高通量测序技术在肿瘤防治研究中的应用课件.pptx

1、高通量测序技术在肿瘤防治研究中的应用吉因加Biomarker体系助力肿瘤临床应用与科研探索 2015年年8月月医学检测实验室全流程运营吉因加：专业于基因，专注于肿瘤2015年年4月月吉因加注册成立2016年年8月月完成完成2 2亿元亿元A A轮融资液体活检领域轮融资液体活检领域A A轮最高轮最高吉因加医学检验实验室质量评价吉因加医学检验实验室质量评价卫生部临检中心室间质评（NCCL）满分单位美国病理家协会（CAP）认证：优异成绩通过BRCA、NGSST 多次PT（能力验证）欧洲分子基因诊断质量联盟（EMQN）：通过多次PT（能力验证）吉因加Biomarker体系助力肿瘤临床应用与科研探索 肿瘤

2、肿瘤的的发生发展是发生发展是基因变异积累和免疫监视缺陷的共同基因变异积累和免疫监视缺陷的共同结果结果 早期肿瘤 晚期肿瘤免疫状态基因状态遗传风险基因恶性肿瘤体细胞突变基因C1021Onco-IR基因检测对肿瘤的临床实践和科研探索有重大意义基因检测对肿瘤的临床实践和科研探索有重大意义遗传风险评估？肿瘤早期局部晚期肿瘤晚期手术辅助治疗复发转移新辅助治疗药物治疗靶向免疫疗效评估辅助治疗预测疗效评估复发监测疗效评估耐药监测基因检测基因检测广泛应用于肿瘤广泛应用于肿瘤全病程管理全病程管理更换治疗方案C1021 产品介绍 依据分子分型匹配精准治疗方案依据分子分型匹配精准治疗方案依据分子分型匹配精准治依据分

3、子分型匹配精准治疗疗方案方案靶向治靶向治疗疗免疫治免疫治疗疗化化疗疗/联联合治合治疗疗C1021 产品特点化疗/靶向用药指导遗传包含1021个基因，覆盖128种抗肿瘤药物覆盖1.45Mbp的基因组区域，编码区1MC1021 Panel 免疫治疗用药指导TMB/MSI/MMR/DDR病毒HLATissueBlood来源于TRACELib临床试验，晚期初诊NSCLC患者，115例配对样本晚期初晚期初诊诊NSCLCNSCLC患者靶向治患者靶向治疗疗+免疫治免疫治疗图谱疗图谱（按照（按照NCCNNCCN指南）指南）EGFRALK fusionROS1 fusionBRAF Actionale vari

4、antsActionale variants52%Actionale variants and TMB-H4%TMB-H16%Others28%Actionale variants49%Actionale variants and TMB-H2%TMB-H16%Others33%From Gene+dataJAMA Oncol.2018 May 1;4(5):739-742.EGFREGFR伴随突变预测患者疗效与预后伴随突变预测患者疗效与预后多基因检测更好地预测EGFR变异患者的疗效与预后L858R37%Ex19Indel40%CNV6%Other 17%EGFR actionable mut

5、ationsL858REx19IndelCNVOther 吉因加NSCLC中EGFR及联合突变分布59.1%20.7%8.1%3.9%2.9%2.4%2.1%2.1%1.3%1.0%0.8%0.8%0.8%0.8%0.8%0.8%0.5%0.3%0.3%0.0%15.0%30.0%45.0%60.0%75.0%TP53TP53 EX8BCL2L11 IVS2杂合胚系缺失杂合胚系缺失CDKN2APIK3CAMDM2 CNVHR gene mutationsCDK4PTENTSC1/2KRASCCNE1MET CNVHER2 SNV+CNVCCND1CCNE1JAK2AKT2 CNVNF1EGFR

6、 actionable突变检出以Ex19 InDel和L858R为主（40%，36%）；其余涉及拷贝数变化、G719等初初诊诊肺癌肺癌样样本本ALKROSRET组织9.33%(18/193)1.04%(2/193)1.04%(2/193)血浆6.22%(12/193)1.04%(2/193)1.04%(2/193)In total 72.72%72.72%rearrangements detected in tissue also identified in cfDNA75%75%are detected in cfDNA(From FoundationMedicine)治治疗疗前前的组织和血

7、浆配对样本样本数目：193例吉因加数据吉因加数据非小非小细细胞肺癌基因融合胞肺癌基因融合检检出情况出情况Gene+Gene+数据数据癌症类型癌症类型NTRKNTRK融合融合发发生率生率融合形式融合形式非小细胞肺癌1/1058NTRK3-KDM5A结直肠癌2/214LMNA-NTRK1ETV6-NTRK3胃肠道间质瘤1/16TPM3-NTRK1腮腺癌1/4ETV6-NTRK3乳头状甲状腺癌2/20NTRK1-TPM3头颈头颈部癌部癌1/361/36ETV6:NTRK3ETV6:NTRK3肾细肾细胞癌胞癌1/691/69AKAP13:NTRK3AKAP13:NTRK3食管食管/胃癌胃癌1/2001

8、/200IGHMBP2:NTRK2IGHMBP2:NTRK21021 panel 检出融合类型分布科研项目：发现14个NTRK融合（5种融合形式）吉因加1021panel全面准确检测NTRK1/2/3融合，助力临床精准筛选Larotrectinib获益患者Nature Reviews Clinical Oncology 11,473481(2014)Meacham CE,et al.Nature.2013Chabon J,et al.ASCO ANNUAL MEETING 2016Elza C.de Bruin,et al.Science 2014NGS技术可以平行检测多种耐药基因变异，有助于

9、精细化指导后续治疗和了解预后46%EGFR-TKIs 耐药突变呈现异质性（多种耐药基因并存）一代EGFR-TKIs耐药机制异质性在65%的患者中发现耐药机制，涉及9个基因，21%患者存在多种耐药机制三代TKIs耐药机制更为复杂多节点监测筛查多节点监测筛查EGFR-TKIEGFR-TKI耐药原因耐药原因耐药机制复杂多基因多节点发现耐药原因，及时调整治疗方案非小细胞肺癌三代TKI耐药机制回回顾顾性研究，性研究，选择选择接接受受osimertinibosimertinib治治疗疗的的患者（患者（n n=118=118）T790M T790M消失（消失（n=21n=21）中）中,PIK3CA,PIK3

10、CA突突变变（n=2n=2），），METMET扩扩增和小增和小细细胞胞转转化化7171名名PDPD继续继续osimertinibosimertinib治治疗疗(n=42n=42)停止治停止治疗疗（n=27n=27）2.T790M2.T790M保留（保留（n=19n=19）中，出）中，出现现C797S/G C797S/G 和和 L792HL792H（n=11n=11），），METMET扩扩增（增（n n=5=5）3.3.存在存在T790MT790M胚系胚系变变异（异（n=2n=2）；）；Osimertinib耐药与多种机制有关，T790M的消失群组耐药机制与EGFR肺依赖性突变相关；T790M保

11、留群组耐药机制与EGFR新增突变相关Gene+Gene+AZD9291AZD9291耐耐药药患者（患者（n=293n=293）EGFR(-)T790M(-)EGFR(-)T790M(-)（n=66n=66）EGFR(+)T790M(-)EGFR(+)T790M(-)（n=130n=130）EGFR(+)T790M(+)EGFR(+)T790M(+)（n=87n=87）全面的NGS检测为分析AZD9191治疗耐药机制提供可能。NCCNNCCN指南推荐指南推荐 TMBTMB-H-H患者可免疫治疗患者可免疫治疗1021panel-TMB1021panel-TMB对对PD-1/L1PD-1/L1治疗的

12、疗效预测价值治疗的疗效预测价值From Gene+dataII B-F1RST studyFM Panel-Atezo35.335.30 0n=12n=17 9 9 80%EGFR80%EGFR -Cell.2016 Oct 6;167(2):397-404.e9.N Engl J Med.2016 Sep 1;375(9):819-29.存在IL7R和IGF1R基因的错义突变Gene+基线数据库ctDNA检测可有效鉴别假性进展鉴别假性进展和真进展doi:10.1158/1078-0432.CCR-17-1341.ctDNA响应与更好的PFS和OS相关“ctDNA response”:a dr

13、op in ctDNA level to 10分5篇 技术专利及软著15项 成功重大专项课题申报3项Oral&Poster&Abstract：2018ASCO（28篇）2017ASCO（9篇）/WCLC（3篇）癌症癌症研究方向研究方向治疗方式治疗方式晚期转移肿瘤晚期转移肿瘤肺癌、乳腺癌ctDNA对肺癌EGFR-TKI、HER2阳性晚期转移乳腺癌疗效预测价值靶向药物肺癌、乳腺癌、胃癌等ctDNA对靶向药物疗效预测及分子负荷评估（多个临床试验）靶向药物肺癌/乳腺癌/胃癌/食管癌等ctDNA对化疗疗效预测与监测化疗药物肺癌/乳腺癌/胃癌/结直肠癌等ctDNA与免疫组库对免疫治疗疗效预测与监测（多个临床试验）免疫治疗乳腺癌ctDNA对乳腺癌内分泌治疗疗效预测与评估内分泌药物早期手术肿瘤早期手术肿瘤肺癌/乳腺癌/结直肠癌/胃癌/肝癌等ctDNA在肿瘤患者术后复发风险预测中的应用手术+辅助治疗乳腺癌ctDNA检测进行乳腺癌的分子分期的探索新辅助+手术肺癌/乳腺癌/肝癌/膀胱癌ctDNA在肿瘤辅助诊断中的价值综合治疗