常用工具软件和生物信息学资源课件.ppt

1、NCBI美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，NCBI管理着包括GenBank在内的一批数据库,如UniGene、dbSNP、COG、LoccusLink、OMIM和MMDB等。它提供Entrez数据库检索工具、BLAST数据库序列搜索等服务。GenBank:核酸数据库PubMed:文献数据库 BLAST：“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写，Blast是NCBI研制的一个生物基因数据库系统的查询工具，功能强大，检索速度快，流行于世界上几乎所有的

2、生物信息中心。功能名称功能名称功能功能BlastnBlastn用核酸序列 搜索 核酸序列数据库BlastpBlastp用蛋白质序列 搜索 蛋白质序列数据库BlastxBlastx用核酸序列(翻译成蛋白质)搜索 蛋白质序列数据库TBlastnTBlastn用蛋白质序列(翻译成核酸)搜索 核酸序列数据库TblastxTblastx用核酸翻译的蛋白质序列搜索核酸翻译的蛋白质序列数据库分子生物学常用综合软件分子生物学常用综合软件 GCG:GCG包含130多个与分析有关的程序。有6种重要生物数据库随程序包一起提供，并由GCG公司负责每两个月更新一次。对DNA和蛋白质分析而言,GCG软件包是功能最强大，使

3、用最广泛的计算机程序之一。一般以网络版服务器提供服务。主要功能：a)限制性酶切图谱 b)多序列对比 c)DNA到蛋白质的翻译 d)蛋白质分析 e)数据库搜寻 f)PCR引物设计 Vector NTI:功能与GCG相似，单机版提供服务。它以美观的界面，友好的操作方法在分子生物学界享有盛誉。Fast A格式 name tttttacgVector-NTI 7.1的使用学习内容提纲 1.从GenBank下载目的基因序列 2.Vector NTI 8.0数据输入 3.ORF的分析 4.基因酶谱分析 5.引物设计 6.同源性分析1.从GenBank下载目的基因序列2.Vector NTI 8.0数据输入

4、数据输入打开软件打开软件新建子目录新建子目录数数 据据 输输 入入3.ORF分析分析-线形化线形化在图形处，右键单击在图形处，右键单击提取 RRSV-S6-ORF 序列(1)Ctrl+C(2)打开TXT文挡(3)Ctrl+V(4)保存4.ORF 酶谱分析酶谱分析OK,OK5.引物设计一引物设计一:手工设计手工设计P-设计设计5.引物设计二引物设计二:自动设计自动设计(1)选中所有序列(2)AnalyzeFind PCR Primers(3)检测引物检测引物(4)克隆引物酶切位点酶切位点和和保护碱基保护碱基需要手工加上去！需要手工加上去！（）测序引物 Analyze sequencing Primers（）简并引物设计 Aligment分析后,手工设计多重序列联配多重序列联配