freeroi-在功能磁共振roi分析中的应用课件.ppt

1、黄利皆神经影像计算小组 刘嘉实验室认知神经科学与学习国家重点实验室北京师范大学在应用ROI分析的研究中，ROI的确定方式主要有以下几种根据解剖图谱确定ROI 根据功能激活区确定ROI 以确定坐标点为中心生成规则ROI打开一个terminal输入freeroi，键入回车，开启程序点击File-Open standard volume，打开一个结构像图像区：以不同的形式呈现图像在不同的图像显示形式间切换导入新volume；删除已载入的volume；新建空白volume；保存volume数据到文件；改变volume的排列顺序；设置激活值阈限；设置volume显示颜色；显示当前鼠标选择点坐标由脑结构图

2、谱生成ROI载入HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm.nii.gz文件，显示颜色为rainbow。假设我们想针对特定脑区开展研究选中Harvard Oxford模板点击工具栏ROI toolset一项，弹出对话框根据需要选择脑区，提取ROI基于当前的研究结果，我们还没有准确的找到大脑功能区和结构脑区之间的对应关系。同时，结构脑区的划分程度相对较粗，一个结构脑区中可能同时包含多个功能脑区。以上问题要求我们，要想获得更加精细的功能脑区，就需要根据功能激活图，选取ROI。通过手画ROI的操作，我们会发现过程中主要有两个问题画笔的大小不容易选取，很难准确的只把激活区

3、画上；如果要画多个ROI，我们需要自己记住各个ROI的编号，画ROI时容易用错标记值。基于激活图手画ROI点击New volume，新建一个空白的数据选中新生成的数据在工具栏上选择voxel edit在label config center中选择画笔的刷子大小在label config center选择要标记成的label我们画完，可能会发现画上的区域要比激活区大，很多未激活的区域也被划入了ROI。为了解决这个问题，我们加入了新的功能：将ROI与激活图取交集。选中我们画的ROI所在图像点击工具栏上intersection的图标，弹出对话框通过以上改进，手画ROI的工作流程得到了很大改善。为了进

4、一步减少研究者的工作量，我们还开发出一套半自动化的ROI提取流程。半自动化提取fROI激活图分割分割结果选择testdata，设置好激活值阈限（2.3），点击 watershed图标（水滴图标）。在图像列表中，选中分割后的图像点击工具栏上的ROI toolset，弹出对话框在左侧边条中，label config center的下拉框中选择face一项，在下面的列表中，选中r_pFus。之后，我们将选择分割后的区域，并将其标记为r_pFus.如果在标记时，发现选择了错误的label，可以通过ROI edit的功能对错误及时修正选中要修改的图像（R_FFA）在工具栏上选择ROI edit在labe

5、l config center选择要标记成的label 如要删除某个ROI，则选择 0 Unknown 若要更改某个ROI的标记值，则选择要改成的label直接点击要修改的ROI，对其进行处理在实际研究中，除了直接将激活区作为ROI提取出来这种研究方式外，还可能会以激活的峰值点为中心做一个规则的（小球或立方体）ROI。优点：相对手画ROI方法更加客观生成规则ROI这里，我们将前面提取的右侧FFA的peak点找到，并以它为中心，生成一个立方体的规则ROI。从FFA的激活区中提取peak以FFA的peak为中心生成立方体将FFA的激活区从全脑激活图中提取出来选中激活图（testdata），点击工具

6、栏上intersection图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。生成的testdata_R_FFA中，只含有右侧FFA的激活区。选中激活图testdata_R_FFA，点击工具栏local max图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。在生产的testdata_R_FFA_lmax数据中，只有FFA的peak点选中testdata_R_FFA_lmax，点击工具栏Regualr ROI图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。生成的新数据中，是以右侧FFA的peak点为中心，以4个体素为边长的立方体。Face localizerfacesceneobjectscramble

7、d选中之前获得的R_FFA的图像，点击保存按键，可将图像保存为nifti文件，用于后续分析。打开一个新的terminal，进入tutorial_data目录使用命令从testdata_raw_condition数据中提取右侧FFA在四种原始条件下（face，object，scene和scrambled object）的平均反应。fslmeants i testdata_raw_condition.nii.gz m R_FFA.nii.gz o R_FFA.log简便的ROI提取操作优化的手画ROI功能半自动化提取ROI流程基于激活peak点，生成规则ROI多种数据可视化方式刘嘉甄宗雷刘嘉课题组全体黄利皆 huanglijie.sealgmail杨泽天 zetian.yanggmail党晓彬 dangxiaobingmail周光富 zhougf0908gmail激活图