免疫共沉淀研究生实验课培训课件.ppt
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1、本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。背背 景景 据估计,人体中大约总共可产生据估计,人体中大约总共可产生500,000种蛋白,而单个细种蛋白,而单个细胞可以产生胞可以产生 10,000 种。种。在这些蛋白中,在这些蛋白中,80%不是以独立的方式存在的,而是存在不是以独立的方式存在的,而是存在于一个蛋白复合体中。于一个蛋白复合体中。蛋白蛋白-蛋白的相互作用包含在一个细胞网络中,我们形象地蛋白的相互作用包含在一个细胞网络中,我们形象地称之为通过节点(称之为通过节点(nodes)连接的枢纽()连接的枢纽(hubs)。)。蛋白的相互作用蛋白的
2、相互作用本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。Standard TechniquesGlutathione-S-Transferase Fusion ProteinsAffinity TagsTandem Affinity Purification(TAP)TagsStrep-Tag IIIQuantitative ProteomicsChemical CrosslinkingTwo-hybrid YeastPhage-display Universal Verification of Interaction TechniquesCo-
3、ImmunoprecipitationConfocal MicroscopyBiophysical Verification of Interaction TechniquesFluorescence Resonance Energy Transfer(FRET)GFP-Protein Proximity Imaging Microscopy(GFP-PRIM)Mass Spectroscopy(MS)Atomic Force Microscopy(AFM)Surface Plasmon Resonance(SPR)本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联
4、系网站或本人删除。实验目的实验目的 学习并掌握免疫共沉淀的原理及操作方法,学习并掌握免疫共沉淀的原理及操作方法,了解免疫共沉淀结果分析。了解免疫共沉淀结果分析。了解与免疫共沉淀相关的实验及进展了解与免疫共沉淀相关的实验及进展本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。免疫共沉淀免疫共沉淀是以抗体和抗原之间的专一性作用为是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。有效方法。金标准金
5、标准 用途用途:测定两种目标蛋白质是否在体内结合;也:测定两种目标蛋白质是否在体内结合;也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。概念及用途概念及用途本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。bindingwashelutionYYYYY当细胞在非变性条件下被裂解时,完整细胞内存在的许当细胞在非变性条件下被裂解时,完整细胞内存在的许多蛋白质蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白多蛋白质蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质质 x 的抗体免疫沉淀的抗体免疫沉淀 x,那么与,那么与 x 在体内结
6、合的蛋白质在体内结合的蛋白质 y 也也能沉淀下来。能沉淀下来。实验原理实验原理本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。n人脑微血管内皮人脑微血管内皮细胞培养于直径为细胞培养于直径为6cm的培养皿,培养大约的培养皿,培养大约90%以上融合后,倒掉培养液,以上融合后,倒掉培养液,PBS洗洗3次;次;n加入加入1ml Lysis Buffer(20mM Tris,150mM NaCl,1mM EDTA,1mM EGTA,1%TritonX-100,1
7、mM-Glycerolphosphate,1mM Na3VO4,Cocktail proteinase,pH 7.5),冰上放置),冰上放置30min,裂解细胞;,裂解细胞;实验步骤实验步骤本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。采用温和的裂解条件,不能破坏细胞内存在的所有蛋白质相采用温和的裂解条件,不能破坏细胞内存在的所有蛋白质相互作用,多采用非离子变性剂(互作用,多采用非离子变性剂(NP40或或Triton X-100)。每种。每种细胞的裂解条件不一样,通过经验确定。不能用高浓度的变细胞的裂解条件不一样,通过经验确定。不能用高浓度的变
8、性剂(性剂(0.2SDS)。为防止蛋白的分解,修饰,溶解抗原的缓冲液必须加蛋白酶为防止蛋白的分解,修饰,溶解抗原的缓冲液必须加蛋白酶抑制剂,低温下进行实验。抑制剂,低温下进行实验。Na3VO4作用为作用为保护磷酸化的蛋白不会被磷酸酶还原。因此保护磷酸化的蛋白不会被磷酸酶还原。因此在做磷酸化的信号转导时需添加。在做磷酸化的信号转导时需添加。本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。n 将裂解液转移至将裂解液转移至EP管中,管中,4转鼓摇转鼓摇15min,14000g 4离心离心15min;n 吸取上清液到新吸取上清液到新EP管中,每管加管中,
9、每管加1g 对照兔对照兔IgG,同时加入,同时加入Protein A agarose,4转鼓转转鼓转30min,4 10000g 离心离心5min;preclear及其作用及其作用 一抗和相应来源的一抗和相应来源的normal mouse,rat,rabbit or goat IgG中有相同或中有相同或相似的成分相似的成分(如无关如无关IgG),用一抗相应来源的用一抗相应来源的IgG与蛋白裂解液和与蛋白裂解液和protein Aagarose可以去除一抗中无关可以去除一抗中无关IgG对蛋白裂解液中物质的对蛋白裂解液中物质的非特异吸附非特异吸附,二是可以去除蛋白液中与二是可以去除蛋白液中与pro
10、tein Aagarose非特异结非特异结合的物质。做合的物质。做 preclear 的的IgG 是不针对特异性抗原的。是不针对特异性抗原的。琼脂糖珠的选择琼脂糖珠的选择 SEPHAROSE是注册商品名是注册商品名,本身是本身是agarose做的凝胶。做的凝胶。本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。n转移上清液至一新管中,将每管总蛋白定量至转移上清液至一新管中,将每管总蛋白定量至500-2000(250-1000)g,用,用lysis Buffer将体积补齐至将体积补齐至600-800 l。加入加入AKT兔抗人多克隆抗体兔抗人多克隆抗体
11、10 l,4 转鼓过夜转鼓过夜(10min);孵育液体积的控制:孵育液体积的控制:考虑抗体考虑抗体/缓冲液的比例。抗体过少就不能检出抗缓冲液的比例。抗体过少就不能检出抗原,过多则就不能沉降在原,过多则就不能沉降在beads上,残存在上清。缓冲液太少则不能溶上,残存在上清。缓冲液太少则不能溶解抗原,过多则抗原被稀释。解抗原,过多则抗原被稀释。n加入加入35 l Protein A agarose,4转鼓转转鼓转2h(10min);n1000g 4 离心离心5min,PBS洗洗3次,加入次,加入40l 2SDS Sample Buffer(125mM TrisCl pH6.8,4%SDS,20%G
12、lycerol,100mM DTT,0.02%溴酚蓝)沸水浴中煮沸溴酚蓝)沸水浴中煮沸5min;nWestern Blot检测样品,剩余样品检测样品,剩余样品-20保存。保存。本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。抗体的选择:抗体的选择:1.使用明确的抗体:使用明确的抗体:实验最需要注意的就是抗体的性质。抗实验最需要注意的就是抗体的性质。抗体不同和抗原结合能力也不同,免疫细胞化学染色能结合体不同和抗原结合能力也不同,免疫细胞化学染色能结合未必能用在未必能用在IP反应。仔细检查抗体的说明书。特别是多抗反应。仔细检查抗体的说明书。特别是多抗
13、的特异性是问题,确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉的特异性是问题,确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的,而并非外源非特异蛋白,单克隆抗体的使用有淀得到的,而并非外源非特异蛋白,单克隆抗体的使用有助于避免污染的发生;助于避免污染的发生;2.使用对照抗体:使用对照抗体:单克隆抗体:正常小鼠的单克隆抗体:正常小鼠的IgG或另一类单抗或另一类单抗 兔多克隆抗体:正常兔兔多克隆抗体:正常兔IgG3.抗体用量的控制:抗体用量的控制:1-4g(通常用(通常用2 g)4.确定蛋白间的相互作用是发生在细胞中,而不是由于细胞确定蛋白间的相互作用是发生在细胞中,而不是由于细胞的溶解才发生的,的溶解才发生的,这
14、需要进行蛋白质的定位来确定。这需要进行蛋白质的定位来确定。本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。优优 点点1.相互作用的蛋白都是经翻译后修饰的,处相互作用的蛋白都是经翻译后修饰的,处于天然状态;于天然状态;2.蛋白的相互作用是在自然状态下进行的,蛋白的相互作用是在自然状态下进行的,可以避免人为的影响;可以避免人为的影响;3.可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。合物。本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。缺缺 点点1.可能检测不到低亲和力和
15、瞬间的蛋白质蛋白可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质蛋白质相互作用质相互作用2.两种蛋白质的结合可能不是直接结合,而可能两种蛋白质的结合可能不是直接结合,而可能有第三者在中间起桥梁作用;有第三者在中间起桥梁作用;3.如用如用western blot检验,必须在实验前预测目的检验,必须在实验前预测目的蛋白是什么,以选择最后检测的抗体,若预测蛋白是什么,以选择最后检测的抗体,若预测不正确,实验就得不到结果(不正确,实验就得不到结果(但如果结合质谱但如果结合质谱检测就可以分析所有的结合蛋白的种类检测就可以分析所有的结合蛋白的种类)。)。本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不
16、当之处,请联系网站或本人删除。通过质谱确定捕获的蛋白通过质谱确定捕获的蛋白本文档所提供的信息仅供参考之用,不能作为科学依据,请勿模仿;如有不当之处,请联系网站或本人删除。结果分析结果分析1.盐离子浓度影响盐离子浓度影响coIP结果结果很多蛋白复合体对盐浓度敏感,但敏感性有强弱之别。通常来说,真很多蛋白复合体对盐浓度敏感,但敏感性有强弱之别。通常来说,真实存在着的蛋白复合体能耐受生理盐(实存在着的蛋白复合体能耐受生理盐(0.15M)或更高浓度,即在生)或更高浓度,即在生理盐浓度下不会解体。具体如,某种理盐浓度下不会解体。具体如,某种CDK和和Cyclin其牢固程度能耐受其牢固程度能耐受0.8-1
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