高通量药物筛选与创新药物研究课件.ppt
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- 通量 药物 筛选 创新 研究 课件
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1、高通量药物筛选与创新药物研究高通量药物筛选与创新药物研究内容内容 高通量药物筛选:模型建立、化合物制备、自动化、数据处理 我国高通量药物筛选的现状 我们在高通量药物筛选与创新药物研究方面的策略:组合筛选模型体系、分子家族筛选模型体系、化学生物学方法研究活性化合物作用机制 我们在高通量药物筛选与创新药物研究方面的研究实例化合物资源化合物资源药物发现药物发现DRUG DISCOVERYDRUG DISCOVERY药物开发药物开发DRUG DEVELOPMENTDRUG DEVELOPMENT1.1.临床前研究临床前研究2.2.临床研究临床研究药物候选化合物药物候选化合物药药新新1.1.药物先导化合
2、物的发现药物先导化合物的发现2.2.药物先导化合物的结构优化药物先导化合物的结构优化新药研究的两个阶段分子生物学分子生物学细胞生物学细胞生物学基因组学基因组学蛋白组学蛋白组学生物信息学生物信息学结构生物学结构生物学计算机辅助药物设计计算机辅助药物设计药物化学药物化学高通量筛选高通量筛选技术技术天然产物天然产物化学合成化学合成组合化学组合化学化合物库化合物库筛选模型筛选模型结构优化结构优化先导化合物先导化合物筛选筛选药物发现的关键环节药物发现的关键环节高新技术集中的焦点高新技术集中的焦点高通量筛选高通量筛选(HTS)运用自动化的筛选系统在短时间内、在特定的筛选模型上完成数以千计,甚至万计化合物样
3、品的活性测试。一般而言,日筛选能力应在10000次以上方可以称为高通量筛选。The Evolution of HTS高通量筛选高通量筛选快速快速-每天筛选上万药次每天筛选上万药次微量微量-筛选样品需要量为微克级筛选样品需要量为微克级灵敏灵敏-准确判断筛选样品的活性和选择性准确判断筛选样品的活性和选择性经济经济-筛选费用低筛选费用低常规筛选高通量筛选常规筛选和高通量筛选常规筛选和高通量筛选高通量筛选高通量筛选的四个要素的四个要素样品制备样品制备自动化自动化HTS模型建立模型建立数据处理数据处理要素一:高通量筛选模型建立要素一:高通量筛选模型建立针对某一特定靶点,设计一种生物活性检测方法并使之适用
4、于高通量筛选。选择高通量筛选的靶点选择高通量筛选的靶点来源于基础科学对于一种疾病进行细致研究后的理解和发现。根据这些结果,我们可以选择其中关键的生物效应环节进行干预。这些靶点包括受体、酶、激素、因子、离子通道和蛋白间的相互作用等。Current Drug Targets Membrane Receptors45%Enzymes28%Hormones and Factors11%Ion Channels5%DNA2%Nuclear Receptors2%Unknown7%N=483 J.Drews,Science(2000)287:1962靶点确证靶点确证 Expression phenotyp
5、e?Mutant?Antisense treatment?Antibody treatment?RNAi?Knockout/knockin?Inhibitor treatment?克隆克隆PCR、RT-PCR方方法从法从cDNA文库、文库、EST克隆、组织克隆、组织和细胞的总和细胞的总RNA中得到关键靶基中得到关键靶基因因亚克隆亚克隆大肠杆菌表达系统酵母表达系统昆虫表达系统大规模表达、大规模表达、纯化、复性,纯化、复性,得到纯净重组得到纯净重组蛋白蛋白时间光吸收NONHONHOSONHONHOOOEtSHONHONHOO EtSSC O O HH O O CN O2O2NSC O O HN O
6、2E412nm=13,600 M-1cm-1检测方法的确检测方法的确定、优化及高定、优化及高通量筛选模型通量筛选模型的建立的建立分子水平筛选模型建立流程模型设计模型设计体外生化检测通常通过体外生化检测方法进行筛选的靶点包括酶、受体、蛋白与蛋白的相互作用等细胞水平的检测主要用于信号传导通路相关的靶点(包括受体、离子通道)以及为发现抗生素设计的筛选模型通过显色反应、荧光、化学发光以及同位素检测技术测量生物反应的终点。体外生化检测体外生化检测体外生化检测均相检测异相检测放射性检测非放射性检测放射性检测非放射性检测SPA 微粒SPA 微孔板显色反应检测吸收光检测荧光检测 微粒方法检测过滤方法检测吸收方
7、法检测沉淀方法检测放射免疫ELISA 检测显色反应显色反应(Photometry)No2NHRONo2H2N 405nm=1.06104 M-1cm-1RSNHROOHSNO2CO2HO2NHO2CS SNHROSO2NHO2CSNO2CO2H+412nm=1.4104 M-1cm-1HSNHROEE显色反应方法检测显色反应方法检测MetAPMetAP活性活性maxnmH2NNSOMetAPMet+ONHNO2HNONHNO2ProAPH2NNO2NHOHO显色反应方法检测显色反应方法检测MetAPMetAP活性活性H2NSNHOHSOOROHSNHOHOROHSNO2CO2HO2NHO2CS
8、 SNHOROHOMetAPMetSO2NHO2CSNO2CO2H+R=Ph,CH3=412nm荧光强度荧光强度(Fluorescence Intensity)7-amino-4-methylcoumarinrhodamine 110resorufinFluorogenic Peptide Substrate荧光偏振荧光偏振(Fluorescence Polarization)偏振光快速旋转方向随机低的FP信号偏振光旋转减慢,偏振光方向集中在偏振面上强的FP 信号生物大分子FPTheoretical FP Behavior of a Series of Fluorescent DyesAs a
9、 Function of MW尺寸变化尺寸变化生物大分子+生物大分子FP 信号增强生物大分子+生物大分子FP 信号减弱竞争性结合+FP 信号减弱+IMAPProtein-DNA Binding FP HTSSer/Th Kinase Competitive FP Assay荧光共振能转移荧光共振能转移(FRET)荧光共振能转移是指供体受激发后不发射出光子而将激发的能量转移到受体的现象。这种方法可检测生理状态下相互作用分子间的距离。产生FRET需要满足三个条件:供体和受体间距离接近(10100埃);供体的发射光谱与受体的激发光谱必须有重叠;供体和受体之间迁移偶极子的方向必须平行。Fluoresc
10、ence Resonance Energy Transfer(FRET)FluorescenceFluorescenceDAEfficient energy transfer:10100 AbsorbanceWavelengthAbsorbanceWavelengthDonorAcceptor荧光共振能转移荧光共振能转移在大多数情况下,供体与受体标记的荧光染料是不同的,供体的荧光会因为受体的存在而发生淬灭。一般荧光素和四甲基罗丹明(tetramethylrhodamine)之间发生50%有效能量转移所需距离为55 埃,EDANS和DABCYL之间为33埃,EDANS和荧光素之间为46埃。FRE
11、T主要用于淬灭分析或与淬灭相关的分析。Fluorogenic(Quenched)SubstrateEDANS测定EDANS荧光强度DabcylDabcylEDANS蛋白水解酶FRETExample of use of FRET in a protease assayMatayoshi et al.,Science 247 954(1990)时间分辨荧光共振能传递时间分辨荧光共振能传递(Time Resolved FRET)LANCE Assay for KinaseLANCE Assay for Transferase and Nuclear receptorLANCE Assay for P
12、rotease and HelicaseAlphaScreenAlphaScreen for PIP3AlphaScreen for cAMPDonor-StreptavidinBiotin-cAMPAcceptor-Anti-cAMP520-620 nm680 nmBRET闪烁亲近检测法闪烁亲近检测法(Scintillation Proximity Assay,SPA)放射性标记配体与SPA微粒上的生物大分子结合,亲近闪烁产生可检测的光未标记配体不产生亲近闪烁-射线作用与微粒上的闪烁剂发射可检测的光SPA 微粒-射线在介质中被消散放射性标记配体FlashPlate-SPA without B
13、eadsBind ReceptorOr Target toPlateRadiolabeledTracer andSample addedOnly boundTracer isMeasured常用的蛋白水解酶检测方法常用的蛋白水解酶检测方法R吸收光或荧光方法检测产物125I用抗生物素链菌素包被的SPA微粒或FlashplatesTM捕获生物素标记组分Fluores加入抗生物素链菌素测定荧光偏振1.2.3.R125IFluoresBiotinBiotinBiotinBiotin蛋白水解酶蛋白水解酶蛋白水解酶R常用的蛋白水解酶检测方法常用的蛋白水解酶检测方法EDANS测定EDANS荧光强度Dabcy
14、lCY5加入抗生物素链菌素-APC测定从Cy5到APC的共振能量转移4.5.DabcylEDANSBiotinBiotinCY5蛋白水解酶蛋白水解酶常用的激酶检测方法常用的激酶检测方法 激酶抗生物素链菌素包被的SPA微粒或FlashplatesTM捕获生物素标记组分或磷酸纤维素板捕获磷酸化组分Biotin1.2.+AT33P33PO43-应用铕标记抗磷酸化抗体及抗生物素链菌素-APC进行均相 FRET检测+ATPPO43-BiotinBiotinBiotin激酶常用的磷酸酯酶检测方法常用的磷酸酯酶检测方法3.4.33PO43-PO43-+Free PO43-+Free 33PO43-抗生物素链
15、菌素包被的SPA微粒或FlashplatesTM捕获生物素标记组分或磷酸纤维素板捕获磷酸化组分应用孔雀绿染料检测游离 PO43-磷酸酯酶BiotinBiotinBiotinBiotin磷酸酯酶以酶为靶点以酶为靶点以酶为靶点进行的高通量筛选的优化及标准化涉及以下几个步骤:确定反应条件(如缓冲液、pH、温度)天然或合成的底物的确定 酶动力学 信号窗口的评价 对已知抑制剂的反应情况底物转变为产物后,分别使用显色反应、荧光或放射性化学的方法等。适用的靶点不仅包括蛋白酶、激酶和磷酸酯酶,也包括其它酶类,如DNA连接酶和解旋酶。细胞水平检测细胞水平检测细胞水平检测均相检测异相检测微生物检测哺乳动物细胞检测
16、存活检测生长/生长抑制检测报告基因检测混合检测细胞毒性和细胞增殖检测双杂交检测报告基因检测放射性检测非放射性检测放射性检测过滤方法检测放射免疫ELISA 检测非放射性功能检测荧光成像检测荧光成像检测(FLIPR)贴壁细胞或悬浮细胞中Fluo-3的荧光强度,间接反映钙离子的浓度。在FLIPR实验中,可以用96孔或384孔板对多个样品同时检测,测定荧光强度的过程仅需1秒。可进行钙离子内流的动力学检测。FLIPR functional screening assayLGTPGDP PLCinositol phosphatesCa2+Fluorescentdye+fluorescent signal报
17、告基因报告基因 报告基因受一个可诱导转录因子的调控,从而响应受体的活动,并指导报告蛋白的合成。对应不同的细胞株,可有多种报告基因和载体可供选择。常用的有萤火虫荧光素酶(luciferase)、分泌型碱性磷酸酯酶(secreted alakaline phosphatase,SEAP)、氯霉素乙酰转移酶(chloramiphenicol acetyltransferase,CAT)、-半乳糖苷酶(-galactosidase)、-内酰胺酶和绿色荧光蛋白(GFP)。Reporter GeneBaitProteinBindingDomainPrey ProteinActivationDomain T
18、wo hybrid proteins are generated with transcription factor domains Both fusions are expressed in a yeast cell that carries a reporter gene whose expression is under the control of binding sites for the DNA-binding domainThe Two-Hybrid SystemReporter GeneBaitProteinBindingDomainPrey ProteinActivation
19、DomainThe Two-Hybrid System Interaction of bait and prey proteins localizes the activation domain to the reporter gene,thus activating transcription.Since the reporter gene typically codes for a survival factor,yeast colonies will grow only when an interaction occurs.Quantum dots Invitrogen 公司的Qdot技
20、术Quantum dots 是一种与蛋白质尺寸相当的半导体材料,具有独特的荧光特性。已成为筛选药物的有利工具。荧光持续时间时间长,适合时间分辨检测。颜色多样,在同一激发波下,不同尺寸的微利可发出多种激发光,加上其表面可以耦联多种生物分子,可同时标记多个靶点。安全:细胞毒性低,可用于活细胞或者体内研究。Qdot的结构High Content ScreeningHigh Content ScreeningCellomicsArrayScanKineticScan Molecular DevicesDiscovery-1Visualize and analyze cell populationsId
21、entify sub-cellular protein localizationPerform multi-parameter analysis Live cell assays to detect translocation of signaling proteins:primary screening lead profiling Pathway screening for functional effect,rather than specific mode of action(e.g.:in vitro binding,catalytic activity).Modulation of
22、 protein translocation is an alternative to inhibition of catalytic activity:protein translocation modulators.Translocation Assay Protein Translocation is Essential for Intracellular SignalingThe PKB/Akt PathwayGreater Selectivity with Translocation ModulatorsActive Site inhibitors often lack specif
23、icity and selectivity unwanted side effects.Many signalling proteins with very different functions share similar active sites-e.g.Protein Kinase C family.ATP and Substrate binding sitescPKCnPKCaPKCOther binding sitesXXXXXXPKC catalytic inhibitors all act on ATP-binding siteOther binding sites could
24、be targets for specific,selective inhibitors.GFP Fusion Proteins for Detecting Translocationsmolecule of interestGFPpromoter Make stable,transfected cell lines.Quantify intracellular translocations of target in high throughput.Membrane to Cytoplasm TranslocationExamplePathwayTherapeutic areaPLCd dPh
25、osphoinositide ManyMARCKSPKCCancer,DiabetesMembrane ReceptorsReceptor internalizationManyTarget:PLC-PH domainHost cell type:CHO-hIRStimulation:ATPTimescale:5-20 secCytoplasm to Nucleus TranslocationExamplePathwayTherapeutic areap65 NFk kBTNF etc.InflammationERK1MAPKCancerp38StressInflammationJNKcJun
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