蛋白质化学下课件.ppt
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- 蛋白质 化学 下课
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1、复复 习习1、含有杂环的亚氨基酸是、含有杂环的亚氨基酸是_。脯氨酸脯氨酸2、组成蛋白质的氨基酸除、组成蛋白质的氨基酸除_外均含有不对称碳原子,所以具有外均含有不对称碳原子,所以具有_。甘氨酸,旋光性甘氨酸,旋光性3、异亮氨酸属于哪一类氨基酸(、异亮氨酸属于哪一类氨基酸()A 支链支链 B 芳香族芳香族 C 杂环杂环 D 碱性碱性A4、下列属于必需氨基酸的是(、下列属于必需氨基酸的是()A 天冬酰胺天冬酰胺 B谷氨酰胺谷氨酰胺 C酪氨酸酪氨酸 D赖氨酸赖氨酸D第三章第三章 蛋白质化学(下)蛋白质化学(下)第六节第六节 蛋白质的结构(重点)蛋白质的结构(重点)蛋白质结构的研究内容蛋白质结构的研究内
2、容v由哪些氨基酸组成?由哪些氨基酸组成?v各种氨基酸的含量?各种氨基酸的含量?v氨基酸之间如何连接?氨基酸之间如何连接?v不同氨基酸的排列顺序如何?不同氨基酸的排列顺序如何?v氨基酸长链的空间形状如何?氨基酸长链的空间形状如何?蛋白质的结构层次蛋白质的结构层次v一级结构一级结构v二级结构二级结构v超二级结构超二级结构v结构域结构域v三级结构三级结构v四级结构四级结构一、一级结构(序列)一、一级结构(序列)v多肽链中氨基酸残基的排列顺序,也称为蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序,也称为蛋白质的序列或蛋白质的化学结构。的序列或蛋白质的化学结构。v左左N右右C 什么是序列分析?什么是序列分析?v根据
3、完全水解所获得的氨基酸组成知识,按照根据完全水解所获得的氨基酸组成知识,按照预先设计好的策略,对多肽进行部分水解、末预先设计好的策略,对多肽进行部分水解、末端测定、短序列分离和完全水解等,从而得出端测定、短序列分离和完全水解等,从而得出蛋白质多肽链的完整的氨基酸序列。蛋白质多肽链的完整的氨基酸序列。蛋白质序列分析的意义蛋白质序列分析的意义 v研究蛋白质结构和功能的关系研究蛋白质结构和功能的关系 人类血红蛋白变种有300多种,有些变种严重影响分子的携氧的能力,进行序列分析有助于说明血红蛋白的结构与功能差异v寻找基因寻找基因 根据蛋白质序列可以反推DNA序列,有助于确定基因和克隆基因蛋白质序列分析
4、原则蛋白质序列分析原则 v1、确定多肽链的数目,肽链拆分、确定多肽链的数目,肽链拆分-获得单一多获得单一多肽链肽链 多肽链的拆分多肽链的拆分v非共价交联非共价交联 酸、碱、高浓度的盐酸、碱、高浓度的盐、变性剂处理、变性剂处理8mol/L尿素或尿素或6mol/L盐盐酸胍酸胍v通过链间二硫键交联或通过链间二硫键交联或者存在链内二硫键者存在链内二硫键 氧化或者还原二硫键使氧化或者还原二硫键使其断开其断开1)巯基乙醇法)巯基乙醇法v用过量巯基乙醇还原二硫键使其断开用过量巯基乙醇还原二硫键使其断开v加入碘乙酸保护生成的巯基加入碘乙酸保护生成的巯基2)过甲酸法)过甲酸法v加入发烟甲酸将二硫键氧化成磺酸基从
5、而断开二硫加入发烟甲酸将二硫键氧化成磺酸基从而断开二硫键键3)二硫苏糖醇法)二硫苏糖醇法v加入二硫苏糖醇或者二硫赤蘚糖醇还原二硫键加入二硫苏糖醇或者二硫赤蘚糖醇还原二硫键 v2、蛋白质多肽链的组成分析、蛋白质多肽链的组成分析-确定每条肽链的确定每条肽链的氨基酸的种类和数量(需要蛋白质完全水解)氨基酸的种类和数量(需要蛋白质完全水解)蛋白质序列分析原则蛋白质序列分析原则 v3、蛋白质多肽链的末端分析、蛋白质多肽链的末端分析-确定末端氨基确定末端氨基酸酸 N末端测定末端测定 C末端测定末端测定蛋白质序列分析原则蛋白质序列分析原则 1)N-末端测定末端测定vDNFB法法vPITC法法vDNS法法v氨
6、肽酶法氨肽酶法DNS法v丹磺酰氯(二甲基氨基萘磺酰氯)丹磺酰氯(二甲基氨基萘磺酰氯)v6mol/L HCl 105水解水解18hr氨肽酶法氨肽酶法v外切酶,从多肽链的外切酶,从多肽链的N-端逐个的向里水解端逐个的向里水解v根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量,按反应时间和氨基酸残基释基酸种类和数量,按反应时间和氨基酸残基释放量作动力学曲线,从而知道蛋白质的放量作动力学曲线,从而知道蛋白质的N-末端末端残基顺序残基顺序2)C-末端测定末端测定v肼解法肼解法 多肽与肼在无水条件下加热,多肽与肼在无水条件下加热,C-端氨基酸即从肽链上端氨基酸
7、即从肽链上解离出来,其余的氨基酸则变成肼化物解离出来,其余的氨基酸则变成肼化物 肼化物能够与苯甲醛缩合成不溶于水的物质而与肼化物能够与苯甲醛缩合成不溶于水的物质而与C-端端氨基酸分离氨基酸分离H2NCHCROHNCH CROORnCCHHNOHn-1N-端氨基酸 C-端氨基酸ORnCCHH2NOHH2NCHCRONHNH2+H+NH2NH2氨基酸酰肼C-端氨基酸羧肽酶法羧肽酶法羧肽酶羧肽酶A作用于促肾上腺皮质激作用于促肾上腺皮质激素氨基酸的释放曲线素氨基酸的释放曲线v4、对多肽链进行部分水解、对多肽链进行部分水解(酶解酶解),获得一套短,获得一套短肽混合物;用不同的酶分别进行肽混合物;用不同的
8、酶分别进行,得到几套短肽得到几套短肽混合物混合物 蛋白质序列分析原则蛋白质序列分析原则 肽链部分水解的方法肽链部分水解的方法v化学法化学法 溴化氰法溴化氰法 羟胺法羟胺法 酸酸v酶解法(切点多,肽段大小不一)酶解法(切点多,肽段大小不一)胰蛋白酶胰蛋白酶1)溴化氰法)溴化氰法v断开甲硫氨酸羧基参与的肽键断开甲硫氨酸羧基参与的肽键v由于蛋白质中含有很少的甲硫氨酸,因此可以得由于蛋白质中含有很少的甲硫氨酸,因此可以得到较大的片断到较大的片断CH3S:CH2CH2CHN HCN HCHCOOR+B rC+NB r-CH3S+CH2CH2CHN HCN HCHCOORCNCH3SCN CH2CHN H
9、CN HCHCOORCH2+H2O+CH2CHN HCOCH2OH3N+CHCOR高丝氨酸内酯2)羟胺法)羟胺法v羟胺能专一地裂解羟胺能专一地裂解Asn-Gly的肽键的肽键v5、分离短肽混合物、分离短肽混合物-获得单一的短肽获得单一的短肽 v6、测定所有短肽的的氨基酸序列、测定所有短肽的的氨基酸序列v7、将所获得的所有序列进行拼凑、将所获得的所有序列进行拼凑,确定蛋白质确定蛋白质序列序列v8.测定二硫键位置,测出全部一级结构测定二硫键位置,测出全部一级结构蛋白质序列分析原则蛋白质序列分析原则 二、二级结构二、二级结构v蛋白质多肽链自身的折叠和盘绕方式蛋白质多肽链自身的折叠和盘绕方式v肽链骨架原
10、子的相对空间位置,不涉及侧链肽链骨架原子的相对空间位置,不涉及侧链v维持二级结构的力:氢键维持二级结构的力:氢键肽平面肽平面v肽平面各个原子所构成的键长、键角在蛋白质构肽平面各个原子所构成的键长、键角在蛋白质构象中恒定不变象中恒定不变二级结构的种类二级结构的种类v-螺旋螺旋v折叠折叠v转角转角v自由回转自由回转1、-螺旋螺旋v绝大多数为右手螺旋绝大多数为右手螺旋v-角蛋白:全部由角蛋白:全部由-螺旋构成螺旋构成v结构要点结构要点 每每3.6个氨基酸残基螺旋上升一个氨基酸残基螺旋上升一圈圈 每圈向上移动每圈向上移动0.54nm 氨基酸残基侧链伸向外侧,相氨基酸残基侧链伸向外侧,相邻螺圈间形成氢键
11、,氢键基本邻螺圈间形成氢键,氢键基本与中心轴平行与中心轴平行vSN:3.613-螺旋螺旋完成一个螺旋需完成一个螺旋需3.6个氨基酸残基,个氨基酸残基,螺旋每上升一圈,螺螺旋每上升一圈,螺距为距为0.54nm,相邻,相邻两个氨基酸残基之间两个氨基酸残基之间的轴心距为的轴心距为0.15nml l维持螺旋的作用力是维持螺旋的作用力是氢键氢键,相邻螺圈之间,相邻螺圈之间 形成链内形成链内H键,键,H键的取向几乎与轴平行。键的取向几乎与轴平行。H键位置:由每个残基的键位置:由每个残基的CO基与其相基与其相 邻的第四个残基的邻的第四个残基的 NH的形成的形成H键,键,所有肽键的所有肽键的NH和和CO都参与
12、氢键的形成,都参与氢键的形成,故故-螺旋很稳定。螺旋很稳定。-螺旋螺旋 2、折叠折叠 由两条或两条以上几乎完全伸展的肽链平行排列,通过链由两条或两条以上几乎完全伸展的肽链平行排列,通过链间氢键交联而成。肽链的主链成锯齿状折叠构象。间氢键交联而成。肽链的主链成锯齿状折叠构象。要点:要点:l l肽链几乎是完全伸展的,整个肽链成折叠形式。肽链几乎是完全伸展的,整个肽链成折叠形式。l l两条或多条链相互平行,按层排列,相邻的肽链之两条或多条链相互平行,按层排列,相邻的肽链之间形成肽间形成肽 间的氢键,氢键由主链的间的氢键,氢键由主链的-C=O与与-NH之间形之间形成氢键,所有的肽键都参与氢键的形成,氢
13、键取向与成氢键,所有的肽键都参与氢键的形成,氢键取向与肽链的长轴接近垂直。肽链的长轴接近垂直。l l-折叠两种类型:折叠两种类型:平行式:所有肽链的平行式:所有肽链的N端都在同一端。端都在同一端。反平行式:相邻的两条肽链方向相反。反平行式:相邻的两条肽链方向相反。折叠折叠折叠(平行)折叠(平行)v氢键倾斜氢键倾斜折叠(反平行)折叠(反平行)v氢键垂直,更稳定氢键垂直,更稳定球状蛋白质中广泛存在的一种结构球状蛋白质中广泛存在的一种结构肽链发生肽链发生180度回折,回折角度就是度回折,回折角度就是-转角结构。转角结构。维持力维持力:由一个由一个AA残基的残基的C=O与第四个与第四个AA的残基的的残
14、基的NH之间形成氢键。甘氨酸和脯氨酸易于形成之间形成氢键。甘氨酸和脯氨酸易于形成-转角。转角。3、-转角转角4、无规卷曲、无规卷曲无规卷曲是指多肽链主链部分形无规卷曲是指多肽链主链部分形成的无规律的卷曲构象。成的无规律的卷曲构象。-螺旋螺旋-折叠折叠-转角转角无规卷曲无规卷曲三、超二级结构三、超二级结构 v二级结构和三级结构的过渡态二级结构和三级结构的过渡态v若干相邻的二级结构彼此相互作用,形成有规则若干相邻的二级结构彼此相互作用,形成有规则的二级结构组合体的二级结构组合体;v不具有功能;不具有功能;v组合方式:组合方式:、超二级结构(超二级结构(转角转角)超二级结构(超二级结构()超二级结构
15、(超二级结构(曲折曲折)四、结构域四、结构域v多肽链在超二级结构基础上进一步缠绕折叠形成紧多肽链在超二级结构基础上进一步缠绕折叠形成紧密的近似球状的结构密的近似球状的结构v多结构域的酶分子的活性部位通常分布在结构域之多结构域的酶分子的活性部位通常分布在结构域之间的间的“铰链区铰链区”上,有利于结构域发生相对运动,上,有利于结构域发生相对运动,与底物结合与底物结合五、三级结构五、三级结构v由于侧链基团相互作用,多肽链进一步折叠或由于侧链基团相互作用,多肽链进一步折叠或者卷曲构成复杂的空间结构,整个分子成为球者卷曲构成复杂的空间结构,整个分子成为球状或者颗粒状状或者颗粒状v多肽链上所有原子(包括主
16、链和残基侧链)在多肽链上所有原子(包括主链和残基侧链)在三维空间的分布三维空间的分布v维持三级结构的主要作用力为疏水作用,其次维持三级结构的主要作用力为疏水作用,其次为氢键、离子键、范德华力为氢键、离子键、范德华力 疏水疏水 相互作用相互作用静电相互作用静电相互作用金属离子金属离子配位作用配位作用折叠折叠结构结构链间链间氢键氢键螺旋螺旋结构结构链内链内氢键氢键二硫键二硫键侧链侧链之间之间氢键氢键稳定蛋白质三级结构的主要作用力稳定蛋白质三级结构的主要作用力鲸肌红蛋白肌红蛋白v英国剑桥大学的英国剑桥大学的John Kendrew等人等人 v153个残基分成个残基分成8段长度为段长度为724个氨基酸
17、残基个氨基酸残基组成的组成的螺旋区,各区之间通过螺旋区,各区之间通过18个松散的个松散的残基相连残基相连v内部疏水,外部亲水内部疏水,外部亲水 六、四级结构六、四级结构v分子量大的蛋白质由几条多肽链组成,肽链间分子量大的蛋白质由几条多肽链组成,肽链间没有共价键连接,这种肽链称为亚基没有共价键连接,这种肽链称为亚基v四级结构指四级结构指亚基的相互关系、空间排布和特定亚基的相互关系、空间排布和特定构象。构象。v维持四级结构的作用力主要为疏水作用,其次维持四级结构的作用力主要为疏水作用,其次为氢键、离子键、范德华力;为氢键、离子键、范德华力;马血红蛋白马血红蛋白v英国剑桥大学英国剑桥大学Max Pe
18、rutz经经23年研究于年研究于1959年年提出提出 七、蛋白质分子中的化学键七、蛋白质分子中的化学键v肽键肽键v二硫键二硫键v酯键酯键v离子键离子键v配位键配位键v氢键氢键v范德华力范德华力v疏水作用疏水作用1、肽键v肽键肽键C-N具有双键的性质,不能自由转动具有双键的性质,不能自由转动,因,因此四个原子处于同一平面,此四个原子处于同一平面,H和和O呈反式排列呈反式排列vC=O双键具有单键性质双键具有单键性质2、二硫键v半胱氨酸半胱氨酸v稳定肽链空间结构稳定肽链空间结构v二硫键越多,蛋白质稳定性越强二硫键越多,蛋白质稳定性越强v例如角蛋白不溶于稀碱溶液例如角蛋白不溶于稀碱溶液3、酯键v苏氨酸
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