NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗的学习课件.ppt

1、基因检测一览Presented By Claudine Isaacs at 2016 ASCO Annual Meeting遗传性肿瘤重叠表型同病异治异病同治Sequencing is Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting测序的优势价格更低廉品质更高适用范围更广 机器 试剂盒 软件组织灵活性更高 石蜡标本 无需细胞 甚至RNA！近8年，ASCO年会上与NGS相关的摘要数目投稿内容：uNGS指导下的肿瘤免疫治疗ucfDNA检测与肿瘤治疗uNGS在多种实体肿瘤治疗中的应用Cancer is a disease of Present

2、ed By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting癌症是一种的疾病?Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting以杂交捕获法为基础的二代基因测序法可作为预测抗PD-1/PD-L1治疗黑色素瘤疗效的标记物IntroductionPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting 简介在进展期黑色素瘤患者中，抗PD-1治疗有30-45%的有效率；反应可能持续存在；较难辨别有效人群；因此需要有效预测标记物。Candidate bio

3、markers for anti-PD-1/PD-L1Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting抗PD-1/PD-L1的候选标记物克隆性增殖，突变或新的抗原AimsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting目标：假设：小片段基因能精确地代替基因突变负荷以杂交捕获法为基础的二代基因测序法检测236-315个基因编码区序列 突变负荷和特殊突变与临床结果的相关性 与全外显子测序所得突变负荷相比较T细胞受体测序与结果的相关性MethodsPresented By

4、Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting方法：Mutation load and responsePresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting突变负荷和反应Mutation load and responsePresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting突变负荷和反应Mutation load and responsePresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual M

5、eeting突变负荷和反应Mutation load and survivalPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting突变负荷和生存率Specific mutationsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting特定突变Specific mutationsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting特定突变Mutation load comparisonsPresented By Dou

6、glas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting突变负荷比较Mutation load and survival in unselected patientsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting在未选择患者中的突变负荷及生存率在未选择患者中突变负荷与生存率无关TCR clonalityPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual MeetingTCR克隆Potential implicationsPresented By Douglas

7、 Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting潜在临床价值及意义ConclusionsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting结论二代杂交捕获法为基础的NGS检测突变负荷与抗PD-1/PD-L1疗效相关236-315个基因突变负荷的检测结果与全外显子测序结果一致通过此法检测突变负荷可能有助于临床的治疗决策和预测疗效。内容：uNGS指导下的肿瘤免疫治疗ucfDNA检测与肿瘤治疗uNGS在多种实体肿瘤治疗中的应用ctDNA PPV vs.tissue biopsy(NSCLC,CRC,Breast,O

8、thers)Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting背景：Serial Next Generation Sequencing(NGS)of cell free DNA(cfDNA)reveals clonal evolution of AKT1 E17K mutant tumors:analyses from patients enrolled on a phase I basket study of an AKT inhibitor(AZD5363)Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO

9、Annual Meeting血浆游离DNA（cfDNA)的NGS揭示AKT1 E17K突变肿瘤的克隆演变：一项AKT抑制剂（AZD5363）I期篮子研究的患者分析Background Targetable Driver OncogenesPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting背景 靶向驱动致癌基因大量的肿瘤基因型分析已显著提高了肿瘤驱动基因的认识，其中一部分已成为靶向基因其中一个驱动基因，AKT1 E17K突变 反复的（2%），人类癌症的致癌事件 一项研究治疗意义的I期篮子研究正在进行中，其中一种pan-AKT抑制剂（AZD

10、5363）的靶向治疗具有较好的前景 当然，目前还不清楚是否同时存在其他突变，导致肿瘤细胞对AKT1 E17K依赖的改变。Background-Liquid biopsiesPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting背景 液体活检对肿瘤发展及耐药产生的理解很大程度上依赖于取得新鲜肿瘤组织而单个病灶的活检存在很多挑战（异质性，局限的可行性，侵袭性以及价格昂贵）都可能被液体活检克服肿瘤来源的血浆游离DNABackground-Liquid biopsiesPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO

11、Annual Meeting 检测肿瘤基因组的改变发现疾病基因组的复杂性（异质性）监测治疗中的肿瘤动力学追踪现实中耐药机制的演变（监测分子性疾病）背景 液体活检ObjectivesPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting目标在基因富集（含有AKT1 E17K突变）的人群中，正在接受靶向治疗，尝试运用cfDNA以：1.发现及追踪AKT1 E17K突变2.描述具有AKT1 E17K突变的肿瘤中同时发生的突变3.监测分子耐药机制的演变，通过 平行追踪所有肿瘤突变 辨别新近获得的突变的出现Study designPresented B

12、y Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting研究设计前瞻性，单中心，相关性研究合适的患者 AKT1 E17K突变阳性的实体肿瘤 入组参加AZD5363的1期多中心篮子研究，一种口服的催化性pan-AKT抑制剂，作用于AKT1突变的进展期实体肿瘤（NCT01226316）-已知具有RAS/RAF突变的肿瘤患者被排除 -根据RECISTv1.1标准定义，具有可测量病灶Study Schema Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting研究纲要Sample CollectionPresente

13、d By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting血样本收集Patient demographicsPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting患者统计学资料AKT1 E17K detected and monitored in cfDNA by ddPCRPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting在22/25个（88%）患者中，ddPCR检测到AKT1在D21，AKT1的减少预示PFS 的升高以ddPCR检测及监控cfDN

14、A中的AKT1 E17KAKT1追踪肿瘤反应 持续的（21天）AKT1清除 与持续的RECIST反应相关（P=0.025）AKT1 mutant allele fraction(MAF)in cfDNA highly concordant between ddPCR and NGSPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual MeetingcfDNA的AKT1突变等位基因分数（MAF）在ddPCR和NGS中高度一致NGS of Pre-treatment cfDNA(n=25)captured tumor heterogeneityPresent

15、ed By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting治疗前cfDNA（n=25）的NGS发现肿瘤异质性在8个（38%）病人中检测到17种额外的改变（共21个病人具有可比较的治疗前肿瘤）发现3个（12%）病人中同时出现了相关的突变（ARAF，RAF1，KRAS），但是所有都对药物治疗没有反应Slide 13Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting治疗前最常见的突变基因Pre-treatment cfDNA captured tumor heterogeneityPresented By

16、Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting治疗前的cfDNA发现肿瘤异质性ConclusionsPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting结论在这项探索性研究中，对通过基因panel捕获的cfDNA进行二代测序 是可行的，并且与ddPCR得到的结果高度一致 发现疾病异质性 能够监测肿瘤克隆动力学/发现克隆演变/突出反应的不同模式 辨别在治疗过程中获得的或富集的潜在相关的基因组改变 为前期分子靶向药物的研发提供了一种有效方法。内容：uNGS指导下的肿瘤免疫治疗ucfDNA检测与肿瘤治疗uNG

17、S在多种实体肿瘤治疗中的应用二代基因测序在未治疗、转移性EGFR突变肺癌中发现并发的基因改变TITLE二代基因测序胆管肿瘤揭示肿瘤体系变异和化疗耐药性的联系二代基因测序胆管肿瘤揭示肿瘤体系变异和化疗耐药性的联系TP53,CDK N2A,ARID1A基因突变TITLE对主要的中枢神经系统肿瘤进行二代基因测序，作为个体化治疗肿瘤研究项目的一部分，发现与靶向抑制剂治疗敏感性相关的变异对主要的中枢神经系统肿瘤进行二代基因测序，作为个体化治疗肿瘤研究项目的一部分，发现与靶向抑制剂治疗敏感性相关的变异Slide 1BRCA1/2阴性的乳腺及卵巢肿瘤家族的二代基因测序BRCA1/2阴性的乳腺及卵巢肿瘤家族的二代基因测序TITLE二代基因测序发现年轻口腔肿瘤患者的易感胚系突变二代基因测序发现年轻口腔肿瘤患者的易感胚系突变TITLE进展期肿瘤患者血浆游离DNA的超深度二代基因测序进展期肿瘤患者血浆游离DNA的超深度二代基因测序总结：肿瘤动态变异带来巨大的个体化差异总结：肿瘤精准医疗进入以患者为中心的全程管理的时代管理疾病 疾病的发生发展和治疗过程中呈现出的异质性管理患者 个体遗传的异质性导致发生、疗效和副反应不同管理信息 从医生的角度看 整合信息，精准治疗临床信息学临床肿瘤基因组和生物信息病理伦理谢谢您的呤听！