(完整版)现代生命科学与生物技术-07基因技术课件.ppt
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- 完整版 现代 生命科学 生物技术 07 基因 技术 课件
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1、127.1 7.1 基因克隆技术基因克隆技术7.2 7.2 基因测序技术基因测序技术7.3 7.3 基因重组技术基因重组技术7.4 7.4 生物制造生物制造2022-8-73v概念:由少量(单拷贝)基因扩增产生大量概念:由少量(单拷贝)基因扩增产生大量(高拷贝)基因。分子克隆(高拷贝)基因。分子克隆v策略:化学合成已知序列(策略:化学合成已知序列(606080bp80bp);生物合成(基因扩增)生物合成(基因扩增)(已知部分或全部序列已知部分或全部序列);文库筛选文库筛选v应用:测序,功能研究,诊断与检测,物质应用:测序,功能研究,诊断与检测,物质生产生产7.1.1 7.1.1 基因克隆基因克
2、隆2022-8-741 1、原理、原理19711971,KleppeKleppe等首先描述了基因合成的基本原理等首先描述了基因合成的基本原理PCRPCR技术发明人:技术发明人:Kary MullisKary Mullis(CetusCetus公司公司)19831983,构想,构想DNADNA链的合成。链的合成。19851985,KlenowKlenow片段扩增出哺乳动物单拷贝基因片段扩增出哺乳动物单拷贝基因19931993,获得诺贝尔化学奖。,获得诺贝尔化学奖。聚合酶链式反应:聚合酶链式反应:Polymerase chain reactionPolymerase chain reaction,
3、PCRPCR分子生物学技术,生物体外,扩增一段分子生物学技术,生物体外,扩增一段DNADNA片段。片段。通常不超过通常不超过10kb,10kb,特定方法扩增特定方法扩增40kb40kb左右。左右。2022-8-75PCRPCR原理:在原理:在DNADNA聚合酶催化下聚合酶催化下DNADNA的复制过程,利用反复相同的复制过程,利用反复相同程序,程序,DNADNA聚合酶在体外扩增特定的聚合酶在体外扩增特定的DNADNA片段。片段。变性变性9494退火退火5555延伸延伸7272第1轮第2轮第3轮指数增加指数增加2022-8-76加热方式:水加热,空气加热,加热方式:水加热,空气加热,电热丝加热,电
4、热丝加热,半导体半导体+电热丝电热丝致冷方式:水致冷,空气致冷,致冷方式:水致冷,空气致冷,压缩机致冷,压缩机致冷,半导体致冷半导体致冷温控系统仪器构造:三传感器,仪器构造:三传感器,双区域温度双区域温度-温度梯度温度梯度样品池样品池传感传感热敏元件热敏元件热泵热泵热池热池2、PCR仪原理计算机芯片控计算机芯片控制过程参数制过程参数2022-8-77The PCRJet from MegaBase gives fast PCR with large samples.2、PCR仪,热循环仪More reactions in the same space with 1,536 wells 2022
5、-8-78PCRPCR反应的基本组分:反应的基本组分:DNADNA模板:含靶基因的模板:含靶基因的DNADNA片段片段引物:引物:1 1对人工合成的短寡核苷酸,对人工合成的短寡核苷酸,181825bp25bp,决定扩增的起始和终止位置及扩增长度决定扩增的起始和终止位置及扩增长度DNADNA聚合酶:作用是催化合成复制扩增的区域聚合酶:作用是催化合成复制扩增的区域底物:底物:4 4种脱氧核糖核苷酸种脱氧核糖核苷酸(dNTPs)(dNTPs),A A、T T、G G、C C缓冲体系缓冲体系:提供适合聚合酶行使功能的化学环境。提供适合聚合酶行使功能的化学环境。石蜡油:防止蒸发;管盖(可加热)封闭反应管
6、石蜡油:防止蒸发;管盖(可加热)封闭反应管2022-8-79l第第1 1步:步:25254040个循环,变性个循环,变性(94-96(94-96,1-1-2min)2min)退火(降低温度使得引物结合到模板退火(降低温度使得引物结合到模板的特定序列上。的特定序列上。5555,1-2min)1-2min)延伸(延伸(DNADNA聚聚合酶由引物的合酶由引物的3 3端开始,沿着端开始,沿着DNADNA链合成新的互补链合成新的互补链。链。7272,1000bp/min)1000bp/min)。l第第2 2步:强化延伸,步:强化延伸,7272,7 713min13minl第第3 3步:终止反应(步:终止
7、反应(44)lPCRPCR反应在热循环仪(反应在热循环仪(PCRPCR仪)中自动化进行。仪)中自动化进行。l反应控制:温度的加热或冷却过程,关键是每反应控制:温度的加热或冷却过程,关键是每步反应温度精确,升温和降温的时间控制。步反应温度精确,升温和降温的时间控制。10PCRPCR产物的电泳结果产物的电泳结果2022-8-711 原理没有变,技术改进,派生出多种类型和原理没有变,技术改进,派生出多种类型和用途。用途。基因克隆方面:基因克隆方面:反转录反转录PCR(RT-PCR)PCR(RT-PCR):以以RNARNA为模板,基因扩为模板,基因扩增增多重多重PCR(multiplex PCR)PC
8、R(multiplex PCR):同一反应中使用同一反应中使用多组引物,扩增多个基因多组引物,扩增多个基因2022-8-712gcgtacgtacgtagagtgctagtctagtcgtagcgccgtagtcgatcgtgtgggtagtagctgatatgatgcgaggtaggggataggatagcaacagatgagcggatgctgagtgcagtggcatgcgatgtcgatgatagcggtaggtagacttcgcgcataaagctgcgcgagatgattgcaaagragttagatgagctgatgctagaggtcagtgactgatgatcgatgcatgca
9、tggatgatgcagctgatcgatgtagatgcaataagtcgatgatcgatgatgatgctagatgatagctagatgtgatcgatggtaggtaggatggtaggtaaattgatagatgctagatcgtaggtagtagctagatgcagggataatgcgcatta.基因是由基因是由A A、T T、G G、C4C4种碱基组成种碱基组成基因组测序就是排列出其基因组测序就是排列出其DNADNA上所有碱基顺序。上所有碱基顺序。2022-8-71319651965,Holley RHolley R等:测定酵母等:测定酵母tRNAtRNA全部全部77bp77b
10、p的序列。的序列。19711971,Wu,TaylorWu,Taylor:dNTPdNTP,DNADNA黏末端黏末端12bp12bp。19731973,GilbertGilbert和和MaxamMaxam,RNARNA聚合逆转录聚合逆转录DNADNA,RNARNA测序。测序。1975,Sanger:1975,Sanger:加减法测定了加减法测定了X174 DNAX174 DNA的的6386bp6386bp序列。序列。19771977,SangerSanger:酶法测序。双脱氧链终止法。:酶法测序。双脱氧链终止法。PNASPNAS。19771977,MaxamMaxam和和GilbertGilb
11、ert:化学降解法测序。:化学降解法测序。PNASPNAS。19801980,MessingMessing等等:测序优化,计算机数据处理。测序优化,计算机数据处理。19821982,HoodHood等等:部分自动化,荧光检测,部分自动化,荧光检测,PCRPCR测序。测序。19901990,自动测序仪,测序酶,配套荧光染料,机器人高通量工具,自动测序仪,测序酶,配套荧光染料,机器人高通量工具,人类基因组测序启动。人类基因组测序启动。20002000,毛细管测序仪,机器人使用,加速测序,毛细管测序仪,机器人使用,加速测序2005200520072007,以,以Genome Sequencer Sy
12、stemGenome Sequencer System、Genome Analyzer Genome Analyzer systemsystem、SOLiD SystemSOLiD System为代表的基因组测序分析系统的诞生,标为代表的基因组测序分析系统的诞生,标志着进入超高通量基因组测序的新时代。志着进入超高通量基因组测序的新时代。2022-8-714(1 1)产生长度只差)产生长度只差1bp1bp的一系列寡核苷酸:的一系列寡核苷酸:固定起点,随机终止于特定一种或者多种残基(固定起点,随机终止于特定一种或者多种残基(A A、T T、C C、G G)。长度由特定碱基在)。长度由特定碱基在DN
13、ADNA上位置所决定。上位置所决定。(2 2)检测长度只差)检测长度只差1bp1bp的一系列寡核苷酸:的一系列寡核苷酸:SDSSDSPAGEPAGE电泳分离,发光成像。电泳分离,发光成像。(3 3)确定序列:放射性()确定序列:放射性(3232P P、3333P P)、荧光(非放射)、荧光(非放射性荧光),直接读出性荧光),直接读出DNADNA上的核苷酸顺序。上的核苷酸顺序。产生只差产生只差1bp1bp寡核苷酸方法,分两种:寡核苷酸方法,分两种:SangerSanger双脱氧双脱氧链终止法,链终止法,Maxam-Gilbert DNAMaxam-Gilbert DNA化学降解法。化学降解法。1
14、、基本原理、基本原理2022-8-7152022-8-7162022-8-717 开始:开始:GilbertGilbert研究研究laclac抑制子与抑制子与laclac操纵基因。操纵基因。发现:抑制子结合并保护操纵子发现:抑制子结合并保护操纵子DNADNA,用,用SangerSanger建建立的立的RNARNA测序技术测定了测序技术测定了DNADNA片段序列。片段序列。灵感火花:苏联灵感火花:苏联MirzabekovMirzabekov到访,午餐讨论,是否到访,午餐讨论,是否与与DNADNA的甲基化有关,产生了化学测序技术。的甲基化有关,产生了化学测序技术。19771977:测序技术,:测序
15、技术,PNASPNAS,7474:560560564564 DNADNA片段一端用放射性标记,用碱基特异性的化学片段一端用放射性标记,用碱基特异性的化学反应裂解反应裂解DNADNA,通过标定末端与断裂位点之间的距,通过标定末端与断裂位点之间的距离来确定碱基的位置离来确定碱基的位置2022-8-718末端标记末端标记DNADNA:放射性同位素:放射性同位素化学修饰碱基:硫酸二甲酯甲基化学修饰碱基:硫酸二甲酯甲基化化G G;甲酸甲基化;甲酸甲基化A A和和G G;肼水解;肼水解C C和和T T,盐抑,盐抑T T,哌啶切割:链断裂,一组从哌啶切割:链断裂,一组从1 1300bp300bp不等的末端标
16、记分子。不等的末端标记分子。5 5组独立反应:每组特异针对某一组独立反应:每组特异针对某一种或某一类碱基。生成种或某一类碱基。生成5 5组产物,组产物,共同起点(放射性标记末端)到发共同起点(放射性标记末端)到发生化学降解的位点。生化学降解的位点。电泳分离,放射自显影。电泳分离,放射自显影。读出序列:比较读出序列:比较G G、A AG G、C CT T、C C和和ACAC各个泳道,从测序凝胶放射各个泳道,从测序凝胶放射自显影片上读出自显影片上读出DNADNA序列。序列。2022-8-719 MGMG法:刚问世时,重现性更高,化学试剂,易掌握。法:刚问世时,重现性更高,化学试剂,易掌握。Sang
17、erSanger法:单链模板和特异引物,高质量法:单链模板和特异引物,高质量DNADNA聚合酶聚合酶 噬菌体和噬菌粒载体的发展,聚合酶,标记技术,合噬菌体和噬菌粒载体的发展,聚合酶,标记技术,合成引物及测序反应日臻完善,机器人等自动化。成引物及测序反应日臻完善,机器人等自动化。SangerSanger法:简便快速,现今测序的最佳方案。法:简便快速,现今测序的最佳方案。MGMG法应用法应用:基因功能研究。基因功能研究。2022-8-7202022-8-721ATGCCGTAGGCCTAGC TAGGCCTAGCTCGGA ATGCCGTAGGCCTAGCTCGGA基因组基因组DNABAC文库文库
18、根据物理图谱根据物理图谱正确定位的正确定位的BAC 或或contig用于霰弹法测用于霰弹法测序的候选克隆序的候选克隆用于霰弹法测序用于霰弹法测序的亚克隆的亚克隆测序并组装测序并组装完整的基因完整的基因组序列组序列逐步克隆法(逐步克隆法(Clone by Clone)全基因组霰弹法全基因组霰弹法 (Whole Genome Shot-gun)基因组基因组DNA 霰弹法克隆霰弹法克隆测序并进行测序并进行全基因组序全基因组序列组装列组装完整的基因完整的基因组序列组序列2022-8-722毛细管检测:毛细管检测:ABIABI公司的公司的31003100凝胶电泳检测凝胶电泳检测:美国美国LI-CORLI
19、-COR公司的公司的43004300系统系统2022-8-723 3730XL 系列 DNA 分析仪MegaBACE1000 毛细管测序仪2022-8-724 1977:450 bp(样品(样品/人人/周周可读平均长可读平均长度)度)1980:20100bp(荧光标记荧光标记)1985:30250bp 1990:60300bp(PCRPCR引入引入)1995:180500bp 1999:500650bp 2000:5000600bp荧光素标记的终止物荧光素标记的终止物ddNTPddNTP;单向测序长度保证单向测序长度保证700700900bp900bp。1.5kb1.5kb序列,双向反应,一次
20、读通,免去引物合成。序列,双向反应,一次读通,免去引物合成。2022-8-72519941994:3 3亿美元测定一个人类基因组亿美元测定一个人类基因组(1:10)(1:10)19841984:3030亿美元测定一个人类基因组亿美元测定一个人类基因组未来目标:未来目标:1000 1000 美元测定一个人类基因组美元测定一个人类基因组(1:3x10(1:3x106 6)20042004:3 3千万美元测定一个人类基因组千万美元测定一个人类基因组(1:100)(1:100)20062006:150150万美元测定一个人类基因组万美元测定一个人类基因组(1:2000)(1:2000)未来目标:未来目
21、标:100 100 美元测定一个人类基因组美元测定一个人类基因组(1:3x10(1:3x107 7)2022-8-726主要测序方法:主要测序方法:焦磷酸测序技术:焦磷酸测序技术:Roche公司的公司的GS FLX系统(系统(454系统);系统);桥扩增测序技术:桥扩增测序技术:Illumina公司的公司的Genome Analyzer系统系统(Solexa系统);系统);连接测序技术:连接测序技术:ABI公司的公司的SOLiD系统;系统;2022-8-727主要应用领域:主要应用领域:未知物种基因组的从头测序未知物种基因组的从头测序已知物种的重新测序已知物种的重新测序环境基因组测序环境基因组
22、测序基因转录组和表达调节基因转录组和表达调节sRNA分析分析染色质免疫共沉淀染色质免疫共沉淀SNP等多个领域。等多个领域。2022-8-7281、焦磷酸测序技术焦磷酸测序技术20052005年底,罗氏诊断公司和年底,罗氏诊断公司和454454公司推出了基于焦磷公司推出了基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统酸测序法的超高通量基因组测序系统Genome Genome Sequencer 20 System(GS 20)Sequencer 20 System(GS 20)。20072007年推出了通量更大,读长更长,准确性更高的第年推出了通量更大,读长更长,准确性更高的第二代基因组测序系统二代基
23、因组测序系统Genome Sequencer FLX Genome Sequencer FLX System(GS FLX)System(GS FLX)。2022-8-729PPiATP每延伸每延伸1 1个核苷酸,释放个核苷酸,释放出出1 1个焦磷酸个焦磷酸焦磷酸在磺酰化酶作用焦磷酸在磺酰化酶作用下生成下生成ATPATP荧光素酶利用荧光素酶利用ATPATP把无荧把无荧光的分子转化为荧光物光的分子转化为荧光物质,化学发光,监测。质,化学发光,监测。1、焦磷酸测序技术焦磷酸测序技术2022-8-73012345678910110-1AAGCTGThe sequence in this pyrogr
24、am is AGGCAGAGGCAG无需加无需加ddNTPddNTP,随着反应的进行而同步读出序列。,随着反应的进行而同步读出序列。2022-8-731Single imageDNADNA聚合酶聚合酶APSATPPPiLight+OxyluciferinsulfurylaseluciferaseEmulsion Based Clonal Amplification2022-8-732光学光学系统系统计算机计算机系统系统微流体微流体系统系统多道吸口试剂泵、阀CCD照相机pl板2022-8-7332007年年3月月Roche公司收购了公司收购了454公司,推公司,推出了新一代高通量测序仪出了新一代
25、高通量测序仪GS FLX系统。系统。10小时内完成一个测序反应,单反应读长由小时内完成一个测序反应,单反应读长由100bp扩展到扩展到400bp,准确性达,准确性达99产出数据量达产出数据量达1亿碱基对。亿碱基对。每次运行可分析每次运行可分析16个非混合的独立样品。个非混合的独立样品。J.D.Watson的基因组的测序。的基因组的测序。2022-8-734 Illumina公司于公司于2007年推出。年推出。读序原理:可逆性末端终结反应。读序原理:可逆性末端终结反应。在桥扩增过程,四种碱基底物分别在桥扩增过程,四种碱基底物分别标记四种不同荧光,每个碱基末端标记四种不同荧光,每个碱基末端被保护基
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