生物化学与分子生物学课件(1)-2.ppt
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- 生物化学 分子生物学 课件 _2
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1、2022年8月15日星期一生物化学与分子生物学生物化学与分子生物学w Biochemistry Seeks to Explain Life in Chemical Termsw 生物化学(生物化学(Biochemistry)是研究生)是研究生命本质的科学。应用化学的理论技术命本质的科学。应用化学的理论技术及物理学、免疫学等原理和方法来研及物理学、免疫学等原理和方法来研究究的的 的科学的科学。分子生物学是研究核酸、蛋白质等所有生物大分子的形态、结构特征及其重要性、规律性和相互关系的科学。分子生物学(molecular biology)是生物化学的重要组成部分。生物化学的发展简史生物化学的发展简史
2、v静态生物化学时期静态生物化学时期(二十世纪二十年代之前)(二十世纪二十年代之前)对生物体各种组成成分进行分离、纯化、结构测定、合成及理化性质的研究v分子生物学时期分子生物学时期(二十世纪五十年代以后)(二十世纪五十年代以后)分子生物学的崛起及蓬勃发展,主要特点是研究生物大分子的结构与功能。v 动态生物化学时期动态生物化学时期(二十世纪前半叶)(二十世纪前半叶)研究生物体内物质的变化即物质代谢途径及其动态平衡重要贡献:对脂类、糖类和氨基酸的性质进行了较为系统的研究发现了核酸化学合成了简单多肽酵母发酵过程中“可溶性催化剂”的发现,奠定了酶学基础重要成果营养学:发现了人类必需氨基酸、必需脂肪酸和多
3、种维生素内分泌:发现了多种激素,并将其分离、合成酶学:酶结晶获得成功物质代谢:对生物体内主要物质的代谢途径已基本确定nDNA双螺旋结构的提出n重组DNA技术PCR、转基因(transgene)、基因剔除(gene knock out)等n核酶(ribozyme)的发现n人类基因组计划(human genome project)n后基因组研究(蛋白质组学proteomics)1985年5月,加州大学校长Robert提出测定人类基因组全序列1986年3月,诺贝尔奖获得者Dulbecco首次提出人类基因组计划的概念1990年10月,正式启动人类基因组计划1999年7月,中国科学院遗传研究所承担了1%
4、的测序工作2000年6月,全部基因的测序工作完成2001年2月,人类基因组图谱完成我国生物化学的发展公元前已有运用生物化学知识和技术的先例吴宪创立了血滤液和血糖测定法1965年首先合成了具有生物活性的胰岛素1981年成功合成了酵母丙氨酰tRNA近年来,在基因工程、蛋白质工程、人类基因组计划以及新基因的克隆和功能研究取得了重要成果生物化学研究的主要内容生物化学研究的主要内容生物分子的结构与功能生物分子的结构与功能核酸、蛋白质分子的结构及其与功能间的关系物质代谢及其调节物质代谢及其调节代谢途径及其调节的分子机制基因信息传递及其调控基因信息传递及其调控基因信息传递过程的机制及基因表达时空调控的规律信
5、号转导与基因工程信号转导与基因工程二十一世纪是现代生物科学的世纪二十一世纪是现代生物科学的世纪 生物科学是当代自然科学中发展最迅速、对人类的生存和自身发展影响最大的学科领域之一。统计美国“科学引文索引(SCI)”收录的4500余种学术刊物,发现有2350种左右为生物科学相关杂志!统计全世界引用指数(Impact factor)在10以上的超一流学术刊物,也发现80%左右(97年48种刊物中有38种)是生物科学相关刊物。学 科 杂志总数 10平均引用指数 30杂志数 总 论 317.80化 学 211.80物理522.02数学118.20生物3819.17下面让我们来看一看从1910年到现在分子
6、生物学史上的一些情况。1910年,德国科学家Kossel获得了诺贝尔生理医学奖,他首先分离出腺嘌呤、胸腺嘧啶、和组氨酸。1959年,Uchoa发现了细菌的多核苷酸磷酸化酶,成功地合成了核糖核酸,研究并重建了将基因内的遗传信息通过RNA中间体翻译成蛋白质的过程。而Kornberg则实现了DNA分子在细菌细胞和试管内的复制。他们共同分享了当年的诺贝尔生理医 学奖。1962年,Watson和Crick因为在1953年提出了DNA的反向平行双螺旋模型而与Wilkins共享诺贝尔生理医学奖,后者通过对DNA分子的X射线衍射研究证实了Watson和Crick 的DNA模型。1965年,Jacob和Mono
7、d由于提出并证实了操纵子作为调节细菌代谢的分子机制而获得了诺贝尔生理医学奖。同时他们还预言了mRNA分子的的存在。1969年Nirenberg由于在破译DNA遗传密码方面的贡献,与Holly和Khorana等人分享了诺贝尔生理医学奖。Holly的主要功绩在于阐明了酵母丙氨酸tRNA的核苷酸 序列,并证实所有tRNA具有结构上的相似性,而Khorana第一个合成了核酸分子,并且人工复制了酵母基因。1975年,Temin和Baltimire由于发现在RNA肿瘤病毒中存在以RNA为模板,逆转录生成DNA的逆转录酶而共享诺贝尔生理医学奖。1980年,Sanger因设计出一种测定DNA分子内核苷酸序列的
8、方法而获得了诺贝尔生理医学奖。DNA序列分析法至今仍被广泛应用,是分子生物学最重要的研究手段之 一。1984年,Kohler、Milstein和Jerne由于发展了单克隆抗体技术,完善了极微量蛋白质的检测技术而分享了诺贝尔生理医学奖。1988年,McClintock由于在20世纪50年代提出并发展了可移动的遗传因子而获得诺贝尔生理医学奖。1989年,Altman和Cech由于发现某些RNA具有酶的功能(称为核酶)而共享诺贝尔化学奖。Bishop和Varmus由于发现正常的细胞同样带有原癌基因而分享当年的诺贝尔生理医学奖。1993年,Roberts和Sharp由于在断裂基因方面的工作而荣获诺贝尔
9、生理医学奖。Mullis由于发明PCR仪而与第一个设计基因定点突变的Smith共享诺贝尔化学奖。1994年,Gilman和Rodbell由于发现了G蛋白在细胞内信息传导中的作用而分享诺贝尔生理医学奖。1995年,Lewis、Nusslei-Volhard和Wieschaus由于在20世纪4070年代先后独立鉴定了控制果蝇体节发育基因而分享诺贝尔生理医学奖。生物化学与医学的关系:密切相关、相互促进临床医学的发展也要经常运用生物化学的理论和方法诊断、治疗和预防疾病,而且许多疾病的发生机理也需要从分子水平上加以探讨。生物化学 生理学药理学免疫学遗传学病理学生物化学对现在及未来医学的影响对疾病机理的认
10、识深入到分子水平改变现有的医生看病模式诊断技术的更新治疗方法的突破给未来的器官移植带来福音流行病防治将有大改观基因保健品和基因化妆品将被广泛应用药物基因组学将成为药物开发的主战场延长人类寿命第二章 蛋白质的结构与功能Structure and Function of Protein蛋白质在生命过程中具有重要作用蛋白质在生命过程中具有重要作用几乎一切生命现象都要通过蛋白质的而体现出来了解蛋白质的结构和功能,是探求生命奥秘过程中最基本的任务本章要点本章要点蛋白质的蛋白质的组成组成:元素、基本单位:元素、基本单位蛋白质的蛋白质的结构结构:结构层次:结构层次蛋白质蛋白质结构与功能的关系结构与功能的关系
11、蛋白质的蛋白质的理化性质理化性质及及分离纯化分离纯化第一节、蛋白质的分子组成第一节、蛋白质的分子组成组成蛋白质的基本元素组成蛋白质的基本元素 碳:5055%氢:6%7%氧:19%24%硫:04%有的还含磷,少数含铁、铜、锌、锰、钴、钼等 由样品中的氮元素含量推算蛋白质含量:每克样品中含氮克数6.25100=100克样品中蛋白质含量(克%)100克样品中蛋白质含量(克%)*16%=每克样品中含氮克数*100一、组成蛋白质的基本单位一、组成蛋白质的基本单位氨基酸氨基酸 (amino acid)(一)氨基酸的结构通式:1.非极性氨基酸非极性氨基酸:7种,包括5种脂肪族氨基酸、苯丙氨酸、一般脯氨酸也列
12、入此类。它们的R基团具有疏水性疏水性,不易溶于水。一般说来其侧链越大,疏水作用也越强。(二)(二)氨基酸的分类氨基酸的分类2.极性氨基酸极性氨基酸:8种,包括3种含羟基氨基酸(酪氨酸、丝氨酸和苏氨酸)、色氨酸和蛋氨酸、2种酰胺氨基酸、和半胱氨酸。它们的R基团有极性,但不解离,或仅极弱地解离,有亲水性亲水性。半胱氨酸和酪氨酸的侧链极性最强。3.碱性氨基酸碱性氨基酸:共3种,有精氨酸、赖氨酸精氨酸、赖氨酸和组氨酸和组氨酸。R基团有极性,且解离,在中性溶液中显碱性,亲水性强。4.酸性氨基酸酸性氨基酸:共2种,有天冬氨酸和谷氨酸天冬氨酸和谷氨酸。R基团有极性,且解离,在中性溶液中显酸性,亲水性强。稀有
13、氨基酸(常见氨基酸的衍生物)OH HC CH2 H2N CH2 CH CH2 CH2 CH COOH HC CH2 COOH OH NH2 NH 4-羟基脯氨酸 5-羟赖氨酸非蛋白质氨基酸 如:D-谷氨酸、D-苯丙氨酸等(三)氨基酸的理化性质(三)氨基酸的理化性质:在某一 pH的溶液中,氨基酸解离成阳阳离子离子和阴离子阴离子的趋势及程度相等趋势及程度相等,成为,呈电中性电中性,此时溶液的溶液的pH称为该氨基酸的等电点。n两性解离及等电点(isoelectric point)等电点计算公式:pI=1/2(pk1+pk2)Pk1和 pk2分别为-羧基和-氨基的解离常数的负对数多个解离基团的等电点计
14、算:pI=1/2(pkR+pk2)v其他性质其他性质v紫外吸收 色氨酸、酪氨酸含有苯环共轭双键,在紫外光区最大吸收峰*茚三酮反应 常用于氨基酸的定性、定量分析二、肽 肽肽(peptide):一分子氨基酸的氨基氨基和另一分子氨基酸的羧基羧基脱水缩合生成的 肽键肽键(peptide bond):一分子氨基酸的氨基氨基和另一分子氨基酸的羧基羧基脱水缩合生成的肽键平面图1-7、肽键平面v二肽、三肽寡肽(oligopeptide)(10),多肽(polypeptide)v氨基酸残基(residue)、氨基末端(amino terminal)(N末端)、羧基末端(carboxyl terminal)(C末
15、端)v蛋白质和多肽在分子量上很难划出明确界限常见的生物活性肽谷胱甘肽(glutathione,GSH):机体内重要的还原剂多肽类激素 催产素(9肽)、加压素(9肽)、促肾上腺皮质激素(39肽)、促甲状腺释放激素(3肽)神经肽(neuropeptide):在神经传导过程中起信号转导作用 脑啡肽(5肽)、内啡肽(31肽)、强啡肽(17肽)等三、蛋白质的分类蛋白质类别举例非蛋白成分(辅基)单纯蛋白质血清蛋白,球蛋白无核蛋白病毒核蛋白,染色体蛋白核酸糖蛋白免疫球蛋白、粘蛋白,蛋白多糖糖类脂蛋白乳糜微粒、低密度脂蛋白、极度密度脂蛋白、高密度脂蛋白各种脂类磷蛋白酪蛋白、卵黄磷酸蛋白磷酸色素蛋白血红蛋白、黄
16、素蛋白色素金属蛋白铁蛋白、铜兰蛋白金属离子结合蛋白质结合蛋白质=蛋白质+辅基根据形状分类:球状蛋白质:分子接近球形,如血红蛋白、肌 红蛋白 纤维状蛋白质:分子类似纤维,如胶原蛋白、弹性蛋白第二节 蛋白质的分子结构一级结构二级结构三级结构四级结构空间结构(conformation)一、蛋白质的一级结构一、蛋白质的一级结构(primary structure)定义:蛋白质分子中。Human Insulin Amino Acid SequenceMALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQ
17、PLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN 二、蛋白质的二级结构二、蛋白质的二级结构(secondary structure)是肽链中各主链原子在各局部空间的排列分布状况,不涉及R侧链的空间排布。主要靠H-键维系结构定义:蛋白质分子中某一段肽链的。(一)肽单元与肽键平面肽单元肽单元(peptide unit):参与肽键的6个原子 C1,C,O,N,H,C2位于同一平面上,C1、C2在平面上所处的位置为反式,此同一平面上的6个原子构成了一个肽单元,这个平面叫做肽键平面。肽键平面是构成主链构象的肽键平面是构成主链构象的基本单位基本单位。以肽键平面为基本单位的旋转就是肽链折叠、
18、盘旋的基础。(二)二级结构中的主要构象形式稳定二级结构的主要作用力为氢键1、-螺旋(-helix)多肽链的主链围绕中心轴上升,呈有规律的右手螺旋。要点:C 原子的旋转3.6氨基酸/圈、螺距为5.4A,1.5 A/氨基酸残基,100/氨基酸残基。-螺旋是一种常见的较为稳定、也较为致密的二级结构。H-键稳定螺旋,-螺旋形成时遇到脯氨酸会被中断2、-折叠(-pleated sheet)肽键平面间折叠成锯齿状的结构称为-折叠结构,两段以上平行排列,称为-折叠层或-片层。要点:折叠角度110度,H键稳定结构,只含5-8个氨基酸残基,片层有顺向平行和反向平行。片层结构是肽链较为延展和松弛的结构 许多蛋白质
19、既有-螺旋又有-片层结构。3、其他构象形式1)-转角(-turn)(-回折、发夹结构)要点:180度回折,3-6残基(一般为4个残基),有较大的自由度,转角第二个残基常为脯氨酸,常有甘氨酸、天冬氨酸、天冬酰胺、色氨酸。2)无规卷曲(random coil)无确定规律性的 卷曲方式。(三)模序(三)模序(motif)与结构域与结构域(domain)模序(motif)又叫模体、基序、基元。是蛋白质分子空间结构中某些立体形状或拓扑结构颇为类似的,常有特殊特殊的结合功能的结合功能,其序列长度一般也比结构域短短。如与DNA结合调控基因表达的几种结构单元。有些模序仅由几个氨基酸残基组成,如:纤连蛋白中与受
20、体结合的肽段,只有RGD三肽。C.锌指结构A.钙结合蛋白(EF手型结构)B.亮氨酸拉链蛋白质的二级结构是以一级结构为基础的。相同电荷会妨碍-螺旋的形成。蛋白质空间构象的真确形成,需要分子伴侣(chapeton)的参与,使肽链正确折叠。结构域 是蛋白质分子中较长的相似序列在立体结构中形成或半独立的部分,可具有一定的功能可具有一定的功能。n结构域与模序是相对独立的一种蛋白质空间结构,其层次位于超二级结构和三级结构之间。在有些书中,结构域与模序的概念并未做严格的区分。三、蛋白质的三级结构三、蛋白质的三级结构(tertiary structure)定义:蛋白质分子中,整条多肽链中全部氨基全部氨基酸残基
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