第六章酶化学课件.ppt
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- 第六 化学课件
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1、酶化学 酶的概述酶的概述 酶的作用机制酶的作用机制 酶促动力学酶促动力学 酶的应用及发展酶的应用及发展一、酶催化作用的特点一、酶催化作用的特点二、酶的化学本质及组成二、酶的化学本质及组成三、酶的命名与分类三、酶的命名与分类四、酶的结构与功能的关系四、酶的结构与功能的关系 酶是活细胞产生的,具有催化生物酶是活细胞产生的,具有催化生物反应功能的蛋白质大分子及核酸。反应功能的蛋白质大分子及核酸。与一般化学催化剂相比,与一般化学催化剂相比,其共性有其共性有:1、用量少而催化效率高;、用量少而催化效率高;2、不改变化学反应的平衡点;、不改变化学反应的平衡点;3、可降低反应的活化能:、可降低反应的活化能:
2、l活化能活化能(Activation energy):l分子由常态转变为活化状态所需的能量。在一分子由常态转变为活化状态所需的能量。在一定温度下定温度下1mol 底物全部进入活化态所需要的底物全部进入活化态所需要的自由能。自由能。l通常要高出非生物催化剂催化活性的通常要高出非生物催化剂催化活性的1061013倍。倍。2H2O22H2O +O21mol过氧化氢酶过氧化氢酶 5106molH2O21molFe+2 610-4molH2O2l 一种酶只能催化一种酶只能催化一种一种或或一类一类十分相似的反应。十分相似的反应。l底物(底物(substrate,S):酶作用的物质:酶作用的物质。l绝对专一
3、性绝对专一性:只作用:只作用一种一种底物。底物。l相对专一性相对专一性:作用于:作用于一类一类底物。底物。酶的专一性酶的专一性:一种酶仅能作用于一:一种酶仅能作用于一种底物,或一类分子结构相似的物种底物,或一类分子结构相似的物质,并催化某种类型的反应。这种质,并催化某种类型的反应。这种特性称为酶的专一性,又叫做酶的特性称为酶的专一性,又叫做酶的特异性或选择性。特异性或选择性。酶作用的酶作用的专一性专一性结构专一性结构专一性立体异构专一性立体异构专一性族(基团)专一性族(基团)专一性绝对专一性绝对专一性族族(基团)(基团)专一性:可作用于一类或一些结构很相似专一性:可作用于一类或一些结构很相似的
4、底物。的底物。RCOO-+R OH+H+酯酶酯酶:RCOR+H2OOOCH2OHOHOHOH15-葡萄糖葡萄糖苷酶苷酶O R+H2OOCH2OHOHOHOHOH15+ROH绝对专一性:只能作用于某一底物。绝对专一性:只能作用于某一底物。脲酶脲酶:H2NCNH2+H2OO2NH3+CO2胰蛋白酶的基团专一性胰蛋白酶的基团专一性l酶只能催化一种立体异构体发生某种化酶只能催化一种立体异构体发生某种化学反应,而对另一种立体异构体则无作学反应,而对另一种立体异构体则无作用。用。l凡使凡使pr变性的因素都可使酶破坏变性的因素都可使酶破坏,l酶在温和条件下作用。酶在温和条件下作用。(四)(四)l如:抑制剂、
5、反馈抑制、酶原激活、激如:抑制剂、反馈抑制、酶原激活、激 素等。素等。(五)、有些酶的活性与辅酶、辅基五)、有些酶的活性与辅酶、辅基 及金属离子有关。除去,酶失活。及金属离子有关。除去,酶失活。1、大多数酶是蛋白质大多数酶是蛋白质:元素组成与分子量元素组成与分子量 化学结构与空间结构;化学结构与空间结构;理化性质理化性质:两性性质;胶体性质;两性性质;胶体性质;变性失活;可被蛋白酶分解;结晶;测序。变性失活;可被蛋白酶分解;结晶;测序。2、某些某些RNA具有催化活性具有催化活性,将本质为将本质为RNA 的酶称的酶称核酶(核酶(ribozymes)。(一)酶的命名一)酶的命名酶的命名有两种方法:
6、系统名、惯用名酶的命名有两种方法:系统名、惯用名惯用名:命名原则惯用名:命名原则根据酶催化反应的性质来命名。根据酶催化反应的性质来命名。如催化水解反应的酶如催化水解反应的酶-水解酶水解酶 催化氧化反应的酶催化氧化反应的酶-氧化酶或脱氢酶氧化酶或脱氢酶 催化转移氨基的酶催化转移氨基的酶-转氨酶转氨酶根据被作用的底物兼顾反应的性质来命名。根据被作用的底物兼顾反应的性质来命名。根据酶的来源命名。如细菌淀粉酶、胃蛋白酶。根据酶的来源命名。如细菌淀粉酶、胃蛋白酶。系统名系统名:根据酶催化反应的类型分为六大类:分别用根据酶催化反应的类型分为六大类:分别用1,2,3,4,5,6编号编号1、氧化还原酶类、氧化
7、还原酶类 2、转移酶类、转移酶类 3、水解酶类、水解酶类 4、裂分酶类、裂分酶类 5、异、异构酶类构酶类 6、合成酶类、合成酶类 根据底物的性质和反应键的性质,每一类又可分为若干亚类及根据底物的性质和反应键的性质,每一类又可分为若干亚类及次亚类。仍然用次亚类。仍然用1,2,3,编号。编号。在次亚类中编号。在次亚类中编号。:乳酸脱氢酶乳酸脱氢酶 EC 1.1.1.27EC(Enzyme Commision)第1大类,氧化还原酶第1亚类,氧化基团CHOH第1亚亚类,H受体为NAD+该酶在亚亚类中的流水编号 每个酶有两个名称每个酶有两个名称:系统名、惯用名系统名、惯用名l惯用名惯用名:简单、便于使用
8、;:简单、便于使用;l系统名系统名:明确标明酶的底物及催化:明确标明酶的底物及催化 反应的性质。反应的性质。(1)、单纯酶)、单纯酶(简单蛋白质):(简单蛋白质):其活性仅取决于其蛋白质结构。其活性仅取决于其蛋白质结构。如:蛋白酶、淀粉酶等。如:蛋白酶、淀粉酶等。辅因子辅因子(cofacter):热稳定的非蛋白小分子。热稳定的非蛋白小分子。l按分子组成:按分子组成:金属离子金属离子:Mg2+、Mn2+小分子有机物小分子有机物:NAD+、NADP+烟酰胺腺嘌呤二核苷酸烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸辅酶辅酶(coenzyme):结合较结合较松松,可透析去除可
9、透析去除;辅基辅基(prosthetic grup):结合较结合较紧紧,透析不易除去透析不易除去。酶蛋白酶蛋白负责专一性;负责专一性;辅因子辅因子负责电子、原子或基团转移。负责电子、原子或基团转移。同一辅因子可与多种不同酶蛋白结同一辅因子可与多种不同酶蛋白结合,显示不同催化活性。合,显示不同催化活性。(1)、单体酶:)、单体酶:一条肽链构成。一条肽链构成。(2)、寡聚酶:)、寡聚酶:几条到多条肽链(相同或不同)几条到多条肽链(相同或不同)组成。组成。(3)、多酶体系:)、多酶体系:几种酶彼此嵌合的复合体,几种酶彼此嵌合的复合体,有利于一系列反应连续进行。有利于一系列反应连续进行。l(Enzym
10、e Commision)(1)、氧化还原酶、氧化还原酶 (2)、转移酶)、转移酶 (3)、水解酶)、水解酶 (4)、裂解酶)、裂解酶 (5)、异构酶)、异构酶 (6)、合成酶)、合成酶EC 为为 Enzyme Commision 酶学委员会缩写酶学委员会缩写 (一)酶的分类(一)酶的分类1.氧化还原酶类氧化还原酶类:主要是催化氢的转移或电子传递的氧化主要是催化氢的转移或电子传递的氧化还原反应。还原反应。AH2 +B(O2)供氢体供氢体 受氢体受氢体A+BH2(H2O2,H2O)根据受氢体的性质,氧化还原酶类可分为:根据受氢体的性质,氧化还原酶类可分为:(1)脱氢酶类)脱氢酶类:催化直接从底物上
11、脱氢的反应。:催化直接从底物上脱氢的反应。AH2+BA+BH2(需辅酶需辅酶或辅酶或辅酶)(2)氧化酶类)氧化酶类催化底物脱氢,氧化生成催化底物脱氢,氧化生成H2O2:AH2+O2A+H2O2(需需FAD或或FMN)催化底物脱氢,氧化生成催化底物脱氢,氧化生成H2O:2AH2+O22A+2H2O(3)过氧化物酶)过氧化物酶ROO+H2O2RO+H2O+O2(其它)(其它)(4)加氧酶(双加氧酶和单加氧酶)加氧酶(双加氧酶和单加氧酶)O2+OHOHC=OC=OOHOH(顺,顺顺,顺-已二烯二酸)已二烯二酸)2.转移酶类转移酶类:催化化合物中某些基团的转移。:催化化合物中某些基团的转移。AX+BA
12、+BX根据根据X分成分成8个亚类:转移碳基、酮基或醛基、酰基、糖基、个亚类:转移碳基、酮基或醛基、酰基、糖基、烃基、含氮基、烃基、含氮基、含磷基(激酶含磷基(激酶)和含硫基的酶。和含硫基的酶。已糖激酶已糖激酶 葡萄糖葡萄糖 +ATP -6磷酸葡萄糖磷酸葡萄糖 +ADP Mg+3.水解酶类水解酶类:催化加水分解作用。催化加水分解作用。AB+H2O AOH+BH4.裂解酶类裂解酶类:催化非水解性地除去基团而形成双键的反应催化非水解性地除去基团而形成双键的反应或逆反应。或逆反应。CH3C=OCOOHCC键CH3C=OH+CO2 (脱羧酶、醛缩酶)CO键CH2COOHHOCHCOOHHCCOOHHOO
13、CCH+H2O(脱水酶)(脱水酶)CN键COOHCHNH2CH2COOHCOOHCHHCCOOH+NH3(脱氨酶)(脱氨酶)5.异构酶异构酶:催化催化 各种异构体之间的互变。各种异构体之间的互变。AB常见的有消旋和变旋、醛酮异构、顺反异构和变位酶类常见的有消旋和变旋、醛酮异构、顺反异构和变位酶类。6.合成酶类合成酶类:催化有催化有ATP参加的合成反应参加的合成反应。A+B+ATPAB+ADP+Pi(一)(一)酶的活性中心酶的活性中心概念:概念:活性中心:活性中心:酶分子中能同底物结合并起催化作用酶分子中能同底物结合并起催化作用的空间部位。的空间部位。羧肽酶的活性中心羧肽酶的活性中心l实验:实验
14、:酶蛋白经酶蛋白经水解切去部分肽水解切去部分肽链后,残留部分链后,残留部分仍有活性。仍有活性。l说明:说明:参与催化参与催化反应的只是其中反应的只是其中一小部分,即一小部分,即活活性中心。性中心。活性中心即酶分子活性中心即酶分子中在三维结构上中在三维结构上相互靠近的几个相互靠近的几个aa残基或其上的残基或其上的某些基团。某些基团。活性中心以外的部活性中心以外的部分对酶催化次要分对酶催化次要但对活性中心形但对活性中心形成提供结构基础。成提供结构基础。胰凝乳蛋白酶的活性中心胰凝乳蛋白酶的活性中心1、仅为酶体积的很小部分;、仅为酶体积的很小部分;2、具有一定的空间构象;、具有一定的空间构象;3、S与
15、与E靠次级键结合;靠次级键结合;4、是由特定空间构象维持、是由特定空间构象维持的一个的一个裂隙裂隙。酶促反应机理酶促反应机理溶菌酶活性中心1、通过研究专一性底物判断确定、通过研究专一性底物判断确定E活性中活性中心的结构;心的结构;2、用化学修饰法共价修饰、用化学修饰法共价修饰E分子的一些功分子的一些功 能基团,以查出哪些基团是活性必需的;能基团,以查出哪些基团是活性必需的;3、X-衍射直接探明活性中心。衍射直接探明活性中心。酶促反应机理酶促反应机理二、酶原的激活二、酶原的激活没有活性的酶的前体称为没有活性的酶的前体称为酶原酶原。酶原转变成有活。酶原转变成有活性的酶的过程称为性的酶的过程称为酶原
16、的激活酶原的激活。这个过程实质上。这个过程实质上是酶活性部位形成和暴露的过程。是酶活性部位形成和暴露的过程。在组织细胞中,某些酶以酶原的形式存在,可在组织细胞中,某些酶以酶原的形式存在,可保护分泌这种酶的组织细胞不被水解破坏保护分泌这种酶的组织细胞不被水解破坏。缬缬 天天 天天天天天天赖赖缬缬 甘甘组组缬缬 天天 天天天天天天赖赖甘甘 组组SS缬缬SS提问:为什么不直接以酶形式存在呢?提问:为什么不直接以酶形式存在呢?答案:保护正常组织不受伤害。答案:保护正常组织不受伤害。活性部位三、三、同工酶同工酶(isoenzyme)能催化相同的化学反应,但在蛋白质分子的结能催化相同的化学反应,但在蛋白质
17、分子的结构、理化性质和免疫性能等方面都存在明显差异构、理化性质和免疫性能等方面都存在明显差异的一组酶。的一组酶。乳酸脱氢酶乳酸脱氢酶(LDH)MHMM MMM4HMMMM3HMMHHM2H2MHHHMH3HHHHH4既是抗体又具有催化功能的蛋白质既是抗体又具有催化功能的蛋白质.l酶的催化作用,过渡态,活化能酶的催化作用,过渡态,活化能l中间产物学说中间产物学说l决定酶作用专一性的机制决定酶作用专一性的机制l过渡态互补过渡态互补l抗体酶抗体酶l使酶具有高催化效率的因素使酶具有高催化效率的因素一一 酶的催化作用与分子活化能酶的催化作用与分子活化能化学反应自由能方程式化学反应自由能方程式G=H-TS
18、(G是总自由能的变化,是总自由能的变化,H 是总热能的变化,是总热能的变化,S是熵是熵的变化)的变化)当当G0,反应不能自发进行。,反应不能自发进行。当当G0,反应能自发进行。,反应能自发进行。活化能活化能:分子由常态转变为活化状态所需的能量。是指分子由常态转变为活化状态所需的能量。是指在一定温度下,在一定温度下,1mol 反应物全部进入活化状态所需的自反应物全部进入活化状态所需的自由能。由能。促使化学反应进行的途径:促使化学反应进行的途径:1.用加热或光照给反应体系提供能量。用加热或光照给反应体系提供能量。2.使用催化剂降低反应活化能。使用催化剂降低反应活化能。酶和一般催化剂的作用就是降低化
19、学反应所酶和一般催化剂的作用就是降低化学反应所需的活化能,从而使活化分子数增多,反应需的活化能,从而使活化分子数增多,反应速度加快。速度加快。1、学说认为:、学说认为:当酶催化一化学反应时,首当酶催化一化学反应时,首先先 E和和 S结合形成中间产物结合形成中间产物 ES,然后它,然后它再分解成产物再分解成产物P并释放并释放酶酶E。1)中间产物比底物需较少的活化能就可分)中间产物比底物需较少的活化能就可分解成产物并放出酶。解成产物并放出酶。2)ES 决定酶促反应速度。决定酶促反应速度。3)中间产物形成的实验依据:)中间产物形成的实验依据:1.同位素同位素32P标记底物法(磷酸化酶与葡萄糖结合);
20、标记底物法(磷酸化酶与葡萄糖结合);2.吸收光谱法(过氧化物酶与过氧化氢结合)。吸收光谱法(过氧化物酶与过氧化氢结合)。A:未结合底物未结合底物B:E-S中间复合物中间复合物(一)(一)锁钥学说锁钥学说:1894年年E.Fischer 提出:提出:S分子或分子或其一部分像钥匙其一部分像钥匙一样楔入一样楔入E活性活性中心部位。中心部位。此学说强调此学说强调E与与S结构互相吻合结构互相吻合(刚性模板刚性模板)。1958年年Koshland 提提出:当出:当E与与S接近时,接近时,E蛋白受蛋白受S分子的诱分子的诱导,其构象发生有导,其构象发生有利于利于S结合的变化结合的变化,E与与S在此基础上互在此
21、基础上互补契合、进行反应。补契合、进行反应。Pauling提出提出过渡态理论认为过渡态理论认为:E与与S的过渡态互补,亲和力最强,释的过渡态互补,亲和力最强,释放的结合能使放的结合能使反应活化能反应活化能降低,有利于降低,有利于S 跨越能垒,使反应加速。跨越能垒,使反应加速。证明证明:人工合成了过渡态类似物;人工合成了过渡态类似物;用过渡态类似物制备出抗体酶。用过渡态类似物制备出抗体酶。S分子向分子向E活性中心靠近,且趋向活性中心靠近,且趋向E催化部位,催化部位,使活性中心这一局部区域使活性中心这一局部区域S增加,并使增加,并使S分子分子发生扭曲,易于断裂,降低反应所需活化能。发生扭曲,易于断
22、裂,降低反应所需活化能。从而加快反应速度。从而加快反应速度。lX衍射证实:衍射证实:E使使S分子中敏感键中某分子中敏感键中某些基团的电子密度些基团的电子密度变化,产生电子张变化,产生电子张力力,使其发生变形,使其发生变形,更易于断裂。更易于断裂。酶高效的因素酶高效的因素A:S变形变形B:S和和E都变形都变形指指E分子上某分子上某些基团作为质些基团作为质子供体和质子子供体和质子受体对受体对S进行进行(广义的)酸(广义的)酸碱催化。碱催化。1、醛的水合作用2、肽的水解作用酶高效的因素酶高效的因素 E分子中的亲核基团提分子中的亲核基团提供电子,对供电子,对S中亲电子中亲电子的碳原子进行攻击,的碳原子
23、进行攻击,生成生成ES使反应活化能使反应活化能降低,降低,S可越过较低的可越过较低的能垒而形成产物。能垒而形成产物。酶高效的因素酶高效的因素一:酶活力的测定:一:酶活力的测定:1.酶活力(酶活性酶活力(酶活性enzyme activity)::指酶催化一定化学反应的能力。指酶催化一定化学反应的能力。用酶所催化的某一用酶所催化的某一化学反应速度化学反应速度的快的快慢来表示酶的含量和存在。慢来表示酶的含量和存在。酶促反应速度的测定:酶促反应速度的测定:(1)测定单位时间底物的消耗量)测定单位时间底物的消耗量(2)测定单位时间产物的生成量)测定单位时间产物的生成量(1)、酶活力单位)、酶活力单位(a
24、ctive unit,U,I.U):):特定条件下(特定条件下(25 ),在),在1分钟内能转分钟内能转化化1微摩尔底物的酶量。微摩尔底物的酶量。(2)、酶的转换)、酶的转换数(数(katal,kat):):在最适条件下(在最适条件下(30 ),每秒钟可使每秒钟可使1mol底物转化的酶量。底物转化的酶量。1 kat=6107 I.U 指每指每mg酶蛋白所具有的酶活力,一般用酶蛋白所具有的酶活力,一般用 U/mg蛋白表示。蛋白表示。(4)、)、用反应用反应初速度初速度(v)来表示来表示:l 测单位时间内、单测单位时间内、单 位体积中底物减少位体积中底物减少 或产物增加量来表示或产物增加量来表示
25、浓度浓度/单位时间单位时间.酶促反应动力学酶促反应动力学是研究酶促反应的速是研究酶促反应的速度及影响此速度的各种因素的科学。度及影响此速度的各种因素的科学。1.酶浓度对酶作用的影响酶浓度对酶作用的影响 在底物足够过量,不含抑制酶活性的在底物足够过量,不含抑制酶活性的物质及其他不利于酶发挥作用的因素物质及其他不利于酶发挥作用的因素时时 V=k E (二)酶浓度对酶作用的影响(二)酶浓度对酶作用的影响在有足够底物足够底物和其他条件不变的情况下:v=k E 本人认为不完善本人认为不完善 v0=k E原因:原因:1.逆反应速度增加逆反应速度增加2.底物底物浓度下降浓度下降3.酶会因环境因素的影响而失活
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