医学精品课件：5PubMed上.ppt

1、南方医科大学图书馆 许四洋 E-Mail: xsy2004,了解PubMed 使用PubMed检索文献 检索结果的处理：识读、下载全文、导出记录 PubMed提供的一些工具 检索执行情况检查(search detail) 检出结果筛选（Filter）,PubMed授课内容(一),利用医学主题词MeSH提高检索效率 什么是副主题词(subheading)? PubMed提供的链接到期刊全文的信息 PubMed链接到临床试验（clinical trial）信息 PubMed检出结果分析？ 介绍2个提供文献分析功能的平台,PubMed授课内容(二),PubMed简介,网址：www.pubmed.go

2、v 校内访问http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?myncbishare=smulib 由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine - NLM）国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information - NCBI）向因特网用户提供免费MEDLINE检索服务(自1997-6-26起),收录70余个国家5000多种生物医学期刊的 题录与文摘，是世界上最权威的医学数据库。 目前每年增加60余万条文献记录 在全部记录中超过75%的文献为英文；收录中文刊60余种。,PubMed简介

3、,lung caner,NLM National Library of Medicine (美国国立医学图书馆）,NCBI National Center for Biotechnology Information (美国国家生物技术信息中心）,ENTREZ,PUBMED,Nucleotide,Structure,Genome,Popset,OMIM,Protein,PubMed生物医学期刊文献 Nucleotide核苷酸序列数据库 Protein蛋白质序列数据库 Structure大分子三维蛋白质结构 Genome完整的基因组汇编 Popset以DNA和Pro.分析生物间的进化关系 Taxo

4、nomy分类学数据库 OMIM孟德尔人类遗传学数据库 Books生物医学网络版图书 Probeset基因表达选集 3D Domain特定功能域三维结构,Entrez系统包含的数据库,PubMed检索,基本检索search 高级检索Advanced search,基本检索search,检索关于某一研究课题(topic/subject)的文献 检索某一作者(author)发表的文献 检索发表在某期刊(journal)上的文献,基本检索:检索某一研究课题的文献,检索有关肺癌(lung cancer)的文献,lung caner,认识PubMed文献,显示格式：summary,提供基本参考文献信息：

5、题目、作者、出处,提供的其它信息：PMID， 本条记录的处理状态,PubMed数据类型（状态）,PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献按处理过程分4种类型（或状态）,PubMed与Medline,MEDLINE,PubMed,合作？,竞争？,没关系？,PubMed与Medline,历史沿革 1879年 印刷版创刊-Index Medicus（IM） 1983年 Medline光盘数据库出版发行 1997年 PubMed免费网络版,John Shaw Billings,PubMed文献包括三部分: Medline文献 占据绝大部分 OldMedline 1966年以前的M

6、edline文献 非Medline文献 非生物医学文献及最新文献。,PubMed与Medline,显示格式：Abstract,提供的其它信息：作者单位、摘要、全文链接,显示格式：MEDLINE,可以查看字段； 可以导入到：NoteExpress或EndNote等参考文献管理软件。,PubMed提供的一些工具,查看检索执行情况（search detail） 检出结果筛选(Filter) 相关资源链接（Related Data）,提高检索的效率：,在词组的首尾加“ ” 在词组最后一个词的末尾加* 在词组后限定检索字段,如何实现词组检索,MeSH在医学主题词字段检索,All Fields在所有字段检

7、索,TIAB在题目或摘要字段检索,TI在题目字段检索,检索有关肺癌（lung cancer)的文献。 1要求：近5年发表的英文文章；来自核心的临床专业期刊；文章中的研究对象要求是65岁以上男性；筛选出其中可免费下载全文的记录。 2 如果我需要的是病例报告（case report）,怎么办？,检索有关紫杉醇（paclitaxel）用于肺癌（lung cancer)治疗的文献,基本检索:检索某一研究课题的文献,检索有关紫杉醇（paclitaxel）用于肺癌（lung cancer)治疗的文献,Paclitaxel AND lung cancer,基本检索:检索某一研究课题的文献,PubMed检索式

8、输入规则,可输入单词、词组或句子进行检索 可用的逻辑运算符：AND、NOT、OR 布尔逻辑 运算顺序 是从左至右，圆括号优先 注意：所有的双引号、*、 ( )、 - 等都必须是英文输入状态下（半角）输入。,基本检索：检索某一作者发表的文献,Barry J. Marshall J. Robin Warren,检索某作者发表的文献：,Marshall BJ Warren JR,输入采用姓前名后，姓全拼，名缩写,基本检索：检索某一作者发表的文献,查找Paul Nurse发表的文献,Paul Nurse Nurse P,基本检索：检索某一作者发表的文献,中国人姓名： 如：钟世镇，Zhong shi z

9、hen 检索文献时应该这样输入zhong sz 个别情况下, zhong s,查找姓名为 ? Wood的作者所发表的的文献,如何检索?,Woodau 作者字段,基本检索：检索发表在某期刊上的文献,检索时可输入期刊全名，如：Molecular Biology of the Cell; 也可输入期刊名称标准缩写形式,如：mol biol cell; 或者期刊的ISSN（国际标准出版物编号)，如：1059-1524。,基本检索：检索发表在某期刊上的文献,检索发表在NAN FANG YI KE DA XUE XUE BAO(ISBN1673-4254)上的文献. 如果期刊名是一个单词或词组,如Gene

10、 Therapy、Science、Cell等，则必须在刊名后加ta或journal（代表刊名字段）,利用多个字段组配检索，提高检索的针对性。 Eg. 请在PubMed数据库中找到南方医院(Nanfang Hospital, nan fang hospital)的作者发表在Asian Pacific journal of tropical medicine的、篇名中含有糖尿病(diabetes)的一篇文献，回答：这篇文章作者是？,高级检索（Advanced search),请利用PubMed数据库统计南方医院(Nanfang Hospital, nan fang hospital)的作者2010

11、-2014年发表的英文文章数量有多少？其中综述类（review）文献有多少篇？,高级检索（Advanced search),常用字段（检索时大小写都可以）,高级检索（advanced search),字段选择,检索历史,检索历史,检索历史,记录了登录后系统执行过的检索式，最多可保存100条检索式 检索式之间可进行逻辑组配 检索历史中的检索式8小时后自动清空，要长久保存检索式，需使用My NCBI,Filter Your Results 筛选检索结果,例：检索lung cancer的文献，利用Filter功能分析检索出的文献。,各类免疫细胞自噬在脓毒症中的意义及发生自噬的机制 septicopy

12、em*（*是对不同词尾进行扩大检索）和sepsis表达了脓毒血症的概念， autophag*表达自噬的概念。 （septicopyem* OR sepsis） and autophag*,检索下列各题，记录你的检索操作过程及命中文献数 2005年度诺贝尔医学奖授予了幽门螺杆菌的发现者Barry J. Marshall(1951-)和J. Robin Warren(1937-)，请检索两人合作发表的论文，记录其中最早发表的一篇文献题录。 查找我校药学院的老师在2006-2015年发表的英文文献。 南方医院王继德教授在Gastroenterology这个期刊上发表了一篇有关FHL2表达的文献，请找

13、到这篇文献。 RNA干扰(RNA INTERFERENCE )用于肝癌（liver cancer）治疗的综述（review）文献。,参考答案,Marshall bj AND Warren jr (可用作者字段限定) -Lancet. 1984 Jun 16;1(8390):1311-5 Affiliation: (School of Pharmaceutical Sciences AND Southern Medical University) Publication Date: 2006-2014 Language: English 3. Suppression of FHL2 expression induces cell differentiation and inhibits gastric and colon carcinogenesis. 4. RNA Interference AND liver cancer （文献类型选择review）,