基因诊断基因治(生物化学)课件.ppt
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- 基因 诊断 生物化学 课件
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1、目目 录录 基因诊断与基因治疗基因诊断与基因治疗Gene Diagnosis and Gene Therapy目目 录录目目 录录一、一、基因诊断的概念、特点及临床意义基因诊断的概念、特点及临床意义 定义:定义:利用分子生物学技术,通过检测基因及基利用分子生物学技术,通过检测基因及基因表达产物的存在状态,对人体疾病作出诊断因表达产物的存在状态,对人体疾病作出诊断的方法。基因诊断检测的目标分子是的方法。基因诊断检测的目标分子是DNADNA、RNARNA,也可以是蛋白质或者多肽。,也可以是蛋白质或者多肽。目目 录录目目 录录诊断依据诊断依据(遗传物质改变遗传物质改变)lDNA、RNA或蛋白质水平变
2、化,如病毒基因及或蛋白质水平变化,如病毒基因及其转录产物在体内从无到有、癌基因表达水平其转录产物在体内从无到有、癌基因表达水平从低到高;从低到高;l基因结构变化,如点突变引起基因失活、染色基因结构变化,如点突变引起基因失活、染色体转位引起基因异常激活或灭活。体转位引起基因异常激活或灭活。目目 录录目目 录录基因诊断的特点基因诊断的特点 高特异性高特异性 高灵敏性高灵敏性 早期诊断性早期诊断性 应用广泛性应用广泛性目目 录录目目 录录二、基因诊断中常用的分子生物学技术二、基因诊断中常用的分子生物学技术n核酸分子杂交(核酸分子杂交(Nucleic acid hybridization)n聚合酶链式
3、反应聚合酶链式反应(PCR)n单链构象多态性(单链构象多态性(SSCP)n限制性片段长度多态性(限制性片段长度多态性(RFLP)nDNA序列测定(序列测定(DNA sequencing)n生物芯片(生物芯片(biochips)nWestern免疫印迹(免疫印迹(Western blotting)n免疫组织化学诊断免疫组织化学诊断 目目 录录目目 录录单链构象多态性分析单链构象多态性分析(single-strand conformation polymorphism,SSCP)DNA 的突变造成的突变造成DNA片段中碱基序列不片段中碱基序列不同,变性为单链后在中性聚丙烯酰胺凝胶中的同,变性为单链
4、后在中性聚丙烯酰胺凝胶中的构象不同(单链构象多态性),利用迁移率的构象不同(单链构象多态性),利用迁移率的差别可使各种序列不同的单链分离开来。差别可使各种序列不同的单链分离开来。目目 录录目目 录录PCR-SSCP分析原理示意分析原理示意目目 录录目目 录录正常人正常人纯合突变纯合突变杂合突变杂合突变+PCR-SSCP分析分析 目目 录录目目 录录 限制性片段长度多态性分析限制性片段长度多态性分析 (restriction fragment length polymorphism,RFLP)由于由于DNA 变异产生新的酶切位点或原有的酶切变异产生新的酶切位点或原有的酶切位点消失,在用限制性核酸
5、内切酶消化时产生不同位点消失,在用限制性核酸内切酶消化时产生不同长度或不同数量的片段。长度或不同数量的片段。可借助核酸分子杂交或可借助核酸分子杂交或PCR进行检测。进行检测。目目 录录目目 录录 设计适当的扩增引物,使扩增片段包括某设计适当的扩增引物,使扩增片段包括某一个或数个限制性内切酶识别序列,在一个或数个限制性内切酶识别序列,在PCR扩扩增后用该限制酶切割增后用该限制酶切割PCR产物,根据电泳后酶产物,根据电泳后酶切片段长度变化,即可作出诊断。切片段长度变化,即可作出诊断。PCR-RFLP目目 录录目目 录录ABCDEFGDEFBGCAGAATTCCTTAAGEFBG C+DAEcoR
6、限制性内切酶位点的变化限制性内切酶位点的变化目目 录录目目 录录DNA序列测定序列测定(双脱氧末端终止法双脱氧末端终止法)目目 录录目目 录录左侧:正常;右侧突变左侧:正常;右侧突变 序列分析用于基因诊断研究序列分析用于基因诊断研究目目 录录目目 录录基因芯片杂交流程示意图基因芯片杂交流程示意图目目 录录目目 录录基因诊断中常用的分子生物学方法比较基因诊断中常用的分子生物学方法比较方法方法优点与问题优点与问题解决方案解决方案核酸分子杂交核酸分子杂交结果可靠但操作繁琐结果可靠但操作繁琐选择合适的探针选择合适的探针 PCRPCR灵敏度、特异性高灵敏度、特异性高设计合适的引物设计合适的引物 SSCP
7、SSCP操作简便、检出率不高操作简便、检出率不高选择合适的片段选择合适的片段 RFLPRFLP结果可靠但限制较多结果可靠但限制较多选择合适的限制酶选择合适的限制酶 DNADNA测序测序可自动化,但不适宜广泛使用可自动化,但不适宜广泛使用与与PCRPCR配合使用配合使用生物芯片生物芯片效率高,成本高,不适宜广泛效率高,成本高,不适宜广泛使用使用选择合适的芯片选择合适的芯片目目 录录目目 录录基因诊断技术路线与方法基因诊断技术路线与方法 n直接诊断:直接分析致病基因分子结构及表直接诊断:直接分析致病基因分子结构及表达是否异常达是否异常n间接诊断:利用多态性遗传标志与致病基因间接诊断:利用多态性遗传
8、标志与致病基因进行连锁分析进行连锁分析 根据对致病基因或相关基因的了解程度决根据对致病基因或相关基因的了解程度决定基因诊断的技术途径选择。定基因诊断的技术途径选择。目目 录录目目 录录(一)直接诊断途径(一)直接诊断途径 必要条件:必要条件:被检测基因变化与疾病发生有被检测基因变化与疾病发生有直接因果直接因果关系关系 被检被检基因正常分子结构已被确定基因正常分子结构已被确定 被检基因致病的被检基因致病的分子机制分子机制(突变位点或表达变(突变位点或表达变化)已知化)已知目目 录录目目 录录5/5/3/3/RFLP1.1.点突变的检测点突变的检测(1 1)有限制性内切酶位点改变)有限制性内切酶位
9、点改变目目 录录目目 录录斑点杂交、反向斑点杂交斑点杂交、反向斑点杂交AS-PCR、PCR-SSCP、PCR-ASO、PCR产物直接测序产物直接测序5/5/3/3/(2 2)无限制性酶切位点改变)无限制性酶切位点改变 目目 录录目目 录录 在在DNA序列上有一段较长序列的重新排布。序列上有一段较长序列的重新排布。包括数十个碱基到数千个碱基的丢失、插入、替包括数十个碱基到数千个碱基的丢失、插入、替换、重复和倒位等,以及染色体突变或畸变,包换、重复和倒位等,以及染色体突变或畸变,包括染色体的易位、缺失或染色三体(如唐氏综合括染色体的易位、缺失或染色三体(如唐氏综合征)等。征)等。2.2.基因重排的
10、检测基因重排的检测核酸分子探针杂交与核酸分子探针杂交与PCR 目目 录录目目 录录BamHIBamHI 2 2 1 1 2 2 10 kb14 kbprobe -珠蛋白生成障碍性贫血珠蛋白生成障碍性贫血的直接基因诊断的直接基因诊断-珠蛋白珠蛋白基因不同程度的缺失可引起基因不同程度的缺失可引起不同类型的不同类型的-珠蛋白生成障碍性贫血珠蛋白生成障碍性贫血目目 录录目目 录录 根据引物根据引物3 3 端的互补与否,设计一对与正端的互补与否,设计一对与正常或突变模板配对的特异引物常或突变模板配对的特异引物等位基因特异等位基因特异PCR AS-PCR(allele specific PCR)目目 录录
11、目目 录录3.基因表达异常的检测基因表达异常的检测 mRNA的相对定量分析的相对定量分析 mRNA的绝对定量分析的绝对定量分析 mRNA长度分析长度分析目目 录录目目 录录(二)间接诊断途径(二)间接诊断途径1.1.采用原因采用原因致病致病基因未知基因未知或基因结构不确定或基因结构不确定致病突变致病突变机制不清机制不清致病致病位点不便检测位点不便检测目目 录录目目 录录 DNA多态性:多态性:指群体中的指群体中的DNA分子存分子存在至少两种不同的类型,即在至少两种不同的类型,即个体间同一染色个体间同一染色体的相同位置上核苷酸序列存在一定的差异体的相同位置上核苷酸序列存在一定的差异或变异。或变异
12、。多在进化中形成,本身并不致病,只是多在进化中形成,本身并不致病,只是与某些遗传性致病基因有一定连锁关系。与某些遗传性致病基因有一定连锁关系。2.2.遗传标记遗传标记目目 录录目目 录录间接诊断:检测与致病基因连锁的遗传标记间接诊断:检测与致病基因连锁的遗传标记三代遗传标记:三代遗传标记:RFLP(基于核酸分子杂交技术)(基于核酸分子杂交技术)VNTR(variable number of tandem repeats);STR(short tandem repeats)SNP(single nucleotide polymorphism)目目 录录目目 录录7.6kb13kb患患者者正正常常
13、 HBS的间接基因诊断的间接基因诊断 RFLP标记的连锁分析标记的连锁分析Hap7.6kb13kbSouthernSouthern印迹杂交印迹杂交N H PN N:正常;:正常;H H:杂合子;:杂合子;P P:患者(纯合子);黄色区域为探针:患者(纯合子);黄色区域为探针目目 录录目目 录录 遗传病的基因诊断遗传病的基因诊断Gene Diagnosis of Hereditary Diseases目目 录录目目 录录一、血红蛋白病(一、血红蛋白病(hemoglobinopathy)(一)镰状细胞贫血病(一)镰状细胞贫血病(二)(二)-珠蛋白生成障碍性贫血症珠蛋白生成障碍性贫血症 二、血友病(
14、二、血友病(Hemophilia)甲型血友病基因诊断甲型血友病基因诊断 三、脆性三、脆性X综合征综合征 目目 录录目目 录录(一)镰状细胞贫血病(一)镰状细胞贫血病一、血红蛋白病一、血红蛋白病1.镰状红细胞贫血患者基因诊断镰状红细胞贫血患者基因诊断ASO杂交法杂交法2.HBS的限制性内切酶谱分析的限制性内切酶谱分析3.HBS的的PCR-RFLP分析分析 目目 录录目目 录录n正常正常的(的(N)的)的ASO探针:探针:5-ACT CCT GAG GAG AAG TCT GC-3 n突变突变的(的(M)的)的ASO探针:探针:5-ACT CCT GTG GAG GAAG TCT GC-3 1.镰
15、状红细胞贫血患者基因诊断镰状红细胞贫血患者基因诊断ASO杂交法杂交法目目 录录目目 录录斑点杂交结果斑点杂交结果 N N:正常;:正常;M M突变突变镰状红细胞贫血患者镰状红细胞贫血患者ASO杂交法检测杂交法检测N-ASOM-ASO正常正常 突变突变 突变突变纯合子纯合子 杂合子杂合子 纯合子纯合子5 3 正常基因正常基因1.15kb(CCT GAG G)5 3 突变基因突变基因1.35kb(CCT GTG G)镰状红细胞贫病的限制性内切酶谱分析镰状红细胞贫病的限制性内切酶谱分析Mst酶切位点酶切位点(CCTNAGG)2.HBS的的限制性内切酶谱分析限制性内切酶谱分析目目 录录0.2kb1.1
16、5kb1.35kb正常人正常人突变携带者突变携带者患者患者镰状红细胞贫血病的限制性内切酶谱分析镰状红细胞贫血病的限制性内切酶谱分析目目 录录目目 录录目目 录录3.HBS的的PCR-RFLP分析分析 正常人的扩增产物经正常人的扩增产物经 MstMst 消化可生成消化可生成54bp54bp和和56bp56bp两个片段,而镰状细两个片段,而镰状细胞贫血症患者的胞贫血症患者的DNADNA片段不被酶切,仍为片段不被酶切,仍为110bp110bp,杂合子可见三条带,杂合子可见三条带正常人正常人杂合体杂合体患者患者Marker目目 录录目目 录录1.PCR-RFLP分析分析 -珠蛋白生成障碍性贫血症基因密
17、码子珠蛋白生成障碍性贫血症基因密码子17突变的检测突变的检测 M:pBR322 DNA/Msp I;1:未酶解片段;未酶解片段;2:bA/bA;3:bA/bT;4:bT/bT注:由于注:由于54bp、114 bp、72 bp片段及分子量标准中低于片段及分子量标准中低于200 bp的片段太小,在的片段太小,在0.8的琼脂糖凝胶中不易被观察到的琼脂糖凝胶中不易被观察到(二)(二)-珠蛋白生成障碍性贫血症珠蛋白生成障碍性贫血症目目 录录目目 录录-珠蛋白生成障碍性贫血症的反向斑点杂交分析珠蛋白生成障碍性贫血症的反向斑点杂交分析2.2.反向斑点杂交反向斑点杂交目目 录录目目 录录二、血友病(二、血友病
18、(Hemophilia)n甲型血友病是由于血浆凝血因子甲型血友病是由于血浆凝血因子VIII(FVIII)缺陷造成。)缺陷造成。n甲型血友病的基因突变类型已有甲型血友病的基因突变类型已有300余种,余种,其中点突变占其中点突变占174种;另有部分患者是由于种;另有部分患者是由于缺失或插入突变或内含子缺失或插入突变或内含子22的基因倒位所致。的基因倒位所致。目目 录录目目 录录1.FVIII基因倒位的基因倒位的DNA印迹分析印迹分析 将基因组将基因组DNA用用Nco I,Dra I或或Bcl I等内切酶等内切酶(酶切位点位于交换点两侧)消化,用特异探针进行(酶切位点位于交换点两侧)消化,用特异探针
19、进行杂交分析,正常人表现为杂交分析,正常人表现为21.5 kb、14 kb和和16 kb三种三种类型。类型。I型倒位患者表现为型倒位患者表现为20、17.5和和14 kb三种类型;三种类型;型倒位患者表现为型倒位患者表现为20、16和和15.5 kb三种带型。在三种带型。在一些重型甲型血友病家系中还有其他异常带型出现。一些重型甲型血友病家系中还有其他异常带型出现。目目 录录目目 录录2.FVIII基因突变的检测基因突变的检测(1)依赖于)依赖于FVIII基因内或旁侧的多态性标记基因内或旁侧的多态性标记的连锁分析的连锁分析(2)RFLP连锁分析连锁分析(3)VNTR分析分析(4)短串联重复序列(
20、)短串联重复序列(STR)的连锁分析)的连锁分析目目 录录目目 录录三、脆性三、脆性X综合征综合征n脆性脆性 X 智力低下基因智力低下基因1(FMR1)5非翻译区遗传不稳非翻译区遗传不稳定的定的(CGG)n 三核苷酸重复序列的异常扩增以及相邻三核苷酸重复序列的异常扩增以及相邻CpG 岛的异常甲基化。岛的异常甲基化。n正常人中约为正常人中约为 850 拷贝。拷贝。n男性和女性携带者增多到男性和女性携带者增多到52200拷贝,相邻的拷贝,相邻的CpG 岛岛未被甲基化,称为前突变(未被甲基化,称为前突变(premutation)。)。n男性患者和脆性部位高表达的女性中,达到男性患者和脆性部位高表达的
21、女性中,达到2001000拷贝,相邻的拷贝,相邻的CpG岛也被甲基化,称为全突变(岛也被甲基化,称为全突变(full mutation)。)。n全突变可关闭相邻全突变可关闭相邻FMR1基因的表达,基因的表达,FMR1 mRNA在在几乎所有患者不表达或只有低表达,从而出现临床症状。几乎所有患者不表达或只有低表达,从而出现临床症状。目目 录录目目 录录脆性脆性X综合征常用基因诊断方法综合征常用基因诊断方法1PCR-ASO 2DNA连锁分析连锁分析 3Souhern印迹杂交法印迹杂交法4PCR扩增扩增 感染病的基因诊断感染病的基因诊断 Gene Diagnosis of Infectious Dis
22、eases目目 录录 一、病毒性疾病一、病毒性疾病n甲型肝炎病毒(甲型肝炎病毒(HAV)HAV系系RNA病毒,利用病毒,利用RT-PCR技术可从粪便技术可从粪便中检测出甲型肝炎病毒的基因组中检测出甲型肝炎病毒的基因组RNA。n乙型肝炎病毒(乙型肝炎病毒(HBV)设计保守区序列引物,扩增各型设计保守区序列引物,扩增各型HBV DNA片片段;设计位于可变区的引物扩增某一亚型段;设计位于可变区的引物扩增某一亚型HBV DNA,以便分型。,以便分型。n丙型肝炎病毒(丙型肝炎病毒(HCV)HCV为正链为正链RNA病毒,先反转录成病毒,先反转录成cDNA,再,再进行巢式进行巢式PCR检测检测HCV。目目
23、录录目目 录录目目 录录二、细菌引起的疾病二、细菌引起的疾病n结核分枝杆菌结核分枝杆菌 先设计一对特异性引物,用先设计一对特异性引物,用PCR技术扩增出一技术扩增出一383 bp序列,再用探针序列,再用探针杂交,灵敏度可达到杂交,灵敏度可达到100个细菌水平。个细菌水平。n幽门螺杆菌(幽门螺杆菌(HP)主要采用主要采用PCR技术:检测技术:检测HP染染色体色体DNA特异片段;检测特异片段;检测HP尿素酶尿素酶A基因;用基因;用PCR-RFLP鉴别鉴别HP菌株。菌株。目目 录录目目 录录三、寄生虫及衣原体感染三、寄生虫及衣原体感染n疟原虫疟原虫 n卡氏肺孢子虫卡氏肺孢子虫n衣原体感染衣原体感染
24、诊断方法:核酸杂交和诊断方法:核酸杂交和PCR技术技术 目目 录录目目 录录肿瘤的基因诊断肿瘤的基因诊断Gene Diagnosis of Malignant Tumors目目 录录目目 录录一、原癌基因与抑癌基因的检测一、原癌基因与抑癌基因的检测 二、常见肿瘤的基因诊断二、常见肿瘤的基因诊断 乳腺癌乳腺癌 结肠癌结肠癌 目目 录录目目 录录一、原癌基因与抑癌基因的检测一、原癌基因与抑癌基因的检测1原癌基因的检测原癌基因的检测 ras 基因家族基因家族由由H-ras、K-ras和和N-ras组成。最常见组成。最常见的突变是第的突变是第12、13、59或第或第61位密码子的位密码子的点突变点突变
25、。胰腺癌、结肠癌、肺癌胰腺癌、结肠癌、肺癌以以K-ras突变为主,如第突变为主,如第12位密码子突变,由编码甘氨酸的位密码子突变,由编码甘氨酸的GGT突变为突变为TGT、GTT或或GAT,少数突变为,少数突变为GCT。急性淋巴细胞白血病急性淋巴细胞白血病,慢性淋巴细胞白血病等以,慢性淋巴细胞白血病等以N-ras突变为主;突变为主;泌尿系统肿瘤泌尿系统肿瘤则以则以H-ras突变为主。突变为主。目目 录录目目 录录 PCR 及及PCR-SSCP分析:分析:扩增扩增ras 基因第基因第12位密码子点突变部位,再用位密码子点突变部位,再用SSCP技术进行分技术进行分析,或者直接测序确定患者析,或者直接
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