细菌学教学课件-第二章-细菌的分类形态和进化.ppt
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- 细菌学 教学 课件 第二 细菌 分类 形态 进化
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1、细菌的分类、形态和进化细菌的分类、形态和进化吴震州引起肺炎的病原体引起肺炎的病原体细菌 肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性链球菌、肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌、肠杆菌属一些细菌、变形杆 菌、军团菌、棒状杆菌、梭状杆菌等病毒 腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、副流感病毒、麻疹病毒、巨细胞 病毒、单纯疱疹病毒、汉坦病毒、禽流感病毒、尼巴病毒、冠状病毒等支原体 肺炎支原体衣原体 肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体真菌 白色念珠菌、曲菌、放线菌等其它 立克次体(Q热立克次体等)、弓形虫(鼠弓形虫等)、原虫(卡氏肺孢 子虫等)、寄生虫类(肺包虫、肺吸虫、肺血吸虫等)SARS病原体的发现
2、与确证病原体的发现与确证2002年年11月,广东出现月,广东出现SARS病人病人2003年年3月月15日,日,WHO组织国际研究网络实验室组织国际研究网络实验室3月月18日日20日,观察到副粘病毒颗粒以及获得相关序列日,观察到副粘病毒颗粒以及获得相关序列3月月21日,猴肾细胞培养获得病毒分离物,并排除甲乙型流感病毒病日,猴肾细胞培养获得病毒分离物,并排除甲乙型流感病毒病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒1、2、3型、腺病毒、鼻病毒、型、腺病毒、鼻病毒、肠道病毒、人间质肺炎病毒等,报告发现衣原体颗粒肠道病毒、人间质肺炎病毒等,报告发现衣原体颗粒3月月22日,发现冠状病毒
3、样颗粒日,发现冠状病毒样颗粒3月月23日,明确发现冠状病毒颗粒和核酸片段,开始灵长类动物实验日,明确发现冠状病毒颗粒和核酸片段,开始灵长类动物实验3月月244月月11日,获得更多的日,获得更多的SARS病毒分离物、核酸片段序列,抗病毒分离物、核酸片段序列,抗体检测体检测4月月12日、日、14日,日,SARS冠状病毒的全基因组序列公布冠状病毒的全基因组序列公布4月月16日,日,WHO宣布确认一种变异冠状病毒引起宣布确认一种变异冠状病毒引起SARS4月月17日,利用动物实验按科赫原则确定日,利用动物实验按科赫原则确定SARS病原体病原体SARS coronavirus“SARS的研究速度令人惊讶。
4、由于全世界各国实验室之间非同寻常的合作,我们现在肯的研究速度令人惊讶。由于全世界各国实验室之间非同寻常的合作,我们现在肯定地知道谁是定地知道谁是SARS的元凶。的元凶。”(WHO传染病规划执行主任传染病规划执行主任David Heymann 博士)博士)嗜高温菌嗜高温菌杆菌杆菌球菌球菌霍乱弧菌霍乱弧菌梅毒螺旋体梅毒螺旋体细菌分类的意义细菌分类的意义 解决两个问题,一是鉴定,即这个细菌是什么;从进化论的角度描述细菌彼此间的演化、进化关系,谁更古老一些,细菌的从属关系等等,这一方法主要是用于解决第二个方面的问题。准确的细菌分类对深入了解不同种属间细菌的功能差异和抗菌新药的研发具有重要的指导意义。微
5、生物分类学的发展微生物分类学的发展经典分类学:按微生物表型分类微生物系统学:按亲缘关系和进化规律分类发展表型特征:形态学、生理生化学、生态学等,推断微生物的系统发育。表型特征结合分子水平上比较微生物的基因型特征(如16S rDNA)探讨微生物进化、系统发育和分类鉴定。微生物分类学的三个任务:分类、鉴定及命名微生物分类学的三个任务:分类、鉴定及命名分类是根据微生物的相似性和亲缘关系,将微生物归入不同的分类类群。分类是根据微生物的相似性和亲缘关系,将微生物归入不同的分类类群。鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。命名是根据国际命
6、名法规给微生物分类单元以科学的名称。命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。5界界论论6界界论论8界界论论古生菌古生菌古生菌古始動物菌三域学说三域学说 系统分类学Phylogenetic Classification 系统建立于演化关系上,而不是表型的相似性 缺少好的化石记录,对于证明原核生物和其他微生物是很困难 直接比较遗传物质和基因产物RNA或蛋白质 分类学依据 经典(传统)特性Classical Characteristics 分子特性Molecular Characteristics 传统传统特性特性 形态特性Morphological Characteristics形态学
7、容易研究和分析形态比较很有价值,因為构造特征由许多基因所表达,形态相似性常常是系统发育关系密切光学显微镜、穿透式和扫描式电子显微镜 生理和代谢特性 Physiological and Metabolic Characteristics 生理和代谢特性直接和微生物酵素和转运蛋白的本质和活性有关蛋白是基因产物,分析这些特性可以提供微生物基因间的间接比较 细菌生理学检查法细菌生理学检查法 糖酵解试验糖酵解试验 不同微生物分解利用糖类的能力有很大差异,或能利用或不能利用,能利用者,或产气或不产气。可用指示剂及发酵管检验。LET肉汤管或肉汤管或BGLB是否产气?是否产气?Biolog微生物鉴定系统微生物
8、鉴定系统 生态特性Ecological Characteristics 自然界中的生态特性影响微生物与其环境关系 生命循环类型,天然共生关系,对特定宿主致病能力,和棲息地喜好之要求,如温度、pH、氧气和渗透浓度 遗传分析Genetic Analysis 经由转化作用transformation和接合作用conjugation交换染色体基因 转化作用可在不同原核生物种间发生,但在属间则非常少。两个菌株之间发生转化作用显示它们关系近 免疫学分析Immunological Analysis 血清学,抗原结构形态结构、生理生化、少量的化石资料、行为习性,等等表型特征:5、进化指征的选择:b b)形态特
9、征在不同类群中进化速度差异很大,仅根据形态推断进化关系往往不准确;缺点:a)由于微生物可利用的形态特征少,很难把所有生物放在同一水平上进行比较;蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进化速率相对恒定,也就是说,分子序列进化的改变量(氨基酸或核苷酸替换氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率数或替换百分率)与分子进化的时间成正比。生物大分子作为进化标尺依据a)在两群生物中,如果同一种分子的序列差异很大时,-进化距离远,进化过程中很早就分支了。b)如果两群生物同一来源的大分子的序列基本相同,-处在同一进化水平上。大量的资料表明:功能重要的大分子、或者大分子中功能重要的区域,比功能不重要的分子或分子
10、区域进化变化速度低。RNA作为进化的指征作为进化的指征16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”:1)rRNA具有重要且恒定的生理功能;2)在16SrRNA分子中,既含有高度保守的序列区域,又有中度保守和高度变化的序列区域,因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究;3)16SrRNA分子量大小适中,1500bp左右,便于序列分析;4)rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%),也易于提取;5)16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同真核生物中其同源分子是源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。rRNA序列的测定分离和纯
11、化RNA合成互补 DNA(cDNA)扩增cDNA cDNA序列测定 反推rRNA序列 细菌基因组16S rDNA 可以直接以PCR放大,然后测序反反转录酶转录酶聚合酶链式反应聚合酶链式反应(PCR)Eubacteria(真细菌界)Archaebacteria(古细菌界)Eukarya(真核生物界)利用16SrRNA建立分子进化树 同一菌种的各个细菌,在某些方面仍有一定的差异,可再分成亚种(subspecies)亚种以下的分类等级为型(type),以区别某些特殊的特征。例如:抗原结构不同而分的血清型(serotype);对噬菌体敏感性不同的噬菌体型(phagetype);对细菌素敏感性不同的细菌
12、素型(bacteriocin-type),生化反应和某些生物学性状不同的生物型(biotype)。由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌,称为株(strain)。株的建立是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物,例如从10个肺结核患者的痰液中分离出的10株结核分枝杆菌。具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌(typical strain)或标准菌株(standardstrain),它是该种菌株的参比菌株。在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据,也可作为质量控制的标准。伯杰氏伯杰氏系统细菌学系统细菌学手冊手冊 BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERI
13、OLOGY 1923年,宾夕法尼亚大学细菌学教授David Bergey和四位同事出版能鉴定细菌种的细菌分类法,伯杰氏系统细菌学手冊,現在已发行至第九版 伯杰氏系统细菌学手冊第一版 The First Edition of Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 4卷33组中,每组包括原核生物有几个容易鉴定的共同特性 一般形状和形态学、革兰氏染色性质,氧的关系,运动性,內生孢子的存在,产能方式等等 分成4卷(1)普通、医学或工业有用的革兰氏阴性细菌(2)除放线菌外的革兰氏阳性细菌(3)具显著特性的革兰氏阳性细菌、蓝细菌和古生菌(4)放线菌(革兰氏阳性
14、丝状细菌)表型性分类中,以革兰氏染色性质分在哪一卷 伯杰氏系统细菌学手冊第二版 The Nineth Edition of Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 自从1984年,第一版出版以來,原核生物分类学已经有很大的精湛 特別是 rRNA、DNA和蛋白质测序使原核生物的系统发育分析成为可能 大幅依据系统发育,而非表型性特征,因此与第一版相当大的差异第1卷 古生菌、深分支和光合细菌,2001年出版第2卷 变形杆菌,2003年出 版第3卷 低G+C含量革兰氏阳性菌第4卷高G+C含量革兰氏阳性菌第5卷螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和 梭杆菌(第5卷也将包含自
15、第1卷出版後已被修订之 描述和系统发育排列)常用的检测技术 一、免疫学技术一、免疫学技术 应用免疫学理论而设计一系列测定抗原、应用免疫学理论而设计一系列测定抗原、抗体、免疫细胞及其分泌细胞因子的实验抗体、免疫细胞及其分泌细胞因子的实验方法,其基本原理是利用抗原、抗体间能方法,其基本原理是利用抗原、抗体间能发生特异性免疫反应以检测病原发生特异性免疫反应以检测病原免疫学技术 1、免疫荧光技术(、免疫荧光技术(IFT)将不影响抗原、抗体活性的荧光色素标记将不影响抗原、抗体活性的荧光色素标记在抗体(或抗原)上,与其相应抗原(或在抗体(或抗原)上,与其相应抗原(或抗体)结合后,形成免疫复合物在一定波抗体
16、)结合后,形成免疫复合物在一定波长光激发下可产生荧光,借助荧光显微镜长光激发下可产生荧光,借助荧光显微镜可检测或定位被检抗原。可检测或定位被检抗原。用于沙门氏菌、葡萄球菌毒素、用于沙门氏菌、葡萄球菌毒素、E.ColiO157 和单核细胞增生李斯特氏菌等和单核细胞增生李斯特氏菌等快速检测快速检测免疫学技术 2、酶免疫技术、酶免疫技术 利用抗原、抗体反应高度特异性和酶利用抗原、抗体反应高度特异性和酶促反应高度敏感性,通过肉眼或显微促反应高度敏感性,通过肉眼或显微镜观察及分光光度计测定,达到在细镜观察及分光光度计测定,达到在细胞或亚细胞水平上示踪抗原或抗体部胞或亚细胞水平上示踪抗原或抗体部位,及对其
17、进行定量目的位,及对其进行定量目的。免疫学技术 3、免疫印迹技术、免疫印迹技术 以生物物理学方法(凝胶电泳高效分离)以生物物理学方法(凝胶电泳高效分离)与特异性免疫反应(固相免疫测定)相结与特异性免疫反应(固相免疫测定)相结合而建立技术。合而建立技术。综合综合 SDSPAGE 高分辨率及高分辨率及 ELISA 高敏高敏感性和高特异性,是一种有效分析手段,感性和高特异性,是一种有效分析手段,目前应用于酵母和真菌检测。目前应用于酵母和真菌检测。分子生物学技术 1、基因探针技术、基因探针技术 从微生物中提取或扩增特异性从微生物中提取或扩增特异性 DNA 片段,片段,纯化后再将此纯化后再将此 DNA
18、片段标记上可被检测指片段标记上可被检测指示剂,如放射性同位素、荧光物质等,使示剂,如放射性同位素、荧光物质等,使之成为特异性之成为特异性 DNA 探针。微生物经处理后探针。微生物经处理后固定于另一固相表面上,经洗涤变性后加固定于另一固相表面上,经洗涤变性后加入入 DNA 探针进行杂交,探针进行杂交,DNA 探针可与同探针可与同源性靶源性靶DNA 进行互补性结合,依据指示剂进行互补性结合,依据指示剂选用合适方法进行检测。选用合适方法进行检测。分子生物学技术 2、基因芯片技术、基因芯片技术 采用原位合成或显微打印手段,将数以万采用原位合成或显微打印手段,将数以万计核酸探针固化于支持物表面,与标记样
19、计核酸探针固化于支持物表面,与标记样品进行杂交,通过检测杂交信号实现对样品进行杂交,通过检测杂交信号实现对样品快速检测。基因芯片技术是基于芯片上品快速检测。基因芯片技术是基于芯片上探针与样品中靶基因片段之间发生特异性探针与样品中靶基因片段之间发生特异性核酸杂交。核酸杂交。代谢技术1、ATP 生物发光法生物发光法荧光素酶以荧光素酶以D 荧光素、三磷酸腺苷和氧气为荧光素、三磷酸腺苷和氧气为底物,在存在底物,在存在 Mg2+时,可将化学能转化为光时,可将化学能转化为光能,发出光量子。能,发出光量子。ATP 既是荧光素酶催化发光既是荧光素酶催化发光必需底物,又是所有生物生命活动能量来源。必需底物,又是
20、所有生物生命活动能量来源。在荧光素酶催化发光反应中,在荧光素酶催化发光反应中,ATP 在一定浓度在一定浓度范围内,其浓度与发光强度呈线性关系,各生范围内,其浓度与发光强度呈线性关系,各生长期细菌均有较恒定水平长期细菌均有较恒定水平 ATP 含量。因此,含量。因此,提取细菌提取细菌 ATP,利用生物发光法测出,利用生物发光法测出 ATP 含含量后,即可推算出样品中含菌量,整个过程仅量后,即可推算出样品中含菌量,整个过程仅为十几分钟。为十几分钟。代谢技术 2、电阻抗技术、电阻抗技术 通过测量微生物代谢引起培养基电特性变通过测量微生物代谢引起培养基电特性变化以测定样品微生物含量一种快速检测方化以测定
21、样品微生物含量一种快速检测方法。法。代谢技术 3、放射测量技术、放射测量技术 利用细菌在生长繁殖过程中代谢碳水化合利用细菌在生长繁殖过程中代谢碳水化合物而产生物而产生 CO2 原理。原理。仪器分析技术 1、气相色谱法(、气相色谱法(GC)和高效液相色谱法)和高效液相色谱法(HPLC)依据不同微生物化学组成或其产生代谢产依据不同微生物化学组成或其产生代谢产物各异。利用上述色谱检测可直接分析各物各异。利用上述色谱检测可直接分析各种体液中细菌代谢产物、细胞中脂肪酸、种体液中细菌代谢产物、细胞中脂肪酸、蛋白质、氨基酸、多肽、多糖等,以确定蛋白质、氨基酸、多肽、多糖等,以确定病原微生物特异性化学标志成分
22、,协助病病原微生物特异性化学标志成分,协助病原诊断和检测。原诊断和检测。仪器分析技术 2、质谱技术、质谱技术 不同微生物具有不同质谱图,即微生物指不同微生物具有不同质谱图,即微生物指纹图谱,采用新型质谱软电离方法可获得纹图谱,采用新型质谱软电离方法可获得微生物质谱图,将实验得到质谱图与已被微生物质谱图,将实验得到质谱图与已被编入质谱指纹图库中已知微生物指纹图谱编入质谱指纹图库中已知微生物指纹图谱进行比对,即可达到检测和鉴定微生物目进行比对,即可达到检测和鉴定微生物目的。的。生物传感器技术生物传感器技术生物传感器技术利用生物活性物质(即生物元件)作为敏感器利用生物活性物质(即生物元件)作为敏感器
23、件,配以适当换能器(即信号传导器)所构成件,配以适当换能器(即信号传导器)所构成分析检测工具。分析检测工具。待测物质进入固定生物功能敏感元件(由酶、待测物质进入固定生物功能敏感元件(由酶、抗原、抗体、细胞器、完整细胞、激素、核酸抗原、抗体、细胞器、完整细胞、激素、核酸等制成)后,经分子识别而发生生物学反应,等制成)后,经分子识别而发生生物学反应,产生信息,如光、热等被相应信号转换器转变产生信息,如光、热等被相应信号转换器转变为可定量和可处理的电信号,从而换算出被测为可定量和可处理的电信号,从而换算出被测物质的量或浓度。物质的量或浓度。生物传感器技术 1、光学传感器、光学传感器 将细胞固定于传感
24、器表面将细胞固定于传感器表面,由于厚度的变化由于厚度的变化,光发生折射光发生折射,光学传感器可以检测到此微小光学传感器可以检测到此微小变化。变化。只适用于检测能产生荧光素的细菌只适用于检测能产生荧光素的细菌,且灵敏且灵敏度不高。度不高。生物传感器技术 2、生物发光传感器、生物发光传感器 特异性好特异性好,能区分活菌体和死菌体。但不足能区分活菌体和死菌体。但不足之处在于检测时间太长之处在于检测时间太长,灵敏度不高。灵敏度不高。细菌细菌原核微生物与真核微生物原核微生物与真核微生物在细胞结构上的根本区别在细胞结构上的根本区别生物性状生物性状 原核微生物原核微生物 真核微生物真核微生物 核核 拟核,无
25、核膜、核仁拟核,无核膜、核仁 真正的核,有核膜、核仁真正的核,有核膜、核仁 DNA 1DNA 1条条 1 1至数条,与至数条,与RNARNA、组蛋白合、组蛋白合 核糖体核糖体 70S 80S(70S 80S(细胞质中细胞质中),70S(),70S(细胞器中细胞器中)细胞分裂细胞分裂 二分裂二分裂 有丝分裂有丝分裂,减数分裂减数分裂 有性生殖有性生殖 无无 有有 细胞器细胞器 无无 线粒体、高基体、内质网等线粒体、高基体、内质网等 呼吸链呼吸链 细胞膜上细胞膜上 线粒体上线粒体上 细胞壁成分细胞壁成分 肽聚糖、磷壁质肽聚糖、磷壁质 多聚糖多聚糖,几丁质几丁质 大小大小 1 110m 1010m
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