医学遗传学-群体演示教学课件.ppt
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- 医学 遗传学 群体 演示 教学 课件
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1、1学习要求学习要求 掌握:掌握:群体、基因频率、基因型频率群体、基因频率、基因型频率 遗传平衡、基因库、选择系数遗传平衡、基因库、选择系数 遗传漂变、适合度、遗传负荷、遗传漂变、适合度、遗传负荷、熟悉熟悉:近婚系数的计算方法。近婚系数的计算方法。基因频率基因频率与与基因型频率的转换。基因型频率的转换。了解:了解:影响群体遗传平衡的各种因素。影响群体遗传平衡的各种因素。第八章第八章 群体遗传学群体遗传学2 群体群体(种群种群)-)-同一区域内生活,相互婚配产生正常同一区域内生活,相互婚配产生正常 能育后代的个体集群能育后代的个体集群(孟德尔群体孟德尔群体)。研究群体的遗传结构及基因变化规律的学科
2、研究群体的遗传结构及基因变化规律的学科称称群体群体 遗传学遗传学。主要是应用数学原理主要是应用数学原理(概率概率)和方法研究群体的和方法研究群体的基因基因 和和基因型频率基因型频率、探讨基因、探讨基因突变、选择、迁移突变、选择、迁移等因素对等因素对 基因基因和和基因型频率基因型频率的影响和变化的规律。的影响和变化的规律。探讨遗传病和致病基因在群体的分布和发生、发展探讨遗传病和致病基因在群体的分布和发生、发展 规律的学科规律的学科称称医学群体遗传学医学群体遗传学(遗传流行病学遗传流行病学)。3 第一节第一节 群体的遗传平衡群体的遗传平衡 一个群体具有的全部遗传信息或基因一个群体具有的全部遗传信息
3、或基因称称基因库基因库。群体的遗传组成就是基因库中的群体的遗传组成就是基因库中的基因基因和和基因型基因型的的 种类种类和和频率频率的组成。的组成。一、基因频率和基因型频率一、基因频率和基因型频率 1 1、基因频率、基因频率 群体中某一基因占所有等位基因总量的比率群体中某一基因占所有等位基因总量的比率。如;群体的等位基因如;群体的等位基因Aa;Aa;总和是总和是A+a=1A+a=1 A A或或a a各自所占的比率各自所占的比率就是就是A A、a a的的基因频率基因频率。4 设;一对等位基因设;一对等位基因A A、a a。群体内群体内任一基因任一基因 座上全部等位基因的座上全部等位基因的总和总和是
4、是 A+a=A+a=1 1 例;群体例;群体500500人,等位基因人,等位基因A A和和a a;基因型;基因型AAAA/AaAa/aaaa。每人一对基因每人一对基因,500500人人2 2=10001000个个 设;设;A A=600600、a a=400400;因因 600600+400400=10001000=1 1 则;则;A A基因频率基因频率=600/1000600/1000=0.60.6(p)(p)a a基因频率基因频率=400/1000400/1000=0.40.4(q)(q)A A+a a=p p+q q=1 1=1 15 2 2、基因型频率、基因型频率 群体某群体某基因型基
5、因型个体占该群体各基因型总数的个体占该群体各基因型总数的比率。比率。设;一对等位基因设;一对等位基因A A、a a,大群体内随机婚配,有,大群体内随机婚配,有 三种三种基因型基因型;AAAA、AaAa、aaaa。设;设;10001000人,人,AAAA=300300、AaAa=500500、aaaa=200200。求求AAAA/AaAa/aaaa各基因型的频率各基因型的频率?基因型频率基因型频率:AAAA=300300/10001000 =0.30.3 Aa Aa=500500/10001000 =0.50.5 aa aa=200200/10001000 =0.20.26 基因频率基因频率:设
6、;设;A A=p p,a a=q q;p p+q q=1 1。则则 (p(p+q)q)2 2=p p2 2+2pq2pq+q q2 2=1 1 基因型频率基因型频率:AAAA=p p2 2;AaAa=2pq2pq;aaaa=q q2 2 因因 p p+q q=1 1 基因频率:基因频率:A A=p p2 2+1/2(1/2(2pq2pq)a a=q q2 2+1/2(1/2(2pq2pq)3 3、基因型频率和基因频率的换算关系、基因型频率和基因频率的换算关系 基因型频率基因型频率可从群体的可从群体的表型表型调查中获得;调查中获得;基因频率基因频率可通过与可通过与基因型频率换算基因型频率换算得出
7、。得出。7基因型基因型 血型血型(表型表型)基因型频率基因型频率 -L LM ML LM M MM 355355/10001000=0.3550.355 L LM ML LM M=0.355 0.355 -L LM ML LN N MNMN480480/10001000=0.480 0.480 L LM ML LN N=0.4800.480 -L LN NL LN N N N 165165/10001000=0.165 0.165 L LN NL LN N=0.1650.165 -0.3550.355+0.4800.480+0.1650.165=1 1 例例MNMN血型血型(L LM M、L
8、LN N共显性共显性);M M=L LM ML LM M、N N=L LN NL LN N、MNMN=L LM ML LN N -设;调查设;调查10001000人人,MM=355355人人、N N=165165人人、MNMN=480480人人 依依基因频率基因频率和和基因型频率基因型频率关系换算出关系换算出基因频率基因频率:L LMM频率频率=0.3550.355+1/21/20.4800.480=0.5950.595 L LN N频率频率=0.1650.165+1/21/20.4800.480=0.4050.4058 遗传平衡遗传平衡群体,知道群体,知道基因型频率,基因型频率,可依可依遗传
9、平衡定遗传平衡定 理理计算计算基因频率基因频率,亦可据,亦可据基因频率基因频率推出推出基因型频率基因型频率。例;例;PKU(AR)PKU(AR)群体群体发病率发病率0.0001(aa0.0001(aa=0.00010.0001=q q2 2),求求a a(q q)和和杂合子杂合子AaAa(2pq2pq)频率。频率。已知;已知;aaaa(q(q2 2)=0.00010.0001;a a=0.00010.0001=0.010.01 A A+a a=1 1;A A=1 1-0.010.01=0.990.99 已知;已知;AAAA:2Aa2Aa:aaaa=p p2 2+2pq2pq+q q2 2 Aa
10、Aa=2 20.990.990.010.01=0.020.02=1/501/50 5050人中有一个携带者人中有一个携带者(AaAa)。9 二、二、Hardy-WeinbergHardy-Weinberg定律定律1 1、群体足够大。群体足够大。2 2、随机婚配随机婚配。3 3、无基因突变或突变均衡。无基因突变或突变均衡。4 4、生存、生育机会均等。生存、生育机会均等。5 5、无大规模迁移无大规模迁移(迁入迁入或或迁出迁出)。(一一)遗传平衡定律的概念遗传平衡定律的概念 随机婚配大群体内,若没有随机婚配大群体内,若没有突变、选择、突变、选择、迁移迁移和和漂变漂变等,等,基因频率基因频率将代代保持
11、不变。将代代保持不变。基因型基因型频率频率和和基因频率基因频率累代保持不变累代保持不变称称遗传平衡。遗传平衡。10 设;一对基因设;一对基因A A和和a a;亲代基因亲代基因A A=p p,a a=q q;在平衡群体中;在平衡群体中;(p(p+q)q)2 2=p p2 2+2pq2pq+q q2 2=1 1 亲代亲代基因型频率基因型频率;AAAA=p p2 2;AaAa=2 2pqpq,aaaa=q q2 2 在随机婚配的大群体,后代各在随机婚配的大群体,后代各基因型基因型比例应为比例应为;子代子代基因型频率基因型频率符合符合AAAA:AaAa:aaaa=p p2 2+2pq2pq+q q2
12、2=1 1;则是则是遗传平衡群体遗传平衡群体。遗传平衡公式遗传平衡公式:p p2 2+2pq2pq+q q2 2=1 1 A A(p p)a a(q q)A A(p p)AA AA=p p2 2 Aa Aa=PqPq a a(q q)aA aA=pqpq aa aa=q q2 2精子精子卵子卵子11 设;设;100100人平衡群体,人平衡群体,AAAA6060人,人,AaAa2020人,人,aaaa2020人。人。基因型基因型 频率频率 AAAA 6060 0.6 0.6 p p2 2 AaAa 2020 0.2 0.2 2pq2pq aaaa 2020 0.2 0.2 q q2 2 合计合计
13、 100100 1.01.0 遗传平衡群体遗传平衡群体?求;亲代求;亲代100100人人A A、a a的的基因频率基因频率?A A=60602 2+2020=140140;a a=20202 2+2020=6060 A A=140140/200200=0.70.7;a a=6060/200200=0.30.312 子代子代基因型频率基因型频率、基因频率基因频率:AA(AA(0.490.49)+2Aa(2Aa(0.420.42)+aa(aa(0.090.09)=)=p p2 2:2pq2pq:q q2 2=1 1 A A=0.490.49+1/2(0.421/2(0.42)=0.700.70 a
14、 a=0.090.09+1/2(0.42)1/2(0.42)=0.300.30亲代:亲代:AAAA:AaAa:aaaa=6060:2020:2020 男男 A a A a 女女 0.7 0.30.7 0.3A A 0.70.7 AA AA 0.490.49 Aa Aa 0.21 0.21 a a 0.30.3 Aa Aa 0.210.21 aa aa 0.090.09 按按Hard-WeinbengHard-Weinbeng原则,随机婚配时,子代原则,随机婚配时,子代A A和和a a 基因频率基因频率应保持不变,仍是应保持不变,仍是 A A=0.70.7;a a=0.30.3 。13 三、三、
15、Hard-WeinbergHard-Weinberg定律的应用定律的应用 (一一)群体遗传平衡的评判群体遗传平衡的评判 群体群体是否是否遗传平衡遗传平衡,判断步骤如下;判断步骤如下;根据根据基因频率基因频率和和基因型频率基因型频率的关系,由的关系,由已知基已知基 因型频率因型频率求出求出基因频率基因频率。据据平衡公式平衡公式,由,由基因频率基因频率求出平衡状态时求出平衡状态时基因基因 型频率型频率的的理论值理论值。将将理论值理论值与与实际值实际值比较;比较;理论值理论值与与实际值实际值一致,一致,肯定肯定是平衡群体是平衡群体。如。如不一致不一致,也,也不能直接否定不能直接否定,则需通过则需通过
16、 2 2显著性检验显著性检验来判断其是否平衡来判断其是否平衡?14 例;检测例;检测40804080名汉族大学生名汉族大学生PTCPTC尝味能力尝味能力(半显性半显性),结果结果(实际值实际值):TTTT=11801180、TtTt=20532053、tttt=847847 是否为平衡群体是否为平衡群体?与与理论值理论值进行比较。进行比较。【书书101101】求求 基因型频率:基因型频率:设设 TTTT=D D=11801180/4080 4080=0.28920.2892 Tt Tt=H H=20532053/4080 4080=0.50320.5032 tttt=R R=847847/40
17、80 4080=0.20760.2076 算算 基因频率:基因频率:T T=P P=D D+1/21/2H H=0.28920.2892+1/21/20.50320.5032=0.54080.5408 t t=q q=R R+1/21/2H H=0.20760.2076+1/21/20.50320.5032=0.45920.459215 基因频率基因频率实际值实际值调查总人数调查总人数=基因型基因型频率频率理论值理论值 TTTT=P P2 2=0.54080.54082 240804080=1193.261193.26 Tt Tt=2pq2pq=2 20.54080.54080.45920.4
18、59240804080=2026.422026.42 tt tt=q q2 2=0.45920.45922 240804080=860.33860.33 实际值实际值与与理论值理论值不完全一致时,不能就判定不完全一致时,不能就判定实际实际与与 理论预期理论预期不符不符(不平衡不平衡),需,需吻合度检验吻合度检验再作判断。再作判断。吻合度检验:吻合度检验:用统计学方法检验用统计学方法检验实际值实际值与与理论值理论值是是 否吻合;依否吻合;依统计学规定:统计学规定:差异率:差异率:P P 5%5%;差异显著差异显著 P P 5%5%;差异不显著差异不显著,符合假设。,符合假设。16PTCPTC尝味
19、尝味2 2检验检验 (书书P101)P101)基因型基因型 TT Tt ttTT Tt tt 总计总计实际值实际值(o o)1180 2053 847 4080)1180 2053 847 4080理论值理论值(e e)1193.26 2026.42 860.33 4080)1193.26 2026.42 860.33 4080(o o-e e)2 2/e e 0.147 0.349 0.206 0.147 0.349 0.206 0.7020.702 自由度自由度n=n=1 1;2 2=0.720.72;查表查表(p102p102)1.321.32 0.720.72 0.45 0.45 P
20、P在在0.250.25 0.500.50之间,之间,P P0.050.05,差异不显著差异不显著。根据根据2 2值查出偏差出现的概率大小,判断偏差性质。值查出偏差出现的概率大小,判断偏差性质。计算公式计算公式:2 2=(o o-e e)2 2e eo=实际值;实际值;e=理论值;理论值;=比值的总和比值的总和17 (二二)基因频率的计算基因频率的计算 1 1、常染色体基因频率计算常染色体基因频率计算 (1 1)共显性基因频率计算共显性基因频率计算(MNMN血型血型)总人数总人数 MM型型 MNMN型型 N N型型 17881788人人 397 861 530397 861 530 已知表型已知
21、表型 MM-MMMM MNMN-MNMN N N-NNNN 求求MM和和N N的频率:的频率:MM=(397(3972 2+861)861)/(1788(17882)2)=0.46280.4628 N N=(530(5302 2+861)861)/(1788(17882)2)=0.53720.537218 (2 2)常显常显基因频率计算基因频率计算 ADAD病,病,AAAA/AaAa患病,患者患病,患者基因型频率基因型频率是是p p2 2和和2pq2pq,正常人正常人基因型频率基因型频率是是q q2 2。但。但AAAA/AaAa表型表型无法区别,无法区别,需利用遗传平衡公式计算。需利用遗传平衡
22、公式计算。如家族性结肠息肉如家族性结肠息肉(ADAD)发病率是发病率是1/10001/1000,求致病求致病 基因基因P(P(A A)的频率?的频率?P(P(A A)=p p2 2+2pq2pq=0.0010.0012 2+1/21/20.00010.0001 =0.0000010.000001+0.000050.00005 =0.000050.00005;因因 P P+q=1q=1 q(q(a a)=1 1-0.000050.00005 0.999950.9999519 (3)(3)常隐基因频率计算常隐基因频率计算 因;因;p p+q q=1,1,所以所以 p p=A A=1 1-q q=1
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