新编第03章蛋白质的合成与修饰课件.ppt
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- 新编 03 蛋白质 合成 修饰 课件
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1、第三章第三章 蛋白质的合成与修饰蛋白质的合成与修饰 Translation,Artificial synthesis and modification本章的主要内容:本章的主要内容:1.1.翻译的生物学意义;翻译的生物学意义;2.2.遗传密码的特性和线粒体密码的例外;遗传密码的特性和线粒体密码的例外;3.翻译体系的主要组成及其功能;翻译体系的主要组成及其功能;4.4.原核生物和真核生物蛋白质生物合成的异同点;原核生物和真核生物蛋白质生物合成的异同点;5.5.蛋白质合成后的加工、运输与定位;蛋白质合成后的加工、运输与定位;6.6.蛋白质的化学合成与人工修饰。蛋白质的化学合成与人工修饰。第一节第一
2、节 蛋白质的生物合成蛋白质的生物合成翻译翻译 The Biosynthesis of Protein-Translation 在细胞质中,以在细胞质中,以mRNA为模板,在核糖体、为模板,在核糖体、tRNA和多种蛋白因子等的共同作用下,将和多种蛋白因子等的共同作用下,将mRNA中由核苷酸排列顺序决定的遗传信息转变成由中由核苷酸排列顺序决定的遗传信息转变成由20种种氨基酸组成的蛋白质的过程。氨基酸组成的蛋白质的过程。这一过程犹如电报的翻译过程,故又将蛋白质这一过程犹如电报的翻译过程,故又将蛋白质的生物合成称为翻译(的生物合成称为翻译(translation)。)。翻译(翻译(translatio
3、ntranslation):转录和翻译统称为基因表达转录和翻译统称为基因表达(gene expression)。前前 言言翻译的生物学意义?翻译的生物学意义?可以说,可以说,没有蛋白质,就没有生命没有蛋白质,就没有生命!概括起来讲,蛋白质具有以下几方面的功能:概括起来讲,蛋白质具有以下几方面的功能:1)催化:酶蛋白;催化:酶蛋白;5)调节:激素、组蛋白;调节:激素、组蛋白;2)防御:防御:Ab、ABP、IFN等;等;6)支持:膜系统;支持:膜系统;3)运动:肌球(动)蛋白;运动:肌球(动)蛋白;7)运输:运输:ApoE、血红素;、血红素;4)营养贮存:卵清蛋白;营养贮存:卵清蛋白;8)参与遗传
4、过程参与遗传过程 9)其他:信号转导等。其他:信号转导等。蛋白质是生命活动的物质基础,几乎所有生物的蛋白质是生命活动的物质基础,几乎所有生物的生命活动过程都离不开蛋白质。蛋白质的种类成千上生命活动过程都离不开蛋白质。蛋白质的种类成千上万,其功能千差万别。例如:酶蛋白;激素;膜蛋白;万,其功能千差万别。例如:酶蛋白;激素;膜蛋白;抗体;受体等。抗体;受体等。3-1-1 参与翻译过程的物质与功能参与翻译过程的物质与功能 参与翻译过程的物质共包括:参与翻译过程的物质共包括:mRNA(Messenger RNA)tRNA (Transfer RNA)RibosomeAmino acids(AA)Ami
5、noacyl-tRNA synthetase(氨酰基氨酰基-tRNA合成酶合成酶)Kinds of Translation Factors3-1-1 Components of Translation System and Their Functions一、一、Structure and Function of mRNA mRNA(Messenger RNA)is the intermediate that represents one strand of a gene coding for protein.Its coding region is related to the protein
6、 sequence by the triplet genetic code.(一)(一)mRNA的结构特点的结构特点An mRNA contains a series of codons that interact with the anticodons of aminoacyl-tRNAs so that a corresponding series of amino acids is incorporated into a polypeptide chain.Figure 6.16 Ribosome-binding sites on mRNA can be recovered from i
7、nitiation complexes.They include the upstream Shine-Dalgarno sequence and the initiation codon.原核生物原核生物mRNA的结构特点的结构特点:原核生物原核生物mRNA的结构特点的结构特点The Shine-Dalgarno sequence(SD序列序列)is the polypurine sequence AGGAGG centered about 10 bp before the AUG initiation codon on bacterial mRNA.It is complementary
8、to the sequence at the 3 end of 16S rRNA.真核生物真核生物mRNA的结构特点的结构特点:Functions of Cap:Protection of the mRNA from degradation.Enhancement of the mRNAs translatability.Transport of the mRNA out of the nucleus.1.Proper splicing of the pre-mRNA.Function of Polyadenylation:Most eukaryotic mRNAs and their pre
9、cursors have a chain of AMP residues about 250 nucleotides long at their 3-ends.This poly(A)is added post-transcriptionally by poly(A)polymerase.Polyadenylation signals:AAUAAAFunctions:Poly(A)enhances both the lifetime and translatability of mRNA.The only three sequences needed for splicing are:shor
10、t consensus sequences at the 5 and 3splicing sites and at the branch site.The ends of nuclear introns are defined by the GU-AG rule.Splicing signals:真核生物与原核生物真核生物与原核生物mRNA结构特点比较:结构特点比较:1.真核生物的真核生物的mRNA初始转录物由内含子和外显子组成,需要初始转录物由内含子和外显子组成,需要进行转录后加工:进行转录后加工:1)将内含子剪掉,将外显子重新连接起来将内含子剪掉,将外显子重新连接起来-剪接剪接(splic
11、ing),2)在在5-端加帽,端加帽,3-端加端加poly(A)尾,才能形成成熟尾,才能形成成熟mRNA;而原核生物的初始转录物即为成熟的而原核生物的初始转录物即为成熟的mRNA,不需要转录后,不需要转录后的加工。的加工。2.真核生物的成熟真核生物的成熟mRNA需要从细胞核中进入细胞质,才能参需要从细胞核中进入细胞质,才能参与蛋白质的翻译;而原核生物的转录与翻译偶联在一起。与蛋白质的翻译;而原核生物的转录与翻译偶联在一起。真核生物真核生物mRNA为单顺反子;原核生物为单顺反子;原核生物mRNA为多顺反子。为多顺反子。3.原核生物的原核生物的mRNA的的5-端有端有SD序列。许多真核序列。许多真
12、核mRNA的的AUG上游存在上游存在Kozak序列(序列(CCACC)。)。(二)(二)Genetic Codons(遗传密码遗传密码)Seleno-Cys-tRNA UGA;Pyrrolysine UAG(三)(三)Properties of Genetic Codons 三联体,连续性,不重叠,三联体,连续性,不重叠,兼并性兼并性,兼职,通用,兼职,通用性等。但存在性等。但存在例外例外。1.ORF(开放读框开放读框)2.兼并性(兼并性(degeneracy)多种密码子编码一种氨基酸。多种密码子编码一种氨基酸。3.3.密码子的例外密码子的例外 1)在支原体:在支原体:UGA Trp(色色);
13、2)在纤毛虫:)在纤毛虫:UAA和和UAG Glu(谷);(谷);3)在人的线粒体:)在人的线粒体:UGA(终止密码子)(终止密码子)Trp(色色);AGA,AGG(精)(精)终止密码子。另加终止密码子。另加UAA、UAG,线粒体共有线粒体共有4个终止密码子;个终止密码子;内部蛋氨酸的密码子有内部蛋氨酸的密码子有2个:个:AUG和和AUA;起始密码子;起始密码子 有有4个:个:AUN;4)在酵母线粒体:除上述)在酵母线粒体:除上述3点外,还有点外,还有CUA亮亮 Thr(苏苏)。Transfer RNA(tRNA)is the intermediate in protein synthesis
14、 that interprets the genetic code.Each tRNA can be linked to an amino acid.The tRNA has an anticodon sequence that comple-mentary to a triplet codon representing the amino acid.二、二、Structure and Function of tRNAA tRNA has a sequence of 74-95 bases that folds into a clover-leaf secondary structure wi
15、th four constant arms(and an additional arm in the longer tRNAs).(一)(一)Secondary Structure of tRNAThe cloverleaf:the structure of tRNA drawn in two dimensions,forming four distinct arm-loops.The acceptor arm consists of a base-paired stem that ends in an unpaired sequence whose free 2-or 3-OH group
16、can be linked to an amino acid.The TC arm is named for the presence of this triplet sequence.(stands for pseudouridine,a modified base).The anticodon arm always contains the anticodon triplet in the center of the loop.The D arm is named for its content of the base Dihydrouridine(another of the modif
17、ied bases in tRNA).The extra arm lies between the TC and anticodon arms and varies from 321 bases.tRNAs are called class I(35bases)if they lack it,and class II(1321 bases including 5bp in stem)if they have it.This tRNA is used only for initiation.It recognizes the codons AUG or GUG(occasionally UUG)
18、.AUG GUG(1/2)UUG(1/4).Formylation is not strictly necessary,because nonformylated Met-tRNAf can function as an initiator,but it improves the efficiency with which the Met-tRNAf is used,because it is one of the features recognized by the factor IF-2 that binds the initiator tRNA.The bases that face o
19、ne another at the last position of the stem to which the amino acid is connected are paired in all tRNAs except tRNAf-Met.Mutations that create a base pair in this position of tRNAf-Met allow it to function in elongation.The absence of this pair is therefore important in preventing tRNAf-Met from be
20、ing used in elongation.It is also needed for the formylation reaction.A series of 3 GC pairs in the stem that precedes the loop containing the anticodon is unique to tRNAf-Met.These base pairs are required to allow the fMet-tRNAf to be inserted directly into the P site.(二)(二)tRNA的三级结构的三级结构 所有的所有的tRN
21、A的三级结构经的三级结构经X-ray 衍射发现,都呈倒衍射发现,都呈倒L形,形,见下图。见下图。A molecular model of the structure of yeast tRNAPhe is shown in Figure 5.5.(三)(三)Functions of tRNA AA+ATP AA-AMP+PPi(氨基酸活化氨基酸活化)AA-AMP+tRNA 氨酰基氨酰基-tRNA+AMP tRNA正确识别和荷载氨基酸的原因:首先与氨酰基正确识别和荷载氨基酸的原因:首先与氨酰基-tRNA合成酶的结构有关;其次与反密码子有关;副密码子合成酶的结构有关;其次与反密码子有关;副密码子的
22、作用非常重要。的作用非常重要。副密码子(副密码子(paracodon):):tRNA分子上一些与氨酰基分子上一些与氨酰基-tRNA正确形成有关的碱基,如正确形成有关的碱基,如G3-U70等。等。(四)(四)tRNA的丰富度与密码子的使用频率的丰富度与密码子的使用频率 同功同功tRNA(isoaccepting tRNA):识别并携带同一种氨基酸:识别并携带同一种氨基酸的不同的不同tRNA。同功。同功tRNA由同一种氨酰基由同一种氨酰基-tRNA合成酶催化合合成酶催化合成氨酰基成氨酰基-tRNA。密码子的使用频率密码子的使用频率:在同一种细胞中,不同在同一种细胞中,不同tRNA的数量多少不同,导
23、致了编的数量多少不同,导致了编码同一种码同一种AA的不同密码子的使用频率不同。的不同密码子的使用频率不同。例如:大肠杆菌核糖体蛋白例如:大肠杆菌核糖体蛋白1209个密码子,其中苏氨酸的个密码子,其中苏氨酸的密码子:密码子:ACU 38次、次、ACC 26次、次、ACA 3次、次、ACG 0次。次。密码子优化密码子优化:Codon usage tabulated from the GenBank Genetic Sequence Data Volume 16,Supplement,Nucleic Acids Research.P315402 摇摆假说(摇摆假说(wobble hypothesis
24、):):编码一种氨基酸的不同编码一种氨基酸的不同密码子是否需要不同的密码子是否需要不同的tRNA来识别呢?来识别呢?不是的。一种不是的。一种tRNA的反密码子可识别具有兼并性的密码的反密码子可识别具有兼并性的密码子。子。为什么?原因就是反密码子的为什么?原因就是反密码子的5-端碱基具有摇摆性,一方端碱基具有摇摆性,一方面它的自由度大;另一方面它很少是面它的自由度大;另一方面它很少是U,几乎不是,几乎不是A,如是,如是A,则被修饰成则被修饰成I(次黄嘌呤次黄嘌呤),I可与可与U、C、A配对;最后,在配对;最后,在RNA中,中,G可和可和U配对。所以,一种配对。所以,一种tRNA的反密码子可识别几
25、种不的反密码子可识别几种不同的密码子。同的密码子。(五)(五)Wobble hypothesis(摇摆假说摇摆假说)The wobble hypothesis accounts for the ability of a tRNA to recognize more than one codon by unusual(non-GC,non-AT)pairing with the third base of a codon.三、三、Aminoacyl-tRNA Synthetases In spite of their common function,synthetases are a rathe
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