大学精品课件：外文PubMed11.21.ppt

1、文献检索,第三章 第二节 PUBMED,PubMed简介 PubMed收录数据 PubMed检索 PubMed检索结果的处理 PubMed中医药文献的检索,一、PubMed简介,4,PubMed,NCBI,生物医学 文献,Medline数据库,简便 快捷,免费,概 况,概况,概况,网址：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 或 http:/pubmed.gov (com; org; net) 由美国国立医学图书馆（NLM）下所属的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一个以Web方式向用户提供服务的生物医学文献检索系统，是目前世界上查找医学文献利用率最高的网上免费

2、数据库,PUBMED检索平台,收录80余个国家19000多种生物医学期刊的题录与文摘，是世界上最权威的医学数据库 现有1966年以来的19百万篇文献的记录目前每年增加60余万条文献记录 在全部记录中有76%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文；收录中文刊331种（其中52种为香港出版、1种为台湾出版）,概况,概况,涉及内容：包括基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、兽医学、营养卫生、药理学和药剂学、预防医学、卫生管理、医疗保健和情报科学等领域，收录内容对应以下三种印刷型检索工具：Index Medicus(IM)医学索引、牙科文献索引(Index to Dental Lit

3、eratureIDL)、International Nursing Index(国际护理索引) 数据类型：期刊论文、综述、以及会议论文等。,的外部链接功能,的外部链接功能,提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接，如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、PMC等。 Nucleotide：DNA序列数据库 Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库 PMC: PubMed中心，免费全文期刊检索,二、PubMed收录数据,收录范围(数据形态)： 1 MED

4、LINE ： 记录标注PubMed - indexed for MEDLINE 2 PreMEDLINE：是临时性医学文献数据库， 每天接收新数据，经MeSH词表标引后，每周向medline移加一次。 记录标注PubMed - in process 3 Publisher supplied citations：出版商直接向PubMed 递送的电子记录。 记录标注PubMed - as supplied by publisher 4 OLDMEDLINE(1950-1965),MEDLINE数据库简介,收录范围：来源于美国和世界上70多个国家和地区、50种语言的7000多种权威生物医学及相关学科

5、期刊，内容涉及生物医学各个领域；85%以上原文为英语，80%记录有文摘，5%免费全文。文献记录均使用医学主题词表进行主题标引。 回溯时间：1966年至今。 记录中有indexed for MEDLIEN标记,PreMEDLINE,是一种由正在加工处理中的文献记录组成的数据库，这些新记录还未被或正在标引，暂时存放在PreMEDLINE数据库中。每天更新，经过标引（增加主题词、文献类型、数据库存取号等字段）以后转入Medline，一旦记录被转入到Medline数据库，就被从PreMEDLINE数据库中删除。记录中有PubMed-in process的标记。,Publisher-Supplied C

6、itation,出版商提供的书目信息（Publisher-Supplied Citation ） 出版商直接向PubMed提供的非Medline收录的电子刊物，记录标有Record as supplied by publishers标记。（如：Science或Nature中的地质学文献等）。,OldMEDLINE,1949-1965年间的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，每条记录标有： PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966,三、PubMed的检索功能,基本检索 高级检索 主题检索 期刊检索 专用检索,PubMed的检索界面,基本检索输入框,高级检索,检索指南,检索

7、工具： 特定文献检索 临床查询 专题查询,其他资源： 主题词数据库 期刊数据库 临床试验等,个人空间,pubmed检索规则：运算符,（1）逻辑运算符：OR、AND、NOT （2）截词符：？（0-1），*（n个字符）。 eg: cell*：cell、cells、celliferous等 cellophane和cellular等词的文献,最多600个单词，不运行主题词检索。 （3）词组检索：“，如“Stem cell transplantation“ (4) 字段限字符：，空格按词组组配。 如：aloe AND psoriasisti =(“aloe“MeSH Terms OR “aloe“All

8、 Fields) AND psoriasisti 如：Stem cell transplantationti =“Stem cell transplantation”ti 注意：AND 必须大写、 和“ ”必须为英文或中文半角。,通配符？,通配符*,词组检索：“ “ 注：精确检索无自动匹配功能。,逻辑运算式输入： aloe AND psoriasisti 篇名中一定出现银屑病,pubmed检索：基本检索,可对任何具有实质意义的词都可以进行检索，如: 1.词语检索 自动匹配功能 2.精确检索 用“进行强制短语检索 3.截词检索 用通配符 *检索 4.逻辑组配检索 AND OR NOT 5.作者检

9、索 6.期刊检索,基本检索：词语检索,检索栏可输入一个或多个检索词 （系统默认空格为AND检索） 如：aloe psoriasis（芦荟治疗银屑病的文献),多个检索词输入,自动匹配转换过程：主题、作者、期刊,实例 、 查找有关“肝癌和肝炎的关系”的文献，英文 “liver cancer ” 和 “hepatitis”,基本检索：著者检索,著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。 如: smith abau “paulsen e”au 姚开泰：yao,kt yao,kai tai yao kaitai yao k,著者姓名输入,基本检索：刊名检索,刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写,

10、 so或ta 如：Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso,输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段SO或刊名字段 ta ）,短语形式存在,PubMed记录字段说明,PubMed记录字段说明,Affiliation AD:第一作者地址 Author AU：作者 First Author Name 1AU：第一作者 Full Author Name FAU：所有作者 Journal TA：刊名 Language LA：语种 Text Words TW：关键词 Title TI：题名 Title/Abstract TI

11、AB：题名/摘要 Place of Publication PL：出版地 Publisher PUBN：出版者 Publication Date DP：出版日期 Publication Type PT：出版类型,PubMed 基本检索规则,自动转换匹配检索词： 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配。 如输入：liver cancer 系统匹配： “liver neoplasms“MeSH Terms OR (“liver“All Fields AND “neoplasms“All Fields) OR “liver neoplasms“

12、All Fields OR (“liver“All Fields AND “cancer“All Fields) OR “liver cancer“All Fields,结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词：,自由词语匹配（自动转换功能）顺序,（1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。 （2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。 （3）短语表（Phrase list）。 （4）著者索引（Author Index）,PubMed 检索

13、筛选（限制检索）,限定范围,Article types：文献类型限定 Text availability：文本形式 （文摘、全文、免费全文） Publication dates：出版日期（1965-） Species：Human or Animal Languages：语种 sex：男性、女性 Subsets（子集）：9个主要子集如canceraids等 Ages：共有13个年龄段 Journal categories：杂志类型 (临床核心、牙科、护理期刊等) Search fields：字段限制 （作者、文摘、题名等）,高级检索,基本检索,检索历史,逻辑动算符,显示索引列表,实例: 查找关于

14、“锌对于2岁婴儿（即出生至23个月）成长的作用”（要求时间20002008）的英文文献。（Zinc Infant Growth）,1、输入检索词,2、限定检索范围：日期,3、显示其它限定条件，选中ages,点击show,4、点击 ，得检索结果,查看检索细节,主题检索,MeSH词检索,例1：2006-11年关于舌根癌治疗的文献。 课题分析： 舌根癌的不同表达形式（OR）： tongue base cancer、 cancer/carcinoma/tumor of tongue base、 cancer of the base of tongue 治疗的不同表达形式（OR） ： therapy/t

15、reat/treatment, surgery, radiotherapy 两个概念之间：舌根癌 AND 治疗,治疗（副主题词）的不同表达形式,治疗(therapy): 与疾病主题词组配，表明对疾病的治疗，不包括药物疗法、饮食疗法、放射疗法及外科学，因已有相应的副主题词。但包括文献中所指的综合疗法。 药物疗法(drug therapy) 放射疗法(radiotherapy) 外科学(surgery) 膳食疗法（diet therapy）,1、输入检索词，查找规范词,未匹配到规范词,改用上级概念 “舌癌”匹配,1、输入检索词，查找规范词,2、点击规范词,3、选择副主题词,4、点击Add，建构检索

16、语句,规范词,同义词,副主题词,规范词隶属关系树,限定检索主要主题词，只查重点论述的文献,5、输入舌根的自由词检索式，进行AND运算 6、点击,点击标题显示文摘增强格式,7、时间限制,PMC免费全文链接,显示结果,2020/4/4,复旦大学图书馆文献检索教研室,62,文摘增强格式,相关论文,MeSH词、物质名、文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,全文链接，我校订购的数据库可链全文，需在校园网内设免费代理,相关的网上免费医学指南信息,全文链接，部分需连外网,如果想更准确？（加权检索）,结果对比 主题词、加权主题词、关键词,结果对比 主题词、加权主题词,加权的3篇文献,、Tactics o

17、f tracheal intubation in patient with tumor of the tongue base 舌根癌患者的气管插管方法研究 、Effects of different general anaesthetic techniques on immune responses in patients undergoing surgery for tongue cancer. 不同全麻方式对手术治疗舌癌患者免疫应答的影响 、Relapse patterns after transoral laser microsurgery and postoperative irrad

18、iation for squamous cell carcinomas of the tonsil and tongue base. 扁桃体和舌鳞状细胞癌经口激光显微手术及术后放疗后的复发模式,不加权的3篇文献,1、Multifield optimization intensity modulated proton therapy for head and neck tumors: a translation to practice. 、Final results of local-regional control and late toxicity of RTOG 9003: a rando

19、mized trial of altered fractionation radiation for locally advanced head and neck cancer. 、 The antitumor drug F14512 enhances cisplatin and ionizing radiation effects in head and neck squamous carcinoma cell lines.,如果第二个概念无法作为第一个概念的副主题词？,糖尿病的心理治疗（Diabetes mental healing）方面的文献。,1、输入检索词，查找规范词,2、点击规范词

20、,3、确定副主题词，注：尽量寻找与第二个概念相关的第一个概念的副主题词,4、点击,5、输入第二个检索词，查找规范词,6、选择副主题词,7、 点击 ，注意两个检索词间的逻辑运算关系,8、 点击,查看检索结果,期刊检索,Journal Database (期刊数据库),可输入刊名全称、缩写或国际标准期刊号（ISSN)检索特定期刊的编目信息；,检索： PubMed中收录关于高血压(hypertension)的期刊有哪些？,1、输入检索词，点击检索,2、查看结果,专用检索,单一引证格式查询 批量引证格式查询,为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病因与预后 循证,特定主

21、题(内容)查询:如癌症AIDS生物伦理学兽医学等,单一引证格式查询,批量文献引证查询,供查询疾病的治疗、诊断、病因和预后查询,综述、分析、临床试验评论、循证医学,医学遗传学,例：基因治疗囊肿性纤维化的临床研究文献（ the clinical aspect of gene therapy for cystic fibrosis）,1、选择检索工具,2、辅入检索词：gene therapy cystic fibrosis，点击检索,特定主题(内容)查询:如癌症AIDS生物伦理学兽医学等,四、PubMed检索结果的处理,检索结果的处理,显示格式 结果排序 文本显示 保存（最多10000篇） 打印 发

22、送至Email 订购原文,选择文件保存格式,MEDLINE格式提供所有字段信息,File：保存检索结果为文本文件 Clipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。 最多允许存储500条，保留8小时。 Email: 通过邮件发送 Collections：将检索结果存到My NCBI中 Order：全文传递服务，需帐号、收费。,五、PubMed中医药文献的检索,现状: 1、PubMed收录中医药文献较少，但也是检索中医药文献的重要数据库之一。 2、 PubMed未采用中医药副主题词对文献进行标引，因此无法使用主题词/副主题词的方法检索中医药文献。,五、PubMed中

23、医药文献的检索,与中医药有关的主题词和自由词 主题词：Medicine, Chinese Traditional Drugs, Chinese herbal Plants, Medicinal Medicine, herbal 自由词：Herbs、plant*和herb* 检索方法：将以上主题词和自由词分别进行检索，并将各个检索结果用“OR”进行逻辑或运算,五、PubMed中医药文献的检索,提高中医药文献查全率的方法 1、适当截词检索，见上文的Herb*和Plant* 2、将词组分开检索：因中药的英文名和拉丁学名称都是由2个以上单词构成，而很多文献中仅用一个表示。如党参“codonopsis

24、pilosula” 3、用汉语拼音作检索词：如“salvia miltiorrhiza”(丹参）dan shen或danshen；“breathing exercises”(气功） qi gong或qigong等,党参“codonopsis pilosula”,检索举例,姚开泰院士2001年以前发表的有关鼻咽癌（nasopharyngeal cancer）方面的文献 癌症生物学与医学近五年所发表的文献 （Cancer biology and medicine ） 从主题途径查找FK506在肾移植中的副作用,检索流程 第一步：主题分析 英文转换 FK506 adverse effects kid

25、ney transplantation,FK506,第二步： 选定该主题词 主题词轮排表 点击该主题词 主题词细节屏,主题词轮排,提示相关词,主题词轮排表,第三步： 主题词细节屏（主题词词义注释、副主题词、加权或不扩展、入口词、曾用词、树状结构） 选择合适的副主题词 选择加权或不扩展 search,主题词细节屏,主题词词义注释,主题词细节屏,副主题词选择,主题词词义注释,加权检索,不扩展检索,曾用词,药理作用,树状结构,曾用词,入口词,树状结构,药理作用,选择发送方式 Search buider AND Search buider OR Search buider NOT,第四步： search buider (AND) 点击 search PubMed 检索结果,