实验七-蛋白质结构与功能预测-15页PPT课件.ppt

1、实验七实验七蛋白质结构与功能预测蛋白质结构与功能预测一、实验目的一、实验目的了解蛋白结构与功能的常用网站和软件；了解蛋白结构与功能的常用网站和软件；学会蛋白质结构和功能预测的方法。学会蛋白质结构和功能预测的方法。二、实验内容和方法二、实验内容和方法蛋白质基本理化性质分析蛋白质基本理化性质分析 利用Protparam 工具工具 expasy.org/tools/protparam.html预测蛋白的基本理预测蛋白的基本理化性质：化性质：相对分子质量相对分子质量 氨基酸组成氨基酸组成等电点（等电点（PIPI）消光系数消光系数半衰期半衰期 不稳定系数不稳定系数总平均亲水性总平均亲水性 2.利用TMH

2、MM-cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0进行跨膜域分析进行跨膜域分析Chicken stard3nl protein transmembrane3.信号肽预测信号肽预测 SignalP 4.1 Server cbs.dtu.dk/services/SignalP/4.蛋白质二级结构预测蛋白质二级结构预测 SOPMA-npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html5.5.蛋白质三维结构预测蛋白质三维结构预测 SWISS-MODEL工具工具 expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html 同源建模方法 与PDB数据库已知结构的蛋白质序列比对进行预测主要参数主要参数/选项选项粘贴粘贴protein.txt中中一条蛋白质序列一条蛋白质序列输入用户输入用户Email（选填）（选填）比对比对e值值参照模板序列数目参照模板序列数目输出结果输出结果下载下载pdbpdb格式文件格式文件作业 从NCBI网站下载任意氨基酸序列，预测其理化性质、跨膜域、信号肽、二级结构、三级结构。抓图黏贴到实验报告中。