生物化学-酶化学课件.ppt
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- 生物化学 化学课件
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1、 酶酶 化化 学学 (Chemistry of Enzyme)(Chemistry of Enzyme)本章重点及难点本章重点及难点重点:重点:了解酶作为生物催化剂的特点、国际命名;了解酶催化作用机理;掌握酶促反应动力学中米氏方程及Km的意义、应用,掌握影响酶促反应动力学的因素及与影响酶催化高效性的因素之间的区别。掌握别构酶的特点及核酶、同工酶、诱导酶等的概念。难点:难点:酶催化作用机理、各因素对酶促反应速度的影响及酶促反应动力学的应用。第一节第一节 通通 论论一、酶学研究历史一、酶学研究历史n公元前两千多年,我国已有酿酒记载。公元前两千多年,我国已有酿酒记载。n一百余年前,一百余年前,Pas
2、teur认为发酵是酵母细胞生命活动的认为发酵是酵母细胞生命活动的结果。结果。n1877年,年,Kuhne首次提出首次提出Enzyme一词。一词。n1897年,年,Buchner兄弟用不含细胞的酵母提取液,实兄弟用不含细胞的酵母提取液,实现了发酵。现了发酵。n1926年,年,Sumner首次从刀豆中提纯出脲酶结晶。首次从刀豆中提纯出脲酶结晶。n1982年,年,Cech首次发现首次发现RNA也具有酶的催化活性,也具有酶的催化活性,提出提出核酶核酶(ribozyme)的概念。的概念。n1995年,年,Jack W.Szostak研究室首先报道了具有研究室首先报道了具有D N A 连 接 酶 活 性连
3、 接 酶 活 性 D N A 片 段,称 为片 段,称 为 脱 氧 核 酶脱 氧 核 酶(deoxyribozyme)。二、什么是酶?二、什么是酶?酶是由活细胞产生的,能在体内或体外起同样催化作用酶是由活细胞产生的,能在体内或体外起同样催化作用的一类具有活性中心和特殊构象的生物大分子,包括蛋白质的一类具有活性中心和特殊构象的生物大分子,包括蛋白质和核酸,是生物催化剂。和核酸,是生物催化剂。三、酶与一般催化剂的共性及特性三、酶与一般催化剂的共性及特性 1、共性、共性(1)不发生质、量的变化,但能)不发生质、量的变化,但能 改变反应速度改变反应速度(2)不改变反应的平衡点,但能)不改变反应的平衡点
4、,但能 缩短反应时。缩短反应时。(3)可降低反应活化能)可降低反应活化能(4)只能催化热力学允许的反应)只能催化热力学允许的反应 2、个性、个性(1)极高的催化效率)极高的催化效率(2)高度专一性)高度专一性(3)易失活)易失活(4)酶活性可调控)酶活性可调控(5)催化作用与结构有关)催化作用与结构有关 酶专一性类型酶专一性类型1.结构专一性结构专一性 酶对所催化的分子(底物,酶对所催化的分子(底物,Substrate)化学结化学结构的特殊要求和选择构的特殊要求和选择 类别:类别:绝对专一性和绝对专一性和相对专一性相对专一性2.立体异构专一性立体异构专一性 酶除了对底物分子的化学结构有要求外,
5、对其酶除了对底物分子的化学结构有要求外,对其立体异构也有一定的要求立体异构也有一定的要求 类别:旋光异构专一性和几何异构专一性类别:旋光异构专一性和几何异构专一性四、酶作用专一性的四、酶作用专一性的假说假说(1)、锁钥学说、锁钥学说(模板学说)(模板学说)(2)、多位点亲和理论、多位点亲和理论(3)、诱导契合学说、诱导契合学说(3)、诱导契合学说、诱导契合学说五、酶的命名和分类五、酶的命名和分类1.命名:命名:习惯命名;系统命名习惯命名;系统命名2.国际系统分类法及编号国际系统分类法及编号 *国际生物化学会酶学委员会(国际生物化学会酶学委员会(Enzyme Commsion)将酶将酶分成六大类
6、:分成六大类:1.氧化还原酶类氧化还原酶类,2.转移酶类转移酶类,3.水解酶类水解酶类,4.裂裂解酶类解酶类,5.异构酶类异构酶类,6.合成酶类合成酶类 *每一种酶有一个编号每一种酶有一个编号,如如乙醇脱氢酶乙醇脱氢酶 EC 1.1.1.27 大类大类 亚类亚类 亚亚类亚亚类 序号序号 第二节第二节 酶的分子结构与功能酶的分子结构与功能酶酶简单酶简单酶:脲酶、蛋白酶、淀粉酶、核糖核酸酶等。:脲酶、蛋白酶、淀粉酶、核糖核酸酶等。结合酶结合酶酶蛋白酶蛋白辅助因子辅助因子(简单蛋白质简单蛋白质)(结合蛋白质)(结合蛋白质)(apoenzymeapoenzyme)(cofactercofacter)辅
7、酶辅酶(coenzyme)coenzyme)辅基辅基(prosthetic group)(prosthetic group)全酶全酶(holoenzymeholoenzyme)=酶蛋白酶蛋白 +辅助因子辅助因子一、酶的组成一、酶的组成*各部分成分在催化反应中的作用各部分成分在催化反应中的作用n酶蛋白决定反应的专一性酶蛋白决定反应的专一性n辅助因子决定反应的种类与性质辅助因子决定反应的种类与性质 金属酶金属酶(metalloenzyme)金属离子与酶结合紧密,提取过程中不易丢金属离子与酶结合紧密,提取过程中不易丢失。失。金属激活酶金属激活酶(metal-activated enzyme)金属离子
8、为酶的活性所必需,但与酶的结合金属离子为酶的活性所必需,但与酶的结合不甚紧密。不甚紧密。辅助因子分类辅助因子分类(按其与酶蛋白结合的紧密程度)(按其与酶蛋白结合的紧密程度)辅酶辅酶(coenzyme):与酶蛋白结合与酶蛋白结合疏松,可用疏松,可用透析或超滤的透析或超滤的方法除去。方法除去。辅基辅基(prosthetic group):与酶蛋白结合与酶蛋白结合紧密,不能用紧密,不能用透析或超透析或超滤的方法除去滤的方法除去。或称活性部位或称活性部位,酶分子中直接和底物结酶分子中直接和底物结合并起催化反应的空间局限(部位)。合并起催化反应的空间局限(部位)。1.酶的活性中心酶的活性中心(催化部位)
9、催化部位)二、酶分子的结构特征二、酶分子的结构特征结合部位决定酶的专一性n催化部位催化部位 酶分子中促使底物发生化学变化的部位称为催化部位,催化部位决定酶所催化反应的性质。活性中心的特点活性中心的特点n 活性部位只占酶整个分子很小部分。通常只有几个活性部位只占酶整个分子很小部分。通常只有几个aaaa残基组成。残基组成。n 酶的活性中心是个三维实体,是在酶的高级结构中形成的,酶的活酶的活性中心是个三维实体,是在酶的高级结构中形成的,酶的活 性中心的性中心的aaaa残基在一级结构可能相距很远,但在空间结构上十分靠残基在一级结构可能相距很远,但在空间结构上十分靠 近。近。n 酶与底物的结合是活性部分
10、与底物的形状发生诱导锲合的过程。酶与底物的结合是活性部分与底物的形状发生诱导锲合的过程。n 酶的活性部位位于酶分子表面的一个裂缝内,底物分子就结合到这酶的活性部位位于酶分子表面的一个裂缝内,底物分子就结合到这 个裂缝内,裂缝内含较多疏水基团,有利于结合催化。个裂缝内,裂缝内含较多疏水基团,有利于结合催化。n 酶活性中心是可运动性的,酶活性中心与底物的结合通过次级键。酶活性中心是可运动性的,酶活性中心与底物的结合通过次级键。AspHisSer胰胰凝凝乳乳蛋蛋白白酶酶的的活活性性中中心心活性中心重要基团活性中心重要基团:His57,Asp102,Ser195 2.2.必需基团必需基团指酶表现催化活
11、性不可缺少的基团,指在活指酶表现催化活性不可缺少的基团,指在活性中心之外的某些区域,不与底物直接作用。性中心之外的某些区域,不与底物直接作用。底底 物物 活性中心以外活性中心以外的必需基团的必需基团结合基团结合基团催化基团催化基团 活性中心活性中心 三、与酶的高效率有关的主要因素(策略)三、与酶的高效率有关的主要因素(策略)1、邻近与定向效应邻近与定向效应 2、诱导契合与底物扭曲变形诱导契合与底物扭曲变形 3、共价催化共价催化 4、酸碱催化酸碱催化 5、微环境影响、微环境影响酶分子中可作为亲核基团和酸碱催化的功能基团酶分子中可作为亲核基团和酸碱催化的功能基团胰凝乳蛋白酶反应的详细机制(胰凝乳蛋
12、白酶反应的详细机制(1)结合底物结合底物His57 质子供体质子供体形成共价形成共价ES复合物复合物C-N键断裂键断裂底物底物胰凝乳蛋白酶反应的详细机制(胰凝乳蛋白酶反应的详细机制(2)羰基产物释放羰基产物释放四面体中间物四面体中间物的瓦解的瓦解水亲核攻击水亲核攻击羧基产物释放羧基产物释放第三节第三节酶促反应的动力学酶促反应的动力学本节需要解决的问题n底物浓度与酶促反应速度的影响n酶浓度对酶促反应速度的影响npH对酶促反应速度的影响n温度对酶促反应速度的影响n激活剂对酶促反应速度的影响n抑制剂对酶促反应速度的影响一、底物浓度对反应速度的影响一、底物浓度对反应速度的影响(一)、曲线的基本含义(一
13、)、曲线的基本含义I.单底物、单产物反应单底物、单产物反应II.酶促反应速度一般在规定的反应条件下,酶促反应速度一般在规定的反应条件下,用用单位时间内底物的消耗量和产物的生成量来单位时间内底物的消耗量和产物的生成量来表示表示III.反应速度取其初速度,即底物的消耗量很小反应速度取其初速度,即底物的消耗量很小(一般在(一般在5以内)时的反应速度以内)时的反应速度IV.底物浓度远远大于酶浓度底物浓度远远大于酶浓度v在其他因素不变的情况下,底物浓度对反应速在其他因素不变的情况下,底物浓度对反应速 度的影响呈矩形双曲线关系。度的影响呈矩形双曲线关系。当底物浓度较低时当底物浓度较低时反应速度与底物浓度成
14、正比;反反应速度与底物浓度成正比;反应为一级反应。应为一级反应。随着底物浓度的增高随着底物浓度的增高反应速度不再成正比例加速;反应反应速度不再成正比例加速;反应为混合级反应。为混合级反应。当底物浓度高达一定程度当底物浓度高达一定程度反应速度不再增加,达最大速度;反应速度不再增加,达最大速度;反应为零级反应反应为零级反应。(二)米氏方程式(二)米氏方程式中间产物中间产物1.1.快速平衡理论与稳态平衡理论快速平衡理论与稳态平衡理论E+S k1k2k3ESE+P 快速平衡理论快速平衡理论 19131913年年 MichaelisMichaelis和和MeutenMeuten 提出,当底物浓度远远大于
15、酶浓度时,假提出,当底物浓度远远大于酶浓度时,假定定ESES分解成产物的逆反应可忽略不计,因此在分解成产物的逆反应可忽略不计,因此在“快速平衡快速平衡”理论的基础上理论的基础上推倒出一个数学方程式,以表示底物浓度与酶反应速率之间的定量关系,推倒出一个数学方程式,以表示底物浓度与酶反应速率之间的定量关系,称为米氏方程。称为米氏方程。稳态平衡理论稳态平衡理论 19251925年年BriggsBriggs和和HaldaneHaldane提出,反应进行一段时间后,提出,反应进行一段时间后,ESES浓度增加到一浓度增加到一定值时定值时,ESES也在不断分解,只有当也在不断分解,只有当ESES的生成速度与
16、分解速度相等时,的生成速度与分解速度相等时,ESES的的浓度才保持不变,并对米化方程进行了修正,但为纪念仍称米氏方程。浓度才保持不变,并对米化方程进行了修正,但为纪念仍称米氏方程。什么是米氏方程式?什么是米氏方程式?快速平衡理论的基础上快速平衡理论的基础上BriggsBriggs和和HaldaneHaldane在在稳态平衡理稳态平衡理论的基础上论的基础上并对米化方程进行了修正,但为纪念仍称米氏方程并对米化方程进行了修正,但为纪念仍称米氏方程S:底物浓度底物浓度 V:反应速度反应速度 Vmax:最大反应速度最大反应速度m:米氏常数米氏常数V=Vmax SKm+S米米氏氏方方程程的的推推导导 12
17、1kkkESSESSEt令令:Kmkkk121将将(4)代入代入(3),则,则:SKSVvmmax1kES 1kES2kEP ESEt SESES生成速度生成速度:SESEkvt11,ES分解速度分解速度:ESkESkv212即即:ESkESkSESEkt211则则:SSESESKmtE(1)经整理得经整理得:SKSEmtES由于酶促反应速度由由于酶促反应速度由ES决定,即决定,即ESkv22kvES,所以所以(2)将将(2)代入代入(1)得得:SKSEkvmt2 SKSEkmt2v(3)当酶反应体系处于当酶反应体系处于稳态稳态时时:21vv 当当Et=ES时时,mVv tmEkV2(4)所以
18、所以 KmS*Km值等于酶促反应速度为最大反应速度一半值等于酶促反应速度为最大反应速度一半时的底物浓度,单位是时的底物浓度,单位是mol/L。2Km+S Vmax VmaxSKm的意义的意义 Km值值 Km等于酶促反应速度为最大反应速度一半时的底物等于酶促反应速度为最大反应速度一半时的底物浓度。浓度。意义:意义:a)Km是酶的特征性常数之一;是酶的特征性常数之一;b)Km可表示酶对底物的亲和力;可表示酶对底物的亲和力;c)同一酶对于不同底物有不同的同一酶对于不同底物有不同的Km值。值。Vmax的意义的意义定义:定义:Vmax是是酶完全被底物饱和时的反应速度,酶完全被底物饱和时的反应速度,与酶浓
19、度成正比。与酶浓度成正比。意义:意义:Vmax=K3 E 如果酶的总浓度已知,可从如果酶的总浓度已知,可从Vmax计算计算 酶酶 的转换数的转换数,即动力学常数即动力学常数K3。1 1 K Km 1 1m 1 1 =+V V V Vmaxmax S S V Vmaxmax-4-202468100.00.20.40.60.81.01/S(1/mmol.L-1)1/v1/Vmax斜率斜率=Km/Vmax-1/Km3.3.米氏常数米氏常数KmKm的的测定测定二、酶浓度对酶促反应速度的影响二、酶浓度对酶促反应速度的影响 当当SE,酶可被底物饱和的情酶可被底物饱和的情况下,反应速度与酶浓度成正比关系况下
20、,反应速度与酶浓度成正比关系式为:式为:V=K3 E三、温度对酶促反应速度的影响三、温度对酶促反应速度的影响(1)(1)、一方面是温度升高、一方面是温度升高,酶促酶促 反应速度加快;反应速度加快;(2)(2)、另一方面、另一方面,温度升高温度升高,酶的酶的 高级结构将发生变化或变性,高级结构将发生变化或变性,导致酶活性降低甚至丧失;导致酶活性降低甚至丧失;(3)(3)、因此大多数酶都有一个最、因此大多数酶都有一个最 适温度。适温度。在最适温度条件在最适温度条件 下下,酶促反应速度最大。酶促反应速度最大。102030405060708090020406080100Temperature OCRe
21、lative Activity(%)四四、pH对酶促反应速度的影响对酶促反应速度的影响五、激活剂五、激活剂对酶作用的影响对酶作用的影响 金属离子:金属离子:K+、Na+、Mg2+、Cu2+、Mn2+、Zn2+、Se3+、Co2+、Fe2+阴离子:阴离子:Cl-、Br-有机分子有机分子 还原剂:抗坏血酸、半胱氨酸、谷胱甘肽还原剂:抗坏血酸、半胱氨酸、谷胱甘肽 金属螯合剂:金属螯合剂:EDTA定义:凡是能提高酶活性的物质,称为酶的激活剂。定义:凡是能提高酶活性的物质,称为酶的激活剂。类别:类别:六、抑制剂对酶反应的影响六、抑制剂对酶反应的影响n酶的抑制作用酶的抑制作用 有些物质能与酶分子上某些必须
22、基团结合(作用),使酶的活性中心的化学性质发生改变,导致酶活力下降或丧失。n失活作用失活作用 凡可使酶变性而引起酶活力丧失的作用。n抑制剂抑制剂 能够引起酶的抑制作用的化合物。n抑制剂的特点抑制剂的特点 a.在化学结构上与被抑制的底物分子或底物的过渡状态相似。b.能够与酶的活性中心以非共价或共价的方式形成比较稳定的复合体或结合物。两者的区别:两者的区别:n抑制剂对酶的抑制作用有选择性,一种抑制剂只能引抑制剂对酶的抑制作用有选择性,一种抑制剂只能引起一种酶或一类酶的活性丧失活降低,而蛋白质变性起一种酶或一类酶的活性丧失活降低,而蛋白质变性剂可使所有的酶变性失活。剂可使所有的酶变性失活。n在抑制剂
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