医学精品课件：6PubMed下.ppt

1、南方医科大学图书馆 许四洋 2015-9,了解PubMed 使用PubMed检索文献 检索结果的处理：识读、下载全文、导出记录 PubMed提供的一些工具 检索执行情况检查(search detail) 检出结果筛选（Filter）,PubMed授课内容(一),利用医学主题词MeSH提高检索效率 什么是副主题词(subheading)? 检索临床试验（clinical trial）信息 PubMed检出结果分析？ 介绍2个提供文献分析功能的平台,PubMed授课内容(二),第一篇文献,第二篇文献,第三篇文献,第四篇文献,如何检索？利用MeSH（医学主题词）,减肥药的副作用方面的文献,Anti-

2、obesity agents/adverse effectsMeSH,主题词MeSH,副主题词 subheading,主题词,何谓主题词？ MeSH词表：Medical Subject Headings,表述同一概念的近义词、同义词太多，如何保证查全和查准？ 指定唯一一个术语表达某个医学上的概念，这个指定术语即为医学主题词(MeSH Term) 医学发展，根据新出现概念或原有概念发生变化，规范、整理这些术语，形成每年出版一次的医学主题词表,美国国家医学图书馆（National Library of Medicine；简称NLM）于1954年首次正式出版标题表Subject Heading Au

3、thority List；1960年由于Index Medicus的发行，全新的医学标题表（Medical Subject Headings；简称M e S H）也随之出版。,MeSH词的唯一性和规范性,MeSH 词表（MeSH Database）,每年更新版本。 根据医学发展，增加或删除医学主题词。,MeSH与文献标引,PubMed记录中有MeSH字段，其中的医学主题词是由标引员为Medline文献所人工标引的词汇。 标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词。通常一篇文章可能标引多个MeSH词。,减肥 slimming diet weight-loss anti-obesity 药 d

4、rug drugs medication 剂型 capsules pills tablets,检索关于减肥药的副作用的文献？,可用于表述减肥药的英文术语,还有。各种商品名称,药物的副作用？,副作用是药物在治疗剂量下出现与治疗目的无关的作用，对于病人可能带来不适或痛苦，一般都比较轻微，可以忍受，多是可以恢复的功能性变化。,低血压、心悸、心慌、眩晕 头晕目眩、嗜睡 呕吐、腹泻 肝损伤 。,Anti-obesity agents /adverse effectsMeSH,检索关于减肥药的副作用的文献？,主题词MeSH,副主题词 subheading,Display: MEDLINE,第一篇文献,第二

5、篇文献,Display: MEDLINE,第三篇文献,上位MeSH,下位MeSH,Display: MEDLINE,第四篇文献,粘脂贮积症(mucolipidosis)又称包涵体细胞病(inclusion cell disease)，简称I-cell病。其临床特征表现为出生时就有明显的临床和X线异常，反应迟钝，皮肤成纤维细胞培养有大量粗大细胞质包涵体。 Leroy等(1967)最早发现此病,Spranger(1970)将其分类为黏脂贮积症型.,为什么要用MeSH主题词检索？,粘脂贮积症可涉及的英文术语,为什么要用MeSH主题词检索？,MeSH term： Mucolipidoses,MeSH词

6、的唯一性和规范性,SubHeadings 副主题词,对一个主题词的多个方面进行修饰限定的词，又称限定词。 例如，hepatitis b这个主题词涉及到的病因、病理、诊断、治疗、放射照相术、微生物学等多个方面。 目前有83个副主题词 并非每个主题词都能和83个副主题词组配。,MeSH词独有特征,主要MeSH词(MAJOR TOPIC): MeSH term as main subject of the article (*) 次要MeSH词 副主题词(SUBHEADINGS),例题：请检索糖尿病（diabetes）治疗(therapy,treatment)方面的文献,进入主题词检索的两个途径,第

7、一步：输入检索词。,糖尿病（Diabetes ）的治疗（therapy）方面的文献。,主题词检索,第二步：根据主题词下的注释，结合专业知识，选择合适的主题词。,第三步：确定副主题词,第三步：根据课题内容，选择合适的副主题词（Subheading）。,第四步：点Add to search builder,形成检索式，点Search PubMed执行 。,如何进一步控制检索范围？ANSWER1,扩展检索：可控制是否对当前主题词的下位词（即较小概念）同时检索。,主题词等级排列，检索时可以将其下位词的文献都检索出来。,一个主题词可以处在不同的类目下。,当前主题词,如何进一步控制检索范围？ANSWER2

8、,选择更有针对性的副主题词,限定为主要主题词Mesh Major Topic,如何进一步控制检索范围？ANSWER3,如何进一步控制检索范围？ANSWER3,Pubmed MeSH主题词检索,减肥药的副作用方面的近两年的最新英文文献？ （要求涉及的研究对象为19-24岁的年轻女性。）,检索有关紫杉醇（paclitaxel）用于肺癌（lung cancer)治疗的文献,MeSH检索:如何提高检出文献的相关程度,“Paclitaxel/therapeutic use“Mesh AND “Lung Neoplasms/drug therapy“Mesh,检索中国医务人员抑郁症发生情况的文献？ 分析：

9、地理主题词 中国 医务人员，包括医生、护士等所有与医疗行业相关的人群 疾病 抑郁症 研究方向 发生情况，即流行病学调查研究,Pubmed MeSH主题词检索,MeSH检索的短板？,最新记录不具有MeSH；,最新概念尚未有专指的MeSH来表达,但来自MEDLINE数据库的记录OK,考虑用上位MeSH词结合自由词检索,MyNCBI个性化服务,存储个人的检索式，设置定期发送最新相关文献。 设定检索过滤器，使检索结果更加个性化。 存储检索结果文献。,注意大小写,1. 存储检索式,或者：,2. 设定检索过滤器,以搜索方式寻找可设定的过滤条件项目,汇总设定好的过滤条件,3. 存储检索结果文献,PubMed

10、检索步骤,分析题目中要求检索的信息； 将信息分成两类：文献主体讨论的信息；附加信息； 首先检索文献主题讨论的信息，没有要求限定的一般不做限定； 附加信息一定要做限定； 最好一个一个信息的来检索； 最后在History中组合各个检索式。,主题词检索练习,1. 有关儿童哮喘（asthma）的药物疗法方面的文献。 2. 有关维生素C（vitamin c）对高血压（hypertension）的治疗作用的文献。 3. 有关急性心肌梗塞（acute myocardial infarction）的治疗方面的综述文献。 4.检索有关麻疹(measles)爆发流行(breakout)的文献,检索练习答案,1.

11、Asthma/drug therapymh AND child* 或：Asthma/drug therapymh AND Childmh 2. Ascorbic-Acid/ therapeutic-usemh AND Hypertension/ drug-therapymh 3. Myocardial-Infarction/ therapymh AND acute myocardial infarction AND reviewpt,4 对PubMed 检出文献的分析,（1） 提供文献分析功能的平台 （2）文献内容分析软件 文本信息分析软件RefViz 全文分析软件Quosa 。,GoPubm

12、edGO+MeSH 知识挖掘工具,GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作，利用生物信息学相关知识开发的一个可以对PubMed检索结果进行探索、分析的工具。,Gene Ontology (GO),Controlled vocabulary for the annotation of gene products http:/www.geneontology.org/ 19,468 terms. 95.3% with definitions 10391 biological_process 1681 cellular_component 7396 molecular

13、_function,利用GoPubMed了解四个“W”,W,What,W,W,W,Who,Where,When,Gene targetingTI,Gene targetingTI,“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同年代发文趋势 不同国家在这方面的文献产出量排名 不同城市在这方面的文献产出量排名,“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同年代发文趋势图形,“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同期刊发文量的排名,gene targeting相关文献的统计分析： 相关文章中高频率出现的热点词汇排名 产文量最多的作者排名,gene targeting相关文献的统计分析： 产文量最多的作者之间的合作关系,gene targeting相关文献的统计分析： 从高频出现的词汇(top terms)和学科(knowledge base)的角度,gene targeting相关文献的统计分析： 从学科(knowledge base)的角度挑选出涉及蛋白研究的一批论文,THE END!,CONTACT detail :,办公室：图书馆三楼 文献采编部 电 话: 020-61648051 E-mail: xsy2004,