微生物的分类和鉴定..课件.ppt
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- 微生物 分类 鉴定 课件
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1、第十章第十章 微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定Microbial Taxonomy and Identification 一、种以上的一、种以上的 通用分类单元通用分类单元 二、二、微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位 三、三、各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要 四、四、微生物分类鉴定的方法微生物分类鉴定的方法v目前已知的微生物种数为15 20万种,对它们进行分类、鉴定和命名等工作才能对纷繁的微生物类群有一清晰的轮廓。v生物种数:150万余种微生物分类学微生物分类学(microbialtaxonomy)v是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类
2、群(taxon)的科学。微生物分类学的任务微生物分类学的任务 v分类、鉴定、命名。分类、鉴定、命名。v分类的任务:解决从个别到一般的问题。分类的任务:解决从个别到一般的问题。通过收集大量有关个体描述的资料,经过科学的归纳,整理成一个科学的分类系统。v鉴定的任务:从一般到个别的过程。鉴定的任务:从一般到个别的过程。通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征,然后查找现成的分类系统,以达到知类、辨名的目的。v命名的任务:命名的任务:为一个新发现的微生物按国际命名法规给以一个新的学名。v因此,分类是一项宏观的战略性工作,鉴定是一项微观的战因此,分类是一项宏观的战略性工作,鉴定是一项微观的
3、战术性工作,而命名则是一项创新的开拓性工作。术性工作,而命名则是一项创新的开拓性工作。微生物分类学的发展v经典分类学v微生物系统学(Microbial Systematics)第一节 通用分类单元通用分类单元 分类的级别一、种以上的系统分类单元一、种以上的系统分类单元二、微生物的学名二、微生物的学名一、种以上的系统分类单元一、种以上的系统分类单元(一)七级分类单元(一)七级分类单元 种以上的系统分类单元(种以上的系统分类单元(taxon或或category,也称分类阶元或分,也称分类阶元或分类群)自上而下依次可分七级,即:类群)自上而下依次可分七级,即:界界Kingdom(拉:(拉:Regnu
4、m)门门Phylum(拉:(拉:Phylum)或)或Division(拉:(拉:Divisio)纲纲Class(拉:(拉:Classis)目目Order(拉:(拉:Ordo)科科Family(拉:(拉:Familia)属属Genus(拉:(拉:Genus)种种Species(拉:(拉:Species)在这七级中,在必要时每一级都可有若干辅助单元,故共可在这七级中,在必要时每一级都可有若干辅助单元,故共可有十余级。有十余级。(二)种的概念(二)种的概念v种:最基本得分类单位v微生物的种:微生物的种:是一个基本分类单位,它是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有着明显差异的菌株
5、的总称。v因为大多数原核生物的细胞形态过于简单,在高等生物中可用于定义种的几个主要性状,在微生物中是无法使用的。因此,在微生物尤其在原核生物中,种的定义极其难定,至今还找不到一个公认的、明确的种的定义。模式种模式种(typespecies 模式活标本模式活标本)v在微生物中,一个种只能用该种内的一个典型菌株来作具体标本,这一典型菌株就是该种的模式种。v必须是一个种的具体活标本,是该菌种的活培养物,它应保持着纯培养状态,在性状上必须与原初描述密切相符。v模式菌株可用多种方式指定,例如可由原始作者指定,如原始菌株已丧失则可再提一个新的模式,等等。新种新种 v权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种
6、新分类并鉴定过的微生物。v当按“法规”命名并进行发表时,应在其学名后附“spnov”或“novsp”(species nova的缩写)。v在新种发表前,其模式菌株的培养物就应存放在一个永久性的菌种保藏机构中,并允许人们能从中取得。种的分类地位举例种的分类地位举例分别列举细菌、放线菌和真菌各一种。常用的几种分类概念v种种:亲缘关系较近的微生物有机体的集合,它们在进化发育阶段上有一定的:亲缘关系较近的微生物有机体的集合,它们在进化发育阶段上有一定的共同形态和生理特征。现代分类学上规定种内菌株的共同形态和生理特征。现代分类学上规定种内菌株的DNA同源性同源性70%v变种变种:从自然界分离到的微生物纯
7、种,如果与典型种之间存在某些特征的差:从自然界分离到的微生物纯种,如果与典型种之间存在某些特征的差别,而这些特征又是稳定遗传的,则可将这一纯种称为典型种的变种。如枯别,而这些特征又是稳定遗传的,则可将这一纯种称为典型种的变种。如枯草芽孢杆菌的黑色变种。草芽孢杆菌的黑色变种。v小种(亚种)小种(亚种):实验室中获得的微生物变异型称为小种或亚种。:实验室中获得的微生物变异型称为小种或亚种。v型:型:自然界存在的差异较小的同种微生物的不同类型,称为型。如结核分支自然界存在的差异较小的同种微生物的不同类型,称为型。如结核分支杆菌依其寄主的不同可分为人型、牛型和禽型。杆菌依其寄主的不同可分为人型、牛型和
8、禽型。v菌株(品系)菌株(品系):来源不同的同种微生物的纯培养,均可称为菌株。:来源不同的同种微生物的纯培养,均可称为菌株。v群:群:有些微生物的特征介于两种微生物之间,我们把这两种微生物及其中间有些微生物的特征介于两种微生物之间,我们把这两种微生物及其中间类型统称为一个群类型统称为一个群二、微生物的学名二、微生物的学名 每一种微生物都有自己的名字,包括俗名和学名两种。(一)俗名(一)俗名v普通的、通俗的、地区性的名字,具有简明和大众化的优点,普通的、通俗的、地区性的名字,具有简明和大众化的优点,但往往涵义不够确切,易于重复,使用范围局限。例如:但往往涵义不够确切,易于重复,使用范围局限。例如
9、:v“结核杆菌结核杆菌”Mycobacterium tuberculosis(结核分枝杆(结核分枝杆菌);菌);v“绿脓杆菌绿脓杆菌”Pseudomonas aeruginosa(铜绿假单胞菌);(铜绿假单胞菌);v“白色念珠菌白色念珠菌”Candida albicans(白色假丝酵母);(白色假丝酵母);v“金葡菌金葡菌”Staphylococcus aureus(金黄色葡萄球菌);(金黄色葡萄球菌);v“丙丁菌丙丁菌”Clostridium acetobutylicum(丙酮丁醇梭菌);(丙酮丁醇梭菌);v“红色面包霉红色面包霉”Neurospora crassa(粗糙脉孢菌)。(粗糙脉孢
10、菌)。(二)学名(二)学名v一个菌种的科学名称,用拉丁词或拉丁化的词组成。在出版物中应排成斜体字,在书写或打字时,应在学名之下划一横线,以表示它应是斜体字母。(三)学名的表示方法(三)学名的表示方法v林奈的双名法林奈的双名法通常由一个属名加一个种通常由一个属名加一个种名加词构成。名加词构成。属名词首需大写,种名加词字首需小写。v出现在分类学文献中的学名,在此两者之后往往还加上首次定名人(用括号括住)、现名定名人和现名定名年份,但在一般使用时,这几个部分总是省略的。即:例1:大肠埃希氏菌(简称大肠杆菌)Escherichia coli(Migula)Castellani et Chalmers
11、1919例2:枯草芽孢杆菌(简称枯草杆菌)Bacillus subtilis(Ehrenberg)Cohn 1872例3:结核分枝杆菌Mycobacterium tuberculosis(Zopf)Lehmann et Newmann 1896例4:丙酮丁醇梭菌Clostridium acetobutylicum McCoy,Fred,Peterson et Hastings 1926例5:铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa(Schroeter)Migula 1920例6:金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenbach 18842、三名法、
12、三名法v当该种是一个亚种当该种是一个亚种(subspecies,简称“subsp”,排正体字)或变种变种(variety,简称“var”,排正体字)时(在少数情况下),学名就应按学名就应按“三名法三名法”构成构成,即:例1:苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种Bacillus thuringiensis subspgalleria 例2:椭圆酿酒酵母(或酿酒酵母椭圆变种)Saccharomyces cerevisiae varellipsoideus 例3:脆弱拟杆菌卵形亚种Bacteroides fragilis subspovatus(三)有关学名的其他知识(三)有关学名的其他知识v是一个表示该种微生物
13、主要特征的名词或用作名词是一个表示该种微生物主要特征的名词或用作名词的形容词,单数,其第一个字母应大写。的形容词,单数,其第一个字母应大写。其词源可来自拉丁词、希腊词或其他拉丁化的外来词,也可以组合方式形成。例如:v由单个希腊词干组成的Clostridium(梭菌属);v由两个拉丁词干组成的Lactobacillus(乳杆菌属);v由拉丁和希腊词干混合组成的Flavobacterium(黄杆菌属);v由拉丁化的人名组成的Shigella(志贺氏菌属)等。1、属(或亚属)名、属(或亚属)名v在前后有两个或数个学名排在一起,且在其属名相在前后有两个或数个学名排在一起,且在其属名相同的情况下,后一学
14、名中的属名可缩写成一个、两同的情况下,后一学名中的属名可缩写成一个、两个或三个字母,其后加一点。如:个或三个字母,其后加一点。如:vBacillus(芽孢杆菌属)可写成“B”或“Bac”;v Pseudomonas(假单胞菌属)可缩写成“P”或“Ps”;vAspergillus(曲霉属)可写成“A”或“Asp”等。3、学名的发音、学名的发音v按规定,学名均应按拉丁字母发音规则发音。事实上,英、美等国学者经常按自己的文种来对学名发音,且影响颇大。2、种名加词(种加词)、种名加词(种加词)v代表一个种的次要特征,由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来代表一个种的次要特征,由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词所
15、组成。词所组成。v字首一律小写(即使它是由某一人名衍化而来,首字母也不字首一律小写(即使它是由某一人名衍化而来,首字母也不应大写)。应大写)。v可以是一个形容词或名词。如果是形容词,其性必须与其形可以是一个形容词或名词。如果是形容词,其性必须与其形容的属名的性相一致,例如在容的属名的性相一致,例如在Staphylococcu saureus(金黄色葡萄球菌)中的属名与种名均为阳性词。(金黄色葡萄球菌)中的属名与种名均为阳性词。v在实际工作中,有时筛选到一个有用的菌种,其属名很易确在实际工作中,有时筛选到一个有用的菌种,其属名很易确定,但种名还未确定。在这种情况下,当发表论文或进行学定,但种名还
16、未确定。在这种情况下,当发表论文或进行学术交流时,其种的加词暂时可以用术交流时,其种的加词暂时可以用“sp”(正体字)代替。(正体字)代替。例如:例如:v“Racillus sp”即表示一个尚未定出种名的芽孢杆菌,即表示一个尚未定出种名的芽孢杆菌,可译为可译为“一种芽孢杆菌一种芽孢杆菌”;v“Bacillus spp”(spp为为species复数的简写)表示复数的简写)表示一批尚未定种名的芽孢杆菌,故可译为一批尚未定种名的芽孢杆菌,故可译为“若干芽孢杆菌若干芽孢杆菌”。第二节第二节 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位一、生物的界级分类学说二、三域学说及其发展一、生物的界级分类学说 对生
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