STR分型原理基础医学课件.pptx

1、STR分型原理基础1S T R 分型原理基础1目 录01020304基本概念片段分析等位基因分型Basic ConceptsFragment AnalysisAllele CallingQ&A2目 录0 1 0 2 0 3 0 4 基本概念片段分析等位基因分型B a s i01基本概念Basic Concepts30 1 基本概念B a s i c C o n c e p t s 301 基本概念 遗传多态性（genetic polymorphism）遗传亲代传递到子代，稳定多态性不同个体，群体间存在差异，变化RFLPAFLPVNTRCNVSTRSNP长度多态性序列多态性40 1 基本概念遗传

2、多态性（g e n e t i c p o l y mo r p h01 基本概念 微卫星（短串联重复序列，Short Tandom Repeat）（简单序列重复，Simple Sequence Repeat）重复单元（2-7bp）Tri-Tetra-Penta-Hexa-重复次数基因组中广泛排布，中立DNA片段mono-di-完美型 复合型 复杂型 分类(GATA)n(GATA)m（GATG）n(GATA)3GTCAG（GATA）n50 1 基本概念微卫星重复单元（2-7 b p）T r i-T e t r a01 基本概念 位点/基因座（locus/loci）SNPrs*STRD*S*60

3、 1 基本概念位点/基因座（l o c u s/l o c i）S NP S T 等位基因（allele）01 基本概念 基因型（genotype）位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因广义：同源染色体的相同位置上的编码或者非编码的一段DNA序列STR具有3个以上的等位基因，这些等位基因的频率在群体中服从正态分布系列1,7,0.020504732系列1,8,0.031系列1,9,0.074132492系列1,10,0.189274448系列1,11,0.35488959系列1,12,0.216088328系列1,13,0.129337539系列1,14,0.0126182970

4、0.10.20.30.47891011121314frequencyAlleleSTR的等位基因往往用核心重复单元的重复次数表示。广义：同源染色体上一对等位基因的总称7等位基因（a l l e l e）0 1 基本概念基因型（g e n o t y p Polymerase Chain Reaction01 基本概念 引物/荧光修饰引物 Primer 荧光染料 复合扩增/多重PCR multiplex 荧光标记复合扩增 分子量内标 size standard 等位基因阶梯物（Allelic Ladder）扫描时间/扫描次数（Scan Number）吸收某一波长的光波后能够发出大于吸收波长的光波

5、的物质一小段的DNA或者RNA，用来提供DNA复制的起点同一PCR反应体系里加上二对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应一组荧光素标记的双链DNA片段，用作片段分子中的分子量标准物包含绝大部分常见等位基因片段的混合物，是STR检测试剂盒的重要组成部分，用于STR分型时的标准参照物。毛细管电泳片段分析的专业术语，用来记录目标DNA片段到达检测窗口所需要的时间8P o l y me r a s e C h a i n R e a c t i o n 0 1 基本02片段分析Fragment Analysis90 2 片段分析F r a g me n t A n a l y s i s 90

6、2 片段分析 DNA分析仪/毛细管电泳仪3730/XL3130/XL3500/XL工作原理LaserCapillary arrayDiffractionsystemCCDcamera100 2 片段分析D NA 分析仪/毛细管电泳仪3 7 3 0/X L 3 1 302 片段分析DNA分析仪/毛细管电泳仪可用来做Sanger测序和片段分析Sanger测序（一代测序）链终止法110 2 片段分析D NA 分析仪/毛细管电泳仪可用来做S a n g e r02 片段分析片段分析是什么，片段分析能做什么？120 2 片段分析片段分析是什么，片段分析能做什么？1 202 片段分析片段分析（Fragme

7、nt analysis,FA）是一种分子生物学技术，这里的片段特指以DNA或者cDNA为模板，由PCR过程所产生的，数目不等的核苷酸构成的大小不等的DNA片段，对这些片段，利用其大小或者标记荧光的差异，进行分析的方法。被广泛的应用于医学、环境、农业研究等领域的基因型分型、DNA指纹分析、突变检测等。百度百科 SNP片段分析SNaPShot检测荧光颜色130 2 片段分析片段分析（F r a g me n t a n a l y s i s,02 片段分析 SNP片段分析荧光标记多重ARMS系统ARMS突变阻滞扩增系统（ARMS,amplification refractory mutation

8、 system）检测荧光标记片段大小140 2 片段分析S NP 片段分析荧光标记多重A R MS 系统A R02 片段分析 STR片段分析1 singleplexreaction1 multiplexreaction1 singleplexreactions荧光标记检测片段分子量内标150 2 片段分析S T R 片段分析1 s i n g l e p l e x 1 mu02 片段分析Scan Number 分子量内标标准曲线160 2 片段分析S c a n Nu mb e r 分子量内标标准曲线1 602 片段分析 荧光标记多重PCR产物片段大小分析170 2 片段分析荧光标记多重P

9、C R 产物片段大小分析1 703等位基因分型Allele Calling/Typing180 3 等位基因分型A l l e l e C a l l i n g/T y p i n g 103 等位基因分型 DataCollection软件记录了每个检测片段的荧光颜色，扫描时间和荧光强度190 3 等位基因分型D a t a C o l l e c t i o n 软件记录了每个03 等位基因分型 STR片段大小分析根据分子量标准曲线计算片段大小200 3 等位基因分型S T R 片段大小分析根据分子量标准曲线计03 等位基因分型 对应的panel，bins预置了每个位点以及等位基因的荧光颜

10、色，理论片段大小panelbins210 3 等位基因分型对应的p a n e l，b i n s 预置了每个位点以 根据等位基因ladder计算、校正当次对应的panel，bins，消除不同批次电泳误差03 等位基因分型22根据等位基因l a d d e r 计算、校正当次对应的p a n e l，b i 根据校正后的panel，bins，对样本进行等位基因分型03 等位基因分型23根据校正后的p a n e l，b i n s，对样本进行等位基因分型0 303 等位基因分型 对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等位基因SizeAllele121.1716125.4417123.59？Allele 16.2：比Allele 16 大 2bp比Allele 17 小 2bp16.2240 3 等位基因分型对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等03 等位基因分型 对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等位基因250 3 等位基因分型对于新发现等位基因，按照相对片段长度命名等http:/strbase.nist.gov/str_D21S11.htm重复次数24262503 等位基因分型26h t t p:/s t r b a s e.n i s t.g o v/s t r _ D 204Q&A270 4 Q&A 2 728T h a n k Y o u！2 8