第十三章-生物标记化合物及其地球化学意义课件.ppt
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- 第十三 生物 标记 化合物 及其 地球化学 意义 课件
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1、 生物标志化合物地球化学属于基础有机地球化生物标志化合物地球化学属于基础有机地球化学的研究范畴,学的研究范畴,是研究地球各圈层中有机分子的结是研究地球各圈层中有机分子的结构、成因、分布、地球化学转化过程、原理及其应构、成因、分布、地球化学转化过程、原理及其应用的科学,用的科学,在在油气勘探油气勘探(特别是研究石油的生成、(特别是研究石油的生成、运移、油油对比、油源对比等方面)运移、油油对比、油源对比等方面)、古沉积环境古沉积环境重建重建及及现代环境有机污染物分析评价现代环境有机污染物分析评价等许多领域都等许多领域都有重要应用。有重要应用。第一节第一节 生物标志化合物的概念及立体化学基础生物标志
2、化合物的概念及立体化学基础 第二节第二节 生物标志化合物的分析与鉴定生物标志化合物的分析与鉴定 第三节第三节 主要的生物标志化合物主要的生物标志化合物 第四节第四节 生物标志化合物在油气地球化学中的应用生物标志化合物在油气地球化学中的应用 第一节第一节 生物标志化合物的概念生物标志化合物的概念及立体化学基础及立体化学基础 一、概念一、概念 生物标志化合物(生物标志化合物(),又称为:生),又称为:生物标志物、分子化石、化学化石、分子标志物、地物标志物、分子化石、化学化石、分子标志物、地球化学化石。球化学化石。定义:定义:是指原油和沉积有机质中源于活的生物是指原油和沉积有机质中源于活的生物体,具
3、有特征、稳定的碳骨架,在成岩和深成热解体,具有特征、稳定的碳骨架,在成岩和深成热解作用过程中没有或很少发生变化,而基本保持能被作用过程中没有或很少发生变化,而基本保持能被识别和追踪其原始先质的碳骨架的化合物识别和追踪其原始先质的碳骨架的化合物。生物标志物主要因其结构的生物标志物主要因其结构的特殊性特殊性与与复杂性复杂性而而比其它化合物含有更多的信息,其携带信息的方式比其它化合物含有更多的信息,其携带信息的方式主要包括:主要包括:1)生物标志物的分子结构特征;)生物标志物的分子结构特征;2)生物标志物的分子三维结构,包括结构异构)生物标志物的分子三维结构,包括结构异构体和立体异构体;体和立体异构
4、体;3)生物标志物的组合特征,如同系物;)生物标志物的组合特征,如同系物;4)生物标志物的分子同位素组成。)生物标志物的分子同位素组成。结构上结构上继承性继承性使其具有标志有机质使其具有标志有机质来源来源及及原始原始环境环境的作用;结构上的的作用;结构上的变异性变异性,又使其能够,又使其能够追溯追溯有有机质经历的机质经历的演化过程演化过程。用分子标志化合物进行地化研究的依据:用分子标志化合物进行地化研究的依据:分子标志物分子标志物陆地植物陆地植物海洋水生生物海洋水生生物湖泊水生生物湖泊水生生物来源于来源于生物构型生物构型地质构型地质构型转化转化 王铁冠,地质大辞典中称生物标志物为系指王铁冠,地
5、质大辞典中称生物标志物为系指存存在于地壳和大气圈中的有机化合物,其分子结构必在于地壳和大气圈中的有机化合物,其分子结构必须与某种特定的天然先质化合物之间具有明确的联须与某种特定的天然先质化合物之间具有明确的联系系。因此,确认为生物标志物的有机化合物应具备因此,确认为生物标志物的有机化合物应具备以下特征:以下特征:1)具有生物成因的分子结构;)具有生物成因的分子结构;2)分子结构的基本骨架具有热稳定性;)分子结构的基本骨架具有热稳定性;3)有可能与属于特定的界、门、纲、目、科、)有可能与属于特定的界、门、纲、目、科、属或种的生物分子之间,可建立对应的属或种的生物分子之间,可建立对应的“前身前身物
6、物地质产物地质产物”(precursorproduct)关系。)关系。生物标志物的生物标志物的前身物指的是在生物体中存在的前身物指的是在生物体中存在的与生物标志物碳骨架结构一致的化合物,与生物标志物碳骨架结构一致的化合物,它们通常含它们通常含有官能团,有官能团,例如,在原核生物中广泛存在的例如,在原核生物中广泛存在的细菌蒮细菌蒮烷四醇烷四醇即是地质体中即是地质体中蒮烷的前身物蒮烷的前身物。生物标志物藿烷与其前身物细菌藿烷四醇的成因关系生物标志物藿烷与其前身物细菌藿烷四醇的成因关系 二、生物标志化合物的立体化学二、生物标志化合物的立体化学 描述有机化合物描述有机化合物结构的各种化学标示法结构的各
7、种化学标示法 环烷烃的结构表示方法环烷烃的结构表示方法同分异构体同分异构体 分子式相同而其结构基团的排列不同的化合分子式相同而其结构基团的排列不同的化合物称同分异构体。物称同分异构体。甲烷、乙烷和丙烷只有一种同甲烷、乙烷和丙烷只有一种同分异物体。然而,丁烷则有两种碳骨架结构,即分异物体。然而,丁烷则有两种碳骨架结构,即正丁烷和异丁烷正丁烷和异丁烷,但其分子式均为,但其分子式均为C4H10。随着每。随着每一化合物碳数的增加,同分异构体的数目呈指数一化合物碳数的增加,同分异构体的数目呈指数增加。如癸烷的可能同分异构体有增加。如癸烷的可能同分异构体有75个。个。立体化学及命名立体化学及命名 C*H代
8、表代表“操纵杆操纵杆”,弯曲箭头表示距观察者最近的三个取代基按优先权呈,弯曲箭头表示距观察者最近的三个取代基按优先权呈顺时针由大到小的排序,即该三维结构表示了不对称碳原子的一个顺时针由大到小的排序,即该三维结构表示了不对称碳原子的一个“R”构型构型。R构型是指当最低质量的序位远离观构型是指当最低质量的序位远离观察者方向时,其余察者方向时,其余3个基团所具质量个基团所具质量数以顺时针方向降低;反之则为数以顺时针方向降低;反之则为S。:所指的键指向纸内(一:所指的键指向纸内(一般用虚线或空心圆圈标识)般用虚线或空心圆圈标识):所指的键指向纸外(一:所指的键指向纸外(一般用实线或实心圆点标识)般用实
9、线或实心圆点标识)中中 文文 英英 文文 对对于于生物标记化合物生物标记化合物的的意义意义 升升-homo-在结构上添加一个碳原子在结构上添加一个碳原子 二升二升-,三升,三升-,四升四升-bis-,tris-,tetrakis-(或或di-,tri-,tetra-)添加二,三,四个碳原子添加二,三,四个碳原子 五升五升-,六升,六升-petakis-,hexakis-(或或 penta-,hexa-)添加五,六个碳原子添加五,六个碳原子 断断-Seco-特定的特定的 C-C 键断开键断开 降降-nor-在结构上失去一个碳原子在结构上失去一个碳原子 脱脱-A des-A(或或 de-A)在结构
10、上失去在结构上失去 A 一环一环 异异-iso-甲基在结构上移位甲基在结构上移位 新新-neo-在藿烷中,甲基从在藿烷中,甲基从 C-18 移到移到 C-17 在环上的不对称碳原子上的官能团(一在环上的不对称碳原子上的官能团(一般为般为 H)方向朝下)方向朝下 在环上的不对称碳原子上的官能团(一在环上的不对称碳原子上的官能团(一般为般为 H)方向朝上)方向朝上 R R 非环部分的不对称碳原子,以顺时针方非环部分的不对称碳原子,以顺时针方向旋转向旋转(见图(见图 15-2-4)S S 非环部分的不对称碳原子,以逆时针方非环部分的不对称碳原子,以逆时针方向旋转向旋转 生物标志化合物常见的修饰命名和
11、其它命名(据生物标志化合物常见的修饰命名和其它命名(据Peters and Moldowan,1993)第一节第一节 生物标志化合物的概念及立体化学基础生物标志化合物的概念及立体化学基础 第二节第二节 生物标志化合物的分析与鉴定生物标志化合物的分析与鉴定 第三节第三节 主要的生物标志化合物主要的生物标志化合物 第四节第四节 生物标志化合物在油气地球化学中的应用生物标志化合物在油气地球化学中的应用 第二节第二节 生物标志化合物的分析与鉴定生物标志化合物的分析与鉴定 早期早期饱和烃馏分饱和烃馏分芳烃馏分芳烃馏分目前目前主要是主要是快速发展的快速发展的 链烃标记物链烃标记物(如(如Pr、Ph)GC分
12、析分析环状化合物环状化合物GCMS分析分析图图132 饱和烃样品的饱和烃样品的GC谱图和谱图和GC/MS谱图对比谱图对比GC-MS分析同一油样得到甾烷和萜烷质量色谱图(上、下图)上可以分析同一油样得到甾烷和萜烷质量色谱图(上、下图)上可以检测出因含量低在检测出因含量低在GC图(中)上看不到的甾烷和萜烷的峰图(中)上看不到的甾烷和萜烷的峰每个峰代表一种萜每个峰代表一种萜烷(能出烷(能出191191质量质量色谱峰的)色谱峰的)191217一、一、GC-MS分析的重要性与质量色谱图分析的重要性与质量色谱图甾烷和萜烷的峰甾烷和萜烷的峰因含量低在因含量低在GC图图上看不出来,但上看不出来,但色谱质谱上能
13、检色谱质谱上能检测到测到 检测器约在每检测器约在每3秒钟扫描一次特定的质量范围(秒钟扫描一次特定的质量范围(通常为通常为50600amu)就可形成一个质谱图,因此,)就可形成一个质谱图,因此,每一张质谱图绘出了在扫描期间撞击在检测器上所有每一张质谱图绘出了在扫描期间撞击在检测器上所有离子的质离子的质/荷(荷(m/z)比和响应值的关系。一个典型的)比和响应值的关系。一个典型的“扫描流程扫描流程”需要约需要约90分钟,按质谱仪每分钟,按质谱仪每3秒一次扫秒一次扫描设定的质量范围,每一个样品可以产生描设定的质量范围,每一个样品可以产生1800张质谱张质谱图图(90分分60秒秒/分分/3(秒(秒/扫描
14、)扫描)。二、质谱图及化合物的鉴别二、质谱图及化合物的鉴别 “质谱图质谱图”为恒定扫描数(与时间有关)为恒定扫描数(与时间有关)m/z与与仪器响应值的关系图,是从仪器响应值的关系图,是从GC中流出的每一种化合中流出的每一种化合物所形成的所有碎片离子的相对强度分布(图物所形成的所有碎片离子的相对强度分布(图13-3)。质谱图十分有用,因为它们往往显示了质谱图十分有用,因为它们往往显示了分子的质分子的质量量(某些分子发生离子化,但不进一步裂解)以及用(某些分子发生离子化,但不进一步裂解)以及用于推断结构的特殊碎片型式。理想情形,于推断结构的特殊碎片型式。理想情形,每一个每一个GC峰只代表一种已分离
15、的化合物,它只有唯一的一张质峰只代表一种已分离的化合物,它只有唯一的一张质谱图,可用于化合物鉴定谱图,可用于化合物鉴定。实际上,多数峰为两种或。实际上,多数峰为两种或多种未分开的化合物(共逸),此时其质谱图的解释多种未分开的化合物(共逸),此时其质谱图的解释相当困难。相当困难。实际上,有经验的学者利用基峰质量色谱图上的实际上,有经验的学者利用基峰质量色谱图上的出峰位置及峰的组合关系即可实现对常规的生物标志出峰位置及峰的组合关系即可实现对常规的生物标志化合物(如甾、萜)的鉴别。但遇到未知化合物时,化合物(如甾、萜)的鉴别。但遇到未知化合物时,临时鉴别通常可通过与标样共注和质谱图的对比完成临时鉴别
16、通常可通过与标样共注和质谱图的对比完成,但更为可行的鉴定需要与核磁共振(,但更为可行的鉴定需要与核磁共振(NMR)谱学)谱学、X衍射晶体学及其它知识的结合。衍射晶体学及其它知识的结合。图图133 C30三环萜烷的质谱图三环萜烷的质谱图 分子量分子量分子离子分子离子1230+56416此化合物受电子流轰击形成此化合物受电子流轰击形成分子离子,若能量足够大时分子离子,若能量足够大时,过剩能量会切断分子离子,过剩能量会切断分子离子中的各种化学键,形成碎片中的各种化学键,形成碎片离子(具有不同的质荷比)离子(具有不同的质荷比),三环萜烷类都具有很强的,三环萜烷类都具有很强的特征碎片峰特征碎片峰191第
17、一节第一节 生物标志化合物的概念及立体化学基础生物标志化合物的概念及立体化学基础 第二节第二节 生物标志化合物的分析与鉴定生物标志化合物的分析与鉴定 第三节第三节 主要的生物标志化合物主要的生物标志化合物 第四节第四节 生物标志化合物在油气地球化学中的应用生物标志化合物在油气地球化学中的应用 第三节第三节 主要的生物标志化合物主要的生物标志化合物 生物标记物涉及到的化合物非常之多,包括:生物标记物涉及到的化合物非常之多,包括:正构烷烃正构烷烃各种异构烷烃(异构、反异构、无环异戊各种异构烷烃(异构、反异构、无环异戊二烯型烷烃)二烯型烷烃)二环倍半萜、双萜(三环、四环)二环倍半萜、双萜(三环、四环
18、)五环三萜(藿烷系列、非藿烷系列)五环三萜(藿烷系列、非藿烷系列)多萜多萜(四环)甾类(四环)甾类各类芳烃各类芳烃含氧、含氮化合物含氧、含氮化合物 其内容之丰富、之专深已足以单独开设一门重其内容之丰富、之专深已足以单独开设一门重头课程。但受篇幅所限,本教材仅重点介绍目前在日头课程。但受篇幅所限,本教材仅重点介绍目前在日常研究和油田生产中常用的常研究和油田生产中常用的:正构烷烃(含正构脂肪酸)正构烷烃(含正构脂肪酸)无环异戊二烯型烷烃(主要是植烷(无环异戊二烯型烷烃(主要是植烷(Ph)、姥鲛)、姥鲛烷(烷(Pr)系列)系列)藿烷系列的五环三萜藿烷系列的五环三萜甾烷甾烷部分芳烃部分芳烃 在色谱图和
19、在色谱图和GC-MS总离子流图中,正构烷烃是总离子流图中,正构烷烃是以近于以近于等间距分布等间距分布的。的。一、正构烷烃一、正构烷烃1.检测与鉴定检测与鉴定 在常规色谱条件下(色谱程控升温的终温低于在常规色谱条件下(色谱程控升温的终温低于300),正构烷烃的最高出峰碳数为),正构烷烃的最高出峰碳数为nC37左右。左右。图图134 原油烷烃馏分中正构烷烃的分布原油烷烃馏分中正构烷烃的分布 正构烷烃碳数的确定一正构烷烃碳数的确定一般依据姥鲛烷及植烷般依据姥鲛烷及植烷2.生源与成因生源与成因 藻类藻类直链直链支链支链的饱和及不饱和烃类的饱和及不饱和烃类C14C32可合成可合成虽然无奇偶优势,但通常存
20、在虽然无奇偶优势,但通常存在C15或或C17的优势的优势细菌细菌可合成可合成烃类烃类C10C30没有奇偶优势没有奇偶优势(源于(源于高等植物)高等植物)正构烷烃正构烷烃通常在通常在C10C40范围内显示出强范围内显示出强烈的奇偶优势(高烈的奇偶优势(高10倍或更多)倍或更多)一些高碳数正构烷烃(一些高碳数正构烷烃(C20C40或或C50)可能来)可能来源于细菌和其他微生物的蜡,也可能来自高等植物源于细菌和其他微生物的蜡,也可能来自高等植物的蜡,它们与异构(的蜡,它们与异构(2-甲基)和反异构(甲基)和反异构(3-甲基)烷甲基)烷烃相伴生。烃相伴生。在在C23C35范围内这种优势更加明显范围内这
21、种优势更加明显最高可达最高可达C C9090以上,用以上,用高温气相色谱检测高温气相色谱检测奇、偶碳数正烷烃的相对丰度可用来粗略地估计沉奇、偶碳数正烷烃的相对丰度可用来粗略地估计沉积有机质与原油的成熟度。积有机质与原油的成熟度。碳优势指数碳优势指数奇偶优势奇偶优势 一般只对未熟一般只对未熟低熟阶段的样品有效,随着成熟度的升低熟阶段的样品有效,随着成熟度的升高,从干酪根裂解生成的正构烷烃不具奇偶优势,将掩盖早高,从干酪根裂解生成的正构烷烃不具奇偶优势,将掩盖早期的奇偶优势,在更高的成熟度下,高碳数的正构烷烃也将期的奇偶优势,在更高的成熟度下,高碳数的正构烷烃也将逐步裂解成为小分子的化合物。因此,
22、逐步裂解成为小分子的化合物。因此,OEP和和CPI可作为早可作为早期的成熟度指标,其值大于期的成熟度指标,其值大于1.2时,样品未成熟,但小于时,样品未成熟,但小于1.2时时不一定成熟不一定成熟。OEP是取主峰碳前后5个相邻之正烷烃的重量百分数。具奇偶优势的高碳数(具奇偶优势的高碳数(C23)正构烷烃的分布可能)正构烷烃的分布可能指示陆源有机质的输入指示陆源有机质的输入不同来源现代沉积有机质中正构烷烃分布不同来源现代沉积有机质中正构烷烃分布具明显奇偶优势具明显奇偶优势转引自转引自Tissot&Welte以以C15、C17为主,奇偶优势不明显的中等相对分子为主,奇偶优势不明显的中等相对分子质量(
23、质量(nC15nC21)的正构烷烃可能指示藻类等水生)的正构烷烃可能指示藻类等水生生物来源生物来源双峰型表示什么?双峰型表示什么?图图95 台湾新竹(上第三系)和南海北部湾(下第台湾新竹(上第三系)和南海北部湾(下第三系)原油气相色谱图(据尚慧云等,三系)原油气相色谱图(据尚慧云等,1982)海相原油海相原油陆相原油陆相原油具偶奇优势的正构烷烃往往产于碳酸盐岩或蒸发具偶奇优势的正构烷烃往往产于碳酸盐岩或蒸发岩盐环境岩盐环境偶碳脂偶碳脂肪酸肪酸还原环境下还原环境下偶碳正偶碳正构烷烃构烷烃这时往往伴随着这时往往伴随着Ph对对Pr的优势的优势1.异戊二烯法则异戊二烯法则 由五个碳原子构成的异戊二烯(
24、甲基丁二烯)由五个碳原子构成的异戊二烯(甲基丁二烯)为所有非直链生物标志化合物的基本结构单元为所有非直链生物标志化合物的基本结构单元。二、植烷系列的类异戊二烯(或异戊二二、植烷系列的类异戊二烯(或异戊二烯型)烷烃烯型)烷烃 由异戊二烯亚单元组成的化合物称由异戊二烯亚单元组成的化合物称萜类或类萜类或类异戊二烯异戊二烯。所有生物,从细菌到人都能合成或需。所有生物,从细菌到人都能合成或需要这些物质。要这些物质。“异戊二烯法则异戊二烯法则”指的是这些化合指的是这些化合物的生物合成作用是通过物的生物合成作用是通过C5类异戊二烯亚单元类异戊二烯亚单元合理聚合而形成的。合理聚合而形成的。图图 萜类化合萜类化
25、合物分类实例物分类实例 各种萜类化合物可以是有环的,也可以是无各种萜类化合物可以是有环的,也可以是无环的,其结构变化很大。环的,其结构变化很大。类异戊二烯类异戊二烯亚单元数亚单元数化合物名称化合物名称碳数碳数1半萜半萜C52单萜单萜C103倍半萜倍半萜C154二萜二萜C205二倍半萜二倍半萜C256三萜烷和甾烷三萜烷和甾烷C308四萜烷四萜烷C409聚萜聚萜C40+如天然橡胶如天然橡胶具有挥发性具有挥发性作为生物标志化合物的应作为生物标志化合物的应用受到限制用受到限制有时,由于生物化学合成、有时,由于生物化学合成、成岩作用、热成熟和生物成岩作用、热成熟和生物降解而发生了取代基的增降解而发生了取
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