生物信息学讲义-序列特征分析课件.pptx

1、起始外显子起始外显子终止外显子终止外显子 CpG岛岛是指是指DNA序列上的一个区域，此区域含有大序列上的一个区域，此区域含有大量相联的胞嘧啶（量相联的胞嘧啶（C）、鸟嘌呤（）、鸟嘌呤（G），以及使两者相连），以及使两者相连的磷酸酯键（的磷酸酯键（p）。）。CpG岛的概念是岛的概念是Gardiner-garden和和Fromner于于1987年提出的，基因中平均每年提出的，基因中平均每100 Kb即可出现。即可出现。CpG岛位于基因的启动子和第一个外显子区，约有岛位于基因的启动子和第一个外显子区，约有60%80%的人类基因的启动子和起始外显子含有的人类基因的启动子和起始外显子含有CpG岛，岛，其

2、中其中GC含量大于含量大于50%，长度超过，长度超过200bp。因此搜索。因此搜索CpG岛可以为基因及其启动子预测提供重要线索。岛可以为基因及其启动子预测提供重要线索。CpGPlot是预测是预测CpG岛的在线工具，它是由欧洲岛的在线工具，它是由欧洲分子生物学实验室分子生物学实验室EMBL European Molecular Biology Laboratory提供的。提供的。其网址为：其网址为：http:/www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/cpgplot/index.html序序号号Genebank登陆号登陆号物物 种种基因功能基因功能1234567AY094405AF4

3、86514X03935X62134X88789U23945X57233Arabidopsis halianaHordeum vulgareZea maysO.sativaP.sativumSorghum bicolorWheatgranule bound starch synthase I mRNAgranule bound starch synthase I mRNAglucosyl transferasegranule bound starch synthase I mRNAmRNA for starch synthasegranule-bound starch synthase precursor(Wx)mRNAwaxy mRNA for granule-bound starch synthase EMBOSSEuropean Molecular Biology Open Software Suite