 伴随诊断用药指导 非小细胞肺癌 良恶性或分子分型 复发与疾病进展监控 早期筛查 NGS NGS+ddPCR NGS+ddPCR 肿瘤的异质性对传统分子组织诊断提出了挑战 NGS和ddPCR都能够报告等位基因突变频率，反映不同亚克隆的比例关系 NGS和ddPCR都是通过计算，看检测出多少带有突变的DNA（突变型），和检测到的所有的DNA（野生型+突变型）的比值来确定等位基因突变频率（AF）。?等位基因突变频率=4/14=28.5%未突变的DNA来自正常组织或肿瘤中的其他

3、亚克隆 EGFR L858 通过等位基因突变频率在结合样本病理评估中的肿瘤细胞占比，我们能够对肿瘤内部带有不同驱动基因的肿瘤细胞亚克隆有一个大致的比例上的了解。对了解肿瘤异质性有帮助。NGS和ddPCR都可分辨分子顺式/分子反式 有研究发现T790M 和C797S 突变分子顺式/分子反式信息影响EGFR TKI 治疗疗效；NGS和ddPCR 都能够提供EGFR突变的in cis/in tran信息，具有重要的临床意义，传统PCR 检测则会遗漏这一信息；K.S.Thress,et al.Nat Med,2015.21(6):p.560-562.基于靶向捕获的NGS能够同时检测已知突变和未知突变

4、检测基因 ddPCR 热点1 热点2 热点3 热点4 Capture NGS NCCN指南建议初诊患者进行多靶点平行检测 针对非小细胞肺癌的8个基因NGS可以完全覆盖 NGSNGS与与ddPCRddPCR在肺癌在肺癌8 8基因检测对比基因检测对比 检测基因型检测基因型 EGFR突变 ALK融合 HER2突变 BRAF突变 NGSNGS组织组织 NGSNGS血液血液 ddPCRddPCR组织组织 已知 已知 已知 已知 ddPCRddPCR血液血液 已知 难（已知）已知 已知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知

5、+未知 MET扩增 MET14外显子跳读 ROS1融合 KRAS突变 可以 难 很好 已知 已知 已知 好 已知 难（已知）已知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 检测已知+未知 NGS能够覆盖传统方法和 ddPCR无法检测的突变种类?MET 14 exon skipping，HER2 20 exon insertion等情况复杂的突变?EGFR等热点基因的非热点突变位点?ALK等热点基因的非常见融合方式?罕见的EGFR-19Del 可能会造成PCR方法假阴性 约3/4 ALK融合为经典的 EML4-ALK 融合，但有1/4为与其他基因的融合，包括

6、：?STRN-ALK?CATSPERB-ALK?ACVR1-ALK?CLIP1-ALK?DPH6-AS1-ALK?KIF5B-ALK?RP11-320M2.1-ALK?UGP2-ALK NGS能够发现新的耐药机制 发现AZD9291获得性耐药机制-C797S突变 15例患者一代TKI进展，T790M+，应用AZD9291后耐药，经检测发现三种类型：6例出现C797S 5例仍保持T790M，无C797S T790M消失 Thress KS et al,Nat Med.2015 Jun;21 与EGFR不同ALK-TKI的耐药机制更加复杂?NGS检测EGFR和ALK的耐药位点都没有问题。?ddPC

7、R只能做T790M这种比较集中出现的耐药位点检测。随着建库技术和生物信息分析策略的进步 NGS液体活检敏感性已经远超ddPCR NGS检测能够帮助分析肿瘤克隆的进化?在肿瘤克隆进化的过程中，劳拉替尼耐药相关亚克隆L1198F重拾对克唑替尼的敏感性?评论：相比反复活检在临床面临的巨大挑战，ctDNA动态随访是对肿瘤克隆进化监控的最佳方式 Shaw AT et al,N Engl J Med.2016;374(1):54-61.Bordi P et al,N Engl J Med.2016;374(18):1790.全外显子测序结果有助于评估接受免疫治疗的患者预后 N.Rizvi et al,Science,vol 348,2015 基于NGS的血液DNA甲基化检测能够满足肺癌早诊的需求 Delpu et al.Int.J.Mol.Sci.(2013)PNAS 感谢聆听感谢聆听