研究生畜牧学读书报告课件.pptx
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- 研究生 畜牧学 读书 报告 课件
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1、Linking perturbations to temporal changes in diversity,stability,andcompositions of neonatal calf gut microbiota:prediction of diarrhea将新生犊牛肠道微生物菌群的多样性、稳定性及组成随日龄变化与干扰联系起来对腹泻进行预测ISME IF=9.4研究背景结果材料和方法结论1234研 究 背 景01Background1、研究背景 对缺乏免疫能力的幼小动物来说,由于免疫系统不发达,所以特别容易感染各种疾病,比如腹泻。1、研究背景抗生素被广泛用于预防和治疗常见的疾病据报
2、道,在小鼠和人的生命早期,抗生素对微生物群的干扰会对宿主免疫功能产生长期的负面影响。1、研究背景抗生素治疗反刍动物类似疾病会使粪便微生物多样性减少(Oikonomou,2013),但尚不清楚微生物多样性的减少是由于抗生素治疗还是由于疾病本身引起的。假设:腹泻或使用抗生素治疗腹泻后可能会影响肠道微生物群的多样性,稳定性及功能发生变化。2、研究目的 研究健康与腹泻犊牛肠道微生物群组成的差异,用来预测腹泻的发生,为早期治疗提供依据,以减少抗生素的使用。材 料 和 方 法02Materials and Methods1、试验设计加拿大当地农场的84头初生犊牛(不含抗生素)CONSCB 试验期56天 C
3、ON-H2H 7天 14天 21天 42天 56天 -20立刻储存(代乳粉:63%的脱脂奶粉,粗蛋白260克/公斤,粗脂肪160克/公斤,干物质代谢能19.2 MJ/公斤)CON-R2H CON-S2H SCB-H2H SCB-R2H SCB-S2H每天加5g布拉氏酵母菌2、犊牛分组信息3、DNA提取、PCR扩增和测序从粪便样品中提取总DNA16S rRNA基因的V1-V3高变区进行扩增,对扩增子测序QIIME2compatible SILVA 132数据库(对比分类)QIAME 2中的“q2-picrust2”插件预测了微生物功能(蛋白质编码基因)4、数据统计对Shannon指数、BrayC
4、urtis距离、每组内的衰减和缓冲值的变化使用非参数Friedman检验进行评估。Shannon指数的变异系数使用非参数的KruskalWallis检验评估指数、粪便细菌属的相对丰度和三组犊牛每日龄的预测基因,并基于MannWhitney U检验进行多重比较。使用Benjamini-Hochbert算法,将每个测试的多重比较的P值调整为错误发现率。显著差异在P0.05时出现,趋势在0.05 P0.10时出现。结果03Discussion1、评估微生物多样性 使用QIIME2中的“多样性”插件计算Shannon指数H2H:在21日龄(P=0.029)、42日龄(P=0.029)和56日龄(P=0
5、.030)时Shannon指数显著高于7日龄R2H:在21日龄(P=0.002)、42日龄(P=0.005)和56日龄(P=0.002)时Shannon指数显著高于7日龄和14日龄S2H:42日龄时的Shannon指数显著高于7日龄时的Shannon指数(P=0.006)。(三组CON犊牛)1、评估微生物多样性 使用QIIME2中的“多样性”插件计算Shannon指数R2H犊牛Shannon指数的变异系数显著高于S2H犊牛(P=0.024)1、评估微生物多样性在H2H(P=0.014)和R2H(P 0.001)犊牛中,42天与21天之间的Bray-Curtis距离明显低于14天与7天之间距离。
6、S2H犊牛56天与42天之间的Bray-Curtis距离显著低于14天与7天之间的距离(P=0.014)。Bray-Curtis距离:比较两个群落微生物的组成差异2、评估微生物稳定性的时间变化分类群功能稳定性:群落分类组成的变化将影响其功能能力的程度。用于评估微生物的稳定性。为了比较群落间分类群功能的稳定性,模拟了每个群落分类组成的不同干扰f:功能能力的预期变化;t:模拟分类干扰的幅度;a(衰减):描述随着干扰的增加,功能变化的幅度迅速增加b(缓冲):表明在较小的分类干扰下功能转移被抑制的程度 微生物群的时间稳定性通过衰减和缓冲值进行评估2、评估微生物稳定性的时间变化衰减被定义为与响应曲线斜率
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