3RNA加工水平的调控课件.ppt
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- RNA 加工 水平 调控 课件
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1、三、三、RNARNA加工水平的调控加工水平的调控RNA加工:加工:剪切剪切(cleavage)修剪修剪(trimming)剪接剪接(splicing)修饰修饰(modification)戴帽戴帽”(capping)m7Gppp“接尾接尾”(tailing)PolyA.编辑编辑(editing)RNAi降解降解(一)切除多余序列切除多余序列1.基因间序列的除去基因间序列的除去2.内元的除去内元的除去 可变剪接可变剪接(alternative splicing)调控基调控基因的表达,以适应生理的需求。可变剪因的表达,以适应生理的需求。可变剪切的结果,一个单基因转录 得 到 的切的结果,一个单基因转
2、录 得 到 的mRNA前体,可以产生多个蛋白质,即前体,可以产生多个蛋白质,即蛋白质同源体蛋白质同源体(isoform)。(二)(二)碱基修饰碱基修饰差不多所有差不多所有RNA都是含有不同数量都是含有不同数量的修饰成分,尤以的修饰成分,尤以tRNA和和snRNA为为最多。迄今最多。迄今RNA中的修饰成分发现中的修饰成分发现已近百种,但对其功能的认识还不已近百种,但对其功能的认识还不多。多。(三)(三)RNA编辑编辑 1986年年Berme等人从锥体虫中发现的一等人从锥体虫中发现的一种新的种新的RNA加工方式。当时发现锥体虫线粒加工方式。当时发现锥体虫线粒体细胞色素体细胞色素C氧化酶亚基氧化酶亚
3、基(Co)基因与酵基因与酵母或人的相应基因相比,在编码蛋白的母或人的相应基因相比,在编码蛋白的170位氨基酸附近有一移码突变。比较锥体虫位氨基酸附近有一移码突变。比较锥体虫Co基因与其转录物的序列,发现转录序列基因与其转录物的序列,发现转录序列在相应上述移码突变位点附近有四个不被基在相应上述移码突变位点附近有四个不被基因因DNA所编码的额外的尿苷酸,这四个尿苷所编码的额外的尿苷酸,这四个尿苷酸正好校正了基因的移码突变。酸正好校正了基因的移码突变。480 490 500 510 mRNA:UUA GGU AUA AAA GUA GAU UGU AUA CCU GGU AGG UGU AAU蛋白序
4、列蛋白序列:L G I K V D C I P G R C N DNA:TTA GGT ATA AAA GTA GA*G*A*A CCTGGT AGG TGT AAT核酸序号以核酸序号以mRNA起始密码起始密码AUG的的A开始编号。下划线标出与人及酵母相应蛋白相开始编号。下划线标出与人及酵母相应蛋白相同的氨基酸。同的氨基酸。锥体虫锥体虫T.buucei亚种亚种mRNA的编辑的编辑(不是全部不是全部)mRNA 起始密码起始密码 编辑区域编辑区域 5区区 编码区编码区 3及及PolyA 区区Co +40Co?39418 321Cyb +340 140 MURF2 +264 斜线坐标时插右边表示删去
5、斜线坐标时插右边表示删去U。斜线右表示基因中有无。斜线右表示基因中有无起始密码。右边表示编辑中有无构建起始密码。起始密码。右边表示编辑中有无构建起始密码。Mechanism of edtingRNA editing is catalyzed by a complex with seven major polypeptides,two of which correspond to distinct ligases.U deletion and U insertion involve gRNA-directed endonuclease cleavage of the pre-mRNA(shown
6、 by an arrowhead),either 3-U-exo or TUTase acting on the upstream fragment,and RNA ligase rejoining the mRNA.R,purine(s);Y,pyrimidine(s).These two forms of editing use distinct cleavage activities and distinct ligase enzymes,and the 3-U-exo is not a reverse TUTase reaction,which is indicated by the
7、unequal sign.gRNAs have three main portions:a 5 region to anchor the gRNA to the mRNA just downstream of the editing site and direct the cleavage,a central region to guide the U deletions and insertions at mismatches in base pairing with the pre-mRNA,and a 3 oligo(U)that may tether the very purine-r
8、ich upstream pre-mRNA.Many additional conserved gRNA features have also been noted.Dotted lines indicate potential base pairs that could serve in a ligation bridge.Model of the 19S and 3540S RNA editing complexes revisited.Polycistronic minicircle transcripts assemble into 19S gRNA processing comple
9、xes,which process the 5 most gRNAs into monocistrons(gray boxes).These complexes further associate with pre-edited mRNA and other proteins to form 3540S RNA editing complexes that produce edited mRNAs.Red,endonuclease;yellow,TUTase;green,RNA ligase;closed arrowhead,editing site.Current understanding
10、 of U deletion and U insertion.编辑的生物学意义编辑的生物学意义1.校正移码突变:校正移码突变:Co2.控制转译:产生起始密码,控制转译:产生起始密码,MURF2 除去起始密码,锥体虫除去起始密码,锥体虫(C.fasciculate)MURF-3 产生终止密码,产生终止密码,T.brucel Co.3.扩充遗传信息。扩充遗传信息。T.burceil Cyb基因基因:在其固有起始密码上游构造新的在其固有起始密码上游构造新的起始密码,从而扩展了起始密码,从而扩展了21个核苷酸的转译序列。个核苷酸的转译序列。另外两种锥体虫另外两种锥体虫C.fasclculata和和L.
11、tarentolae的的Co基因也用这种方法增加了基因也用这种方法增加了18个密码子。个密码子。T.brucel的的Co最突出,在最突出,在158个位点个位点插入插入394个个U,在,在9个位点删去个位点删去18个个U,实际增加实际增加376个个U,增加数占成熟的,增加数占成熟的Co转录物编码区总长度的转录物编码区总长度的55。RNA编辑是对中心法则的重要补充。编辑是对中心法则的重要补充。(四)反义(四)反义RNA 基本原理是通过碱基配对与基本原理是通过碱基配对与mRNA结合,形成二聚结合,形成二聚体阻断其表达功能。体阻断其表达功能。1.反义反义RNA在胞质内与在胞质内与mRNA形成形成RNA
12、:RNA二聚体使其二聚体使其不能与核糖体结合。不能与核糖体结合。2.反义反义RNA在核内与新生在核内与新生mRNA结合,二聚体不能运输出结合,二聚体不能运输出核外。核外。3.反义反义RNA:mRNA二聚体易被酶降解。二聚体易被酶降解。4.碱基修饰作用。碱基修饰作用。mRNA中中A转变为转变为 I,A I,I-U对不稳定,可使双链拆开。对不稳定,可使双链拆开。(五)五)RNA干涉干涉(RNA interference,RNAi)与与microRNAs(miRNAs)RNA干涉是干涉是2019年首次在线虫年首次在线虫(C.elegans)中发现并证明的转录后水平的中发现并证明的转录后水平的基因沉默
13、机制,利用双链基因沉默机制,利用双链RNA 的介导可以的介导可以特异性地降解相应的特异性地降解相应的mRNA,阻断相应基,阻断相应基因的表达,随后发现这种现象广范存在于因的表达,随后发现这种现象广范存在于从真菌到植物、从无脊椎动物到哺乳动物从真菌到植物、从无脊椎动物到哺乳动物的各种生物中。的各种生物中。RNAi和和miRNA的特征的特征转录后水平的基因沉默机制转录后水平的基因沉默机制具有很高的特异性能够非常特异地具有很高的特异性能够非常特异地降解与之相应的单个内源基因的降解与之相应的单个内源基因的mRNARNAi抑制基因的表达具有很高抑制基因的表达具有很高的效率,远远少于内源的效率,远远少于内
14、源mRNA的的数量的双链数量的双链RNA能完全抑制相能完全抑制相应基因的表达。这表明很可能存应基因的表达。这表明很可能存在干涉效应分子的扩增机制。在干涉效应分子的扩增机制。RNAi抑制基因表达的效应可以抑制基因表达的效应可以在不同细胞间长距离传递和维持,在不同细胞间长距离传递和维持,在线虫中干涉效应甚至可以传到在线虫中干涉效应甚至可以传到后带中去,这说明后带中去,这说明RNAi干涉机干涉机制中可能存在维持制中可能存在维持mRNA降解序降解序列特异性的信号小分子。列特异性的信号小分子。RNAiRNAi的意义及应用前景的意义及应用前景生物的生物的watchdog 抵抗病毒入侵,抑制转座子抵抗病毒入
15、侵,抑制转座子活动,防止自私基因序列的过度活动,防止自私基因序列的过度增殖,对生物体的发育和基因的增殖,对生物体的发育和基因的调控可能也有重要作用。调控可能也有重要作用。产生抗病毒的植物和动物产生抗病毒的植物和动物研究新基因的功能研究新基因的功能人类疾病的基因治疗人类疾病的基因治疗国外医学分子生物学分册()国外医学分子生物学分册()P267。RNAi的作用机制及其应用。的作用机制及其应用。RNAi的负向调控网络的负向调控网络在基因的在基因的转录产物转录产物中,只要中,只要有这一段有这一段很短的同很短的同源序列,源序列,表达就会表达就会被抑制。被抑制。(六)(六)mRNA的降解的降解mRNA的结
16、构的结构国外医学分子生物学分册()国外医学分子生物学分册()P P。真核生物中降解。真核生物中降解机制研究进展。机制研究进展。影响影响mRNAmRNA稳定的因素稳定的因素5端帽子结构端帽子结构5非编码区(非编码区(5UTR)开放阅读框的降解序列开放阅读框的降解序列3非编码区(非编码区(3UTR)IRE(铁离子相关区域),(铁离子相关区域),AREBP在一般的在一般的细胞细胞RNA代谢中起着重要作用,其结合力受细胞内代谢中起着重要作用,其结合力受细胞内铁离子的调节,保护铁离子的调节,保护mRNA的稳定性。的稳定性。ARE(A-U富集区),含富集区),含50150碱基,有多个碱基,有多个AUUUA
17、重复序列,重复序列,U的百分比含量对稳定有重要意的百分比含量对稳定有重要意义。义。polyA和和PABP Human PABP MW 72000KD 形成形成2527核苷核苷酸结合区。酸结合区。Formation of circular eukaryotic mRNA by protein-protein interactions of and (binding to the m7G cap),poly(A)-binding protein I(PABP)Force-fieldelectron micrograph1.脱腺苷酸依赖型降解脱腺苷酸依赖型降解真核细胞中最主要的降解方式,其降解过程如
18、下:真核细胞中最主要的降解方式,其降解过程如下:polyA核酸水解酶水解核酸水解酶水解polyA尾巴,尾巴,polyA缩短。缩短。polyA能结合一种称为能结合一种称为polyA结合蛋白结合蛋白(PABP)的特异蛋白,只有当的特异蛋白,只有当polyA缩短至缩短至1015个残基时,个残基时,PABP便不能与之结合,脱帽过程便不能与之结合,脱帽过程被启动。脱帽时由脱帽酶被启动。脱帽时由脱帽酶Dcp1切除切除mRNA5端端鸟苷酸形成的帽子结构。脱帽后的鸟苷酸形成的帽子结构。脱帽后的mRNA 很容很容易被易被5 3核酸外切酶识别水解,另外真核生核酸外切酶识别水解,另外真核生物的物的mRNA也可以在脱
19、腺苷酸后以也可以在脱腺苷酸后以3 5方向被方向被降解,但这种作用很小。降解,但这种作用很小。脱polyA尾巴的调节尾巴的调节 Poly(A)核酸酶的活性受核酸酶的活性受Ccr4和和Caf1的正调节的正调节脱帽过程的调节脱帽过程的调节 在翻译过程中,在翻译过程中,mRNA被翻译起始因子被翻译起始因子eIF4E,eIF4G及及PABP包围。包围。eIF4E蛋白与蛋白与5端帽子端帽子连接,而且连接,而且eIF4G可加强他们之间的连接,可加强他们之间的连接,eIF4G是一种大分子蛋白质,同时与是一种大分子蛋白质,同时与eIF4E和和PABP发生发生关联。这种结构保护关联。这种结构保护mRNA的的5和和
20、3端不受脱帽端不受脱帽酶和脱腺苷酶的降解。一旦上述的稳定环状结构酶和脱腺苷酶的降解。一旦上述的稳定环状结构被破坏,被破坏,polyA水解,水解,PABP脱离,紧接着发生脱脱离,紧接着发生脱帽反应。帽反应。线粒体中的线粒体中的mRNAmRNA的降解的降解与真核生物的细胞质中的情形相反与真核生物的细胞质中的情形相反 polyA促进降解,是降解的信号。促进降解,是降解的信号。2.2.无义密码介导的无义密码介导的mRNAmRNA的降解的降解Nonsense mediated mRNA decay N M D突变和剪接错误突变和剪接错误突变和剪接错误突变和剪接错误突变和剪接错误突变和剪接错误突变和剪接错
21、误突变和剪接错误突变和剪接错误突变和剪接错误突变和剪接错误突变和剪接错误发生无义突变和移码突变的发生无义突变和移码突变的mRNA和从和从核内逃逸的未经剪接还有内含子的核内逃逸的未经剪接还有内含子的mRNAIs it important?Is it important?Absolutely!为害极大!为害极大!NMD probably evolved to eliminate abnormal transcripts due to routine errors in gene expression.For example,inefficient or inaccurate pre-mRNA sp
22、licing can generate an intron-derived in frame nonsense codon,or a shift in the reading frame and an exon-derived nonsense codon downstream of the shift.NMDNMD降解过程:降解过程:当当mRNA转运进入细胞质后,立即同核糖体结转运进入细胞质后,立即同核糖体结合并开始翻译,如果存在无义突变密码子则会使翻合并开始翻译,如果存在无义突变密码子则会使翻译提前终止。随着翻译的终止,一组由核糖体部分译提前终止。随着翻译的终止,一组由核糖体部分组分和相关
23、因子组成的物质会继续向下游移动与一组分和相关因子组成的物质会继续向下游移动与一段下游元件(段下游元件(DSE)相遇,形成一个异常的核蛋白)相遇,形成一个异常的核蛋白结构,引起结构,引起mRNA的的5端水解一个或二个核苷酸残端水解一个或二个核苷酸残基,完成脱帽反应,脱帽后的基,完成脱帽反应,脱帽后的mRNA则迅速被则迅速被5核核酸酶水解酸酶水解。Nonsense mediated decay of mRNAsDAHLBERG J.E.et.al.RNA 2019;9:1-8Copyright 2019 by RNA SocietyNonsense mediated decay of mRNAsD
24、AHLBERG J.E.et.al.RNA 2019;9:1-8Copyright 2019 by RNA Societyexon junction complex(EJC)Nonsense-mediated decay(NMD).Following splicing in the nucleus,the exon junction complex(EJC),which contains UPF3(a core protein of the NMD pathway),is associated with the transcript,and the resulting messenger ri
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