拓扑异构酶Ⅱ切断DNA分子两股链-生物化学与分子生物学课件.ppt
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- 拓扑 异构酶 切断 DNA 分子 两股链 生物化学 分子生物学 课件
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1、第三篇基因信息的传递Central Dogma 描述遗传信息流动的方向19581958年年 F.crickF.crick逆转录酶逆转录酶19701970年年 对中心法则进行了补充对中心法则进行了补充 James Watson(1928)Francis Crick(19162004)1953年发现DNA双螺旋结构 1962年诺贝尔生理学和医学奖。美国癌症学会传染性肿瘤学和细胞生物学教授Howard Howard TeminTemin和加州理工学院的教授David BaltimoreDavid Baltimore于1970年在鸡肉瘤中发现了逆转录酶,发展了中心法则。于1975年获得诺贝尔奖。DNA
2、 replication*RNA transcription*Protein biosynthesis*Regulation of gene expression*Gene recombination and gene engineeringSection 1*General features of DNA replicationSection 2*Enzymes in DNA replication Section 3 Process of DNA replicationSection 4 Reverse transcription and othersSection 5*DNA damag
3、e and repair 复制复制(replication)replication)是指遗传物质的传代,以母链是指遗传物质的传代,以母链DNADNA为模板为模板合成子链合成子链DNADNA的过程。的过程。复制复制亲代亲代DNADNA子代子代DNADNA第一节复制的基本规律Basic Rules of DNA Replication 一、半保留复制的实验依据和意义子链继承母链遗传信息的几种可能方式子链继承母链遗传信息的几种可能方式 全保留式全保留式 半保留式半保留式 混合式混合式 密度梯度实验密度梯度实验 DNA DNA生物合成时,母链生物合成时,母链DNADNA解开为两股解开为两股单链,各自作
4、为模板单链,各自作为模板(template)(template)按碱基配对按碱基配对规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的DNADNA,一股单链从亲代完整地接受过来,另,一股单链从亲代完整地接受过来,另一股单链则完全从新合成。两个子细胞的一股单链则完全从新合成。两个子细胞的DNADNA都和亲代都和亲代DNADNA碱基序列一致。这种复制方碱基序列一致。这种复制方式称为式称为半保留复制半保留复制。半保留复制的概念半保留复制的概念按半保留复制方式,子代按半保留复制方式,子代DNADNA与亲代与亲代DNADNA的的碱基序列一致碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗
5、传,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的信息,体现了遗传的保守性保守性。半保留复制的意义半保留复制的意义遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但但不是绝对的不是绝对的。原核生物复制时,DNA从起始点(origin)向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为双向复制。二、双向复制复制中的放射自显影图象复制中的放射自显影图象A.A.环状双链环状双链DNADNA及复制起始点及复制起始点B.B.复制中的两个复制叉复制中的两个复制叉C.C.复制接近终止点复制接近终止点(termination,ter(termination,ter)orioriter
6、terA B CA B C真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个复制子(replicon)。复制子是独立完成复制的功能单位。真核生物真核生物53oriorioriori535533553复制子复制子3三、复制的半不连续性3 3 5 5 3 3 5 5 解链方向解链方向3 3 5 5 3 3 3 3 5 5 领头链领头链(leading strand)(leading strand)随从链随从链(lagging strand)(lagging strand)顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,这股
7、链称为这股链称为领头链领头链。另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不能另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不能顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称为为随从链随从链。复制中的不连续片段称为。复制中的不连续片段称为岡崎片段岡崎片段(okazaki(okazaki fragment)fragment)。领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的的半不连续性半不连续性。DNA复制的酶学复制的酶学The Enzymology of DNA Replication第二节第二节参与参与DNADNA复制的物质复制的
8、物质 底物底物(substrate):(substrate):dNTPdNTP聚合酶聚合酶(polymerase):(polymerase):依赖依赖DNADNA的的DNADNA聚合酶,聚合酶,简写为简写为 DNA-polDNA-pol模板模板(template):(template):解开成单链的解开成单链的DNADNA母链母链(ssDNA(ssDNA)引物引物(primer):(primer):提供提供3 3-OH-OH末端使末端使dNTPdNTP可以依次聚合可以依次聚合 其他的酶和蛋白质因子其他的酶和蛋白质因子一、复制的化学反应一、复制的化学反应 (dNMP)n+dNTP (dNMP)n
9、+1+PPi 聚合反应的特点DNA 新链生成需引物和模板;新链的延长只可沿5 3方向进行。二、DNA聚合酶全称:依赖DNA的DNA聚合酶(DNA-dependent DNA polymerase,DDDP)简称:DNA-pol活性:活性:1.1.5 53 3 的聚合活性的聚合活性2.2.核酸外切酶活性核酸外切酶活性5 A G C T T C A G G A T A 3|3 T C G A A G T C C T A G C G A C 5 3 3 5 5 外切酶活性外切酶活性 5 5 3 3 外切酶活性外切酶活性?能切除突变的能切除突变的 DNADNA片段。片段。能辨认错配的碱基对,并将其水解
10、。能辨认错配的碱基对,并将其水解。核酸外切酶活性核酸外切酶活性 (一)原核生物的(一)原核生物的DNADNA聚合酶聚合酶DNA-pol DNA-pol DNA-pol 美 国 科 学 家,Kornberg 1955年从E.Cole 中发现了DNA 聚合酶,为DNA的复制打下了基础。为此,Kornberg 1959年获得诺贝尔奖。Arthur Kornberg可能可能不可能不可能可能可能基因突变后的致死性基因突变后的致死性无无无无有有5 3 核酸外切酶活性核酸外切酶活性20?400分子数分子数/细胞细胞多亚基不对称多亚基不对称二聚体二聚体?单肽链单肽链组成组成250120109分子量分子量(kD
11、)DNA-pol IIIDNA-pol IIDNA-pol I可能可能不可能不可能可能可能基因突变后的致死性基因突变后的致死性无无无无有有5 3 核酸外切酶活性核酸外切酶活性20?400分子数分子数/细胞细胞多亚基不对称多亚基不对称二聚体二聚体?单肽链单肽链组成组成250120109分子量分子量(kD)DNA-pol IIIDNA-pol IIDNA-pol I功能功能:对复制中的错误进行校读,对复制和对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。修复中出现的空隙进行填补。DNA-pol (109kD)复制产生短片断的复制产生短片断的DNADNA323323个氨基酸个氨基酸小片段小
12、片段5 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性大片段大片段/Klenow/Klenow 片段片段 604604个氨基酸个氨基酸DNADNA聚合酶活性聚合酶活性 5 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性N N 端端C C 端端木瓜蛋白酶木瓜蛋白酶DNA-polDNA-pol KlenowKlenow片段片段是实验室合成是实验室合成DNADNA,进行分子生,进行分子生物学研究中常用的工具酶。物学研究中常用的工具酶。DNA-polDNA-pol (120kD120kD)DNA-pol DNA-pol II II基因发生突变,细菌依然能存活。基因发生突变,细菌依然能存活。它参与它参与DNADNA损伤的应急状态修
13、复。损伤的应急状态修复。功能功能是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。DNA-polDNA-pol (250kD)(250kD)复制产生长片断的复制产生长片断的DNADNA(二)真核生物的(二)真核生物的DNADNA聚合酶聚合酶DNA-polDNA-pol 起始引发,有起始引发,有引物酶引物酶活性。活性。延长子链的主要酶延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。,有解螺旋酶活性。参与低保真度的复制参与低保真度的复制 。在复制过程中起在复制过程中起校读、修复和填补校读、修复和填补缺缺口的作用。口的作用。在在线粒体线粒体DNADNA复制中起催化作用。复制中起催化作
14、用。DNA-polDNA-pol DNA-polDNA-pol DNA-polDNA-pol DNA-polDNA-pol 填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA复复制制低保低保真度真度的复的复制制起始引起始引发,引发,引物酶活物酶活性性功能功能+-3 5 核酸外切核酸外切酶活性酶活性高高高高高高?中中5 3 聚合活性聚合活性25.512.514.04.016.5分子量(分子量(kD)DNA-pol填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺
15、旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA复复制制低保低保真度真度的复的复制制起始引起始引发,引发,引物酶活物酶活性性功能功能+-3 5 核酸外切核酸外切酶活性酶活性高高高高高高?中中5 3 聚合活性聚合活性25.512.514.04.016.5分子量(分子量(kD)DNA-pol三、复制保真性的酶学依据三、复制保真性的酶学依据复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能准复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能准确传代的基本原理。确传代的基本原理。复制保真性的酶学机制:复制保真性的酶学机制:(一)(一)DNA-polDNA-pol的核酸外切酶活性和及时校读的核酸外切酶活性和及时校读 (二)复制的保真性和碱基选
16、择(二)复制的保真性和碱基选择(一)(一)DNA-pol的核酸外切酶活性和及时校读的核酸外切酶活性和及时校读A A:DNA-polDNA-pol的外切酶活性切除错配碱基;并用的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物。其聚合活性掺入正确配对的底物。B B:碱基配对正确,:碱基配对正确,DNA-polDNA-pol不表现活性。不表现活性。(二)复制的保真性和碱基选择(二)复制的保真性和碱基选择 DNADNA聚合酶靠其大分子结构协调聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)与共价(磷酸二非共价(氢键)与共价(磷酸二酯键)键的有序形成。酯键)键的有序形成。嘌呤的化学结构能形成顺式和反嘌呤
17、的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应的嘧啶形成氢键式构型,与相应的嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于配对,嘌呤应处于反式构型反式构型。1.1.遵守严格的碱基配对规律;遵守严格的碱基配对规律;2.2.聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;3.3.复制出错时复制出错时DNA-polDNA-pol的及时校读功能。的及时校读功能。DNADNA复制的保真性至少要依赖三种机制复制的保真性至少要依赖三种机制 四、复制中的分子解链及四、复制中的分子解链及DNA DNA 分子分子拓扑学变化拓扑学变化 DNADNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把DNA
18、DNA解成解成单链单链,它才能起模板作用。,它才能起模板作用。(一)解螺旋酶和单链(一)解螺旋酶和单链DNADNA结合蛋白结合蛋白理顺理顺DNA链链拓扑异构酶拓扑异构酶(gyrA,B)稳定已解开的单链稳定已解开的单链单链单链DNA结合蛋白结合蛋白SSB催化催化RNA引物生成引物生成引物酶引物酶DnaG(dnaG)运送和协同运送和协同DnaBDnaC(dnaC)解开解开DNA双链双链解螺旋酶解螺旋酶DnaB(dnaB)辨认起始点辨认起始点DnaA(dnaA)蛋白质(基因)蛋白质(基因)通用名通用名功能功能原核生物复制起始的相关蛋白质原核生物复制起始的相关蛋白质 解螺旋酶解螺旋酶(helicase
19、(helicase)利用利用ATPATP供能,作用于氢键,使供能,作用于氢键,使DNADNA双链解双链解开成为两条单链开成为两条单链 引物酶引物酶(primase(primase)复制起始时催化生成复制起始时催化生成RNARNA引物的酶引物的酶单链单链DNADNA结合蛋白结合蛋白(single stranded DNA(single stranded DNA binding protein,SSB)binding protein,SSB)在复制中维持模板处于单链状态并保护在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整单链的完整10108 8 局部解链局部解链(二)(二)DNADNA拓扑异构酶拓扑
20、异构酶(DNA topoisomerase(DNA topoisomerase)解链过程中解链过程中正超螺旋的形成正超螺旋的形成拓扑异构酶作用特点拓扑异构酶作用特点既能水解既能水解 、又能连接磷酸二酯键、又能连接磷酸二酯键 拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶分分 类类拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNADNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNADNA解解链旋转不致打结;适当时候封闭链旋转不致打结;适当时候封闭切口,切口,DNADNA变为松弛状态变为松弛状态。反应反应不需不需ATPATP。拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNADNA分子分子两股两股链,断端通过链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。
21、切口旋转使超螺旋松弛。利用利用ATPATP供能,连接断端,供能,连接断端,DNADNA分子进入负超螺旋状态。分子进入负超螺旋状态。五、五、DNADNA连接酶连接酶连接连接DNADNA链链3 3-OH-OH末端和相邻末端和相邻DNADNA链链5 5-P-P末端,末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的DNADNA链连接成一条完整的链。链连接成一条完整的链。DNA DNA连接酶连接酶(DNA ligase(DNA ligase)作用方式作用方式POO-O-OHO5POO-O-O335DNA连接酶连接酶ATPADP5353DNADNA连接酶在复制中起最后接合
22、缺口的作用。连接酶在复制中起最后接合缺口的作用。在在DNADNA修复、重组及剪接中也起缝合缺口作用。修复、重组及剪接中也起缝合缺口作用。也是基因工程的重要工具酶之一。也是基因工程的重要工具酶之一。功能功能(一)复制的起始(一)复制的起始需要解决两个问题:需要解决两个问题:1.1.DNADNA解开成单链,提供模板。解开成单链,提供模板。2.2.合成引物,提供合成引物,提供3 3-OH-OH末端。末端。一、原核生物的一、原核生物的DNADNA生物合成生物合成 E.coli复制起始点复制起始点 oriC GATTNTTTATTT GATCTNTTNTATT GATCTCTTATTAG 113 17
23、29 32 44 113 17 29 32 44 TGTGGATTA-TTATACACA-TTTGGATAA-TTATCCACA58 66 166 174 201 209 237 24558 66 166 174 201 209 237 245 串联重复序列串联重复序列 反向重复序列反向重复序列5 3 5 3 1.DNA解链解链1)复制起始点的识别)复制起始点的识别2)解螺旋酶解开双链)解螺旋酶解开双链4)SSB参与维持参与维持DNA的单链结构的稳定的单链结构的稳定3)DNA拓扑异构酶拓扑异构酶(可能主要是可能主要是II型酶的作型酶的作用用),在将要打结或已打结处作切口。,在将要打结或已打结处
24、作切口。Dna A Dna B、Dna CDNADNA拓扑异构酶拓扑异构酶SSB3 5 3 5 Dna A Dna B、Dna CDNADNA拓扑异构酶拓扑异构酶引物引物酶酶SSB3 5 3 5 2.2.引发体的形成引发体的形成含有解螺旋酶、含有解螺旋酶、DnaCDnaC蛋白、蛋白、引物酶引物酶和和DNADNA复复制起始区域的复合结构称为引发体。制起始区域的复合结构称为引发体。引物酶 复制是在一段RNA引物的基础上进行的,催化引物合成的是一种RNA聚合酶,它不同于催化转录过程的RNA聚合酶,因此称为引物酶。DDRP DNA dependent RNA polymerase 由于DDDP不可以催
25、化两个单dNTP之间的反应,DDRP可以催化两个NTP起始合成小的RNA片断 引物酶合成的小的RNA片断称为“引物”,为DNA的合成提供 3OH3 5 3 5 引物是由引物酶催化合成的短链引物是由引物酶催化合成的短链RNARNA分子。分子。引物引物3 HO5引物引物酶酶 复制开始后由于复制开始后由于DNADNA双链解开,在两股单双链解开,在两股单链上进行复制,在电子显微镜下均看到伸展成链上进行复制,在电子显微镜下均看到伸展成叉状的复制现象,称为叉状的复制现象,称为复制叉复制叉。在在DNADNA聚合酶聚合酶IIIIII的作用下,的作用下,新链第一个新链第一个脱氧核苷酸就加到引物的脱氧核苷酸就加到
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