基础生物化学12章课件.ppt
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- 基础 生物化学 12 课件
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1、基础生物化学主讲人:刘鹏举第一章 绪 论 一、生物化学的概念、研究对象和内容 二、生物化学的发展简史 三、生物化学与其他学科的关系 四、生物化学的应用与发展前景 五、生物化学的学习方法 一、生物化学的概念、研究对象和内容生物化学(biochemistry)是运用化学的原理和方法研究生物有机体化学组成和生命过程中化学变化规律的科学。简言之,生物化学就是研究生命活动的化学本质。生命的本质是新陈代谢,而新陈代谢的物质基础是细胞,细胞是生物体新陈代谢的基本结构。细胞结构生物化学研究的主要内容包括静态生物化学和动态生物化学。静态生物化学 n研究生物体的化学物质组成,以及它们的结构、性质和功能,包括蛋白质
2、、核酸等生物大分子;激素、有机酸等小分子化合物动态生物化学 n研究组成生物体的化学物质在生物体内进行的分解与合成,相互转化与制约以及物质转化过程中伴随的能量转换等问题。二、生物化学的发展简史 n生物化学是18世纪70年代以后,伴随着近代化学和生理学的发展,开始逐步形成的一门独立的新兴边缘学科,至今只有200多年历史。一、叙述生物化学阶段一、叙述生物化学阶段 大约从十八世纪中叶大约从十八世纪中叶到到二十世纪初,主二十世纪初,主要完成了各种生物体化学组成的分析研要完成了各种生物体化学组成的分析研究,究,二、动态生物化学阶段二、动态生物化学阶段n大约从大约从二十世纪初二十世纪初到到二十世纪五十年代二
3、十世纪五十年代。此阶段对各种化学物质的代谢途径有了此阶段对各种化学物质的代谢途径有了一定的了解。一定的了解。其中主要的有:其中主要的有:19321932年,年,英国科学家英国科学家Krebs Krebs 建立了尿素合成的鸟建立了尿素合成的鸟氨酸循环;氨酸循环;19371937年,年,KrebsKrebs又提出了各种又提出了各种化学物质的中心环节化学物质的中心环节三羧酸循环的三羧酸循环的基本代谢途径;基本代谢途径;19401940年,德国科学家年,德国科学家EmbdenEmbden和和MeyerhofMeyerhof提出了糖酵解代谢途提出了糖酵解代谢途径。径。三、分子生物学阶段三、分子生物学阶段
4、 l从从19531953年至今。以年至今。以19531953年,年,WatsonWatson和和CrickCrick提出提出DNADNA的双螺旋结构模型的双螺旋结构模型为标志,生物化学的发展进入分子为标志,生物化学的发展进入分子生物学阶段。生物学阶段。l这一阶段的主要研究工作就是探讨这一阶段的主要研究工作就是探讨各种生物大分子的结构与其功能之各种生物大分子的结构与其功能之间的关系。间的关系。四、生物化学的应用 n在农业生产上:作物栽培、作物品种鉴定、遗传育种、土壤农业化学、豆科作物的共生固氮、植物的抗逆性、植物病虫害防治等学科都越来越多地应用生物化学作为理论基础 n在工业生产上:如食品工业、发
5、酵工业、制药工业、生物制品工业、皮革工业等都需要广泛地应用生物化学的理论及技术。n在医学领域,生物化学的应用非常广泛。五、生物化学的学习方法 n扎实的基础知识(如分析化学,有机化学等)n课上注意听讲,理论课课后做好复习,实验课做好预习n选择合适的参考书n做一定量的习题n注意章节之间的联系第二章 蛋白质(protein)n蛋白质是生物体内最为重要的生物大分子。n自然界中事物的千差万别都是通过蛋白质来实现的 第一节 蛋白质的重要功能及元素组成 n一蛋白质的重要功能蛋白质的重要功能 n生物体的组成成分 n酶的催化作用 n运输功能 n储藏作用 n收缩运动 n免疫保护功能 n激素功能 n接受和传递信息
6、n控制生长和分化 二、蛋白质的元素组成 n蛋白质所含的主要元素有:碳:5055,平均52%;氢:6.97.7,平均7%;氧:2124,平均23%;氮:1517.6,平均16%;硫:0.32.3,平均2%。有些蛋白质还含有少量的其他元素,称为微量元素 蛋白质中氮的含量 n蛋白质中氮的含量较恒定,平均为16,即每100g蛋白质中含16g氮,因此可通过测定生物样品中的氮来测定蛋白质的含量(每测得1g氮即相当于6.25g蛋白质n 蛋白质含量含氮量6.25n蛋白质含量的测定方法:微量凯氏定氮法、紫外吸收法、双缩脲法、福林酚试剂法、考马斯亮蓝比色法第二节 氨基酸 n蛋白质可以被酸、碱和酶催化水解,在水蛋白
7、质可以被酸、碱和酶催化水解,在水解过程中逐渐降解成相对分子质量越来越解过程中逐渐降解成相对分子质量越来越小的肽段,直到最后成为氨基酸的混合物。小的肽段,直到最后成为氨基酸的混合物。如将天然的蛋白质完全水解,最后都可得如将天然的蛋白质完全水解,最后都可得到到二十种二十种不同的氨基酸。除不同的氨基酸。除脯氨酸脯氨酸和和甘氨甘氨酸酸外,其余均属于外,其余均属于L-L-氨基酸氨基酸。一、一、-氨基酸的结构特点氨基酸的结构特点 n蛋白质氨基酸有20种,除脯氨酸及其衍生物外这些氨基酸在结构上的共同点是:与羧基(carboxyl group)相连的-碳原子上都结合一个氨基(amino group)故称为-氨
8、基酸,-碳原子上还连有一个氢原子和一个各不相同的侧链R基团,各种氨基酸的差别就在于其R侧链的结构不同。二、氨基酸的分类 n按侧链R基团的化学结构和极性大小分类:n1、脂肪族氨基酸;n2、芳香族氨基酸;n3、杂环族氨基酸;1、脂肪族氨基酸n(1)中性氨基酸;n甘氨酸n(氨基乙酸)Gly(G)(不具有旋光性)n丙氨酸n(-氨基丙酸)Ala(A)n缬氨酸n(-氨基-甲基丁酸)nVal(V)n亮氨酸n(-氨基-甲基戊酸)nLeu(L)n异亮氨酸n(-氨基-甲基戊酸)nIle(I)(2)含羟基或硫氨基酸n丝氨酸n(-氨基-羟基丙酸)nSer(S)n苏氨酸n(-氨基-羟基丁酸)nThr(T)n半胱氨酸n(
9、-氨基-巯基丙酸)nCys(C)常以氧化型-胱氨酸形式存在n甲硫氨酸n(-氨基-甲硫基丁酸)nMet(M)机体代谢中作为甲基的供体(3)酸性氨基酸及其酰胺n天冬氨酸n(-氨基丁二酸)nAsp(D)n谷氨酸n(-氨基戊二酸)nGlu(E)n天冬酰胺 nAsn(N)n谷氨酰胺 nGln(Q)(4)碱性氨基酸n赖氨酸n(,-二氨基己酸)nLys(K)n精氨酸n(-氨基-胍基戊酸)nArg(R)动物体内尿素形成中的中间物质2、芳香族氨基酸n苯丙氨酸(-氨基-苯基丙酸)Phe(F)临床上该氨基酸在人体内的浓度用于苯丙酮尿证的诊断n酪氨酸(-氨基-对羟苯基丙酸)Tyr(Y)n色氨酸n(-氨基-吲哚基丙酸)
10、nTrp(W)植物体内可转化为生长素,某些动物体内可转化为尼克酸3、杂环族氨基酸n组氨酸n(-氨基-咪唑基丙酸)nHis(H)碱性氨基酸,大量存在于珠蛋白中n脯氨酸n(-吡咯烷基-羧酸)nPro(P)n没有自由的-氨基,是一种亚氨基酸,n可以看作是-氨基酸侧链取代了自身n氨基上的氢原子而形成的杂环结构 根据R基团的极性分类:n(1)非极性R基团氨基酸;n(2)极性不带电荷R基团氨基酸;n(3)R基团带负电荷的氨基酸;n(4)R基团带正电荷的氨基酸。三、必需氨基酸 n植物和某些微生物可以合成各种氨基酸,而人和动物则不同。人体和动物通过自身代谢可以合成大部分氨基酸,但有一部分氨基酸自身不部分氨基酸
11、自身不能合成,必须由外界食物供给,这些氨基酸称能合成,必须由外界食物供给,这些氨基酸称为必需氨基酸为必需氨基酸(essential amino acids,EAA)。人体所需的必需氨基酸有8种,包括L-赖氨酸、L-色氨酸、L-甲硫氨酸、L-苯丙氨酸、L-缬氨酸、L-亮氨酸、L-异亮氨酸、L-苏氨酸。四、蛋白质的稀有氨基酸 n蛋白质的稀有氨基酸是基本氨基酸的衍生物,没有相应的三联密码子五、非蛋白质氨基酸n各种组织和细胞中发现了近200种氨基酸,不存在于蛋白质中,称为非蛋白质氨基酸。六、氨基酸的酸碱性1、氨基酸的兼性离子形式(偶极离子)概念:两性离子概念:两性离子2、氨基酸的两性解离3、氨基酸的等
12、电点n概念:等电点概念:等电点n等电点的计算方法:一氨基一羧基氨基酸 二氨基一羧基氨基酸 一氨基二羧基氨基酸丙氨酸的滴定曲线组氨酸的解离情况npK值就是某种解离基团有一半解离时溶液的pH值七、氨基酸的立体化学nL-、D-:参考甘油醛划分的(不对称C原子的存在)。n2、旋光性、旋光性:用旋光仪测定的(不对称C原子的存在)左旋:Ser、Leu、Pro、Trp、Phe等。右旋:Ala、Ile、Glu、Asp、Val、Lys、Arg等。Gly由于不具有不对称C原子,所以没有旋光性。八、氨基酸的吸收光谱n有显著紫外吸收的氨基酸:nTyr 275nmnPhe 257nmnTrp 280nm九、氨基酸的重要
13、化学反应n氨基和羧基共同具有的反应1、茚三酮反应蓝紫色产物(570nm)2、成肽反应n氨基具有的反应1、Sanger反应黄色产物(DNP-氨基酸)2、艾德曼(Edman)反应白色产物(PTH-衍生物)n羧基具有的反应-氨基具有的反应n1、与亚硝酸反应与其他伯胺一样可以与亚硝酸反应放出氮气,并可通过测定氮气的体积来测定氨基酸的含量。n2、与酰化试剂的反应n3、烃基化反应 Sanger反应(DNFB反应)艾德曼(Edman)反应n4、脱氨基反应氨基酸在生物体内经氨基酸氧化酶催化即脱去氨基转变成酮酸 Sanger反应(DNFB反应)2、4-二硝基氟苯的反应2NFNO2+H2NCHCROHNCHCRO
14、O2NNO2H+H2OO2NNO2HNCHCROOH+氨基酸氨基酸DNFBN-端氨基酸端氨基酸DNP衍生物衍生物DNP-氨基酸氨基酸荧光胺反应与丹磺酰氯反应n用DNS(二甲基萘磺酰氯)测定N端氨基酸n原理DNFB法相同n但水解后的DNS-氨基酸不需分离,可直接用电泳或层析法鉴定n由于DNS有强烈荧光,灵敏度比DNFB法高100倍,比Edman法高几到十几倍n可用于微量氨基酸的定量与丹磺酰氯的反应艾德曼(Edman)反应异硫氰酸苯酯的反应NCSN HCHCOR2NCHCOR1HHNHS:CCHCOR1HNN HCHCOR2NCOCHN HSCR1羧基具有的反应n成盐,成酯n成酰氯反应n脱羧基反应
15、n叠氮反应第三节 肽n肽键肽键:一个氨基酸的羧基与另一个氨基酸的 -氨基脱去一分子水缩合后形成酰胺键,也叫肽键 peptide bond.二肽、三肽、寡肽、多肽肽的末端n肽的命名n天然存在的活性寡肽谷光甘肽全称为全称为-谷氨酰半胱氨酰甘氨酸谷氨酰半胱氨酰甘氨酸(GSH)肽健其他寡肽:短杆菌肽,鹅膏蕈素,催产素,加压素等谷胱甘肽的生理功用谷胱甘肽的生理功用l解毒作用解毒作用:与毒物或药物结合,消除其毒性作:与毒物或药物结合,消除其毒性作用;用;l参与氧化还原反应参与氧化还原反应:作为重要的还原剂,参与:作为重要的还原剂,参与体内多种氧化还原反应;体内多种氧化还原反应;l保护巯基酶的活性保护巯基酶
16、的活性:使巯基酶的活性基团:使巯基酶的活性基团-SH-SH维持还原状态;维持还原状态;l维持红细胞膜结构的稳定维持红细胞膜结构的稳定:消除氧化剂对红细:消除氧化剂对红细胞膜结构的破坏作用胞膜结构的破坏作用第四节 蛋白质的分子结构n蛋白质的结构层次n蛋白质的一级结构n蛋白质的二级结构n蛋白质的超二级结构n蛋白质的结构域与三级结构n蛋白质的四级结构二、蛋白质的一级结构1.定义n蛋白质的一级结构一级结构是指:氨基酸在肽链中的排列顺序,以及二硫健的位置。(二硫健起稳定空间结构的作用,二硫健越多蛋白质越稳定)n蛋白质一级结构的重要意义:蛋白质一级结构决定其空间结构和生物功能。2、蛋白质一级结构的测定方法
17、n(1)测定蛋白质中氨基酸的顺序n(2)通过测定编码蛋白质的基因的核甘酸的序列推导得出(是现在应用最广泛的方法)3、蛋白质一级结构测定的具体步骤n(1)获得一定量的纯品氨基酸(97%以上)并测定其分子量n(2)测定蛋白质分子中多肽链的数目(根据氨基末端的摩尔数)n(3)拆分蛋白质分子的多肽链并将它们分离(共价键:采用过甲酸:过氧化氢+甲酸,氧化二硫键后,用过量的巯基乙醇还原,再用碘乙酸保护还原后的巯基。非共价键:尿素/盐酸胍/高浓度盐亚基分离)n(4)测定各个多肽链的氨基酸组成,并分析每一条多肽链的N末端和C末端n(5)裂解多肽链成较小的肽段(用不同的蛋白酶)n(6)测定各肽段的氨基酸顺序(用
18、EDMAN降解法)n(7)重建完整多肽链的一级结构n(8)确定半胱氨酸残基的位置将肽段顺序进行叠联以确定完整的顺序将肽段顺序进行叠联以确定完整的顺序 将肽段分离并测出顺序将肽段分离并测出顺序专一性裂解专一性裂解末端氨基酸测定末端氨基酸测定二硫键拆开二硫键拆开纯蛋白质纯蛋白质一些特殊酶的酶切位点n1、胰蛋白酶:断裂赖氨酸或精氨酸的羧基参与形成的肽键(产生的肽段数等于赖氨酸和精氨酸的总数+1)n2、糜蛋白酶(胰凝乳蛋白酶):断裂Phe、Trp、Tyr等疏水性氨基酸的羧基端肽键(断点附近是碱性氨基酸时裂解能力增强/酸性时减弱)n3、胃蛋白酶:断点两侧都是疏水性氨基酸n4、葡萄球菌蛋白酶(Glu蛋白酶
19、):磷酸缓冲液中:谷氨酸和天冬氨酸羧基端碳酸氢铵(或醋酸铵)缓冲液中:谷氨酸羧基端4蛋白质一级结构举例n胰岛素:n1953年 Sangern有两条链组成nA链:21个氨基酸nB链:30个氨基酸 3D-structure of insulin蛋白质一级结构举例 牛胰核糖核酸酶的氨基酸顺序牛胰核糖核酸酶的氨基酸顺序三、蛋白质的二级结构n1、定义:n蛋白质的二级结构是指:肽链主链有规律的空间排布,是肽链局部的空间构象。n蛋白质二级结构的基本类型主要有:蛋白质二级结构的基本类型主要有:-螺旋、螺旋、-折折叠、叠、-转角:转角:n稳定二级结构的主要作用力是:氢键氢键三、蛋白质的二级结构n1.构型与构象n
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