生物化学:第三章酶学课件.ppt
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- 生物化学 第三 章酶学 课件
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1、 第三章第三章 酶酶 学学 周口师范学院生命科学系周口师范学院生命科学系 (2008.10)一、一、酶的概述酶的概述 二、二、酶的分类与命名酶的分类与命名 三、三、酶催化作用特性的分子机理酶催化作用特性的分子机理 四、四、酶促反应的动力学酶促反应的动力学 五、五、重要的酶类及酶活性的调控重要的酶类及酶活性的调控 主要内容主要内容一一.酶的概述酶的概述酶概念酶概念酶是生物体活细胞产生的具有特殊催化活性和特定空间构象的生物大分子,包括蛋白质及核酸,又称为生物催化剂(Biocatalysts)。绝大多数的酶都是蛋白质(Enzyme和Ribozyme)酶催化的生物化学反应,称为酶促反应(Enzymat
2、ic reaction)。在酶的催化下发生化学变化的物质,称为底物(substrate)。1897年,酶的发现和提出:Buchner(1907诺贝尔化学奖)兄弟用不含细胞的酵母汁成功实现了发酵。提出了发酵与活细胞无关,而与细胞液中的酶有关。1913年,Michaelis和Menten提出了酶促动力学原理米氏学说。1926年,Sumner从刀豆种子中分离、纯化得到了脲酶结晶,首次证明酶是具有催化活性的蛋白质。1982年,Cech对四膜虫的研究中发现RNA具有催化作用。l德国人哈拉尔德楚尔豪森在上世纪年代开始的研究中发现导致宫颈癌的(人乳头状瘤病毒),为宫颈癌疫苗今天的诞生奠定了基础。法国人弗朗索
3、瓦丝巴尔 西诺西和吕克蒙塔尼在上世纪年代发现了艾滋病病毒,使医学界找到了确诊艾滋病病毒感染的办法,延缓了这种病毒的传播。克隆酶、遗传修饰酶克隆酶、遗传修饰酶蛋白质工程新酶蛋白质工程新酶生物催化剂生物催化剂(Biocatalyst)蛋白质类:蛋白质类:Enzyme(天然酶、生物工程酶天然酶、生物工程酶)核酸类:核酸类:Ribozyme;Deoxyribozyme模拟生物催化剂模拟生物催化剂 酶的化学本质酶的化学本质 大多数酶是蛋白质(大多数酶是蛋白质(Most enzymes are proteins)1926年美国Sumner 脲酶的结晶,并指出酶是蛋白质 1930年Northrop等得到了胃
4、蛋白酶、胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的结晶,并进一步证明了酶是蛋白质。20世纪80年代发现某些RNA有催化活性,还有一些抗体也有催化活性,甚至有些DNA也有催化活性,使酶是蛋白质的传统概念受到很大冲击。某些核酸也有酶活性某些核酸也有酶活性 酶是有催化能力的蛋白质酶是有催化能力的蛋白质酶和一般催化剂的共性酶和一般催化剂的共性1.用量少而催化效率高;用量少而催化效率高;2.它能够改变化学反应的速度,但是不它能够改变化学反应的速度,但是不 能能改变化学反应平衡。酶本身在反应前后也不改变化学反应平衡。酶本身在反应前后也不发生变化。发生变化。3.酶能够稳定底物形成的过渡状态,降低反酶能够稳定底物形成的过渡状态
5、,降低反应的活化能,从而加速反应的进行。应的活化能,从而加速反应的进行。酶的催化作用可使反应速度提高10 101倍。如:过氧化氢分解 2H2O2 2H2O +O2.用Fe3+催化,效率为6X10-4 mol/mol.S,而用过氧化氢酶催化,效率为6X106 mol/mol.S。-淀粉酶催化淀粉水解,1克结晶酶在65C条件下可催化2吨淀粉水解。1 1高效性高效性 是指酶在催化生化反应时对底物的选择性,即一种酶只能作用于某一类或某一种特定的物质。亦即酶只能催化某一类或某一种化学反应。如:蛋白酶催化蛋白质的水解;淀粉酶催化淀粉的水解;核酸酶催化核酸的水解。2.2.酶的专一性酶的专一性l酶促反应一般在
6、pH 5-8 水溶液中进行,反应温度范围为20-40C。l高温或其它苛刻的物理或化学条件,将引起酶的失活。3.3.酶反应条件的温和性酶反应条件的温和性如抑制剂调节、共价修饰调节、反馈调节、酶原激活及激素控制等。4.4.酶活力的可调控性酶活力的可调控性5.5.某些酶活力与辅酶、辅基及金属离子有关某些酶活力与辅酶、辅基及金属离子有关根据酶的组成成分根据酶的组成成分 单纯酶单纯酶(simple enzyme)(simple enzyme)是基本组成单位仅为氨基酸是基本组成单位仅为氨基酸的一类酶。它的催化活性仅仅决定于它的蛋白质结构。的一类酶。它的催化活性仅仅决定于它的蛋白质结构。脲酶、消化道蛋白酶、
7、淀粉酶、酯酶、核糖核酸酶等均脲酶、消化道蛋白酶、淀粉酶、酯酶、核糖核酸酶等均属此列。属此列。复合酶复合酶(conjugated enzyme)(conjugated enzyme)的催化活性,除蛋白质的催化活性,除蛋白质部分部分(酶蛋白酶蛋白apoenzymeapoenzyme)外,还需要非蛋白质的物质,即外,还需要非蛋白质的物质,即所谓酶的所谓酶的辅助因子辅助因子(cofactors)(cofactors),两者结合成的复合物称,两者结合成的复合物称作作全酶全酶(holoenzyme(holoenzyme),即:,即:二二 .酶的分类与命名酶的分类与命名12根据酶的结构特点及组织形式根据酶的
8、结构特点及组织形式1.1.单体酶单体酶 :只含一条肽链,分子量小,大多数水解酶 属于此类。2.2.寡聚酶:寡聚酶:由相同或不同的若干亚基构成。每条肽链是一个亚基,单独的亚基无酶的活力。如乳酸脱氢酶含四个亚基。3.3.多酶复合体:多酶复合体:若干个功能相关的酶彼此嵌合形成的复合体。每个单独的酶都具有活性,当它们形成复合体时,可催化某一特定的链式反应,如脂肪酸合成酶复合体,含有六个酶及一个非酶蛋白质。根据酶的存在位置根据酶的存在位置1.1.胞内酶:胞内酶:在合成分泌后定位于细胞内发生作用的酶,大多数的酶属于此类。2.2.胞外酶:胞外酶:在合成后分泌到细胞外发生作用的酶,主要为水解酶。1961年国际
9、酶学委员会(Enzyme Committee,EC)根据酶所催化的反应类型和机理,把酶分成6大类:酶国际系统分类法酶国际系统分类法1.氧化氧化-还原酶类还原酶类 Oxido-reductases 2.转移转移(移换移换)酶类酶类 Transferases3.水解酶类水解酶类 hydrolases4.裂合(裂解)酶类裂合(裂解)酶类 Lyase5.异构酶类异构酶类 Isomerases6.合成酶类合成酶类 Ligases or Synthetasesl氧化-还原酶催化氧化-还原反应。l主要包括脱氢酶(dehydrogenase)和氧化酶(Oxidase)。l如,乳酸(Lactate)脱氢酶催化乳
10、酸的脱氢反应。1.1.氧化氧化-还原酶类还原酶类 Oxido-reductasesOxido-reductasesCH3CHCOOHOHNAD+H+CH3CCOOHONADHl转移酶催化基团转移反应,即将一个底物分子的基团或原子转移到另一个底物的分子上。例如,谷丙转氨酶催化的氨基转移反应。2.2.转移转移(移换移换)酶类酶类 TransferasesTransferasesCH3CHCOOHNH2HOOCCH2CH2CCOOHOHOOCCH2CH2CHCOOHNH2CH3CCOOHOl水解酶催化底物的加水分解反应。l主要包括淀粉酶、蛋白酶、核酸酶及脂酶等。l例如,脂肪酶(Lipase)催化的脂
11、的水解反应:3.3.水解酶类水解酶类 hydrolaseshydrolasesH2OCOOCH2CH3RRCOOHCH3CH2OHl主要包括醛缩酶、水化酶(脱水酶)及脱氨酶等。l裂合酶催化从底物分子中移去一个基团或原子而形成双键的反应及其逆反应。lA+B =A-Bl例如,苹果酸裂合酶即延胡索酸水合酶催化的反应。4.4.裂合(裂解)酶类裂合(裂解)酶类 LyaseLyaseHOOCCH=CHCOOHH2OHOOCCH2CHCOOHOHl异构酶催化各种同分异构体的相互转化,即底物分子内基团或原子的重排过程。例如,6-磷酸葡萄糖异构酶催化的反应。5.5.异构酶类异构酶类 IsomerasesIsom
12、erasesl合成酶,又称为连接酶,能够催化C-C、C-O、C-N 以及C-S 键的形成反应。这类反应必须与ATP分解反应相互偶联。lA+B+ATP+H-O-H=A-B+ADP+Pi l例如,丙酮酸羧化酶催化的反应。丙酮酸 +CO2 草酰乙酸6.6.合成酶类合成酶类 Ligases or SynthetasesLigases or Synthetases1.1.习惯命名法习惯命名法:l根据其催化底物来命名(蛋白酶;淀粉酶)l根据所催化反应的性质来命名(水解酶;转氨酶;裂解酶等)l结合上述两个原则来命名(琥珀酸脱氢酶)l有时在这些命名基础上加上酶的来源或其它特点(胃蛋白酶、胰蛋白酶、硷性磷酸脂酶
13、和酸性磷酸脂酶)。酶的命名酶的命名系统名称包括底物名称、构型、反应性质,最后加一个酶字。例如:l习惯名称:谷丙转氨酶l系统名称:丙氨酸:-酮戊二酸氨基转移酶l酶催化的反应:l-酮戊二酸+丙氨酸谷氨酸+丙酮酸 乳酸脱氢酶乳酸脱氢酶 EC 1.1.1.27第1大类,氧化还原酶第1亚类,氧化基团CHOH第1亚亚类,H受体为NAD+该酶在亚亚类中的流水编号l 酶催化的中间产物理论酶催化的中间产物理论l 酶的活性中心酶的活性中心l 酶作用专一性及其机理酶作用专一性及其机理l 酶高效催化的分子基础酶高效催化的分子基础三、酶催化作用特性的机理三、酶催化作用特性的机理酶的催化作用与分子活化能酶的催化作用与分子
14、活化能化学反应自由能方程式G=H-TS(G是总自由能的变化,H 是总热能的变化,S是熵的变化)当G0,反应不能自发进行。当G0,反应能自发进行。活化能:分子由常态转变为活化状态所需的能量。是指在一定温度下,1mol 反应物全部进入活化状态所需的自由能。化学反应要能够发生,关键的是反应体系中的分子必须分子处于活化状态,活化分子比一般分子多含的能量就称为活化能。反应体系中活化分子越多,反应就越快。增加反应体系的活化分子数有两条途径:一是向反应体系中加入能量,另一途径是降低反应活化能。酶的作用就在于降低化学反应活化能。例 2H2O22H2O+O2 反 应活化能非催化反应75.24kJ/mol钯催化反
15、应48.9kJ/molH2O2酶催化8.36kJ/molE+SP+EES能能量量水水平平反应过程反应过程 G E1 E2 酶(E)与底物(S)结合生成不稳定的中间物(ES),再分解成产物(P)并释放出酶,使反应沿一个低活化能的途径进行,降低反应所需活化能,所以能加快反应速度。S +E ES P +ES +E ES P +E底物底物 酶酶 中间产物中间产物 产物产物 酶酶1、酶的活性中心和必需基团 酶分子中直接与底物结合,并和酶催化作用直接有关的区域叫 酶的活性中心(active center)或活性部位(active site),参与构成酶的活性中心和维持酶的特定构象所必需的基团为酶分子的必需
16、基团。必需基团必需基团:酶分子中有些基团若经化学修饰(氧化、还原、酰化、烷化)使其改变,则酶的活性丧失,这些基团称为必需基团。非必需基团非必需基团:有的酶温和水解掉几个AA残基,仍能表现活性,这些基团即非必需基团。2、酶的活性的研究手段 活酶的专一性研究 酶分子的化学修饰:差示标记法,亲和标记法 X-射线衍射法必需基团必需基团活性活性部位部位维持酶的空间结构维持酶的空间结构结合结合基团基团催化催化基团基团专一性专一性催化性质催化性质AspHisSer活性中心重要基团活性中心重要基团:His57,Asp102,Ser195为为Tyr 248为为Arg 145为为Glu 270为底物为底物ZnRR
17、RRR*A.非差非差示标记示标记B.差示差示标记标记RRR*R(底物底物)根据酶与底物特异结合的性质,设计或合成一种含有反应基团的底物类似物作为活性部位基团的标记试剂。这种试剂象底物一样进入活性部位,接近结合位点,并以其活泼的化学基团与活性部位的某一基团共价结合,而指示出酶活性部位的特征。+X-Y酶作用的专一性与分子机理酶作用的专一性与分子机理酶作用的酶作用的专一性专一性结构专一性结构专一性立体异构立体异构专一性专一性绝对专一性绝对专一性相对专一性相对专一性旋光异构专一性旋光异构专一性几何异构专一性几何异构专一性键专一性键专一性基团专一性基团专一性1 专一性分类专一性分类(芳香)(芳香)(硷性
18、)(硷性)(丙)(丙)胰凝乳胰凝乳蛋白酶蛋白酶胃蛋白酶胃蛋白酶弹性蛋白酶弹性蛋白酶羧肽酶羧肽酶胰蛋白酶胰蛋白酶氨肽酶氨肽酶羧肽酶羧肽酶“锁钥学说”(lock and key thoery):Fischer,(1890):酶的活性中心结构与底物的结构互相吻合,紧密结合成中间络合物。诱导嵌合学说(induced-fit hypothesis):Koshland,(1958):酶活性中心的结构有一定的柔性,当底物(激活剂或抑制剂)与酶分子结合时,酶蛋白的构象发生了有利于与底物结合的变化,使反应所需的催化基团和结合基团正确地排列和定向,转入有效的作用位置,这样才能使酶与底物完全吻合,结合成中间产物。1
19、 1 底物与酶的邻近效应和定向效应底物与酶的邻近效应和定向效应2 2 底物分子的形变和扭曲底物分子的形变和扭曲3 3 酸碱催化酸碱催化4 4 共价催化共价催化5 5 金属离子的作用金属离子的作用6 6 活性部位的微环境的影响活性部位的微环境的影响酶分子为酶的催化提供各种功能基团和形成特定的活性中心,酶与底物结合成中间产物,使分子间的催化反应转变为分子内的催化反应。邻近效应:指两个反应的分子,它们反应的 基团需要互相靠近,才能反应。定向效应:指酶的催化基团与底物的反应基团之间的正确定向。1 邻近效应与定向效应邻近效应与定向效应(proximity and orientation effect)p
20、roductiveunproductive2、张力效应和底物形变、张力效应和底物形变(strain and distortion)ZnZnGlu270Tyr248Arg145底物底物 OHNNOH酚吡啶羟基吡啶3、酸碱催化(、酸碱催化(acid-base catalysis)4、共价催化(、共价催化(covalent catalysis)什么是共价催化?什么是共价催化?共价催化共价催化 亲电子催化亲电子催化 亲核催化亲核催化 145 影响酶促反应速度的因素影响酶促反应速度的因素 1 底物浓度底物浓度 2 酶浓度酶浓度 3 pH 4 温度温度 5 激活剂激活剂 6 抑制剂抑制剂 酶的活力与测定酶
21、的活力与测定四、四、酶促反应动力学酶促反应动力学 (kinetics of enzyme-catalyzed reactions)是研究酶促反应 速度及其影响因素的科学。酶促反应速度的测定酶促反应速度的测定 初速度初速度的概念的概念酶活力酶活力 检测酶含量及存在,很难直接用酶的“量”(质量、体积、浓度)来表示,而常用酶催化某一特定反应的能力来表示酶量,即用酶的活力表示。酶催化一定化学反应的能力称酶活力,酶活力通常以最适条件下酶所催化的化学反应的速度来确定。1 酶促反应初速度的概念酶促反应初速度的概念斜率斜率=P/t=V(初速度初速度)Pt用一定时间内底物减少或产物生成的量来表示酶促反应速度。测
22、定反应的初速度。活力单位(active unit)习惯单位(U):底物(或产物)变化量/单位时间 国际单位(IU):1moL变化量/分钟 Katal(Kat):1moL变化量/秒比活力=总活力单位总活力单位总蛋白总蛋白mg数数=U(或或IU)mg蛋白蛋白量度酶催化能力 大小转换系数(Kcat)底物(moL)/秒每个酶分子量度酶纯度比活力(specific activity)量度转换效率 终点法:酶反应进行到一定时间后终止其反应,再用化学或物理方法测定产物或反应物量的变化。动力学法:连续测定反应过程中产物底物或辅酶的变化量,直接测定出酶反应的初速度。速度。1.称取25mg蛋白酶配成25ml溶液,
23、取2ml溶液测得含蛋白氮0.2mg,另取0.1ml溶液测酶活力,结果每小时可以水解酪蛋白产生1500ug酪氨酸,假定1个酶活力单位定义为每分钟产生1ug酪氨酸的酶量。请计算:(1)酶溶液的蛋白浓度及比活力(2)每克酶制剂的总蛋白含量及总活力。解:(1)酶液蛋白浓度:0.26.25/2=0.625mg/ml,0.1ml酶液中含1500/60=25u.比活力:25u/0.10.625=400u/mg (2)每克酶制剂中总蛋白:0.625克蛋白。那么总活力:400 u/mg0.625g=250000u2.甘油醛-3-磷酸脱氢酶,相对分子质量4万,由4个相同亚基组成,每个亚基上有一个活性位点,在最适条
24、件下,5g纯酶制品每分钟可以催化2.8mol甘油醛-3-磷酸转化为甘油酸-3-磷酸。请计算酶的比活力和单个活性位点的转换数。解:依据活力单位的定义:每分钟催化1mol的酶量为一个活力单位。上述纯酶含2.8个活力单位。依据比活力的定义:每毫克酶蛋白所含的活力单位数。该酶的比活力:2.8/510-3=560IU/mg 依据转换数定义:每秒钟每个酶分子转换底物的微摩尔数。W=2.8/604=0.01167 影响酶促反应速度的因素影响酶促反应速度的因素 MichaelisMenten曲线方程曲线方程米氏常数的意义米氏常数的意义米氏常数的求解米氏常数的求解米氏常数的应用米氏常数的应用 在底物浓度很低时,
25、反应速度随底物浓度的增加而急骤加快,两者呈正比关系,表现为一级反应。随着底物浓度的升高,反应速度不再呈正比例加快,反应速度增加的幅度不断下降。如果继续加大底物浓度,反应速度不再增加,表现为零级反应。此时,无论底物浓度增加多大,反应速度也不再增加,说明酶已被底物所饱和。所有的酶都有饱和现象,只是达到饱和时所需底物浓度各不相同而已。为解释酶被底物饱和现象,Michaelis和Menten做了大量的定量研究,积累了足够的实验数据,提出了酶促反应的动力学方程:米氏(米氏(MichaelisMenten)方程)方程 Vmax指该酶促反应的最大速度,S为底物浓度,Km是米氏常数,VO是在某一底物浓度时相应
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