生物信息学检索系统课件.ppt

1、三、数据库检索工具简介三、数据库检索工具简介 Entrez SRS1、EntrezEntrezEntrez的特点的特点 链接的数据库多链接的数据库多 使用方便使用方便 实际匹配、相近匹配、查询结果按匹配实际匹配、相近匹配、查询结果按匹配程度排列程度排列http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgiEntrez集成的各种数据库集成的各种数据库核酸序列核酸序列蛋白质序列蛋白质序列生物大分子结构生物大分子结构基因组数据基因组数据生物分类数据库生物分类数据库孟德尔人类遗传学数据（孟德尔人类遗传学数据（OMIM）PubmedEntrezhttp:/www.nc

2、bi.nlm.nih.gov/Entrez/Entrez的查询方式的查询方式快速查询快速查询限定查询限定查询其他查询方式其他查询方式 批处理查询批处理查询 交叉引用的信息查询交叉引用的信息查询 Email查询查询Entrez基本查询功能基本查询功能 主题词（主题词（Subject）搜索）搜索 短语（短语（phrase）搜索）搜索 文献作者（文献作者（Authous）搜索）搜索 序列独特识别信息（序列独特识别信息（Unique Identifiers）搜索搜索 序列分子量搜索序列分子量搜索 区域搜索区域搜索 通配符搜索通配符搜索2.SRS SRS（Sequence Retrieval Syste

3、m）是是EMBL研制的一个基于研制的一个基于WEB的查询系的查询系统统,是目前生物信息界应用最为广泛的数是目前生物信息界应用最为广泛的数据库系统据库系统。SRS在中国的镜像站点建立在北京大学在中国的镜像站点建立在北京大学生物信息中心。生物信息中心。SRS采用全菜单驱动方式采用全菜单驱动方式 包括包括EMBL、EMBL_NEW、SwissProt、PIR等一级数据库等一级数据库 还包括许多二级数据库还包括许多二级数据库如蛋白质家族和结构域数据库如蛋白质家族和结构域数据库Prosite、限、限制酶数据库制酶数据库ReBase、PDB序列子集数据库序列子集数据库NRL_3D、真核基因启动子数据库、真核基因启动子数据库EPD、E.coli 数据库数据库ECD、酶名称和反应数据库、酶名称和反应数据库ENZYME、生物计算文献数据库、生物计算文献数据库SEQANALREF等，还有与功能、疾病相关等，还有与功能、疾病相关的数据库，总共有的数据库，总共有80个数据库。个数据库。SRS与ENTREZ的区别 布林逻辑运算布林逻辑运算 结果信息量结果信息量 查询速度查询速度NCBI AND,OR,BUT 小小 快快 SRS&,I,!大大 慢慢http:/ END