不同样品核酸提取扩增荧光定量PCR完美解决方案.ppt
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1、-核酸提取攻略核酸提取攻略北京百泰克生物技术有限公司(北京市海淀区上地信息路北京百泰克生物技术有限公司(北京市海淀区上地信息路1515号)号)不同样品不同样品RNARNA提取最适方法提取最适方法RNARNA纯度与质量考察纯度与质量考察RNARNA提取常见问题及解决方案提取常见问题及解决方案常见样品常见样品DNADNA提取提取特殊样品特殊样品DNADNA提取提取DNADNA分离纯化中常见问题分析分离纯化中常见问题分析样品样品裂解液裂解液上层溶液上层溶液液氮研磨液氮研磨或其他方法处理或其他方法处理抽提抽提细胞裂解细胞裂解干燥溶解干燥溶解或洗脱或洗脱离心洗涤离心洗涤酒精沉淀酒精沉淀或介质吸附或介质吸
2、附沉淀法:沉淀法:异丙醇或乙醇介质吸附法:介质吸附法:吸附材料吸附材料原理原理硅基质硅基质高盐低pH值结合核酸,低盐高pH值洗脱阴离子交换树脂阴离子交换树脂低盐高pH值结合核酸,高盐低pH值洗脱磁珠磁珠磁性微粒挂上不同基团可吸附并携带RNA异硫氰酸胍异硫氰酸胍/苯酚法苯酚法在变性剂异硫氰酸胍的作用下,细胞被裂解,同时核蛋白体上的蛋白变性,核酸释放;释放出来的DNA和RNA由于在特定pH下溶解度的不同而分别位于整个体系中的中间相和水相,从而得以分离;有机溶剂抽提,沉淀,得到纯净RNA。胍盐胍盐 /-/-巯基乙醇巯基乙醇盐酸胍裂解样本,抑制 RNase 的活性;-巯基乙醇变性蛋白 在经典试剂的基础
3、上,不断升级。在经典试剂的基础上,不断升级。多款高品质的多款高品质的RNA提取试剂:提取试剂:Tri pure(Trizol)RNApure(Trizol法的升级产品)法的升级产品)小鼠肝脏组织小鼠肝脏组织 BioTeke RNApure高纯总高纯总RNA 快速提取试剂盒快速提取试剂盒 0.1g样品组织样品组织图:小鼠肝脏组织图:小鼠肝脏组织RNA RNA 1 2 3 4 1 2 3图片说明:1 BioTeke RNAclean2 BioTeke TRIpure(TRIzol法)3 BioTeke RNApure 离心柱型(注:本图实验材料为植物叶片)同一样品基因组同一样品基因组DNA和和RN
4、A分提分提原理:原理:根据基因组DNA和RNA在硅基质膜上的结合条件不同,用两根离心吸附柱分别提取基因组DNA和RNA。图1全血样品溶解在TRI pure LS Reagent试剂后的状态图2泳道1与2,在-80度保存一个月后的提取结果。M泳道:标准的Hela细胞RNA松针、冬青、香蕉、木菠萝松针、冬青、香蕉、木菠萝和杨树和杨树通用植物总通用植物总RNA提取试剂盒提取试剂盒(离心柱型)(离心柱型)0.1g样品组织样品组织 得率:约得率:约35-4035-40g 纯度:纯度:OD260/OD280OD260/OD2801.82-1.951.82-1.95 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
5、图片说明:图片说明:1 1、2 2 杨树;杨树;3 3、4 4 香蕉;香蕉;5 5、6 6 松针;松针;7 7、8 8 冬冬青;青;9 9、10 10 木菠萝木菠萝 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10水稻种子、小麦种子、玉米种水稻种子、小麦种子、玉米种子、高粱种子、拟南芥种子、大子、高粱种子、拟南芥种子、大豆种子、苹果、葡萄、香蕉、棉豆种子、苹果、葡萄、香蕉、棉花、龙眼、荔枝、各种草坪牧草花、龙眼、荔枝、各种草坪牧草植物、各种树木、各种花卉等绝植物、各种树木、各种花卉等绝大多数植物大多数植物图片说明:1、2DNA和大RNA;3、4Micro RNA(材料为小鼠肝脏组织)1 2 3 4提取
6、原理:提取原理:传统方法:先提取总RNA然后跑胶回收或沉淀Micro RNA。新方法:通过裂解液裂解和酸酚分层后过柱两次,一次去除基因组DNA和大片段RNA,后一次吸附Micro RNA,然后漂洗收集。新方法特点:新方法特点:高效分离小RNA,同时分离总RNA可用于miRNA、siRNA和snRNA的分析适用各种来源的样品提取时间短,约30分钟完成实验生物大分子具有共轭双键,在生物大分子具有共轭双键,在260260和和280nm280nm波长处有光吸收波长处有光吸收峰。峰。纯度:纯度:紫外分光光度计测定所提总紫外分光光度计测定所提总RNARNA在在260nm260nm和和280nm280nm波
7、长波长处的光吸收,以处的光吸收,以A260/A280A260/A280的比值来判断总的比值来判断总RNARNA的纯度。的纯度。质量质量:甲醛变性琼脂糖凝胶电泳鉴定。甲醛变性琼脂糖凝胶电泳鉴定。RNARNA纯度与质量考察纯度与质量考察RNA RNA 的降解的降解 OD260/OD280 OD260/OD280 比值偏低比值偏低电泳带型异常电泳带型异常下游实验效果不佳下游实验效果不佳新鲜细胞或组织:新鲜细胞或组织:l裂解液的质量l外源RNase的污染l裂解液的用量不足l组织裂解不充分l另外某些富含内源酶的样品(如脾脏,胸腺等),很难避免 RNA 的降解。l建议在液氮条件下将组织碾碎,并且匀浆时使用
8、更多裂解液。冷冻样品:冷冻样品:l样品取材后应立即置于液氮中速冻,然后可以移至-70冰箱保存。样品要相对小一点;l先用液氮研磨,再加裂解液匀浆;l样品与裂解液充分接触前避免融化,研磨用具必须预冷,研磨过程中及时补充液氮。采集样品的保护:采集样品的保护:l通常用液氮保存l样品保护剂RNAfixer,样品浸泡其中可以在37保存一天,25一周,4一个月,-20一年左右。环境中环境中RNase的清除:的清除:lDEPC处理各种实验器具lRNAsafe对溶液中RNase进行清除。lRNA酶喷雾清除剂,可对固体表面的RNase起到清除的作用,更大程度上避免RNase的污染。蛋白质污染:蛋白质污染:l不要吸
9、入中间层及有机相,加入氯仿后首先混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。l减少起始样品量,确保裂解完全、彻底l解决办法:重新抽提一次,再沉淀,溶解。苯酚残留:苯酚残留:l不要吸入中间层及有机相,加入氯仿后首先混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。l解决办法:重新抽提一次,再沉淀,溶解。抽提试剂残留:抽提试剂残留:l确保洗涤时要彻底悬浮 RNA,并且彻底去掉 75%乙醇。l解决办法:再沉淀一次后,溶解。设备限制:设备限制:测定OD260 及OD280 数值时,要使OD260 读数在 0.10-0.50 之间。此范围线性最好。用水稀释样品:用水稀释样品:测 OD 时,对照及样品稀释液请使用 10
10、 mM Tris,pH 7.5。用水作为稀释液将导致比值的降低。非变性电泳:非变性电泳:上样量超过 3g,电压超过 6V/cm,电泳缓冲液陈旧,均可能导致 28S 和 18S 条带分不开。变性电泳条带变淡:变性电泳条带变淡:l EB 与单链的结合能力要差一些,故同样的上样量,变性电泳比非变性电泳要淡一些;l甲醛的质量不高。抽提试剂的残留抽提试剂的残留 75%乙醇洗涤 样品中杂质的残留样品中杂质的残留多糖等杂质,再次沉淀 DNA DNA 污染污染 使用RNase-Free 的 DNase I 消化抽提RNA 常见样品基因组常见样品基因组DNADNA提取提取l细胞细胞/组织组织/细菌细菌/血液基因
11、血液基因DNADNA提取提取l植物材料植物材料DNADNA提取提取特殊样品基因组特殊样品基因组DNADNA提取提取l大量血液样品大量血液样品DNADNA提取提取l环境微生物环境微生物DNADNA提取提取l临床样本临床样本DNADNA提取提取DNADNA分离纯化中的常见问题分析分离纯化中的常见问题分析化学方法lCTAB法:适用于植物材料等。是一种阳离子去污剂,溶解细胞膜,与核酸结合。在高盐下溶解释放DNA。lSDS法:适用于血液,细胞,动物组织,细菌,酵母等物理方法 机械剪切,超声波破碎,研磨匀浆等。易造成DNA断裂。酶法 蛋白酶KBioTekeBioTeke基因组基因组DNADNA提取系列试剂
12、盒综合利用上述方法提取系列试剂盒综合利用上述方法不需要使用有毒的氯仿、苯酚等试剂多次柱漂洗确保高纯度;长度可达30-50Kb玉米叶片基因组玉米叶片基因组DNADNA提取提取(使用新型快速植物基因组(使用新型快速植物基因组DNADNA提取试剂盒)提取试剂盒)特殊样品基因组特殊样品基因组DNADNA提取提取传统方法适用于所有材料基因组DNA的提取?比如大量血液?比如大量血液?比如土壤比如土壤/粪便中的微生物基因组粪便中的微生物基因组DNADNA的提取?的提取?比如病毒及其他微量样品比如病毒及其他微量样品DNADNA的提取?的提取?NONO!传统方法传统方法 消化后,用酚/氯仿抽提,时间长,损害操作
13、人员健康BioTeke创新创新 不用蛋白酶消化 不用酚/氯仿抽提结果:结果:得率:约75-250g/5mL血样 纯度:OD260/OD2801.87-1.955ml5ml全血基因组全血基因组DNADNA提取电提取电泳结果泳结果其他品牌试剂盒存在缺点:其他品牌试剂盒存在缺点:采用玻璃珠或钢珠破碎,导致基因组断裂严重;必须购买破碎专用设备,增加使用成本;采用包括玻璃奶、离心吸附柱串联的纯化方式,导致DNA大量损失,得率很低,很难真实反映土壤微生物的多样性。BioTekeBioTeke的技术创新:的技术创新:采用酶法破碎,保证基因组的完整性;用异丙醇沉淀DNA,DNA无损失。厂家厂家破碎破碎方式方式
14、纯化纯化方式方式提取提取时间时间是否需要是否需要专门设备专门设备BioTeke酶法破碎基因组完整离心柱吸附杂质纯度高1小时内不需要Q公司钢珠破碎基因组断裂玻璃奶同离心柱结合得率低2小时需要M公司玻璃珠破碎基因组断裂离心柱纯化得率较低2小时需要病毒基因组DNA提取酵母基因组DNA提取口腔拭子DNA提取微量样品DNA提取石蜡组织DNA提取头发DNA提取原理原理:综合微量样品基因组DNA提取和高效的PCR扩增试剂。从毛发、石蜡组织等微量组织中高效提取足够浓度的DNA,然后进行PCR扩增。操作简单、方便,可对大量样品同时进行操作。保证基因组保证基因组DNADNA的完整性和纯度的完整性和纯度提高提高DN
15、ADNA的洗脱效率的洗脱效率DNADNA的储存的储存保证基因组保证基因组DNADNA的完整性和纯度的完整性和纯度提高提高DNADNA的洗脱效率的洗脱效率DNADNA的储存的储存简化操作步骤,缩短操作时间减少物理因素对DNA的降解,震荡、搅拌等减少化学物质对DNA的降解,操作多在pH4-10防止基因组DNA的生物降解:DNase保证基因组保证基因组DNADNA的完整性和纯度的完整性和纯度提高提高DNADNA的洗脱效率的洗脱效率DNADNA的储存的储存洗脱液65度预热10分钟洗脱体积不小于30L洗脱2次或者3次保证基因组保证基因组DNADNA的完整性和纯度的完整性和纯度提高提高DNADNA的洗脱效
16、率的洗脱效率DNADNA的储存的储存可长期储存于pH=7.0的ddH2O或TE不易制成干品储存分装低温保存核酸助沉剂的应用核酸助沉剂的应用微量吸附柱的应用微量吸附柱的应用-15l洗脱体系洗脱体系质粒提取胶回收或PCR产物回收微量细胞/组织DNA/RNA提取病毒DNA/RNA提取微量临床样本DNA/RNA提取-Real-time qPCR攻略攻略北京百泰克生物技术有限公司(北京市海淀区上地信息路北京百泰克生物技术有限公司(北京市海淀区上地信息路1515号)号)RT-PCR原理原理Real-time qPCR原理及应用Real-time qPCR成功关键Real-time qPCR数据分析Real
17、-time qPCR常见问题及解决方案中心法则与中心法则与RTRT、PCRPCRRNADNARTPCR逆转录反应可以以随机引物、oligo(dT)或基因特异性的引物(GSP)起始。提取RNA的质量会影响到RT的产量及cDNA的完整性。整个过程要求无RNA酶操作。反转录酶、RNA酶抑制剂都会对产物的质量造成一定的影响。Super M-MLV反转录酶反转录酶高效的逆转录活性,且无RNaseH活性Thermo M-MLV反转录酶反转录酶高效的逆转录活性,且无RNaseH活性适合合成长片段的cDNA,有很强的模板兼容性,对高GC含量(75%以上)和结构复杂的模板效果显著在42-60具有较好的热稳定性。
18、使用BioTeke公司的RNApure 总RNA提取试剂盒提取的鸡肝脏组织RNA管家基因-ActinSuper M-MLV反转录酶,反转录酶,10000u/198元元Super RT Kit cDNA 第一链合成试剂盒第一链合成试剂盒50次,特价次,特价490元元Super One-step RT-PCR Kit 一步法一步法RT-PCR试剂盒试剂盒50次,特价次,特价880元元Thermo 系列产品买二赠一!系列产品买二赠一!Thermo M-MLV反转录酶,反转录酶,10000u/580元元Thermo RT Kit cDNA 第一链合成试剂盒第一链合成试剂盒50次,价格次,价格1200元
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