[医学]生物化学 第9章、核酸代谢课件.ppt
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1、第九章、核酸代谢第九章、核酸代谢Nucleic Acid MetabolismNucleic Acid Metabolism生物合成生物合成降解降解核酸的代谢核酸的代谢核酸(核酸(DNA和和RNA)的生物合成的的生物合成的实质就是实质就是DNA复制和复制和RNA的转录。的转录。第一节:核酸的降解第一节:核酸的降解一、核酸的酶促降解一、核酸的酶促降解按作用底物分:按作用底物分:RNase、DNase;按作用方式分:按作用方式分:外切酶、外切酶、内切酶;内切酶;1、核酸外切酶(核酸外切酶(exonulease)从核酸链的末端开始逐个顺次水解下核从核酸链的末端开始逐个顺次水解下核苷酸的酶。苷酸的酶。
2、产物为单核苷酸。产物为单核苷酸。牛脾磷酸二脂酶:作用牛脾磷酸二脂酶:作用5/-端,产物端,产物3/-核苷酸核苷酸蛇毒磷酸二脂酶:作用蛇毒磷酸二脂酶:作用3/-端,产物端,产物5/-核苷酸核苷酸2 2、核酸内切酶、核酸内切酶(endonuclease)能够水解核酸分子内磷酸二酯键的酶能够水解核酸分子内磷酸二酯键的酶一般的核酸内切酶专一性不强(专一性一般的核酸内切酶专一性不强(专一性强的不多,如,牛胰核酸酶:嘧啶核苷强的不多,如,牛胰核酸酶:嘧啶核苷酸酸嘧啶核苷嘧啶核苷-3-磷酸),磷酸),限制性内切酶具有很强的碱基专一性。限制性内切酶具有很强的碱基专一性。限制性内切酶限制性内切酶(restrie
3、tion endonuclease)概念:原核生物体内一类能识别双链概念:原核生物体内一类能识别双链DNADNA上特定的一段核苷酸序列并在特定上特定的一段核苷酸序列并在特定位点切断位点切断DNADNA两条链的核酸内切酶。两条链的核酸内切酶。限制性内切酶具有很强的碱基专一性。限制性内切酶具有很强的碱基专一性。识别位点:个碱基的回文序列识别位点:个碱基的回文序列切割结果:切割结果:平头末端平头末端(cohesive end)cohesive end):切口齐的切口齐的粘性末端粘性末端(blunt end)blunt end):切口交错切口交错 生物学功能:降解外面侵入的生物学功能:降解外面侵入的D
4、NADNA,而不降解自身细胞中的而不降解自身细胞中的DNADNA。应用:基因工程的工具酶应用:基因工程的工具酶分子手术刀分子手术刀中心法则中心法则翻译复制RNA复制蛋白质蛋白质DNARNA逆转录逆转录逆转录逆转录第二节、第二节、DNA的生物合成的生物合成DNA的生物的生物合成方式合成方式DNA的复制的复制(以(以DNA为模板合成为模板合成DNA)RNA的逆转录的逆转录(以(以RNA为模板合成为模板合成DNA)n一、一、DNA的半保留复制的半保留复制n二、大肠杆菌二、大肠杆菌DNA复制需要的酶及蛋白因子复制需要的酶及蛋白因子n三、三、原核生物原核生物DNA的复制(大肠杆菌)的复制(大肠杆菌)n四
5、、真核生物的四、真核生物的DNA复制复制n五、逆转录五、逆转录n六、六、DNA的损伤和修复的损伤和修复n七、七、PCR(聚合酶链式反应聚合酶链式反应)技术技术一、一、DNA的半保留复制的半保留复制1、概念概念:复制时,复制时,DNA两条两条链解开,以每条链为模板,按碱链解开,以每条链为模板,按碱基互补配对原则合成互补链。形基互补配对原则合成互补链。形成的两个子代成的两个子代DNA分子与原来的分子与原来的亲代亲代DNA分子完全相同,每个子分子完全相同,每个子代代DNA分子中一条链来自亲本,分子中一条链来自亲本,一条链为新合成的。一条链为新合成的。2、实验依据:、实验依据:1958,Meselso
6、n和和Stahl用同位素用同位素(15N)标记结合标记结合CsCl密度梯度离心法密度梯度离心法二、参与大肠杆菌二、参与大肠杆菌DNA辅助的酶及蛋白质因子辅助的酶及蛋白质因子n1dATPn2dGTPn3dCTPn4dTTPDNA聚合酶聚合酶模板、模板、RNA引物、引物、Mg2+DNA+n PPi(n=n1+n2+n3+n4)(一)、总反应(一)、总反应:底物底物:dNTP(dATP,dGTP,dCTP,dTTP)模板模板:单链的单链的DNA母链母链DNA聚合酶聚合酶:RNA引物引物:寡核苷酸寡核苷酸(10nt60nt)其它酶和蛋白因子其它酶和蛋白因子:引物酶、解链酶,解引物酶、解链酶,解旋酶,单
7、链结合蛋白,连接酶旋酶,单链结合蛋白,连接酶(二)(二)E.coliDNA复制需要的酶和蛋白因子复制需要的酶和蛋白因子n1.DNA聚合酶聚合酶:n2.引物酶引物酶n3.连接酶连接酶n4.解链酶解链酶n5.单链结合蛋白单链结合蛋白n6.拓扑异构酶拓扑异构酶、DNA聚合酶聚合酶DNA聚合酶以四种聚合酶以四种NTP为底物,在为底物,在DNA模板的指令下,按照碱基互补配模板的指令下,按照碱基互补配对的原则,把脱氧核糖核苷酸逐个添对的原则,把脱氧核糖核苷酸逐个添加到加到引物或延伸链的引物或延伸链的OH末端末端,形成形成3,5磷酸二酯键。磷酸二酯键。新合成的链按新合成的链按5 3方向进行延伸。方向进行延伸
8、。DNA polDNA pol DNA pol 相对分子质量相对分子质量/10 310913040053聚合活聚合活性性53外切活外切活性性35外切活外切活性性聚合速度聚合速度(nt/min)10001200240015 00060 000持续合成能力持续合成能力nt32001500500 000主要功能主要功能修复、切除引物、修复、切除引物、填补缺口填补缺口修复修复复制复制q大肠杆菌三种大肠杆菌三种DNA聚合酶的比较聚合酶的比较5至至3 的聚合活性(的聚合活性(5 3 ):):3OH对对dNTP的的磷酸进行亲核攻击,形磷酸进行亲核攻击,形成成3 ,5 磷酸二酯键。磷酸二酯键。3 5 外切酶活
9、性:外切酶活性:正常复制时该活性很正常复制时该活性很低,一旦出现错配的碱基,聚合反应停止,低,一旦出现错配的碱基,聚合反应停止,3535外切活性将错配的核苷酸切除外切活性将错配的核苷酸切除-校正作用;校正作用;5 3 外切酶活性外切酶活性533535外切酶活性53外切酶活性3 5 外切酶活性外切酶活性 5 3 外切酶活性外切酶活性vDNA聚合酶聚合酶:真正起复制作用的酶:真正起复制作用的酶10种种22个亚基组成个亚基组成核心酶:核心酶:亚基有聚合活性亚基有聚合活性;亚基有亚基有35外切酶活性;外切酶活性;组建核心酶组建核心酶2、引物酶:、引物酶:DNA的合成需要一段引物。的合成需要一段引物。大
10、多数细胞中引物为大多数细胞中引物为RNA。合成合成DNA 复制所需引物的酶统称为引物酶复制所需引物的酶统称为引物酶引物酶以单链引物酶以单链DNA为模板,为模板,NTP为底物合为底物合成成RNA。、连接酶、连接酶35535353HOP DNA ligaseNADATPNMNAMP+PPi+连接酶连接酶DNA连接酶在连接酶在DNA复制、修复和重组过程均起重要作用。复制、修复和重组过程均起重要作用。催化双链催化双链DNA切口上切口上5P与与3OH的的共价连接。共价连接。连接反应需要能量。连接反应需要能量。不催化二条游离单链的结合。不催化二条游离单链的结合。通过水解通过水解ATP获得能量打开获得能量打
11、开DNA双链。每解开双链。每解开一对碱基需要水解一对碱基需要水解2个个ATP分子。分子。35rep蛋白解链酶5353SSB领头链随从链4、解螺旋酶(解链酶):、解螺旋酶(解链酶):SSB与分开的单链与分开的单链DNA结合,阻止复性结合,阻止复性和保护单链部分不被核酸酶降解。和保护单链部分不被核酸酶降解。5、单链结合蛋白(、单链结合蛋白(SSB)(SSB-single-strand binding protein)SSB-single-strand binding protein)6、拓扑异构酶拓扑异构酶兼有内切酶和连接酶的活力兼有内切酶和连接酶的活力,既能水解,又能连接既能水解,又能连接磷酸二
12、酯键磷酸二酯键.型型拓扑异构酶拓扑异构酶:使使DNA一条链发生断裂和再连接。一条链发生断裂和再连接。II型拓扑异构酶型拓扑异构酶:使使DNA两条链发生断裂和再连接。两条链发生断裂和再连接。参与参与DNA复制的酶与蛋白因子总览图复制的酶与蛋白因子总览图三、三、原核生物原核生物DNA的复制(大肠杆菌)的复制(大肠杆菌)1、复制的起始复制的起始(initiation)复制起点处双复制起点处双链的解开,链的解开,RNA引物的合成引物的合成2、复制的延长复制的延长(elongation)DNA聚合酶聚合酶III向向RNA引物或延伸链的引物或延伸链的3端添加端添加dNTP,包括前导链的合成和滞后链的合成包
13、括前导链的合成和滞后链的合成3、复制的终止复制的终止(termination)DNA复制的起始位点,叫做复制原点(复制的起始位点,叫做复制原点(ori)原核生物只有一个复制起点;原核生物只有一个复制起点;真核生物有多个复制起点。真核生物有多个复制起点。1、复制的起始、复制的起始许多生物的复制原点都是富含许多生物的复制原点都是富含A、T的区段。的区段。q起始过程起始过程553353OK!35How?(1)1968日本冈崎日本冈崎发现发现了了DNA半不连续复制半不连续复制2、复制的延长半不连续复制、复制的延长半不连续复制DNA聚合酶聚合酶III向引物向引物RNA的的3端逐个添加核苷端逐个添加核苷酸
14、酸(2)、半不连续复制、半不连续复制概念:概念:DNA复制时,前导链的合成是连续的复制时,前导链的合成是连续的,而后随链的合成是不连续的,这种复制方式称而后随链的合成是不连续的,这种复制方式称为半不连续复制。为半不连续复制。前导链连续复制前导链连续复制后随链不连续复制后随链不连续复制555533335533前导链前导链DNA复制时,合成方向与复制复制时,合成方向与复制叉移动的方向一致并连续合成的链。叉移动的方向一致并连续合成的链。冈崎片段:冈崎片段:DNA复制过程中,由复制过程中,由DNA聚合酶合聚合酶合成的可连接为后随链的成的可连接为后随链的DNA短片段。短片段。后随链后随链DNA复制时,由
15、许多不连续的冈复制时,由许多不连续的冈崎片段连成的崎片段连成的DNA链。链。n滞后链的模板绕滞后链的模板绕DNA聚合酶向后回折成聚合酶向后回折成环,复制叉上的环,复制叉上的DNA聚合酶聚合酶III全酶同时全酶同时合成前导链和滞后链。合成前导链和滞后链。primosome(3)、后随链的生物合成后随链的生物合成pppRNA as primerDNA polymerase IIIpppDNA polymerase IDNA polymerase IDNAligase3、复制的终止、复制的终止两个复制叉从两个复制叉从ori 开始反向至约开始反向至约180的对面终止区相遇;的对面终止区相遇;终止蛋白结
16、合到终止位点上,阻止复制叉继续前移。终止蛋白结合到终止位点上,阻止复制叉继续前移。拓扑异构酶拓扑异构酶 IV分开连锁体,分开连锁体,DNA聚合酶聚合酶I填补空隙,连填补空隙,连接酶连接封口。接酶连接封口。总结:总结:DNA复制的高保真因素复制的高保真因素 DNADNA聚合酶对底物的选择作用;聚合酶对底物的选择作用;DNADNA聚合酶聚合酶3 53 5核酸外切酶的校对作用;核酸外切酶的校对作用;修复系统对错配碱基的检查和修复系统对错配碱基的检查和DNADNA各种损伤的修复各种损伤的修复 复制体的复杂结构进一步提高了复制的精确性;复制体的复杂结构进一步提高了复制的精确性;n1、真核生物、真核生物D
17、NA聚合酶聚合酶n2、真核生物的、真核生物的DNA复制的过程复制的过程n3、端粒的复制、端粒的复制四、真核生物的四、真核生物的DNA复制复制1、真核生物、真核生物DNA聚合酶聚合酶 DNA聚聚合酶合酶DNA聚聚合酶合酶DNA聚合聚合酶酶DNA聚合酶聚合酶DNA聚聚合酶合酶定位定位细胞核细胞核细胞核细胞核线粒体线粒体细胞核细胞核细胞核细胞核3 5外切外切活性活性无无无无有有有有有有引物合成活性引物合成活性有有无无无无无无无无持续合成能力持续合成能力中等中等低低高高高高(PCNA)高高功能功能引物引物合成合成修复修复线粒体线粒体DNA合成合成核核DNA合成合成修复修复2、真核生物的、真核生物的DN
18、A复制的过程复制的过程sG2MG1多起点,双向多起点,双向3、端粒的复制、端粒的复制伊丽莎白伊丽莎白布莱克本及丈夫布莱克本及丈夫卡罗尔卡罗尔格雷德格雷德杰克杰克绍斯塔克绍斯塔克2009年度诺贝尔生理学或医学奖年度诺贝尔生理学或医学奖 发现了端粒和端粒酶保护染色体的机理发现了端粒和端粒酶保护染色体的机理 n端粒(端粒(telomere)n真核生物真核生物染色体染色体末端的末端的DNA重复序列。重复序列。端粒的作用:端粒的作用:保护染色体末端不被酶降解;保护染色体末端不被酶降解;解决染色体复制时末端丢失的问题;解决染色体复制时末端丢失的问题;可能与细胞衰老有关。可能与细胞衰老有关。n端粒酶(端粒酶
19、(telomerase):):含有含有RNA(即即端粒重复单位的模板端粒重复单位的模板)和蛋白质的酶。和蛋白质的酶。兼有模板和逆转录酶两方面的作用。兼有模板和逆转录酶两方面的作用。n功能:端粒的复制功能:端粒的复制总结:总结:DNA复制的基本规律复制的基本规律:半保留复制半保留复制半不连续复制:前导链连续合成,后随链不半不连续复制:前导链连续合成,后随链不连续合成,由许多冈崎片段连接而成。连续合成,由许多冈崎片段连接而成。复制必需在特点的复制起始开始:复制必需在特点的复制起始开始:复制方向复制方向有单向或双向(更常见)有单向或双向(更常见)前导链和冈崎片段的合成都需要前导链和冈崎片段的合成都需
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