生物化学教案9课件.ppt
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- 生物化学 教案 课件
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1、基因信息的传递第第 三三 篇篇The biochemistry and molecular biology department of CMU基基 因因 (gene):为蛋白质或为蛋白质或RNA编码的编码的DNA功能片段,功能片段,是以碱基排列顺序的方式储存的遗传信息。是以碱基排列顺序的方式储存的遗传信息。基基 因因 组组(genome):某一物种拥有的全部遗传物质,从分某一物种拥有的全部遗传物质,从分子意义上说,是指全部子意义上说,是指全部DNA序列。序列。转录转录 翻译翻译 复制复制 DNA RNA 蛋白质蛋白质 逆转录逆转录*中心法则中心法则(the central dogma)转录转录
2、 翻译翻译 复制复制 DNA RNA 蛋白质蛋白质 逆转录逆转录 转录转录 翻译翻译 复制复制 DNA RNA 蛋白质蛋白质 逆转录逆转录 转录转录 翻译翻译 复制复制 DNA RNA 蛋白质蛋白质 逆转录逆转录 转录转录 翻译翻译 复制复制 DNA RNA 蛋白质蛋白质 逆转录逆转录 转录转录 翻译翻译 复制复制 DNA RNA 蛋白质蛋白质 逆转录逆转录 主要内容主要内容 DNA的生物合成的生物合成 复制复制 RNA的生物合成的生物合成 转录转录 蛋白质的生物合成蛋白质的生物合成 翻译翻译 基因表达基因表达调控调控 基因重组与基因重组与基因工程基因工程DNA的生物合成(复制)DNA Bio
3、synthesis(Replication)第第 九九 章章 DNA的生物合成的生物合成复制复制(replication):以母链以母链DNA为模板合成子链为模板合成子链DNA的过程。的过程。复制复制逆转录逆转录复制复制亲代亲代DNA子代子代DNA 本章主要内容:本章主要内容:复制的基本规律复制的基本规律 DNA复制的酶学和拓扑学变化复制的酶学和拓扑学变化 复制的过程复制的过程 逆转录和其他复制方式逆转录和其他复制方式 DNA损伤损伤(突变突变)与修复与修复复制的基本规律复制的基本规律Basic Rules of DNA Replication 第一节第一节l半保留复制半保留复制 (semi-
4、conservative replication)l双向复制双向复制 (bidirectional replication)l半不连续复制半不连续复制 (semi-discontinuous replication)l方向性和高保真性方向性和高保真性DNA复制的特征复制的特征一、半保留复制的实验依据和意义一、半保留复制的实验依据和意义 DNA生物合成时,母链生物合成时,母链DNA解开为两股单解开为两股单链,各自作为模板链,各自作为模板(template)按碱基配对规律,按碱基配对规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的合成与模板互补的子链。子代细胞的DNA,一股,一股单链从亲代完整地接受过来,另
5、一股单链则完全单链从亲代完整地接受过来,另一股单链则完全重新合成。两个子细胞的重新合成。两个子细胞的DNA都和亲代都和亲代DNA碱基碱基序列一致。这种复制方式称为序列一致。这种复制方式称为半保留复制半保留复制。半保留复制的概念半保留复制的概念A TG CC GT A亲代DNATCGAA G C TA G C TTCGA子代DNA 全保留式全保留式 半保留式半保留式 混合式混合式 DNA复制的三种可能方式复制的三种可能方式DNA半保留复制实验半保留复制实验 含含N15-DNA的细菌的细菌培养于普培养于普通培养液通培养液 第一代第一代继续培养于继续培养于普通培养液普通培养液 第二代第二代梯度离心结
6、果梯度离心结果按半保留复制方式,子代按半保留复制方式,子代DNA与亲与亲代代DNA的的碱基序列一致碱基序列一致,即子代保留了,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的亲代的全部遗传信息,体现了遗传的保保守性。守性。半保留复制的意义半保留复制的意义遗传的保守性,是物种稳定性的分子遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但基础,但不是绝对的不是绝对的。原核生物:原核生物:基因组是环状基因组是环状DNA 只有一只有一个复制起始点个复制起始点 复制时,复制时,DNA从起始点从起始点(origin)向两个向两个方向解链,形成两个延伸相反的复制叉,称方向解链,形成两个延伸相反的复制叉,称为为双向复制双向
7、复制。二、双向复制二、双向复制 复制时双链打开,分开成两股,各自作复制时双链打开,分开成两股,各自作为模板,子链沿模板延长所形成的为模板,子链沿模板延长所形成的Y字形的字形的结构称为结构称为复制叉复制叉(replication fork)。35535353复复制制方方向向 在原核生物双向复在原核生物双向复制中,制中,DNA被描述为被描述为眼眼睛睛状。为说明方便而做状。为说明方便而做的图为的图为 形。形。复制中的放射自显影图象复制中的放射自显影图象oriC真核生物:真核生物:染色体染色体DNA有有多个复制起始点多个复制起始点。两个起始点之间的两个起始点之间的DNA片段称为片段称为复制子复制子(r
8、eplicon)。复制子是独立完成复制的功能单位。复制子是独立完成复制的功能单位。真核生物多个复制起始点、复制子与复制叉真核生物多个复制起始点、复制子与复制叉真核生物的多复制子复制电镜图真核生物的多复制子复制电镜图3 5 3 5 3 5 3 5 解链方向解链方向领头链领头链(leading strand)随从链随从链(lagging strand)三、复制的半不连续性三、复制的半不连续性3 5 n顺着解链方向生成的子链,复制是连续进顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的这股链称为行的这股链称为领头链领头链。n另一股链因为复制的方向与解链方向相反另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不能顺着解
9、链方向连续延长,这股不连,不能顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称为续复制的链称为随从链随从链。n领头链连续复制而随从链不连续复制,就领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的是复制的半不连续性半不连续性。冈崎片段:冈崎片段:1968年日本生化学者冈崎用电镜及放射自年日本生化学者冈崎用电镜及放射自显影技术,观察到显影技术,观察到DNA复制中出现一些复制中出现一些不不连续的片段连续的片段,将这些不连续的片段称为,将这些不连续的片段称为冈冈崎片段崎片段。原核生物原核生物:10002000个核苷酸个核苷酸 真核生物真核生物:100200个核苷酸个核苷酸半不连续复制动画半不连续复制动画 DNA
10、复制的酶学复制的酶学The Enzymology of DNA Replication 第二节第二节DNA复制的体系复制的体系 底物底物:dNTP(dATP、dGTP、dCTP、dTTP)聚合酶聚合酶:依赖依赖DNA的的DNA聚合酶聚合酶(DNA-pol)模板模板:解开成单链的解开成单链的DNA母链母链 引物引物:提供提供3-OH末端的寡核苷酸末端的寡核苷酸 其他酶和蛋白质因子其他酶和蛋白质因子:拓扑异构酶、解螺旋酶、拓扑异构酶、解螺旋酶、单链单链DNA结合蛋白、引物酶、连接酶结合蛋白、引物酶、连接酶一、复制的化学反应一、复制的化学反应 (dNMP)n+dNTP (dNMP)n+1+PPi 聚
11、合反应的特点聚合反应的特点DNA 新链生成需新链生成需引物引物和和模板模板;新链的延长只可沿新链的延长只可沿5 3 方向进行方向进行。二、二、DNA聚合酶聚合酶全称:全称:依赖依赖DNA的的DNA聚合酶聚合酶(DNA-dependent DNA polymerase)简称:简称:DNA-pol活性:活性:1.53 的聚合活性的聚合活性 2.核酸外切酶活性核酸外切酶活性n1959 年获诺贝尔生理学或医学奖年获诺贝尔生理学或医学奖 奥乔亚奥乔亚 科恩伯格科恩伯格 Severo Ochoa Arthur Kornberg聚合反应机理聚合反应机理3 5 3 5 聚合反应的特点聚合反应的特点 以单链以单
12、链DNA为模板为模板 以以dNTP为原料为原料 引物提供引物提供3-OH 聚合方向为聚合方向为5 3 遵守碱基互补规律遵守碱基互补规律5 A G C T T C A G G A T A 3|3 T C G A A G T C C T A G C G A C 5 3 5 外切酶活性外切酶活性 5 3 外切酶活性外切酶活性?能切除引物和突变的能切除引物和突变的 DNA片段。片段。能辨认错配的碱基对,并将其水解。能辨认错配的碱基对,并将其水解。核酸外切酶活性核酸外切酶活性 (一)原核生物的(一)原核生物的DNA聚合酶聚合酶 DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-po
13、l 催化催化DNA聚合聚合参与参与DNADNA损伤损伤的应急状态修的应急状态修复复校读、修复合校读、修复合成、切除引物成、切除引物填补空隙填补空隙功能功能2040400分子数分子数/细胞细胞1011亚基数亚基数+5 外切酶活性外切酶活性+5 外切酶活性外切酶活性+5 聚合酶活性聚合酶活性pol IIIpol IIpol IE.Coli中的中的DNA聚合聚合酶酶功能功能:校读,校读,去除去除RNA引物,填补空隙,引物,填补空隙,参与参与DNA损伤修复损伤修复。DNA-pol 323个氨基酸个氨基酸小片段小片段5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性大片段大片段/Klenow 片段片段 604个氨基酸个氨
14、基酸DNA聚合酶活性聚合酶活性 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性N 端端C 端端木瓜蛋白酶木瓜蛋白酶DNA-pol Klenow片段是实验室合成片段是实验室合成DNA,进行分子生物,进行分子生物学研究中常用的工具酶。学研究中常用的工具酶。DNA聚合酶聚合酶II(DNA-pol II)具有具有53的聚合酶活性。的聚合酶活性。只是在无只是在无pol及及pol的情况下暂时的情况下暂时 起作用。起作用。对模板的特异性不高对模板的特异性不高,参与参与DNA损伤损伤 的应急状态修复。的应急状态修复。DNA聚合酶聚合酶III (DNA-pol III)n是复制延长中真正起催化作用的酶。是复制延长中真正起催化
15、作用的酶。n由由10种亚基组成不对称的聚合体。种亚基组成不对称的聚合体。n,亚基亚基组成组成核心酶核心酶,亚基具有亚基具有53的聚合活性的聚合活性,亚基具有亚基具有35外切酶活性,外切酶活性,亚基可能起组装作用。亚基可能起组装作用。n亚基亚基(DNA夹子夹子)能夹稳模板链,负责酶沿能夹稳模板链,负责酶沿DNA模板滑动的作用。模板滑动的作用。n其余亚基统称为其余亚基统称为-复合物复合物,是是DNA夹子加载夹子加载蛋白蛋白。DNA-pol (二)(二)真核真核生物的生物的DNA聚合酶聚合酶DNA-pol 起始引发,有引物酶活性。起始引发,有引物酶活性。复制的主要酶复制的主要酶,有解螺旋酶活性。,有
16、解螺旋酶活性。参与低保真度的复制。参与低保真度的复制。在复制过程中起在复制过程中起校读、修复和填补缺校读、修复和填补缺口口的作用。的作用。在在线粒体线粒体DNA复制中起催化作用。复制中起催化作用。DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-pol 三、复制保真性的酶学依据三、复制保真性的酶学依据复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能准复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能准确传代的基本原理。确传代的基本原理。复制保真性的酶学机制:复制保真性的酶学机制:(一)(一)DNA-pol的核酸外切酶活性和即时校读的核酸外切酶活性和即时校读(二)复制的保真性和碱基选择(二)复制的保真性和碱基选
17、择(一)(一)DNA-pol的核酸外切酶活性和即时校读的核酸外切酶活性和即时校读(二)复制的保真性和碱基选择(二)复制的保真性和碱基选择 DNA聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)与聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)与共价(磷酸二酯键)键的有序形成。共价(磷酸二酯键)键的有序形成。嘌呤的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应的嘌呤的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应的嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于反式构型反式构型。1.遵守严格的碱基配对规律;遵守严格的碱基配对规律;2.聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;3.复制出错时复制出错
18、时DNA-pol的即时校读功能。的即时校读功能。DNA复制的保真性至少要依赖三种机制复制的保真性至少要依赖三种机制 四、复制中的分子解链及四、复制中的分子解链及DNA 分子拓扑分子拓扑学变化学变化 DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把有把DNA解成单链,它才能起模板作用。解成单链,它才能起模板作用。(一)解螺旋酶、引物酶和单链(一)解螺旋酶、引物酶和单链DNA结合蛋白结合蛋白理顺理顺DNA链链拓扑异构酶拓扑异构酶(gyrA,B)稳定已解开的单链稳定已解开的单链单链单链DNA结合蛋白结合蛋白SSB催化催化RNA引物生成引物生成引物酶引物酶DnaG(dnaG)运送和协
19、同运送和协同DnaBDnaC(dnaC)解开解开DNA双链双链解螺旋酶解螺旋酶DnaB(dnaB)辨认起始点辨认起始点DnaA(dnaA)蛋白质(基因)蛋白质(基因)通用名通用名功能功能原核生物复制起始的相关蛋白质原核生物复制起始的相关蛋白质E.Coli 基因图基因图 解螺旋酶解螺旋酶(helicase)又称解链酶或又称解链酶或rep蛋白蛋白 利用利用ATP供能,作用于氢键,使供能,作用于氢键,使DNA双链双链解开成为两条解开成为两条单链。单链。每解开一对碱基,需消耗每解开一对碱基,需消耗2分子分子ATP。Dna BDna C解链方向解链方向 单链单链DNA结合蛋白结合蛋白 (single s
20、tranded DNA binding protein,SSB)n在复制中维持模板处于单链状态并保护单在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整性。链的完整性。DNA拓扑异构酶拓扑异构酶(DNA topoisomerase)1010 8 8 局部解链后局部解链后拓扑是指物体或图像作弹性位移而又保持不变的性拓扑是指物体或图像作弹性位移而又保持不变的性质。质。解链过程中,解链过程中,DNA分子会过度拧紧、打结、缠绕、分子会过度拧紧、打结、缠绕、连环等现象。连环等现象。拓扑异构酶作用特点拓扑异构酶作用特点既能水解既能水解、又能连接磷酸二酯键、又能连接磷酸二酯键克服解链过程中的打结、缠绕现象克服解链
21、过程中的打结、缠绕现象 拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶 分分 类类拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,闭切口,DNA变为松弛状态变为松弛状态。反应反应不需不需ATP。拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA分子分子两股两股链,断端通过切链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。口旋转使超螺旋松弛。利用利用ATP供能,连接断端,供能,连接断端,DNA分分子进入负超螺旋状态。(主要)子进入负超螺旋状态。(主要)作用机制作用机制 拓扑异构酶拓扑异构酶的作用的作用拓扑异构酶拓扑异构酶的作用的作用解旋解链酶类
22、的作用解旋解链酶类的作用引物酶引物酶(primase)n依赖依赖DNA的的RNA聚合酶。聚合酶。n对利福平不敏感。对利福平不敏感。n可以催化游离可以催化游离NTP聚合。聚合。n在大肠杆菌,是在大肠杆菌,是dna G 基因的表达产物。基因的表达产物。n催化催化RNA引物的生成。引物的生成。引物(引物(primer):):是由引物酶催化生成的短链是由引物酶催化生成的短链RNA,它可,它可为为DNA聚合提供聚合提供3-OH末端。末端。五、五、DNA连接酶连接酶连接连接DNA链链3-OH末端和相邻末端和相邻DNA链链5-P末端,使二者生成末端,使二者生成磷酸二酯键磷酸二酯键,从而,从而把两段相邻的把两
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